Top PDF 全原子の分子動力学シミュレーションを実行し

連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション田浦健次朗東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム分子 ( 粒子 ) セル系の状態ステップ 18

... 密度を可変として, それらの格子点から一様に点を間引いて生成している. 合計の分子数がほぼ 500,000 で一定となるように, シミュレーション領域の大きさ (セルの数) を調整する. 6.3 逐次性能図 1 に, 元にした C プログラムの性能を示す. ...

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分子動力学シミュレーションによるOLCの摩擦メカニズム評価

... 欠陥) を導入することとした．導入過程においては孤立五員環則を順守し，対称性も考慮した．また，今回は五員環，六員環，七員環のみでフラーレンを構成するものとした．上述のルールにより C 240 は七員環を導入することができず，今回 C 60 及び C 240 には導入を行ってい ...

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学会, 研究集会 9 月 1 日 -3 日 Workshop on Numerical Modeling of Earthquake Source Dynamics 加瀬祐子関口春子スロバキアブラチスラバ郊外で開かれた, 震源の動力学のシミュレーションに関するワークショップに参加した. 数

... Boulders の観察を行った．炭素年代測定の結果から，合計 3 回の津波により Boulders が打ち上げられたということが解説された． 4 日目：巡検最終日は，ラグーン堆積物，完新世ノッチの観察を行った．案内地のラグーン堆積物は，有孔虫，昆虫化石など多くの生物指標を用いて検討されていた．現地では， ...

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分子動力学法によるカーボンナノコイルの構造・力学特性評価

... うな形で生じていた．引張初期のばね定数はいずれも 10 −3 程度のオーダーであった．第 5 章では，第 4 章の引張の後に負荷ひずみ増分を反転させて元の周期長さまで戻す繰り返し変形シミュレーションを行った．いずれも，負荷反転時に慣性により大き ...

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分子シミュレーション効率化のためのアルゴリズム

... 水溶液中のシミュレーション（４） 11. run.batをダブルクリックし、シミュレーション を以下の順に実行（約4分） ① エネルギー最小化（水分子のみ）（min1） ② エネルギー最小化（全体）（min2） ...

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インデンテーションから切断に至る刃先の現象：分子動力学による検討

... 4.1 シミュレーション条件 Fig. 4.1 にシミュレーションモデルを示す．ツールとワークは Fe ツール―Fe ワーク，Fe ツール―Al ワークの 2 通りを対象とする．ツールの結晶方位と z 方向の厚さは前章と同じである．ツールは前章の三角形の tip30 ...

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分子動力学によるMg-Zw-Y合金のLPSO構造の安定性ならびにキンク発生メカニズムの検討

... 田中克志先生へも屋代先生と同様に最大限の感謝を致します．研究が行き詰った時に幾度となく有益なアドバイスを頂き，幅広く，かつ深い知識を持ちながらも，いつも気楽にふらっと話しかけに来て下さった先生には何度救われたか分かりません．また，机を並べて未知の「シミュレーション」という壁に共に向かったシミュレー ...

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Ni基超合金微細析出構造における転位の分子動力学解析

... Al の 2 原子系への適用方法について説明する．つづいて，分子動力学法の基礎方程式を示し，大規模分子動力学計算の手法である領域分割による高速化および並列化について説明する．第 3 章では，複数の立方体 γ ′ ...

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ポリプロピレン－グラファイト界面接着強度に関する分子動力学研究

... MD の枠組みでは，グラファイトと高分子の相互作用は VDW のみによって決まる．VDW 相互作用は比較的遠方まで及ぶため，CNT のカイラリティ等，グラファイト構造の局所的な違いは平均化されて界面強度にほとんど影響しないと予想される．そのためグラファイトの表面凹凸や高分子の分子鎖の ...

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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法度情報科学技術研究機構利援部 1

... • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、インバランンスがあることがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 ...

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分子動力学法によるポリマー内部分子構造のモデル化と変形挙動解析

... 結晶・非晶界面における微視的変形機構前章において，完全非晶性のポリエチレン内部の分子鎖変形挙動について検討した．一方，実際のポリマー材料では，非晶性と称されるものでも内部には一部結晶化したような領域が存在する．また，結晶性ポリマーについても，微視的にみると内部に非晶相を含む 2 ...

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分子動力学法によるアモルファスポリエチレンの押し込み挙動評価－押し込み速度・架橋点の効果

... ける微小領域での力学特性評価の必要性が増している [1] ．この微小領域における局所的な力学特性の実験的評価法として，ナノインデンテーション試験が挙げられる．ナノインデンテーション試験は，局所の力学特性を容易に評価できるという利点があり， ...

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シリコンにおける非弾性変形開始時の局所力学状態に関する分子動力学的研究

... [100]，[110]，[111] の単結晶シリコン，2 ⃝のバンブー構造へそれぞれ下向きに変位を与えて押し込みを行ったときの力−変位関係を図 ...に示す．力−変位関係では単結晶とバンブー構造に大きな差は無い．押し込んだ表面原子に与えた変位速度がやや大きいために表面原子が結晶内に押し込まれ，その反力 ...

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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション

... らM期にかけてその凝集率が時間的に変化する．凝集率の高いM期における緑色蛍光タンパク質（GFP）五量体分子の拡散速度を凝集率の低い間期と比べた場合，2分の1 ほどに低下したもののまだ核内を自由に拡散するようすが確認できた．しかし，混雑分子であるヌクレオソームは大局的にはほとんど動かないことが観察されており，シミュ ...

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分子シミュレーションの応用

... 初期構造の作成（３） • リガンドの力場パラメータの取得 – リガンドの力場パラメータは分子動力学ソフトウェアに含まれていないので、自分で作成するか、 Amber Parameter Database * 等から取得する ...

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整合界面の構造安定性ならびにミスフィット転位に関する分子動力学的研究

... 3.2 シミュレーション結果および考察 33 3.2.3 らせん転位シミュレーション 上端面よりらせん転位を導入したシミュレーションにおける転位の挙動を図 ...fs の図 (c) において転位 I がミスフィット転位に接触すると，ほぼ同時に交差すべり面への leading partial ...

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析出強化超合金中における界面転位網の形態変化および形成過程の離散転位動力学シミュレーション

... す．転位線の交点部分において [0¯ 1¯ 1]+[101]=[1¯ 10] となるバーガースベクトルの合成が生じる．この転位は界面に平行なバーガースベクトルを持つが，転位線方向は [010](γ ′ 相の辺に平行) であり，互いに直交していない．転位線の交点部分において，このジャ ...

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分裂酵母のα-アクチニン Ain1 の生化学的、細胞生物学的、分子動力学的研究

... 本論文の第二部で著者は、Ain1 のアクチン繊維結合性について、分子動力学計算によるシミュレーションを行った。まず著者は、第一部の R216E 点変異が、CH1 と CH2 の間の非共有結合を開裂することで、Ain1 ...

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分子シミュレーション効率化のためのアルゴリズム

... 分子動力学シミュレーションの手順 1. 講義のページからnamd2.exeとtcl85t.dllをダウンロードし、デスクトップに保存 2. 講義のページからala14.zipをダウンロードし、デスクトップに保存 ...

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第一原理分子動力学法による理想格子不安定解析

... フィッティングされたポテンシャル関数を用いているために，フィッティング時に考慮した平衡状態から大きく変化するような場合（例えば，大変形時や界面など）における正当性は保証されない．このため，古典的分子動力学法では，それにより観察される現象のメカニズムは議論できても，例えば，臨界応力や界面エネルギー等について ...

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