分子動力学シミュレーション
カーボンナノコイルの機械的特性に関する分子動力学シミュレーション
... び伸張時の CNC と巨視的なばねの振る舞いを比較した (24) ．計算材料科学の分野で は，Lili らが分子動力学シミュレーションを行い，CNC の弾性係数が欠陥分布によ らないことを報告した (25) ．Lizhao らは armchair 型の CNC のモデルを作成し，非 平衡 Green 関数法をもちいて CNC の量子コンダクタンスについて検討した (26) ．Ju ...
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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価
... を作成し，それぞれ単体の圧縮・摩擦特性を分子動力学 シミュレーションにより検討した後，平面上に並べた薄膜構造のフラーレン・OLC に 対して摩擦シミュレーションを行った．頂点保持による圧縮シミュレーションにより， 多層構造を有することで OLC の方がフラーレンよりも高い抵抗力を示すこと，OLC ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... セルの大きさ (辺の長さ) は原理的には任意だが, 辺の長さをカットオフ半径以上とすることで, あ るセル内の分子に計算すべき力を及ぼす分子は, そのセルおよび隣接するセル内にのみ存在するとい うことになる. ここではカットオフ半径を 3σ, セルの一辺の長さを 3.2σ としている. 各セル内の分子は, 上記で定義した構造体 particle の配列に保持する. ...
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モデルポテンシャルによるビクスバイト型酸化物と転位芯の分子動力学シミュレーション
... いる．図 3.4 は L bix =2.29 [nm]，L x =9.90[nm] のシミュレーションにおける転位の運動 の様子を示す．図は可視化ソフト Atomeye の central symmetry parameter によって， bcc や hcp 以外の乱れた「欠陥」のみを表示している．γ zx =0.042 の図をみると，転 位の前縁がわずかに bixbyte ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 分子動力学シミュレーションの手順 1. 講義のページからnamd2.exeとtcl85t.dllを ダウンロードし、デスクトップに保存 2. 講義のページからala14.zipをダウンロードし、 デスクトップに保存 ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果
... [5] Loubet, J. L., W. C. Oliver, and B. N. Lucas, ”Measurement of the loss tan- gent of low-density polyethylene with a nanoindentation technique.”, Journal of Materials Research, 15, 05, (2000), 1195-1198. [6] 福田 光完, 玉井 ...
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分子動力学法によるポリマー内部分子構造のモデル化と変形挙動解析
... 要 約 高分子材料は，内部に無秩序に存在する高分子鎖のからみ点数の変化や分子鎖セグメ ントの回転といった微視的構造変化に依存して複雑な変形挙動を示す．本研究では， 不規則かつ長い高分子鎖の変形挙動について，原子レベルから新たな知見を得ること を目的として，ポリエチレンを対象とした種々の分子動力学シミュレーションを行っ た．まず，200 ...
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分子動力学法によるカーボンナノコイルの構造・力学特性評価
... 要 約 CNC はナノスプリングや電磁波吸収材としての応用が期待される材料である．本研 究では，単層及び複層の CNC に対して分子動力学シミュレーションを用いて初期構 造緩和，引張，繰り返し変形のシミュレーションを行うことで CNC の機械的特性に ついて検討した．Zigzag，Armchair，Chiral 型の 3 種類のパターンの短いストレート ...
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分子シミュレーション効率化の ためのアルゴリズム
... 分子動力学シミュレーションの手順 1. 講義のページからnamd2.exeとtcl85t.dllを ダウンロードし、デスクトップに保存 2. 講義のページからala14.zipをダウンロードし、 デスクトップに保存 ...
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Ni基超合金微細析出構造における転位の分子動力学解析
... 相の影響などに着目した種々の大規模 分子動力学シミュレーションを行う．まず，γ/γ ′ 界面における転位発生機構を，特に 格子状 γ ′ 相のエッジや頂点などの界面会合部に着目して，周囲に γ ′ 相が存在する状態 で検討する．次に，γ ′ 相による転位のピンニングや γ/γ ′ 界面における超転位生成など， 結晶内部を運動する転位が γ ′ ...
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整合界面の構造安定性ならびにミスフィット転位に関する分子動力学的研究
... Si 基板上に GaAs ハットクラスターを設置し，構造緩和するシミュレーションを行い， ポテンシャルパラメータの取り扱いによる界面欠陥構造の違いについて議論した．Si の表面構造を再現する Tersoff 型ポテンシャル (T2) を用いると，クラスターの縁または 下の界面に Si の再構成による欠陥を生じるが，弾性係数を良好に再現する T3 を用い ると，Si，GaAs ...
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分裂酵母のα-アクチニン Ain1 の生化学的、細胞生物学的、分子動力学的研究
... と同様に、逆平行型のダイマー構造をとる。そのため、ABD はペアを形成したサブユニットの EF-hand モ チーフに隣接する。そこで著者は、EF-hand モチーフは Ain1 が細胞内で動的にターンオーバーするア クチン繊維に的確に結合するために重要な機能を担う可能性を提唱した。 本論文の第二部で著者は、Ain1 のアクチン繊維結合性について、分子動力学計算によるシミュレー ...
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シリコンにおける非弾性変形開始時の局所力学状態に関する分子動力学的研究
... 力が急減した．引張ひずみ下の「瞬間的な」原子配置データから detB α ij ＜ 0 となった 「不安定」原子を調べると，応力急減直前のひずみ 0.410 で初めて結晶内に不安定原子 が現れ，そこを中心として不安定原子領域が拡大してループ状の欠陥が生成していた． また，x, y 方向を自由境界条件としたナノワイヤの引張シミュレーションでは，引張 ひずみ 0.389 ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 5. 核内の不均一な分子混雑が染色体を制御する 細胞核内，特に染色体領域の分子混雑の状況はさらに複 雑である．凝集したM期染色体はヌクレオソーム分子に よって高い分子混雑下にある．転写因子など染色体の制御 に関わる分子は，この入り組んだ状況で特定の対象を見つ け出し，適切に働くことが求められる．我々は国立遺伝学 ...
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析出強化超合金中における界面転位網の形態変化および形成過程の離散転位動力学シミュレーション
... 解析手法 離散転位動力学法（Discrete Dislocation Dynamics；DDD）は，任意の曲線形状を有 する転位線を複数の直線セグメントの集合に離散化し，各セグメントに働く力に基づ き転位の運動を逐次追跡する方法である．本章では，離散化した転位に生じる応力や 転位間の短距離相互作用などの離散転位動力学シミュレーションに必要な手法につい ...
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分子動力学法による酸化物分散強化メカニズムの検討：転位のカッティング抵抗の評価
... 一方, 分子動力学法により，個々の原子を考えて転位芯と析出物の相互作用を直接 議論する試みも盛んになされてきた．やはり, 鉄の脆化の観点から bcc-Fe 中の銅析出 物と, 刃状およびらせん転位の相互作用についてシミュレーションがなされ, 析出物サ イズに応じて臨界せん断応力も上昇するが, ...
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分子シミュレーションの応用
... 脂質２重膜形成シミュレーション • 77 Åの立方体の中に、DSPC (distearoyl- phosphatidylcholine)を128個ランダムに配置 • エネルギー最小化の後、水粒子（水分子４つ分に相 当）を768個配置 ...
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分子シミュレーションの応用
... Markov連鎖の利用 • 生体高分子の系の場合、構造とエネルギーの関係 は複雑なので、 exp(−H/k B T)に従う標本点（すなわ ち構造）を発生させる関数fを求めることはできない • このような場合はMarkov連鎖を利用する ...
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第一原理分子動力学法を用いたNi及びNi3Alの理想格子不安定性解析
... (11) ．一方，Wang らは，結晶の変形をひずみで代表させることによって，系の安定性 を弾性剛性係数 (10) の正値性によって評価する手法を提案した (12) ．分子動力学シミュ レーションによる検証の結果，原子の熱揺動の影響を含んだ結晶の安定性が，系全体 の弾性剛性係数で評価できることが示されている．弾性剛性係数による評価は，系の ...
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学会, 研究集会 9 月 1 日 -3 日 Workshop on Numerical Modeling of Earthquake Source Dynamics 加瀬祐子 関口春子 スロバキア ブラチスラバ郊外で開かれた, 震源 の動力学のシミュレーションに関するワーク ショップに参加した. 数
... イタリアでは 2002 年 10 月末にモリーゼ地震（内 陸地震）があり 30 名の死者（そのうち 27 名は学 校の倒壊による児童の犠牲）が出ており，全国の 地震危険度の見直しが急務で，今年の末までに， 地震危険度地図の改訂版を出すように要求されて いる．専門家によるチェックを受け，また誰でも 再現できるように，用いたプログラムやデータも 公開することが求められているらしい．現在改訂 ...
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