分子動力学計算は以下
Ni基超合金微細析出構造における転位の分子動力学解析
... 以下，各章の概略を示す．第 2 章では解析手法について述べる．はじめに，本研究 で原子間相互作用の評価に用いた原子埋め込み法ポテンシャルの概要と，Ni と Al の 2 原子系への適用方法について説明する．つづいて，分子動力学法の基礎方程式を示 ...
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シリコン結晶化過程の分子動力学
... 4.4 結晶核の臨界サイズ 4.3.2節のグラフより，結晶核のサイズが一定値以上になること急激に結晶化が進行し，最終的 に結晶がクラスター全体まで成長するという様子が観察された．そこで各セットについて結晶核 サイズの時間変化をプロットしたものをFig. 4-11に示す．結晶核が原子数約 110 を越える大きさま で成長すると，その後は潰れることなく急激にまで成長していることが分かる．液体の凝縮現象 ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... PP/PE は表面凹凸 がない系はせん断に対する抵抗はほぼ 0 で，凹凸の周期が小さくなるに従ってせん 断強度が上昇している．本モデルでは凹凸の高さを同じとしているので，せん断方 向の壁の勾配にせん断抵抗が依存するというごく自然な結果となる．また，高分子 の種類に着目してせん断強度を比較した場合，グラファイト壁の凹凸周期に関わら ず非晶 PE が最も低く，非晶 PP，結晶 PP ...
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シリコンにおける非弾性変形開始時の局所力学状態に関する分子動力学的研究
... 章では，無限平板およびナノワイヤの曲げシミュレーションを行い，寸法また は温度による変形挙動の違いと，非弾性変形発生時の局所格子不安定性について検討 した．無限平板の寸法が大きいモデルでは，温度によらず引張を受ける側の表面にぜ い性的な破断を生じて力が急減した．小さいモデルでは蓄えられる弾性ひずみエネル ギーが小さく，引張側表面に非弾性変形を生じて力が低下したが，力が 0 ...
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電子計算機センター 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... 研究系および研究施設の現状 173 激減させることを示した。 c) C84は C76についで大量に得られている高次フラーレンであり， 24 個の構造異性体が存在するが， 実験的に全ての 異性体の構造を予測することは困難である。 本研究では非経験的分子軌道法による大規模な理論計算を行い， C84 (C2, D2, D2d)異性体の赤外スペクトル及び R ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果
... 子鎖長さは 1000CH 2 に統一している．作成時の密度は ρ=0.85g/cm 3 となる． まず，得られた初期構造に対し，全方向周期境界境界条件のもとで 10,000fs の初期 緩和計算を行い内部構造緩和を行った．数値積分には Verlet 法を用い，積分の時間ス テップは 0.1fs とした．温度は 300K ...
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Ni/Ni3Al界面の第一原理分子動力学法による力学特性評価
... 界面について電子・原子論の観点から，組成， 構造，変形状態の つに軸をおいたアプローチを行い，各パラメーターとその微視的な 力学特性との相互関係を明らかにする．まず，第 章では，第一原理分子動力学法の基 礎理論，および，電子状態計算の高速化手法について説明し，第 章では，格子の安定 性の概念と，弾性剛性係数を用いた格子不安定性解析の方法について述べる．第 章 で[r] ...
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分子動力学法による酸化物分散強化メカニズムの検討：転位のカッティング抵抗の評価
... 謝 辞 本研究を遂行するにあたり，懇切丁寧なご指導賜りました田中克志教授, 木之下博助 教授に深甚な感謝の意を表します．日頃の研究生活および姿勢に対して幅広い視点か ら御助言・御協力頂きました屋代如月准教授に深く感謝致します．浅学な著者が論文 執筆を完遂することができたのも先生に休日，平日を問わず親切丁寧にご指導いただ たいた事によるものでした．更には, 阪上隆英教授, 長谷部忠司准教授の有益な御教示 ...
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電子計算機センター 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 高振動励起状態の理論的研究 ： OC S の紫外光解離に関与する 3重項励起状態のポテンシャルエネルギー曲面を， 状 態平均多参照配置 S C F 軌道を基底とした配置間相互作用法（MR -C I）により決定した。HC P 分子の電子基底状態 及び励起状態（1 ...
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整合界面の構造安定性ならびにミスフィット転位に関する分子動力学的研究
... 謝 辞 本研究を遂行するにあたり，冨田佳宏教授の広い御見識と暖かい御人柄に導かれた ことは，著者にとって無類の幸福でありました．また，教授の懇切丁寧な御指導に最 大限の敬意と感謝の念を表すとともに心より御礼申し上げます．浅学非才の著者が本 論文を完成させるまで研究全般に渡り直接御指導を頂いたのみならず，日頃の研究生 活においても多くの御助言・御協力頂きました屋代如月准教授に深く感謝いたします． ...
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分裂酵母のα-アクチニン Ain1 の生化学的、細胞生物学的、分子動力学的研究
... と同様に、逆平行型のダイマー構造をとる。そのため、ABD はペアを形成したサブユニットの EF-hand モ チーフに隣接する。そこで著者は、EF-hand モチーフは Ain1 が細胞内で動的にターンオーバーするア クチン繊維に的確に結合するために重要な機能を担う可能性を提唱した。 本論文の第二部で著者は、Ain1 ...
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電子計算機室 分子研リポート2000 | 分子科学研究所
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 高振動励起状態の理論的研究 ： OC S の紫外光解離に関与する 3 重項励起状態のポテンシャルエネルギー曲面を， 状 態平均多参照配置SC F 軌道を基底とした配置間相互作用法 （MR -C I） により決定した。 HC P分子の電子基底状態及び 励起状態 （1 ...
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モデルポテンシャルによるビクスバイト型酸化物と転位芯の分子動力学シミュレーション
... らないため省略する．図 4.3 は，せん断ひずみ γ zy =0.06 における各モデル中で転位の様 子を Atomeye の central symmetry parameter によって可視化して示している．いずれ も転位は酸化物より右側にあり，通過後の状態である．γ zy =0.06 の様子を示しているの は酸化物を通過した後の転位の様子と転位の移動距離の違いがわかりやすいためであ ...
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分子動力学によるMg-Zw-Y合金のLPSO構造の安定性ならびにキンク発生メカニズムの検討
... 田中克志先生へも屋代先生と同様に最大限の感謝を致します．研究が行き詰った時 に幾度となく有益なアドバイスを頂き，幅広く，かつ深い知識を持ちながらも，いつ も気楽にふらっと話しかけに来て下さった先生には何度救われたか分かりません． また，机を並べて未知の「シミュレーション」という壁に共に向かったシミュレー ション班（富平を含む）の 3 名への感謝は言葉に尽くせません．全方位未熟な著者が多 ...
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電子計算機室 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... a) 分子振動緩和など， 溶液中における溶質の状態間遷移を含む量子動力学を取り扱うことのできる計算機シミュレー ション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積分影響汎関数理論に基づいた 方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式を解きながらも溶媒の自由度 ...
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Stage 並列プログラミングを習得するためには : 1 計算機リテラシ, プログラミング言語 2 基本的な数値解析 3 実アプリケーション ( 例えば有限要素法, 分子動力学 ) のプログラミング 4 その並列化 という 4 つの段階 (stage) が必要である 本人材育成プログラムでは1~4を
... 基本方針は以下に示す， 「4S 型人材育成戦略：System，Stage，Status， Style」である。 System 科学技術計算プログラミングを習得するためには「SMASH」すな わち， 「Science－Modeling－Algorithm－Software－Hardware」の幅 広い分野をカバーすることが必要である。カリキュラム全体として ...
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計算分子科学研究系
... a) 可視－赤外の和周波発生分光法は，界面構造を分子レベルでプローブする実験手法として，固体表面科学はもとよ り，触媒化学，高分子化学，電気化学，大気化学など多くの関連分野への展開が図られている。実験データから分 子レベルの界面構造を同定するためには，スペクトルの解釈が必要であるが，定性的・経験的な解釈にはしばしば ...
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計算分子科学研究系
... MD 計算を行っている。 こ れまでに， 特に大規模な MD 計算を効率よく実行することを可能とするため， 原子数にして百万個オーダーの計算 が可能な高並列汎用 MD 計算プログラムの開発を行ってきた。 今年度は特に， これに基づいて， イオン性， 非イオン 性の両親媒性分子が水溶液中に生成する球状ミセル， ...
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計算分子科学研究系
... b) 二分子反応の研究では特に最近， 大気化学反応のモデリングにおいて重要であり， 化学反応動力学の研究にとって もいくつかある代表的な反応の中の一つであるO( 1 D ) + HC l反応において， 素晴らしい成果を得た。 この反応が特に 注目される理由は， 電子基底状態のポテンシャル面上に安定な分子 HOC l と HC lO ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... r (2) となる. {. . .} 内は r が小さい時に正で, r が大きいと負である. つまり, 力は r が小さい時に斥力, r が大きいと引力になる. 特に, r が大きくなると急激に 0 に近づく. 特にその絶対値が r −7 に比例し て減衰するので, ほぼ一様な分布では, ある距離以上の分子からの力の寄与は, それらすべてを合計し ても, ...
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