分子動力学法(2) 原子間相互作用
第一原理分子動力学法による理想格子不安定解析
... 近年の計算機能力の飛躍的な向上を背景に，分子動力学法をはじめとする原子シミュ レーションによる変形破壊現象の解明が盛んに行われている (1) ．従来から行われてい る，原子間相互作用を簡略化したポテンシャル関数により表す古典的分子動力学法で は，すでに 10 ...
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JAIST Repository: 分子動力学法によるPb_Ge_xTeの格子熱伝導シミュレーション
... 注目されている。ゼーベック係数 S、電気伝導度σ、熱伝導度κを用いて熱電性能指数は Z=σS 2 /κであらわ される。κは電子部分κ e と格子熱伝導度κ L の２成分からなり、κの減少はより大きな Z を導く。非調和格子 振動解析の立場からκ L に関する理論的研究は古くからあるが、原子の運動から直接把握する研究はほとんど ...
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スピン軌道相互作用を持ったリングトラップBose原子系の基底状態
... II-III 間の相転移を表している． g ↑↓ ≤ g の領域では Ω の値を大きくしていく ことで相 I → 相 II → 相 III と相転移していくことが分かる．一方で、 g < g ↑↓ の領域におい ては相 I は出現せず，相 II → 相 III の相転移のみが起こり得る．右図は n の値を ...
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シリコン結晶化過程の分子動力学
... 4.4 結晶核の臨界サイズ 4.3.2節のグラフより，結晶核のサイズが一定値以上になること急激に結晶化が進行し，最終的 に結晶がクラスター全体まで成長するという様子が観察された．そこで各セットについて結晶核 サイズの時間変化をプロットしたものをFig. 4-11に示す．結晶核が原子数約 110 を越える大きさま で成長すると，その後は潰れることなく急激にまで成長していることが分かる．液体の凝縮現象 ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレン/グラファイト界面の剥離シミュレーション
... C 原子に作用する z 方向の力を外向き正としてそれぞれ算出し，平均して評価している．表面凹凸がな い系 (flat) と 2π の正弦波凹凸では，わずかではあるが前者のほうが引力が大きい． 10π の表面凹凸では最大引力が著しく低下している．6π の周期でも最大引力は 2π より低下するが 10π よりは大きく，10π, 6π, 2π の順番で最大引力が大きくなってい ...
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分子動力学法によるポリマー内部分子構造のモデル化と変形挙動解析
... 要 約 高分子材料は，内部に無秩序に存在する高分子鎖のからみ点数の変化や分子鎖セグメ ントの回転といった微視的構造変化に依存して複雑な変形挙動を示す．本研究では， 不規則かつ長い高分子鎖の変形挙動について，原子レベルから新たな知見を得ること を目的として，ポリエチレンを対象とした種々の分子動力学シミュレーションを行っ た．まず，200 ...
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オンライン学習システムにおける学習者間相互作用
... 果は長期間持続しないようである。 自発的な動機付けによる学習行動がいかに して生じるかを調べるために、ランキングの 変化に着目した。アンケート調査でランキン グを意識したと回答したグループとそうでな いグループの 2 つに分けて、平均レベルの推 移を調べた。その結果、ランキングを意識し たグループの平均レベルはそうでないグルー プに比べて、最終的なレベルに著しい差が見 られた。ランキング意識したグループの方が ...
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分子動力学法によるカーボンナノコイルの構造・力学特性評価
... 要 約 CNC はナノスプリングや電磁波吸収材としての応用が期待される材料である．本研 究では，単層及び複層の CNC に対して分子動力学シミュレーションを用いて初期構 造緩和，引張，繰り返し変形のシミュレーションを行うことで CNC の機械的特性に ついて検討した．Zigzag，Armchair，Chiral 型の 3 種類のパターンの短いストレート チューブ切片を 36 ...
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気泡クラウドキャビテーションにおけるクラウド間相互作用の研究
... ４－２．音響インピーダンスの異なる物体へのトラッピング ４－２－１．反射面における自己トラッピング 薬液を効果的に作用させるためにもターゲット部に気泡を効率良くトラッピングする技 術として、音響インピーダンスの異なる物体を利用したとラッピング方法がある。血管と 血液では音響インピーダンスが異なる。そこで血管表面に気泡を付着させるために、血管 ...
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リン脂質－ステロール間相互作用における分子構造の効果
... 調節に関与していると考えられている。コレステロールと脂質分子の相互作用に関して、わずかに 分子構造の異なるコレステロール類似体（エルゴステロール、スティグマステロールなど）間で， 膜物性に対する効果が大きく異なることが知られており、ステロールの分子構造と膜物性との関係 ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... 2.2 原子間ポテンシャル 式 (2.2) で示したように，粒子に作用する力は系のポテンシャルエネルギーにより 決定される．従って，系のポテンシャルエネルギーをいかに精度よく評価するかが 分子シミュレーションにおいて重要となる．本研究で扱うポリマー材料は強い共有 ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果
... 子鎖長さは 1000CH 2 に統一している．作成時の密度は ρ=0.85g/cm 3 となる． まず，得られた初期構造に対し，全方向周期境界境界条件のもとで 10,000fs の初期 緩和計算を行い内部構造緩和を行った．数値積分には Verlet 法を用い，積分の時間ス テップは 0.1fs とした．温度は 300K とし，速度スケーリングにより制御した． 架橋の効果を議論する為，第 2 ...
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カーボンナノチューブの面間相互作用に関する研究
... 多層ナノチューブの面間構造を考えるにあたり、内側とその外側の組合せによる安 定構造を考えることは応用上も有用である。面間の相互作用は長距離力であるが、再 近接層間の相互作用が重要であり、本研究では 2 層構造ナノチューブに問題を絞る。 解析には２層カーボンナノチューブの立体構造が必要である。その立体構造を得るに ...
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Microsoft Word - web修正 _校了_26_分子動力学.docx
... MAH-PP添加によるせん断強度向上の要因として，① 極性の強いMAH-PPと表面処理層官能基との間のvan der Waals相互作用やクーロン相互作用などの非結合相 互作用の増加による物理吸着と②MAH-PPが表面処理層 官能基と共有結合することによる化学吸着の2つが考えら れることから，MAH-PPがマトリクス樹脂に均一に分散 ...
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Contents イントロダクション 2 NanoLuc アプリケーション 5 タンパク質の安定性 5 タンパク質間相互作用 6 タンパク質発現検出(HiBiT) 10 タンパク質 -リガンド相互作用 12 HaloTag アプリケーション 13 分子間相互作用 13 イメージング 16 タンパク質
... 可能であるためバックグラウンドを極めて低く抑えられ、検出感度が上がります。標準的なプルダウンアッセイでは、非特異的なタンパ ク質の結合による擬陽性が問題となりますが、 HaloTag ® と HaloLink™ （担体）は強力な結合力を有し、 HaloLink™ への非特異的結合が 最低限に抑えられているため擬陽性を著しく低減させることができます。これらの特性により無細胞発現タンパク質を bait/prey の両方 ...
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分子動力学法による酸化物分散強化メカニズムの検討：転位のカッティング抵抗の評価
... 3.2.2 転位の移動量ならびにせん断応力 図 3.5 に示すように, 析出物中心を通るすべり面上において, 析出物と同じ幅の測定 領域内に存在する転位芯原子の移動量を求め, 1 原子当たりの平均の時間変化として 図 3.6 に示す. また, 解析セル全体で評価した zx 方向せん断応力の時間変化を図 3.7 に 示す. 析出物が存在しない場合 (図 3.6, 3.7 の太い実線), ...
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GENESIS を使ったタンパク質分子動力学法計算
... 実験の詳細 GENESIS の内容物 GENESIS は、2 つの MD エンジン（spdyn, atdyn）と複数の解析用ソフトウェアから なる。spdyn（SPartial decomposition DYNamics simulation）は超並列計算のために 設計され、単精度計算、グラフィックカードの利用が可能である。一方、atdyn（ATomic decomposition DYNamics ...
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（続）スーパーコンピュータ「京」の利用：3．ウィルスの全原子分子動力学シミュレーション
... のサブユニットを構成し，このサブユニットが 3 つ 集まった三角形の部品が 20 個集まることで 1 個の カプシドを構成している．一般にカプシドがこのよ うな対称性の高い構造をとるのは，カプシド内部の 微小空間には限られた塩基数の核酸しか格納できな いという制約のもと，効率よく自身（核酸およびカ プシドタンパク質）の複製を繰り返すことを目的に 遺伝子情報が最適化されたためと考えられている． ...
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回転球殻内の渦と磁場の相互作用 (乱流の統計性質と構造に基づくその動力学的記述)
... 対して相対的に移動しているが , 以下では , 渡銭とともに移動する系で解析する . 磁場が線形に成長する初期時間帯では, ローレンッカが小さく磁場との非線形相互作用が無視 できるため , 速度場は磁場の影響のない定常心魂流場とほとんど同じである. したがって , ここで の議論は運動学的ダイナモの範囲である . 時刻 20 における速度場と磁場の構造を図 6 に示す. 速 ...
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蛋白質科学会アーカイブ 蛍光偏光解消法を用いた蛋白質間相互作用の解析法
... 多くの表計算ソフトウェアを使って、カーブフィッティングを行うことができるので、 それぞれの実験者が慣れ親しんだソフトを使って解析するのが一番であると考えられる。 な お 、 筆 者 及 び 筆 者 の 関 係 者 は 、 こ の 手 の カ ー ブ フ ィ ッ テ ィ ン グ で は 、 IGOR PRO （Wavemetrics Inc., USA）を使用してきた。本実験に限らず、多くの場合、カーブフィッ ...
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