Microsoft PowerPoint - MassBankの検索機能.ppt [互換モード]

(1)

M

B k

の検索機能

MassBank

の検索機能

池⽥奨、⼆瓶義⼈、尾嶌雄也、⻄岡孝明

奈良先端科学技術⼤学院⼤学情報科学研究科

MassBank Project

2011年7⽉30⽇ 1

MassBank

MassBankとは

とは

• 分散型マススペクトルデータベース

分散マススクトデタ

ス

–

複数の研究機関で測定されたマススペクトルを分散管理

（20機関、9サーバ、約1万化合物・3万スペクトル)

管

–

マススペクトルはMassBankレコードとして管理

• インターネットサービス

–

マススペクトルの公開

（

http://www.massbank.jp/

）

様々なマススペクトル検索サビスやツルを提供

–

様々なマススペクトル検索サービスやツールを提供

(2)

MassBank

MassBankを利⽤する前に

を利⽤する前に

利⽤

前

• Web

ブラウザ

– Internet Explorer 6

もしくは Firefox 2 以降

– JavaScript

p

の実⾏許可

–

ポップアップの許可

• Java

Java

実⾏環境

– Java Runtime Environment

（JRE）1.5以上が必須

3

Java

Java実⾏環境の確認

実⾏環境の確認

実⾏環境確認

操作マニュアル P3 Javaホームページ（http://www.java.com/ja/） Javaバージョン確認結果ページ

①「Java の有無のチェック」をクリック

③Java の有無とバージョンを確認

Javaバージョン確認ページ表⽰されたバージョンが「Version 5 Update xx」以上ではない場合や、インストールされていない場合はダウンロードが必要

②「Java のバージョンの確認」をクリック

4

(3)

検索サービスとツール

Spectrum

Spectrum Search

Search

Quick

Quick Search

Search

類似スペクトル検索 MassBankホームページ（http://www.massbank.jp/）

Quick

Quick Search

Search

Peak

Peak Search

Search

簡易検索ピーク検索

Substructure

Substructure Search

Search

Ad

d S

h

Ad

d S

h

ピク検索化学構造式検索 データベースサービスへのリンク データベースサービスへのリンク カテゴリ別検索

Advanced Search

Record Index

中性脱離分⼦を利⽤したスペクトル検索カテゴリ別検索

B t h S

i

B t h S

i

Browse Page

ツリー検索

Spectral Browser

Batch Service

スペクトル閲覧⽐較ツール類似スペクトル⼀括検索サービス 5

その他

スペクトル閲覧⽐較ツール

WEB-API、Mass Calculator

簡易検索

操作マニュアル P13

Quick

Quick Search

Search

MassBankホームページ（http://www.massbank.jp/）

Quick

Quick Search

Search

簡易検索

データベースサービスへのリンク データベースサービスへのリンク

(4)

簡易検索

• ⽬的

⽬的

–

簡単な⼊⼒でスペクトルを検索する

• 特徴

–

化合物情報を⼊⼒してスペクトルの簡易検索ができる

–

ピーク⼊⼒による簡易類似スペクトル検索ができる

–

ピク⼊⼒による簡易類似スペクトル検索ができる

• 検索⼿順

化合物情報やピク⼊⼒と検索パラメタ設定

–

化合物情報やピーク⼊⼒と、検索パラメータ設定

–

検索の実⾏

7

検索条件の⼊⼒と検索実⾏

Quick Search（http://www.massbank.jp/QuickSearch.html）

②検索パラメータ設定

①化合物情報⼊⼒

Instrument Type

：

分析装置の種別

MS Type

：

①化合物情報⼊⼒

③検索実⾏

Compound Name

：

化合物名（部分致検索別名検索対象）

yp

測定時のMS種別

Ion Mode

：

イオン化モード

③検索実⾏

化合物名（部分⼀致検索、別名も検索対象）

Exact Mass

：

化合物の質量

Tolerance

：

化合物質量誤差範囲

8

化合物の質量の誤差範囲

Formula

：

化合物の組成式（完全⼀致検索、ワイルドカード「*」使⽤可）

(5)

検索結果⼀覧

検索結果ページ

検索条件パラメタ

検索条件パラメータ

検索結果件数はスペクトルの件数を表⽰

検索結果件数

検索結果⼀覧

検索結果覧

9 スペクトルを化合物ごとに集約して表⽰ 25化合物ごとにページを分けて表⽰

検索結果⼀覧の機能

操作マニュアル P20、P22 検索結果ページ

「O

All T

」クリク

「Open All Tree」クリック

⇒検索結果⼀覧の⼀括展開

検索結果⼀覧ヘッダーをクリック

化学構造式をクリック

⇒_{拡⼤画像（⼤）の表⽰} ⇒_{検索結果⼀覧の並び替え} 化学構造式拡⼤画像

スペクトルリンク

「+」アイコンクリック

スペクトルリンク

化学構造式をマウスオーバー

⇒_{拡⼤画像（中）のリアルタイム表⽰}

「+」アイコンクリック

⇒_{検索結果⼀覧の展開}

(6)

MassBank

レコード表⽰

検索結果ページ MassBankレコード詳細ページ

基本的な登録情報

化合物情報

スペクトルリンクをクリック

分析装置や測定条件に関する情報

スペクトルに関する情報

11

ピーク情報

スペクトルに関する情報

レコードフォーマットの詳細について http://www.massbank.jp/manuals/MassBankRecord_en.pdf

MassBank

レコードの機能

操作マニュアル P24 MassBankレコード詳細ページ

学

化学構造式拡大画像

化学構造式をクリック

⇒_{拡⼤画像表⽰}

スペクトル内でドラッグ

⇒_{スペクトルの拡⼤表⽰}

スペクトル内でダブルクリック

⇒_{スペクトルの縮⼩表⽰} ⇒_{スペクトルの縮⼩表⽰}

任意のピークにマウスオーバー

「show all m/z」ボタンクリック

全ピク 値表⽰

任意のピクにマウスオバ

⇒_{ハイライト表⽰＆⼀時的にm/zと強度表⽰} 12 ⇒_{全てのピークのm/z値表⽰}

CH$LINK

のIDクリック

⇒外部データベースへのリンク

(7)

複数スペクトルの⽐較

スペクトルチェックボックス選択後、

「Multiple Display」クリック

スペクトル⽐較ページ

p

p y

チェックボックスにチェック

⇒_{スペクトルの複数選択}_{スペクトルの複数選択} 13

簡易類似スペクトル検索

ピーク情報の⼊⼒例

Quick Search（http://www.massbank.jp/QuickSearch.html）

「Search by Peak」ラジオボタンを選択状態

半⾓スペース

「Search by Peak」ラジオボタンを選択状態

①ピーク情報⼊⼒

m/z

78.54 4456 ;

強度セミコロン区切り検索結果ページ

クエリスペクトル（⼊⼒したスペクトル）

①ピク情報⼊⼒

クエリスペクトル（⼊⼒したスペクトル）

②検索パラメータ設定

③検索実⾏

検索結果について Cutoff threshold of relative intensities：

相対強度の閾値 Number of Results： 分⼦式の値（m/zのリアルタイム⼊⼒補助） 検索結果について クエリスペクトルに対して類似度の⾼いスペクトルを昇順で表⽰「Score」の列の値が⾼いほど類似度が⾼い 分⼦式の値（m/zのリアルタイム⼊⼒補助）

(8)

ピーク検索

Peak

Peak Search

Search

ピーク検索 データベースサービスへのリンク データベースサービスへのリンク ピク検索 15

ピーク検索

• ⽬的

⽬的

–

特徴的なピークを検索する

• 特徴

–

数値でm/zやm/zの差を⼊⼒して検索できる

–

分⼦式でイオンやニュートラルロスを⼊⼒して検索できる

–

分⼦式でイオンやニュトラルロスを⼊⼒して検索できる

• 検索⼿順

や分⼦式⼊⼒と検索パラメタ設定

– m/z

や分⼦式の⼊⼒と、検索パラメータ設定

–

検索の実⾏

16

(9)

数値

数値による

によるピーク検索

ピーク検索

（

（m/z

m/z

）

Peak Search（http://www.massbank.jp/PeakSearch.html）

（

（m/z

m/z

）

m/z： ピークのm/z値 Formula： 分⼦式の値（m/zのリアルタイム⼊⼒補助） 分⼦式の値（m/zのリアルタイム⼊⼒補助） Rel. Intensity： 無視する相対強度の最⼤値 Tolerance： 化合物の質量の誤差範囲

① / や検索条件を⼊⼒

MassBankレコード詳細ページ

①m/zや検索条件を⼊⼒

②検索実⾏

⇒検索結果⼀覧表⽰ 検索条件で⼊⼒したピークが⾊づけされる 17

数値

数値による

によるピーク検索

ピーク検索

（

（m/z

m/z

の差

の差）

）

（

（m/z

m/z

の差

の差）

）

「Peak Differences」＆「m/z-Value」ラジオボタンを選択状態

① / や検索条件を⼊⼒

MassBankレコード詳細ページ

①m/zや検索条件を⼊⼒

②検索実⾏

⇒_{検索結果⼀覧表⽰} 検索条件で⼊⼒したピーク差の該当箇所が表⽰されて⾊づけされる

(10)

分⼦式によるピーク検索

「Peaks」＆「Molecular Formula」ラジオボタンを選択

MassBankレコード詳細ページでは、

検索条件で⼊⼒したニイオンの分⼦式が表⽰されて⾊づけされる

イオンの分⼦式を⼊⼒

「Peak Differences」＆「Molecular Formula」ラジオボタンを選択

MassBankレコード詳細ページでは、 検索条件で⼊⼒したニュートラルロスの分⼦式が表⽰されて⾊づけされる

ニュートラルロスの分⼦式を⼊⼒

19

分⼦式⼊⼒の補助機能

①分⼦式もしくは数値を⼊⼒

③分⼦式が⼊⼒される

②分⼦式をクリック

⼊⼒候補⼀覧について ⼊⼒した値で始まる候補⼀覧が表⽰される 1⽂字⼊⼒するごとに候補がリアルタイムで絞り込まれる 1⽂字⽬に“C”を⼊⼒した場合は候補が多いため候補覧は表⽰されないが 2⽂字⽬を⼊⼒すると候補覧が表⽰される 20 1⽂字⽬に“C”を⼊⼒した場合は候補が多いため候補⼀覧は表⽰されないが、2⽂字⽬を⼊⼒すると候補⼀覧が表⽰される「141」と⼊⼒した場合、⼊⼒候補⼀覧は前⽅⼀致した値を表⽰するため「140.9」などの候補は表⽰されない

(11)

化学構造式検索

データベースサービスへのリンク

Substructure

Substructure Search

_{部分構造式検索}

Search

21

化学構造式検索

• ⽬的

⽬的

–

部分化学構造式を含む化合物のスペクトルを検索

• 特徴

–

化学構造式からスペクトルを検索できる

– KNApSAcK

に登録されている化合物も検索できる

– KNApSAcK

に登録されている化合物も検索できる

• 検索⼿順

化学構造式⼊⼒と検索パラメタ設定

–

化学構造式の⼊⼒と、検索パラメータ設定

–

検索の実⾏

(12)

化学構造式によるスペクトル検索

Substructure Search（http://www.massbank.jp/StructureSearch.html）

化学構造式⼊⼒画⾯

①「Edit」ボタンクリック

⇒_{部分化学構造式⼊⼒}

②その他の検索条件と

検索パラメータを設定

Molfileが⼿元にある場合は「Molfile」ボタンでファイルを読み込み、クエリの化学構造式とすることもできる検索結果ページ

③検索実⾏

クエリ化学構造式（⼊⼒した化学構造式）

Comparison of pi-electron for each atom： π電⼦数の⽐較⽅法

Peak Search (Option)： ピク指定オプション 23 ピーク指定オプション

化学構造式による化合物検索

KNApSAcK

検索

Substructure Search（http://www.massbank.jp/StructureSearch.html）

「Search KNApSAcK」タブを選択

①部分化学構造式⼊⼒と条件設定

②検索実⾏

KNApSAcK化合物情報ページ

化合物リンクをクリック

化学構造式表⽰とKNApSAcKへのリンク

24

(13)

その他の検索サービスとツール

Spectrum

Spectrum Search

Search

類似スペクトル検索クエリファイルが必要操作マニュアル P4

Ad

d S

h

Ad

d S

h

データベースサービスへのリンク データベースサービスへのリンク カテゴリ別検索

Advanced Search

Record Index

中性脱離分⼦を利⽤したスペクトル検索クエリファイルが必要クエリファイルが必要操作マニュアル P11 操作マニュアル P18 カテゴリ別検索

Browse Page

ツリー検索操作マニュアル P19

B t h S

i

B t h S

i

Spectral Browser

スペクトル閲覧⽐較ツール操作マニュアル P26

Batch Service

類似スペクトル⼀括検索サービス 25

その他

スペクトル閲覧⽐較ツール

WEB-API、Mass Calculator

クエリファイルが必要 WEB-APIリファレンス、操作マニュアル P25

Microsoft PowerPoint - MassBankの検索機能.ppt [互換モード]

M

B k

の検索機能

MassBank

の検索機能

池⽥ 奨、⼆瓶義⼈、尾嶌雄也、⻄岡孝明

奈良先端科学技術⼤学院⼤学情報科学研究科

奈良先端科学技術⼤学院⼤学情報科学研究科

MassBank Project

MassBank

MassBankとは

とは

•

分散型マススペクトルデータベース

分散 マスス クト デ タ

ス

–

複数の研究機関で測定されたマススペクトルを分散管理

（20機関、9サーバ、約1万化合物・3万スペクトル)

管

–

マススペクトルはMassBankレコードとして管理

•

インターネットサービス

–

マススペクトルの公開

（

http://www.massbank.jp/

）

様々なマススペクトル検索サ ビスやツ ルを提供

–

様々なマススペクトル検索サービスやツールを提供

MassBank

MassBankを利⽤する前に

を利⽤する前に

利⽤

利⽤

前

前

• Web

ブラウザ

ブラウザ

– Internet Explorer 6

もしくは Firefox 2 以降

– JavaScript

p

の実⾏許可

–

ポップアップの許可

• Java

Java

実⾏環境

実⾏環境

– Java Runtime Environment

（JRE）1.5以上が必須

Java

Java実⾏環境の確認

実⾏環境の確認

実⾏環境 確認

実⾏環境 確認

①「Java の有無のチェック」をクリック

①「Java の有無のチェック」をクリック

③Java の有無とバージョンを確認

②「Java のバージョンの確認」をクリック

検索サービスとツール

検索サービスとツール

Spectrum

Spectrum Search

Search

Quick

Quick Search

Search

Quick

Quick Search

Search

Peak

Peak Search

Search

Substructure

池⽥奨、⼆瓶義⼈、尾嶌雄也、⻄岡孝明

分散マススクトデタ

様々なマススペクトル検索サビスやツルを提供

実⾏環境確認

実⾏環境確認

ピク⼊⼒による簡易類似スペクトル検索ができる

化合物情報やピク⼊⼒と検索パラメタ設定