蛋白質結晶構造解析用
Wide-q測定における蛋白質の構造解析の検討
... ｐＨ3.5〜5.2では、8量体を形成(2量体X4個会合) ｐＨ5.5〜7.0では2量体、
等電点はPH4.2 ・腸管内において、ビタミンＡ（レチノール）を輸送する機能 X線の構造解析では、3種類の2量体が見つかっている。 ...
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平成 26 年度研究開発実施報告書 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム 研究代表者 [ 中村春木 ] [ 大阪大学蛋白質研究所 所長 / 教授 ] [ 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 ] 1
... 【概要】 大阪大学蛋白質研究所内に PDBj を組織し、米国、欧州および BMRB（NMR 実験情報データ バンク）と協力して wwPDB を運営し、蛋白質・核酸等の生体高分子立体構造の主にアジア・オセア ニア地区からの構造データと NMR 実験情報の登録作業を行った。構造データについては、2014 年度の間に 1,898 ...
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33 MD-SAXS 法 [ 技術の概要 ] マルチドメインタンパク質や天然変性タンパク質など フレキシブルで結晶化しにくく X 線結晶構造解析が難しいタンパク質は数多く存在する また 結晶構造と溶液構造が異なると想定される場合もある そのような場合 低解像度ながら 溶液構造情報を X 線小角散乱
... 最近盛んに行われるようになった免疫レパトア(B細胞、T細胞)次世代 シーケンシングの配列解析から構造解析までをone-stopで行う。 配列解析としてV(D)Jアサイメント、クローン解析等が行える。さらに配列デー タから抗体Fv構造を作成し、データを構造上にマップしたり、統計解析、機械 ...
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蛋白質科学会アーカイブ メチオニン要求株を使わないセレノメチオニン標識蛋白質のつくりかた
... 実施例 筆者らは、本プロトコールにより Aeropyrum pernix K1 由来 Peroxiredoxin (Thioredoxin Peroxidase)に SeMet を導入し、MAD 法により構造決定した(4)。結晶化に用いた蛋白質を 質量分析に供したところ、配列上ポリペプチドあたり 5 箇所ある Met のうち、プロセシン グされた N 末端 Met を除く 4 ...
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脂肪滴周囲蛋白Perilipin 1の機能解析
... 26 3.4 考 察 本研究において、我々は PLIN1 の過剰発現が動脈硬化の進展にどのような影 響を及ぼすかを評価した。通常の ApoeKO と比較して、PLIN1 の過剰発現を誘導 した ApoeKO においては動脈硬化領域の減少が認められ、PLIN1 が動脈硬化の抑 制作用を有している事を支持する結果となった。PLIN1 の過剰発現はマクロファ ...
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放射光第 12 巻第 3 号 (1999 年 ) 生命科学 蛋白特集 シンクロトロン放射光を使った 原子分解能の蛋自質結晶構造解析 野中孝昌 長岡技術科学大学生物系 * および理化学研究所播磨研究所 Str 阻 cture Analysis 臨 si 盟 g Resol 副 io 目 BioEngi
... ti の方法10) で見積もった誤差が 0.20-0.25 A 程度であるの と比較して極めて正確であるということができる。 (2) 差フーリエ図上に溶媒分子や乱れた構造のみなら ず，水素原子をも容易に見出すことができるようになる。 Rubredoxin では 2/3 以上11) ， Sakabe らのインスリンでは 突に 90% もの水素原子の同定が可能となっている [r] ...
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「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化」KO-MTG発表資料
... 阪大蛋白研より３名（中村, 藤原, 栗栖） X線結晶学の専門家（井上豪） NMR構造解析学の専門家（神田大輔） 構造ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽの専門家（由良敬） Photon Factoryの専門家（千田俊哉） SPring-8の専門家（城宜嗣） ...
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Ⅳ 基質結合に伴う溶液中での蛋白質の構造変化の研究
... 渡邉信久（名古屋大）・山本雅貴・若槻壮市 （ KEK） ・中川敦史（大阪大）・三木邦夫（京都 大） ・田中 勲（北大） ： PF および SPring-8 における共通結晶自動マウントシステムの開発、 平成 22 年度日本結晶学会年会および総会 60 周年記念年会、 （吹田） 2010 Ⅱ -8 村上博則（理研） ・上野 剛（理研） ・平田邦生（理研） ・河野能顕（理研） ・橋本浩一（理研）・ 清水伸隆 ...
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dbProP 蛋白質多型データベース kenkyujohodb hyoka dbProP
... ６．事後評価結果 ６−１ 当初計画の達成度 アミノ酸変化を伴う多型として SNP と ASV を独自に推定し、さらに米国 NCBI の dbSNP データからアミノ酸変化 SNP を独自抽出し、それら３種類の多型情報をデータ ベース化している。なお、 ASV および dbSNP データは当初計画では対象ではなかった が、より網羅度の高い蛋白質多型データベース実現のために追加された。また、多型検 ...
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生体内に存在する蛋白質の中には、20種類の基本アミノ酸だけでは機能の発現ができない蛋白質が存在する
... 図 6a に示すように、G23 の 2’ヒドロキシル基が U24 の O5’ヒドロキシル基と、ま た、U24 の 2’ヒドロキシル基が C25 のリン酸基部分とそれぞれ水素結合を形成して、 この急激なリン酸骨格のターンを支持している。加えて蛋白質残基との相互作用もこ のステムループ構造の形成に重要である。図 6b からもわかるように、蛋白質残基と ...
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Ⅳ 基質結合に伴う溶液中での蛋白質の構造変化の研究
... 精度データ収集を目指した、 X 線 CMOS 検出器を用いた連続回転データ収集法の開発と実用化を進 めている。さらに、微小結晶構造解析の実用化に重要な、壊れやすい微小結晶を安全かつ簡便に取り 扱うための光ピンセットによる非接触微小結晶ハンドリング技術の開発も進めている。 Ⅲ 脂質メディエータの構造生物学的研究 ...
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脂肪滴周囲蛋白Perilipin 1の機能解析 [全文の要約]
... (Functional analysis of lipid-droplet associated protein Perilipin 1) 【背景と目的】 Perilipin 1 (Perilipin A, PLIN1) は脂肪細胞において最初に同定された脂肪滴周囲蛋白であ る。脂肪細胞において PLIN1 は脂肪滴表面を覆うように存在し、脂質の貯蔵と分解の双方を調節 ...
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Protein Crystal Growth Mechanism Picobiology Institute タンパク質結晶成長機構ピコバイオロジー研究所 Ⅰ ミトコンドリア呼吸鎖複合体 Ⅳ( チトクロム酸化酵素 ) の高分解能構造解析 High resolution X-ray structura
... ン ポ ン プ 機 構 (The proton-pump mechanism suggested from the crystal structures of cytochrome c oxidase intermediates and their derivatives)、第 16 回日本蛋白質科学会年化（福 岡市） 、ポスター、2016 11. Satoru Shimada, Kyoko ...
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図 2 In0.9Ni0.1TaOx NiOx ( 空孔 ) のない安定な多元系酸化物半導体が得られていること,4) X 線回折結晶構造解析と透過電子顕微鏡観察により, InTaO 4 のウォルフラマイト型結晶構造の薄膜もしくは単結晶 1 次粒子が得られていること, 以上を評価することで,PLA 法
... 料を使用した． 試料をメチレンブルー水溶液中に入れて光を照射し，光 照射時間による試料の色素分解を検証した．吸光度はメチ レンブルー水溶液の色素の量に比例するものであり，吸光 度の変化を見ることで水溶液中のメチレンブルー色素の 量を検証した．図 8 にメチレンブルー水溶液(0.01mmol/l) の光吸収スペクトルの例を示す．メチレンブルー水溶液の 光吸収スペクトルにはいくつかのピークがあり，光照射時 間毎に図に示した 3 ...
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多孔質材で構成したヘルムホルツ型吸音構造の吸音特性解析と住宅への応用 [ PDF
... 3.2 共鳴器の形状と吸音特性の関係 形状と共鳴現象の関係を調べるため，ヘルムホルツ 共鳴器の構成要素である開口部，頸部，胴部を系統的 に変化させたときの吸音率を求めた。検討した形状を 表-3 に示す。表の s，d，L 1 ，L 2 は図-5 に示すヘルム ホルツ共鳴器の各部の寸法を表している。ここで，s， L 1 ，L 2 は 10 mm 刻み，d は 20 mm 刻みであり，多孔質 材 (GW) ...
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別添 5 研究開発課題別事後評価結果 1. 研究開発課題名蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化 (PDBj) 2. 代表研究者名中村春木 ( 大阪大学蛋白質研究所教授 ) 3. 代表研究者による成果開発概要 3-1. 研究目的欧米 日本を中心とする国際的な構造ゲノムプロジェクトの進展 成熟に
... ４－５．総合評価 研究開発計画以上の成果が見られ、ライフサイエンス分野の情報基盤整備に大きく貢献し た。 タンパク質立体構造のデータベース基盤を、厳密なデータ品質の管理のもとに構築する など、データベースの標準化に大きく貢献し、国際的な協調体制を確立した。また、有用 なツール群を開発し、さらにそれを用いて生物学的知識の発見を行ったことは計画以上の ...
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第16回日本蛋白質科学会年会 プログラム・要旨集
... ようとしております。 しかし、生体内の化学的反応は主として蛋白質によって担われており、塩基配列データだけでは生物 の生理的機能を理解することはできません。 ゲノムにコードされている蛋白質の立体構造や機能物性、蛋白質どうし、ある いは蛋白質と他の生体分子との相互作用に関する知識が重要です。 ...
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ダイコンのオグラ型雄性不稔細胞質に対するRft稔性回復遺伝子座の構造解析
... 結果および考察 1． 遺伝子座の絞り込み 作製したフォスミドライブラリーのクローンの平均インサート長は＞ 30kb であり，ダイコンのゲ ノムサイズを 573 Mbp（Johnston et al. 2005）とした場合，ゲノム冗長度は 2.3 と推定された。この ライブラリーのスクリーニングによって， に最も近接した STS マーカーである K17LF2R1 を含 むクローンを 3 ...
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宇宙環境利用蛋白質結晶生成応用利用実証プロジェクトのご案内
... (2) 沈殿化剤の濃度について 沈殿化剤濃度に関しては、相図上のスキャンするエリアを広げる観点から、1.5∼2 倍程度高濃度の溶 液を準備することが望ましいと考えています。この際、濃度を変えるのは沈澱剤として働く試薬のみを 想定します。例えば、これまでの利用者側での蒸気拡散法での結晶化条件検討で、適当な沈澱化剤溶液 組成が「10% PEG8000、100mM 酢酸ナトリウム、2mM 塩化カルシウム」の場合、準備いただく溶液 ...
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「蛋白質発現・相互作用解析技術開発」産業科学技術研究開発基本計画
... ３．達成目標 (1)最終目標（平成２２年度末） 抗体の大量生産（培養規模数千リットル以上）に対応する高品質で安全性に優れた製品 を低コストで生産・供給するための分離・精製技術を確立する。具体的には、アフィニテ ィー・クロマト用リガンドの選定から分離条件の設定までの工程を構成する単位操作それ ぞれについて最適化技術を開発することにより、分離精製が困難な新規抗体の分離・精製 ...
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