量子化学計算の大規模化１
量子化学計算の大規模化１
... Gaussianについて • Gaussian09のソースコードは180万行以上 • 非常に多くの研究者が開発に関わっている • M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. ...
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量子化学計算の大規模化１
... • sample_a.shの3行目を次のように変更してください。 • sample_a.shをSystemAにジョブ投入してください。 • 得られた結果をviやemacsなどで確認してください。 cp /home1/share/smash/smash-2.2.0/example/sample_a.sh ~ ...
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量子化学計算の大規模化１
... H 2 O 通常のCanonical MOs Localized MOs • Resolution of the identity(RI)法, 密度フィッティング法 – 補助基底を導入して、4中心積分を3中心積分などの積で表現するこ とで計算量やデータ量を削減 ...
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量子化学計算の大規模化１
... • Xeon E5649 2.53GHz 12core、1ノード利用 • Taxol(C 47 H 51 NO 14 )のHartree-Fock計算時間(sec) • 同じ計算条件(積分Cutoffなど) ✓ 1ノードでは、GAMESSよりHartree-Fock計算時間を最大40%削減 ✓ ...
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量子化学計算の大規模化１
... BLAS, LAPACKなど数学ライブラリの利用 BLASライブラリはCPUの性能を引き出してくれるが、小 さい配列(100次元程度)の場合、サブルーチンコールの オーバヘッドの方が大きくなる可能性がある ...
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講師取締役千田範夫シニアコンサルタント竹内宗孝 の事業内容 Winmostar の開発 販売 科学技術計算コードの並列化 高速化 およびカスタム開発 計算化学コンサル etc 2
... 6. 第4周期以降の元素の結合判定長を一部修正しました。 7. MDのトラジェクトリ読み込みの3D表示でセルの大きさの変化を反映するようにしました。 8. cifファイル読み込み後に残基情報を作成して、GROファイル保存に使えるようにしました。 9. 電荷表示→Numericalの時に、原子番号を表示しない不具合を修正しました。 ...
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背景 ユビキタスコンピューティング環境 無線通信機能, 計算機能, 小型集積技術の発展 組み込みシステム 適用分野の拡大 情報家電 携帯電話 カーナビ デジタル TV PDA etc 大規模化 複雑化 GUI の高度化, ネットワーク化 開発期間の短縮化, コストダウンへの要求 汎用 OS の利用
... 2005/09/30 TechnicalJamboree4 6 • 優先度が高いプロセスの資源占有 – Linux は優先度が高いプロセスを走らせ続ける • 適切な管理(設定)を行わないと，システム全ての資源を利用してしまう． – リアルタイムプロセスの動作中，タイムシェアリングプロセスはCPUを得られない． – 適切な優先度，周期時間管理が必要 ...
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メモリ階層構造を考慮した大規模グラフ処理の高速化
... 道路ネットワーク USA-road-d.LKS.gr (n = 2.76M, m = 6.89M) : 20.6 日間 特許引用ネットワーク cit-Patents (n = 3.77M, m = 16.52M) : 23.6 時間 性能を引き出すためには 特殊な計算機環境 (CRAY XMT) が必要 ボトルネック となる 最短路計算 に対する汎用的な実装は存在しない ⇒ 高性能ネットワーク解析ライブラリ ...
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化学特別講義（計算化学）
... • ab initio法 • ザボ・オストランド「新しい量子化学」 上 ・ 下 東京大学出版会 1988 （A. Szabo and N. S. Ostlund,“Modern quantum chemistry: introduction to advanced electronic structure theory” Dover 1986) ...
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ポストペタスケール高性能計算に資するシステムソフトウェア技術の創出 平成 23 年度採択研究代表者 H27 年度 実績報告書 藤澤克樹 九州大学マス フォア インダストリ研究所 教授 ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤 1. 研究実施体制 (1) 大規模最適化 グループ( 九
... ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤 §１．研究実施体制 （１）「大規模最適化」グループ（九州大学） ① 研究代表者：藤澤克樹 （九州大学マス・フォア・インダストリ研究所、教授） ② 研究項目 ...
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Microsoft Word - 量子化学概論v1c.doc
... ⎝ ∑ ⎠ ⎝ ∑ ⎠ ∫ ∫ ∫ ∫ (3.5) となる。一電子軌道 ϕ は規格化されているので、式(3.5)の各成分は個々の演算子の期待値である i ことがわかる。右辺第１項は軌道 ϕ にある電子の運動エネルギーと核―電子クーロン引力エネル i ギーの期待値である。第 2、3 項は軌道 ϕ ...
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SENAC Vol. 52, No. 2( ) 37 [ 大規模科学計算システム ] アプリケーションサービスの紹介 情報部情報基盤課共同利用支援係 はじめに 本センター大規模科学計算システムでは 分子軌道計算 数式処理 データ処理等の各アプリケーションソフトウェアをサービスしています
... 【 12 および 24 並列実行の指定】 本センターでサービスしている Gaussian では、12 および 24 並列での並列処理が可能です。大きな分子の 解析にぜひご活用ください。 12 または 24 並列で実行するには、ルートセクションに Link 0 コマンドの%NProc=並列数を追加します。手入力 の場合は、テキストエディタで先頭行に追加、 ...
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1C5-4 大規模ネットワークにおけるコミュニティ検出手法の高速化
... i の所属先が P から Q へ移るケース １つ目のケースは頂点 i の隣接頂点のうち, Q 以外に属する i の隣接頂点群 R ...R のうち, 元々Q に対するリンクを持っ ていない頂点は次回探索時に Q に所属する機会が生まれ, 元々Q に対するリンクを持っていた場合は Q に対するΔQ が増 ...i ...
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2 背景 (1/2) 大規模化, 複雑化, 多様化するハイエンド計算機環境の能力を充分に引き出し, 効率的なアプリケーションプログラムを開発することは困難 有限要素法等の科学技術計算手法 : プリ ポスト処理, 行列生成, 線形方程式求解等の一連の共通プロセスから構成される これら共通プロセスを抽出
... • 有限要素法等の科学技術計算手法： – プリ・ポスト処理，行列生成，線形方程式求解等の一 連の共通プロセスから構成される。 – これら共通プロセスを抽出し，ハードウェアに応じた最 適化を施したライブラリとして整備することで，アプリ ケーション開発者から共通プロセスに関わるプログラ ミング作業，並列化も含むチューニング作業を隠蔽で きる。 ...
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ベクトル量子化による小規模規則音声合成器の開発
... 環境の範囲をある程度狭めても，合成音声の品質劣 化はほとんど起こらないのではないかという議論も 行われてきた．本章では，PER 選択法による VCV 素片選択の際に考慮すべき音韻環境の長さを検証し た．これは，人間の発話過程において物理的な発話 器官の動特性のために生じる調音結合の影響範囲 ...
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大規模動的ネットワークに特化した グラフデータ格納基盤
... 科学技術振興機構の戦略創造事業のうち、全体の規模としては最大 我が国の社会的・経済的ニーズの実現に向けた戦略目標に対して設定 公募により採用された強力な研究チームが国の政策実現に向け研究を推進 研究領域：ポストペタスケール高性能計算に資するシステムソフトウェア技 ...
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大規模住宅団地の現状と活性化・再生の進め方
... こうした組織の取組は、コミュニティ活動・文化活動の企画運営、集会施設等の運営、 高齢者世帯向けのお手伝いサービス、子ども向けの学習サービス、子どもの一時的な預か り、コミュニティカフェの運営など様々です。自治組織（自治会や管理組合）から独立し てできたもの、自治組織とは全く別に設立され、自治組織と連携するようになったものな どがあります。 ...
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東北大学金属材料研究所 大規模並列計算サーバマニュアル 2019 年 4 月 1 日 東北大学金属材料研究所 計算材料学センター
... 以下のバージョンが利用可能です。 実行モジュールの種類 実行モジュールのパス VASP4.6.36 /work/app/VASP4/current/vasp VASP4.6.36 Gamma 点版 /work/app/VASP4/vasp.4.6_gamma/vasp VASP5.4.4 Standard 版 /work/app/VASP5/current/bin/vasp_std ...
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Webを母集団とした超大規模コーパスの開発 : 収集と組織化
... パスを構築する計画に着手した。本稿では，超大規模コーパスをどのようにして構築するか，ど のような情報を付与するか，どのような検索環境を提供するのかなど，設計について概説する。 Web を母集団とした言語資源を構築するためには，何らかの方法で単リンクからなるハイパー テキスト空間から，標本空間として規定すべき範囲を決め，その範囲で得られる標本を収集する ...
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要綱 大規模建築物等の耐震診断義務化 宮崎市 53b63809002
... （３）対象建築物の事業実施計画書②（様式第１号２） （４）収支予算書（様式第１号３） （５）市税証明書（宮崎市補助金等交付申請専用） （６）暴力団関係者でないことの誓約書兼同意書（様式第１号４、第１号５） （７）耐震診断費用の見積書の写し（補助金交付申請額の積算内訳が分かる書類） ...
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