推定された FLA クラスⅠハプロタイプの比較

推定された計7種類のハプロタイプを比較すると、ハプロタイプ毎に含 まれるFLAクラスⅠアレルの数が異なっていた（Figure 6）。例えば、Hp-1.0は FLA-E/H/K系統の2種類（E*00501およびK*00701）、FLA-J系統のE*01601お よびFLA-O 系統の FLAI_012 の計4 種類のアレルから構成されていたハプロタ イプであった。同様に、Hp-5.0は5種類、Hp-6.0は6種類、Hp-2.0は7種類お

よびHp-3.0, Hp-4.0 および Hp-7.0は 8 種類のアレルから構成されていた。この

ハプロタイプ毎のアレル数の違いは、特に FLA-E/H/K 系統に集中していた。具 体的には、Hp-1.0, -3.0および-5.0に推定されたFLA-E/H/K系統のアレルは2種 類であった。その一方で、Hp-2.0, -4.0および-6.0 が3種類、Hp-7.0 が4種類で あった。同様に、FLA-J および FLA-O 系統のアレルにおいても、ハプロタイプ に推定されるアレルが 1 または 2 種類であり、ハプロタイプ毎のアレル数に違 いが認められた。

FLA-A系統において、ハプロタイプ毎にアレルの有無があった。具体的

には、Hp-2.0, -3.0, -4.0および-7.0において、FLA-Aアレルが同定されたのに対

して、Hp-1.0, -5.0および-6.0には認められなかった。同様に、FLA-L系統におい

ても、ハプロタイプ毎のアレルの有無があった。つまり、FLA-AおよびFLA-L系 統において、ハプロタイプによってはアレルの欠失が示唆された。

アレルが全 20 個体のハプロタイプ（2n=40）に認められた回数（アレルの出現 回数）は、少ないアレルで1 回、多いアレルで 15回であり、合計すると 95 回 であった。この計95回のリード数を平均すると、16,444 リードであった。この ようにして、すべての系統のリード数を算出したところ、FLA-E/H/J_Rec系統は 11,820リード、FLA-A系統は210、FLA-J系統は5,069、FLA-L系統は248、 FLA-O 系統は 878 であった。この平均リード数を系統間で比較したところ、大まか にFLA-E/H/K > FLA-E/H/K_Rec > FLA-J > FLA-O > FLA-L = FLA-Aの関係性にあ ることが考えられた。

次に、FLA-E/H/K_Rec系統のFLAI_014アレルの平均リード数（11,831リ ード）は、FLA-E/H/K系統のアレルの平均リード数（16,444リード）との間に有

意差（P =0.06）は認められなかった。その一方で、FLA-E/H/K_Rec系統のアレル

の平均リード数は、FLA-J系統（5,071リード）と比較して有意に多かった（P = 1.2 × 10^-9）。このようなリード数の違いから、FLA-E/H/K_Rec系統は、FLA-E/H/K 系統に含まれることが示唆された。

また、FLA-E/H/KおよびFLA-E/H/K_Rec系統の平均リード数は、その他 のFLA-A, -J, -Lおよび-O系統の平均リード数と比較して有意に多かった（16,095 リード vs 2,201リード）。特に、FLAクラスⅠ遺伝子毎の平均リード数が最も少 ないFLA-A系統の平均リード数は、最も多いFLA-E/H/K系統のおよそ1/80であ った。以上のようなリード数の違いから、FLA クラスⅠ系統によって転写産物 量が大きく異なることが示唆された。

3.3.7 Holmes法とアンプリコン法との結果の比較

本実験で開発したアンプリコン法によるFLAクラスⅠ多型解析と、既 報の解析方法であるHolmes法による再解析の結果を照らし合わせ、アンプリ

コン法の正確さを確認した（Table 6）。このHolmes法には、推定された全て のFLAクラスⅠハプロタイプを網羅する4個体（個体番号01, 02, 07および 13）を用いた。この結果、Holmes法においてもアンプリコン法と同様に4個体 から18種類のFLAクラスⅠアレルが同定された。具体的には、個体番号01に おいて、多型解析において、5種類のFLA-E/H/K系統のアレルE*00501,

K*00701, H*003011, K*00401およびFLAI_006が同定されたが、再解析におい ても同一の5種類が同定された。また、Holmes法にて新たなアレルが同定され ることはなかった。他の4個体も同様に、2つの解析結果に違いは認められ

ず、Holmes法にて新たにアレルが同定されることはなかった。