１．追加の説明を求める事項（３）⑤
（３）成果の活用について
⑤ライフサイエンス系の更なるアプリケーションの拡大は、製薬企業にとって非常に重要である。今後のアプリケーションの拡大に関し、もう少し詳 しい情報を提供して欲しい。ライフ分野では、これまで、説明会・講習会・成果報告会の開催（計5回、のべ320名が参加）や、医薬品産業界向けセミ
ナーの開催（計4回、13社、のべ330名が参加）、海外の著名な講演者を招待したシンポジウムの開催（計4回、のべ640名
が参加）を行うなど、開発されたアプリケーションの普及拡大に向けた取組を実施。
開発されたアプリケーションは、「京」での利用はもちろんのこと、大学・研究所の計算機センターや、研究室、企業所有
のスパコンでも利用可能であり、利用のすそ野拡大に向けて幅広いユーザが利用可能となっている。
戦略プログラム（分野１＝ライフ分野）においては、開発されたアプリケーションを活用した研究開発や、さらに有用なアプ
リケーションの開発及び研究が引き続き行われており、また、開発されたアプリケーションを活用した製薬メーカーや医療
機器メーカーとの共同研究も行われている。（第一三共（株）、日立アロカメディカル（株）等。）
戦略プログラム分野１（予測する生命科学・医療および創薬基盤） 研究開発課題
課題1：細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション （課題代表者：理研 杉田有治） 細胞質中の分子混雑、生体膜環境、膜を介した物質及び信号伝達など細胞環境を強く意識した分子お よび細胞スケールシミュレーションの実現を目指し、細胞内 信号伝達経路の1分子粒度計算、膜タンパク 質による物質輸送の解明、核内DNAタンパク質複合体の構造予測と機能解明を行う。 課題2：創薬応用シミュレーション （課題代表者：東大先端研 藤谷秀章） 分子動力学を用いた生体高分子解析のために、「京」やHPCIの計算能力を活用するとともに、最新の計 算アルゴリズムによる創薬プロセスの革新を目指し、革新的な薬の活性予測シミュレーションを行う。 課題3：予測医療に向けた階層統合シミュレーション （課題代表者：東大工 高木周） これまで別々に開発が進められてきた各種生体シミュレータ（血栓症、心臓、筋骨格、脳神経系等）を統 合し、心筋梗塞やパーキンソン病等、様々な疾患に対し てより複雑なプロセスを再現する。そのために、 基盤ツールを整備するとともに、「京」やHPCIを活用することで病態予測と治療支援を目指す。 課題4：大規模生命データ解析 （課題代表者: 東大医科研 宮野悟） 「京」やHPCIに最適化した最先端・大規模シークエンスデータ解析基盤を整備した上で、生命プログラム の複雑性・多様性や進化をゲノムによって理解する 研究と同時に、ゲノムを基軸とした生体分子ネット ワーク解析研究を行う。それにより、薬効・副作用予測、毒性の原因の推定、オーダーメイド投薬、予後 予測 などへの応用に貢献することを目指す。 連携による 研究成果の 具体化 分子生物学 細胞生物学 生物物理学 最先端実験施設 製薬企業 病院 各種データベース 等 外部機関１．追加の説明を求める事項（３）⑥
（３）成果の活用について
⑥理研の計算科学研究機構（AICS）の国内外との連携先が「京」を利用する、あるいは理研が連携先のスーパーコンピュータを利用する、などの ケースがあるのかについて伺いたい。 16○理研は、利用可能な資源量のうち15％にあたる調整高度化利用枠において、
「京」の高度化のための研究課題を実施しており、そのなかで、AICSの連携先の
外部機関がAICSとの共同研究を通して、「京」を利用することは可能であり、実際
に既にそのような研究において「京」が利用されているケースもある（平成25年5
月現在で3機関）。また、逆にそのような連携を通して、今後AICSが連携先機関の
スーパーコンピュータの利用を図っていくことは考えられる。
＜参考：これまでの共同研究の連携先実績
(平成25年5月現在）＞
国内
16機関
国外
4機関
（※客員研究員の利用も含む）
１．追加の説明を求める事項（３）⑦
（３）成果の活用について
⑦「京」の利用は、いわゆる共用法に基づいて公正に行われているが、計算資源の有効活用の観点から課題はないかについて伺いたい。＜１．割り当てられた資源の消費状況＞
○共用開始後、しばらくの間は、ジョブスケジューラの性能などの問題で、
ジョブ充填率（利用可能な計算資源に対して、実際にジョブが割り当てら
れた割 合）が
50%程度になることもあったが、その後の改良などにより、
平成
24年度末には80%近くに上昇している。
○また、
40000ノード以上を使用する大規模ジョブでは、混雑時には待ち時
間が
1週間以上になるという問題もあった。これは大量のジョブが投入さ
れたことが原因 で、ジョブ充填率が飽和状態にあることから、スケジュー
ラの改良などで大きく改善することは難しいが、その一方、ジョブの待ち時
間や混雑状況に関するきめ細かい情報を
Web等で利用者に提供する仕
組みの構築を現在すすめているところである。
0.00% 10.00% 20.00% 30.00% 40.00% 50.00% 60.00% 70.00% 80.00% 90.00% 100.00% 9/ 28 -1 0/ 7 10 /2 2-10 /2 8 11 /1 2-11 /1 8 12 /3 -1 2/ 9 12 /2 4-12 /3 0 1/ 14 -1 /2 0 2/ 4-2/ 10 2/ 25 -3 /3 3/ 18 -3 /2 4 4/ 8-4/ 14 4/ 29 -5 /5 システム全体のジョブ充填率＜２．加速枠の活用＞
○「京」の利用枠において成果創出・加速枠を設け、選定された課題の中から実際の利用状況や成果の創
出への見込み等も勘案しつつ、追加の資源配分を行う等、早期の成果創出に向けた柔軟な資源配分を
行っている。
＜３．利用枠のあり方＞
○現在一般利用枠で産業利用枠（京の資源全体の５％程度）を設けているが、本年４月から５月にかけて行
われた追加公募においても、全課題数の３割を超える産業利用課題の応募があるなど、産業界からのニー
ズが高まっており、今後これらの利用枠の拡大も含めて、来年度の利用枠についてユーザのニーズに合わ
せた検討が必要である。
１．追加の説明を求める事項（３）⑧
（３）成果の活用について
⑧「京」の戦略的な利活用について。現状の「京」の利用枠の内分け（「戦略プログラム50%程度」、「一般利用枠30%程度」等）は、誰がどのような 戦略に基づいて決めたのかについて伺いたい。次世代スーパーコンピュータ作業部会報告書（平成２０年６月２５日）
Ⅱ章３節（２）次世代スパコンを利用した研究 次世代スパコンの利用のあり方としては、以下に示すような社会的・国家的見地から取り組むべき課題に係る利用（戦略的利用）、科学技術の 広範な分野における多様な研究者のニーズに応える利用（一般的利用）等を可能とする仕組みを設けることが必要である。 ①戦略的利用： 国が戦略分野及び戦略目標を設定し、次世代スパコンの優先的な利用を認めること等により、当該戦略分野の研究を重点的・戦略的に推進。 ②一般的利用 幅広い分野を対象として、科学的観点、産業的観点、緊急性等を考慮しつつ、適切に審査を行い、次世代スパコンの利用を認める。 ③設置者である理研に一定時間次世代スパコンの利用を認め、施設運用の効率化や利用者の利便性向上のための研究等を実施。 具体的な利用区分や計算機資源の配分の考え方等については、上記の基本的な考え方に基づき、利用者のニーズや次世代スパコンの具体的 運用形態等を踏まえつつ、今後、文部科学省、登録機関において検討することが適当である。HPCIコンソーシアム報告（平成２４年１月３０日）
ユーザコミュニティ機関等からなるHPCIコンソーシアムにおいて、 「京」の計算資源利用枠の配分方針を提言。HPCI計画推進委員会（平成２４年２月１０日）
「京」の利用枠の配分を決定。（戦略プログラム利用枠50%程度、一般利用枠30%程度、成果創出・加速枠5%程度、京調整高度化枠15%程度） 18特定高速電子計算機施設の共用の促進に関する基本的な方針（平成２３年７月１４日）
第二 施設利用研究に関する事項 一 超高速電子計算機の供用 特定高速電子計算機施設の共用に当たっては、産業界を含め、多様な分野の研究者等に対して、透明かつ公正な手続きにより利用機会が提 供されなければならない。その上で、特定高速電子計算機施設の性能を最大限効果的に活用する方法により、共用開始後いち早く、重点的・ 戦略的な利用を進め、社会が期待する画期的な成果の創出が求められている。このため、施設利用研究に対する超高速電子計算機の供用に ついては、公募に基づく一般利用枠とともに、公募を行わない戦略利用枠（ＨＰＣＩ戦略プログラムその他国又は理化学研究所が提案し、国にお いて国の重要政策・重要プロジェクトの推進上必要な研究であると認めたものを実施するための特別利用枠）を設けるものとする。 利用者のニーズ 次世代スパコンプロジェクト推進のため、共用の在り方等の諸課題を審議 HPCI計画の推進にあたり国として必要な事項の審議 ユーザコミュニティの合意形成の場１．追加の説明を求める事項（４）①
（４）マネジメントの妥当性について
①人材育成に関して、今後を見据えてどのような評価をしているのか伺いたい。（計算科学分野の知見と対象アプリ領域の知見の両方を持ち合 わせた専門家の育成が必須で、これは一般的な人材育成とはタイプが異なり、乗り越えるべき課題は多いはず。 本プロジェクトを通して、どのよう な評価・展望があるのか伺いたい）【一般的な研究者の価値観】
一般的に研究者の価値観は、良いジャーナルに良い論文を書いて評価を得ることにあり、当該分野におけるサイエンス研究が評価され、アプリ ケーション開発の評価は低く、研究者のモチベーションも相対的に低くなる傾向にある。【本プロジェクトでの意識づけ】
一方、本プロジェクトでのアプリケーション開発においては、「京」でなければ解けないような大規模問題を、「京」の性能を最大限に引き出すアプリ ケーションを開発して取り組むのだ、という目標を示し、アプリケーションがどの程度の並列化を達成しているのかを定期的に把握し、高度化の状 況をプロジェクト参加者に示し、共有することで、プロジェクトの目的・意義を徹底・浸透させ、優れたアプリケーションの開発に成功している。【求められるアプリケーション高度化の体制】
アプリケーションの高度化については、新しいアルゴリズムを開発するレベルでなければ論文にすることは 難しく、日常、高度化で必要となるルーチン的な作業内容では、論文を書くことは難しい。最終的な形態として、 一人の研究者がすべてを行うのではなく、高度化を通常の業務とする技術者（ベンダーSEを含むプロフェッショ ナルなエンジニア）との分業・協業体制が望まれる。その場合でも、お互いに相手の分野が理解できる素養は 必要である。【若手研究者の育成】
今回のプロジェクトの中では、若手研究者だけが参加するサマースクールやウィンタースクールを、若手研究者に計画と運営の全てを委ねて企 画してもらい、サポートを行うといった取組も行われ、これにより、それぞれ出身分野の違いを超えて、価値観を共有することができている。この結 びつきはプロジェクトを終えた今も継続しており、一緒にファンドを取りにいくなどの活動も見られる。 また、戦略プログラムの中では、計算科学と計算機科学の両方の知見を持つエキスパートを育てるという観点から、計算機科学に関する体系的 な学習を可能とすべく、各研究拠点をネットワークで結んだ授業を行うといった取組や、若手を中心とした技術養成のための勉強会などの推進など、 積極的に計算機科学の知見を持つ計算科学の人材育成が行われている。 研究者＝技術者 研究者＋技術者１．追加の説明を求める事項（４）②
（４）マネジメントの妥当性について
②本事後評価においても「京」の産業応用が問われており、説明資料45頁における「人材育成」においても、メーカーサイドの人材育成の成果が 大きく取り扱われている現実がある。そこで、総額1,111億円を要し、国家基幹技術のさらなる発展という非常に大きな役目を背負い、産業界との 非常に深い関係を有する本プロジェクトの遂行を研究振興局情報課という一つの課が背負い、文部科学省単独で遂行されてきた組織体制にお いて、何らかの困難なことがなかったのか。例えば、経済産業省との連携大型プロジェクトであったとしたら、より強力な推進体制を組むことがで きたのか。（今から過去を振り返るという観点よりも、今後に活かすという観点から以上のことに関する忌憚のない意見を伺いたい） 20○スーパーコンピュータは科学技術の発展に不可欠な研究基盤であり、本プロジェクトについては、
科学技術の研究開発の推進を行う文部科学省が、スーパーコンピュータ整備推進本部を設けるな
ど、省をあげてその遂行を担ったもの。
○本プロジェクトのうち、アプリケーションの開発を行った次世代ナノ・生命体統合シミュレーション
ソフトウェアの研究開発については、それぞれナノテクノロジー分野とライフサイエンス分野を所管
する文部科学省内の関係課や開発実施本部とも連携・協力した。
○また、
HPCI戦略プログラムにおいては、研究開発実施機関や協力機関として産業技術総合研究
所や国立環境研究所等の幅広い分野の研究機関や、トヨタ自動車や日産自動車等の民間企業が
参画し、日本の知識・技術を結集する協力体制が構築され、これらの関係機関等と連携を図りつ
つ、開発を実施している。
○本プロジェクトで得られた技術等については、商用機
FX10など、開発した富士通において、製品
化されるとともに、データ転送の効率化を実現する技術や省電力技術などネットワーク機器等に応
用可能な半導体設計技術を開発。特に
FX10については、経産省のインフラ・システム輸出促進調
査等委託事業により、海外への受注に成功しており、府省間の連携も適切に図られている。
１．追加の説明を求める事項（４）③
（４）マネジメントの妥当性について
③グランドチャレンジアプリケーションの開発で雇用した研究員の進路として殆どがアカデミア、他予算のポスドクとなっているが、その理由につい て伺いたい。○ポスドクは、一般にアカデミア志向が強いこともあり、機会があればアカ
デミアへの就職にチャレンジしている。本プロジェクトで雇用した研究員のう
ち、アカデミアに就職したメンバー（ナノ：25名、ライフ：46名）は、優秀な研
究員が育成された証しでもある。また、プロジェクトの後半は戦略プログラ
ムとオーバーラップしたため、戦略プログラム（他予算）に異動した研究員も
いる。これは、アプリケーションの開発・利用の観点から望ましいと考えられ
る。
○一方、民間において専門性の高い研究員を採用する企業は、景気の影
響もあり、非常に限られていた。また、ライフ分野においては、まだ企業で
のHPCの活用が浸透しておらず、採用に至らないケースもある。
○民間への就職状況を改善するためには、民間企業におけるHPCの利用
やアプリケーションの利用促進が必要である。戦略プログラムにおいては、
産学連携シンポジウムの開催を通じて産業に計算科学が役立つことのア
ピールや、社会人も含めた計算科学の基礎教育の場の提供といった取組、
共同研究を通しての普及、アプリケーション講習会・試用といった活動を推
進している。この一連の活動が奏功すれば、民間へのキャリアパスの広が
りが期待される。
ナノ分野（62名）
アカデミック
25名
民間企業
4名
海外
8名
他予算のポスドク
25名
ライフ分野（69名）
アカデミック
46名
民間企業
5名
海外
0名
他予算のポスドク
18名
本プロジェクトで雇用した
研究員の進路
・神戸大学大学院との連携大学院の実施
神戸大学大学院システム情報学研究科（計算科学専攻）に連携講座として大規模計算科学講座（客員教授４名、客員准教授２名）を設置し、大規 模数値シミュレーションに関する授業科目を設定。（授業の実施は平成25年度より）
･International Summer School on HPC Challenges in Computational Science への参加
平成22年から欧州PRACE及び米国XSEDEが開催してきたHPCにおける国際的な人材育成を目的としたサマースクールに、平成25年から計算科学 研究機構が主催者として参加。 ・ウィンタースクール：若手女性研究者向け並列コンピュータ＆ストレージ利用発表会の実施 平成24年2月27日及び28日に計算科学研究機構にて東京大学情報基盤センターと実施。23名が参加。 ・RIKEN AICS HPC サマースクールの実施 「京」に代表されるスーパーコンピュータを駆使して新しいことに挑戦したいと考えている 大学院生や若手研究者等の人材育成を目的として、平成23年及び平成24年に２回実施。 （平成23年には43名、平成24年には41名が参加）開催に当たっては、東京大学情報基盤 センター及び神戸大学大学院システム情報学研究科との三者で共催し、戦略機関等の 協力のもと実施。 ・他機関（大学・民間企業等）からのリサーチアソシエイト、研修生を積極的に受け入れ 実績：リサーチアソシエイト 8名 大学院リサーチアソシエイト 1名 研修生 11名
１．追加の説明を求める事項（４）④
・「京」の試験利用期間（平成23年4月4日～平成24年9月14日）における講習会の開催 試験利用期間中に、「京」の新規の利用者を対象とした初級者向け講習会を9回、「京」の利用を経験しており、 チューニング作業を実施している利用者を対象とした上級者向け講習会を5回開催し、延べ652人が参加した。本プロジェクトにおけるCOEの形成のうち、人材育成（教育）について以下の取り組みを実施
・ポスドク・若手研究者の育成 理化学研究所計算科学研究機構において、京の運用にあたる運用技術部門４チーム、計算科学及び計算機科学 の研究にあたる研究部門１６チームを整備し、「京」の高度化研究等を通じて、多くのポスドクや若手研究者の育 成に取り組んでいる。（平成２５年４月現在でポスドク28人が在籍）（４）マネジメントの妥当性について
④スーパーコンピューティング研究教育拠点において、これまで具体的にどのような人材育成に関する活動が行われ、どのような成果（定量的に） が得られた、どのような成果が期待されるかについて伺いたい。 22１．追加の説明を求める事項（５）①
（５）その他
①理研のAICSは国内外と積極的な連携を行っているとのことであるが、連携の内容（とくに国際連携）について、具体的に例示していただきたい。
