分子動力学のシミュレーション結果
分子動力学によるMg-Zw-Y合金のLPSO構造の安定性ならびにキンク発生メカニズムの検討
... 4.2 シミュレーション結果及び考察 4.2.1 応力ひずみ曲線 圧縮シミュレーションで得られた応力-ひずみ曲線を図 4.3 に示す．各モデルとも比 較的なだらかな上に凸の応力ピークを示した後，著しく変形抵抗が増加する似た挙動 を示している．最初の応力ピークは hcp-Mg<18R-Mg<LPSO であるが，LPSO に対す ...
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整合界面の構造安定性ならびにミスフィット転位に関する分子動力学的研究
... 3.2 シミュレーション結果および考察 33 3.2.3 らせん転位シミュレーション 上端面よりらせん転位を導入したシミュレーションにおける転位の挙動を図 ...fs の図 (c) において転位 I がミスフィッ ト転位に接触すると，ほぼ同時に交差すべり面への leading partial が発生し，鏡のよ ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレン/グラファイト界面の剥離シミュレーション
... 4 シミュレーション結果及び考察 ...2π の正弦波凹凸では，わずかではあるが前者のほうが引力が大きい． 10π の表面凹凸では最大引力が著しく低下している．6π の周期でも最大引力は 2π より低下するが 10π よりは大きく，10π, 6π, 2π の順番で最大引力が大きくなってい ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... 4 シミュレーション結果および考察 図 4.1∼図 4.3 に 1D パターンでのグラファイト壁に生じた x 方向の力の時間変化 を示す．図の上部には圧着過程からせん断過程に移行した直後に生じた反力をせん 断強度として評価した点のスナップショットを示している．図 ...にグラファイト壁 ...
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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果
... 0 の薄膜に比べ，押し込み初期の密度変化は小さい．架橋した系では 高密度ノードがやや減少しているのが認められる．この初期応答の違いは，やはり前 章のアモルファス表面は絡みが解消した形状の抵抗がない構造になっているため，圧 子下とそれ以外の密度変化が生じやすかったものと考える．押し込み後期には圧子下 ...
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分子シミュレーションの応用
... 1HXBの行のVisibility Lockedの列のチェックをはずす 3. Hierarchy Windowを表示し、結合サイト（Site 1および SBD_Site_Sphere）のチェックをはずし非表示にする 4. メニューの「Chemistry」→「Hydrogens」→「Hide」を選択 すると、水素原子が非表示となり見やすくなる ...
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分子シミュレーションの応用
... – 45種類のタンパク質ー低分子化合物複合体について、実 験で得られる結合自由エネルギー変化と、立体構造から 得られる、水素結合長、イオン結合長、疎水相互作用表 面積、リガンドの回転可能結合数から上式で計算される ...
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シリコンにおける非弾性変形開始時の局所力学状態に関する分子動力学的研究
... x, y 方向自由境界条件の場合の応力−ひずみ関係を図 3.9 に示す．先ほど同様に図 3.1.2 節の σ´=0 での静力学解析結果を破線で示している．自由表面の存在により構造緩 和の自由度が大きくなるため，静力学解析の応力−ひずみ曲線より低応力を示し，特 ...
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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価
... 置にあるものと考えられる [23] ．しかし，これまでの検討でこのルールに従って原子数 が 60n 2 で表されるフラーレンを作成した場合，緩和を行うと五員環の部分が外側に突 き出し，正二十面体形状になることがわかった [34] ．このようにフラーレンの形状は五 員環の位置によって決まるため，球殻形状を実現するためには五員環の数を増やす必 ...
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析出強化超合金中における界面転位網の形態変化および形成過程の離散転位動力学シミュレーション
... m は転位の質量，M は刃状転位，らせん転位の可動性の差を考慮するための転位の 可動性を表すパラメータである．また v i はすべり速度，T は絶対温度，p は圧力であ る．(2.7) 式に基づいて転位曲線の時間発展を追跡していくが，Frank-Read 源のよう ...
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繰り返し変形を受けるポリブタジエンのヒステリシス発現メカニズム：分子動力学法による検討
... 本研究では，PB の繰り返し変形シミュレーションを行い，その内部メカニズムにつ いてより詳細に検討する．PE の解析では，二面角が１種類しかなく分子鎖構造変化の 考察が容易であったが，PB の場合は 3 種類の二面角が存在し，それぞれの立体配座の ...
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分裂酵母のα-アクチニン Ain1 の生化学的、細胞生物学的、分子動力学的研究
... 本論文の第二部で著者は、Ain1 のアクチン繊維結合性について、分子動力学計算によるシミュレー ションを行った。まず著者は、第一部の R216E 点変異が、CH1 と CH2 の間の非共有結合を開裂すること で、Ain1 のアクチン繊維への親和性を高める可能性について検証した。著者は、野生型および ...
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第一原理分子動力学法による理想格子不安定解析
... 近年の計算機能力の飛躍的な向上を背景に，分子動力学法をはじめとする原子シミュ レーションによる変形破壊現象の解明が盛んに行われている (1) ．従来から行われてい る，原子間相互作用を簡略化したポテンシャル関数により表す古典的分子動力学法で は，すでに 10 ...
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Ni基超合金微細析出構造における転位の分子動力学解析
... 要 約 Ni 基単結晶超合金の機械的特性には，結晶内部に無数に存在する γ/γ ′ 界面および界面 会合部での微視的変形挙動，特に転位の挙動が重要な役割を果たしていると考えられ る．転位が主として運動する γ チャンネルの幅は 0.05µm 程度のものもあり，原子レベ ルの検討が必要なスケールとなっている．また，γ ′ 相を貫通する超転位など，Ni ...
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第一原理分子動力学法を用いたNi及びNi3Alの理想格子不安定性解析
... 一方，式 (2.6) に示したように v eff は原子核からのクーロン相互作用項 (v)，電子間 クーロン相互作用項 (V coul )，交換相関項 (µ xc ) からなる．平面波基底バンド計算では 結晶結合に重要な役割を果たす価電子のバンド構造を効率的に計算するため，原子核 からのクーロン項のかわりに内殻電子と原子核を正電荷をもったひとつのポテンシャ ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 3. 分子混雑が酵素の処理能力を高める 多重リン酸化反応はシグナル伝達系において頻繁に観察 される一般的な反応である．多重リン酸化反応によって二 値的な応答が説明できることからシステム生物学における 基本的な「素子」の一つとなってきた．我々はまず，この 単純な二重リン酸・脱リン酸化反応系をeGFRD法を用い て計算し，さまざまな細胞内環境を再現した条件下で応答 を調べた 1） ...
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バルク系およびO/Wエマルション系におけるリノール酸メチルとα-リノレン酸メチルの酸化動力学
... 食用油脂は各種の脂肪酸から構成されるトリアシルグリセロールの混合物であること が多い．そこで第２章では，飽和脂肪酸エステルと不飽和脂肪酸エステルの混合物をモ デルとして，オクタン酸，ラウリン酸またはパルミチン酸メチルエステルを混合したリ ノール酸メチルの酸化過程（ 65℃）を測定した．本系では，飽和脂肪酸エステルが酸化 ...
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シフトレジスタ ステートマシン 4. シミュレーション記述 シミュレーションに必要な物 テストベンチ シミュレーション特有の記述 4.1 カウンターのシミュレーション テストする回路 テストベンチ シミュレーション結果 参考文献 以下の文献を参考にさせていただきました 小林優 入門 Verilog-
... を使用した場合、セミコロンで評価を終わらせます。この違いは一つ の always 文中に複数の式を記述した場合に起こりやすいです。 always 文と 文と DFF always 文は DFF 以外の回路も表現する事が出来ます。例えば、組み合わせ回路も表現できます。しかし、 always 文は書き方が少し複雑であり生成される 回路を意識する事が難いです。最初は組み合わせ回路は assign ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... 個別研究課題名 ： [D4] タンパク質ネットワーク 代表機関名・代表研究者名 ： 東京工業大学・秋山 泰 １． 計算（機）科学からの評価 評点３．８ 生命科学で重要なタンパク質間相互作用をネットワークする為に計算アルゴリズムを開発して大規模並列計算 を可能とするソフトウェア「MEGADOCK」を開発した。蛋白質形状相補性および静電相互作用に基づき高速にドッ ...
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分子動力学法によるカーボンナノコイルの構造・力学特性評価
... 図 6.8 と図 6.9 に MWCNC-4 の結果を示す．λ=1.6 までは線形的に応力が上昇してお り，ばね定数を算出すると 2.65 ×10 −3 [µN/nm] である．これは，MWCNC-1 とほぼ同 じである．λ=1.6∼2.3 では応力挙動が横ばいとなっており，その後急減している．図 6.9 を見ると，応力挙動が横ばいに変化した λ=1.5∼1.6 で赤丸の箇所でねじれが生じ ...
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