分子集合体のシミュレーション
分子シミュレーションの応用
... 初期構造の作成（２） • 欠失残基への対応 – 欠失残基はモデリングなどで補う – N末端、C末端が欠失している場合は、欠失残基 の前後の残基をacetyl基、N-methyl基でブロック しても良い ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... ポリマーのポテンシャルでは，共有結合部の bond stretch，bending，torsion，in- version ポテンシャルは相互作用する粒子が同一分子鎖内位であらかじめ決まってい るため，原子対を探索する必要はなく分子鎖単位での並列化による高速化も容易で ある．一方，van der Waals ...
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タンパク質を物性科学的に見た場合、単なるアミド結合の集合体であると片づけるにはもったいなさすぎる
... 東邦大学の吉崎はプラストシアニンのアミノ酸配列からの分子進化系統樹を作製し、植物 の進化についての考察を行っていたが、１９９７年にシダ植物であるオシダから得られたプラ ストシアニンのアミノ酸配列が他の高等植物由来のプラストシアニンとは極めて異なることを ...
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ARMSによる化学反応のシミュレーション
... 実際の化学反応は、膨大な数の粒子がぶつかり合い、多数の反応が起こることで成 り立っている。しかしながら、反応をすべてシミュレーションすることは計算機に膨 大なリソースを要求することになる。そのため、極力軽量化された化学反応モデルが 必要とされている。本研究は，化学反応速度論式を元に、軽量な化学反応系シミュレ ーションの布石として、化学反応モデル ...
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1 研究実施の概要 (1) 実施概要本研究では DNA の持つ塩基配列による分子集合と形成される構造を活用し プログラム可能で多次元に拡張可能な DNA ナノ組織体の構築方法の開発とそれを基にした高密度に集積した生体分子ナノアレイの構築方法の検討 生体分子複合体形成の制御と相互作用の操作 さらに超高
... 光強度のレシオ変化として IP 4 濃度変化を検出可能な蛍光バイオセンサーを開発することに初めて 成功した。 2-B. ATP 結合性リボヌクレオペプチドセンサーの認識メカニズムの詳細な解析 生命現象の制御に関わる細胞内シグナル伝達を詳細に解析するためには、それに関与する 様々な生体内重要物質を網羅的に検出するための技術が必要である。我々はこれまでに RNA- ...
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ISim ハードウェア協調シミュレーション チュートリアル : 浮動小数点高速フーリエ変換のシミュレーション
... ハードウェア協調シミュレーションを使用した シミュレーションのパフォーマンスの向上が顕著になり、コンパイル時間が増加した分が相殺 されます。まずソフトウェアでデザインを数サイクル分実行していくつかのテスト ケースを検証 した後、ISim ハードウェア協調シミュレーションに切り替え、シミュレーション時間を増加してよ り包括的なテスト ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 3. 分子混雑が酵素の処理能力を高める 多重リン酸化反応はシグナル伝達系において頻繁に観察 される一般的な反応である．多重リン酸化反応によって二 値的な応答が説明できることからシステム生物学における 基本的な「素子」の一つとなってきた．我々はまず，この 単純な二重リン酸・脱リン酸化反応系をeGFRD法を用い て計算し，さまざまな細胞内環境を再現した条件下で応答 を調べた 1） ...
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モデルポテンシャルによるビクスバイト型酸化物と転位芯の分子動力学シミュレーション
... 3 らせん転位と酸化物の相互作用 3.1 シミュレーション条件 図 3.1 に模式的に示すように，x, y, z 軸をそれぞれ [111], [¯ 110], [¯ 1¯ 12] とする座標系で， 中央すべり面に bixbyte 型酸化物を有し，セル端面から y 方向に 1/10 の位置に転位を 導入した薄板状周期セルを用いて解析を行った．転位線方向の x 軸方向には周期境界 ...
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ISim ハードウェア協調シミュレーション チュートリアル : 浮動小数点高速フーリエ変換(FFT) のシミュレーションの高速化
... 第 2 章 : チ ュ ー ト リ ア ル デザインをハードウェア協調シミュレーション用にコンパイルしたら、[Enable Incremental Implementation] を使用できます。ハードウェア協調シミュレーション用に選択されたイン スタンスがその後の実行で変更されない場合、このオプションをオンにすると、ハードウェ ...
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特集「粉体シミュレーション利用技術」 「粉体技術」誌 | 一般社団法人日本粉体工業技術協会
... ㈱構造計画研究所の倉本龍氏、角家強志氏には、「粉体プロセスにおける商用ソフトウェアの活用事 例」と題して、㈱構造計画研究所で開発したソフトウェアの特徴と、そのソフトウェアを使用して、ス クリュー搬送、リボンミキサー、気流搬送のプラグ流、流動層、固気液三相流の混練プロセスへの適用 事例を紹介いただいた。 ...
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シフトレジスタ ステートマシン 4. シミュレーション記述 シミュレーションに必要な物 テストベンチ シミュレーション特有の記述 4.1 カウンターのシミュレーション テストする回路 テストベンチ シミュレーション結果 参考文献 以下の文献を参考にさせていただきました 小林優 入門 Verilog-
... 設計をする場合、遅延シミュレーションを行う事は少ないです。 シミュレーションを行う事で動作理解を深める事が出来ますので出来るだ けシミュレーションするようにしてください。 ...
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消費税のシミュレーション
... 今後、売上規模の大きいバイオ医薬品の特許切れが見込まれるため、日本企業もバイオシミラー に積極的に対応することが期待される。しかし、 バイオシミラーの研究開発・製造のコストは低分子 である化学合成品の後発医薬品よりも高く、将来的にはイノベーションが高く評価される革新的な ...
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粒子法を用いた粘弾性体の塑性流動解析－FSW（摩擦攪拌接合）シミュレーションモデルの開発－ 大阪大学大学院 工学研究科 宮坂 史和
... 2016年9月号 103 3 計算条件 FSWの挿入過程におけるツール形状の影響を明らか にするため，本稿では円柱形，円錐台形の２種の異なる ツールを用いた。ツールと母材の中央断面における模式 図を図１，初期粒子配置を図２に示す。母材周辺は空 気，母材は高粘性流体，またツールは固体壁として解析 している。また計算結果をわかりやすくするため，母材 ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... 実装までは時間がかかることが想定されるが着実に課題を克服していただきたい。また、ＲＩＣＳがどこまでこの 分野の標準的なものになって行くか、競合技術の状況をよく調査していただきたい。 ２． 生命科学と社会からの評価 評点４．０ 生命科学の基本的単位は細胞であり、その細胞も細胞内の機能は均一ではない。また現在まで臓器のシミュレ ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... 7 まとめ 分子動力学法の初歩である Lenard Jones ポテンシャルを用いたシミュレーションを, OpenMP, Cilk, TBB を用いて並列化し, その評価結果について述べた. 三重ループを, OpenMP では parallel for プラグマで, Cilk は直交再帰分割を spawn 構文で, TBB は parallel reduce, parallel for を用いて ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... ペプチドの生成（２） 4. Add Peptide Sequenceウインドウで主鎖の 二面角を指定し「OK」（ここでは α helix構造 を作るのでデフォルトのままで良い） 5. メイン画面に生成されたペプチド ...
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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価
... 置にあるものと考えられる [23] ．しかし，これまでの検討でこのルールに従って原子数 が 60n 2 で表されるフラーレンを作成した場合，緩和を行うと五員環の部分が外側に突 き出し，正二十面体形状になることがわかった [34] ．このようにフラーレンの形状は五 員環の位置によって決まるため，球殻形状を実現するためには五員環の数を増やす必 ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 平衡化における体積の変化 • 水を配置する際、少数の水 分子を小さな系で平衡化し たモデルタンパク質の周囲 にあてはめているが、タン パク質の原子と衝突する水 分子は機械的に取り除い ているため、配置した水分 子とタンパク質の間に隙間 ができる ...
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非水系のナノ集合体と生体分子の融合による新機能創製 非水媒体中におけるナノ集合体とバイオ分子の融合による機能変換と制御 変換と制御 領域後藤雅宏 要旨界面活性剤で形成させたナノ集合体を利用し 酵素やタンパク質 DNA といった生体分子を非水系の溶媒に可溶化すると 水中と大きく異なる様々な興味深い現象
... 以下）のＤＮＡに対しては、二重らせん の形成が起こりにくい。 しかしながら、逆ミセル中では、通常、水相の割合が１−２％であるため、 ＤＮＡは、５０−１００倍程度に内殻水相に濃縮される。また、逆ミセルのナノ空間に遺伝子を取 り込みそれぞれを隔離することによって、その二重らせん形成の速度を制御することが可能となる。 ...
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学歴内婚のシミュレーション分析
... 第 1 章 本稿の課題と構成 今世の中は社会階層に関して関心が高まっている．三浦の「下流社会―新たな階層集団」 や，森永の「楽しく生きる年収３００万円時代！ ！」のヒットも社会階層に一般庶民も興 味を持っている証である．また，テレビや新聞ではニートやフリーターの話題がよくあが る．ニートは「無職」という社会階層が，またフリーターには「非正社員」という社会階 ...
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