Partek® Flow® リリースノート バージョン: 5.0.16.0414 Partek® Flow®バージョン 5.0.16.0414 は高速化と使い勝手の改善のための新機 能やパフォーマンス向上を含んでいます。このバージョンへアップグレードする ためには、Partek Flow インストールガイド内のインストール手順を実行して下 さい。 改善点を以下に列挙します。 Partek Flow ホームページ ● 使い勝手向上のための新たなデザイン ● プロジェクト、サンプル、ファイル名のキーワードで検索する新たな検索 ボックス ● プロジェクトの見やすい表示、並び替え、およびナビゲーション ● パイプラインのサムネイル、プロジェクトの概要、共同研究者のリストを 含む選択したプロジェクトの新しい Details タブ ● タスクやユーザーの実行状況を新しい順に表示する選択したプロジェクト の新しい Activity タブ ● 新しいホームページは前のプロジェクト管理ページを置き換えます。 新たにデザインされた RNA-seq ワークフロー ● 注記: もし既存の RNA-seq プロジェクトを継続して利用したい場合、ア ップグレードが完了した後に一度アラインメントより後のタスクを再実行 する必要があります。タスク詳細にその旨を記載して関連する Data Summary Reports を保存することを推奨します。 ● 効率的な保存と正確性の改善のために定量したリード数のファイルフォー マットの改善 ● アルゴリズムは変更されていないにも関わらず、定量、正規化、遺伝子発 現比較の初期設定が変更されているので、新しい初期設定は以前のバージ ョンとは異なる結果を出力する場合があります。 ● Quantification タスクの変更 ○ タスク名の変更
■ Quantify to annotation model (Partek E/M)
● 以前の Quantify to transcriptome (Partek E/M) ■ Quantify to reference (Partek E/M)
● 以前の Quantify data aligned to transcriptome
○ 使用したアノテーションが遺伝子と転写産物を区別する場合、タス クは 2 つの異なるデータノード(遺伝子のリード数と転写産物のリ ード数)を生成して、レポートは 2 つの対応するタブを持ちます。
○ gene counts (または transcript counts)データノードを選択してメニ ューから Download data を選択するとリード数のデータをダウン
ロードします。ユーザーは Quantification result (Partek®
Genomics
Suite®の圧縮されたプロジェクト)と Read counts (リード数のタブ
区切りテキストファイル)を選択できます。
○ BAM ファイルは出力データに含まれません (BAM ファイルは上流 の aligned reads データノードからダウンロードできます) 。 ○ タスクレポートが強化されました。
■ 記述統計値を表示する新しい Feature distribution テーブル ■ 新しい Distribution of raw read counts グラフ (詳細は後述) ■ 新しい Sample histogram グラフ (詳細は後述) ■ 片鎖データでは、レポートに関連する列だけを表示 ■ Expression signal 箱ひげ図は均等目盛を使用 (対数目盛では ない) ● 新しい Normalize counts タスク ○ 正規化はリード数を含むデータノードに対して独立したタスクとし て実行できます。 ○ 複数の新しい正規化手法が利用可能になり、ユーザーが設定した Normalization order に基づいて順番に実行できます。 ○ タスクを作成するデータノードに応じて Recommended methods (推奨の正規化手法) が利用できます。
■ Quantify to annotation model (Partek E/M)または Quantify to reference (Partek E/M)により作成されたデータノード：(推 奨の正規化手法：Total Count, add 0.0001)
■ Cufflinks quantification により作成されたデータノード： (推 奨の正規化手法：add 0.0001) ○ 正規化をアノテーションがないデータノードで実行する時、RPKM と TPM は利用できません。 ○ サンプルごと、あるいは遺伝子や転写産物ごとにデータの変換がで きます。 ■ いくつかのデータ変換だけがオプションの影響をうけます (例えば、異なるサンプル間のある遺伝子の平均値は 1 つの サンプルでの全ての遺伝子の平均値とは異なります)。 ○ Normalization レポートは次の内容を含みます。 ■ 使用した正規化手法 ■ 記述統計値を表示する Feature distribution テーブル ■ 正規化前後の発現量の箱ひげ図 ■ 正規化前後のサンプルヒストグラム ○ 正規化したリード数に対して主成分分析を実行できます。 ○ Normalized counts データノードを選択してメニューから Download data を選択すると正規化したデータをダウンロードでき
ます。ユーザーは Normalization result (Partek Genomics Suite の 圧縮されたプロジェクト) と Read counts (リード数のタブ区切り テキスト) を選択できます。 ● GSA/ANOVA ○ GSA のためのリード数の正規化 ■ 正規化は Advanced options メニューからタスクウィザード に移動しました。 ■ 正規化されたデータノードまたは読み込まれた遺伝子か転写 産物のデータノードで GSA を実行する場合、正規化は利用 できません。 ■ Default では上述した推奨の正規化手法が適用されます。 ■ None は追加のデータ変換を行いません。 ○ 実験条件の選択は独立したステップになりポップアップウィンドウ は表示されません。 ○ 遺伝子レベルか転写産物レベルかを選択するラジオボタンはなくな りました。遺伝子レベルか転写産物レベルかはタスクを実行したデ ータノードによって決まります。 ○ GSA で低発現の遺伝子や転写産物を取り除く新しい基準として
Lowest average coverage が Advanced options に追加されました。 ■ Lowest average coverage は全てのサンプルの発現量の幾何
平均が指定した値より小さい時に遺伝子や転写産物を取り除 きます。発現量はすぐ上のデータノードに基づいて計算され ます。
■ フィルターの基準は多重検定補正前に適用されます。より厳 しいフィルターはタスクレポートで解析後に適用できます。 ○ GSA の Advanced options で Model types configuration が変更され
ました。 ■ Default を選択すると、モデルタイプ、p 値のタイプ、ログ 変換、自由度の推奨設定が自動的に適用されます。 ■ 初期設定は shrinkage ありの対数正規分布と F 統計値 ■ がない場合、設定は自動的にポアソンモデルに変更され、p 値は Wald 統計量に変更されます。 ■ タスクを実行した後、使用したモデルの情報は Task Details と遺伝子の Extra Details で確認できます。 ■ ユーザーは Custom を選択すると設定を変更できます。 ○ GSA タスクレポートの新しい Shrinkage グラフ ○ GSA タスクレポートでグラフはテーブルの下に表示されます。 新しい変異検出方法 ● 新しいハプロタイプに基づく変異検出プログラム FreeBayes
○ Garrison E, Marth G. Haplotype-based variant detection from short-read sequencing. arXiv:1207.3907v2 [q-bio.GN] 2012
● 新しい Validate Variants タスク ○ データノードの vcf ファイルとユーザーが指定した基準との比較 ○ プロジェクトのサンプルが既知の判断基準となるデータ、つまり既 知あるいは信頼性の高い変異コールを含むデータの場合、このタス クは基準となる変異データに対するパイプライン内の変異検出の性 能の評価になります。 ○ 変異のデータノードを選択した時に、QAQC セクションに表示さ れます。
● Variant detection among samples は Chromosome View で各サンプルに個 別の変異割合のトラックを表示します。 改善したアラインメントプログラム ● 参照トランスクリプトーム配列 (全ゲノムではない) にアラインメントし た場合、塩基の位置情報は自動的にゲノム上の位置情報に変換されます。 ● Bowtie2 は大きなゲノムに対して拡張子が bt2l のファイルを作成します。 ● GSNAP は 2015-12-31 (v8)に更新されました。 ● STAR アラインメントプログラムはダウンロード可能な SJ.out.tab ファイ ル (1 か所にマッピングされたスプライシングジャンクションを定義) を含 みます。 可視化
● Quantification タスクレポートの新しい Distribution of Raw Read Counts ○ データは 6 つの固定されたビン、それぞれがリード数の範囲を表
す、にグループ化
○ 最初のビンはリード数が 0 の遺伝子や転写産物を含みます。 ○ それぞれのサンプルは色分けされます。
○ Y 軸は観測結果の頻度 (すなわちリード数) を表します。 ● Quantification タスクレポートの新しい Sample Histogram グラフ
○ X 軸は発現量を表します。 ○ Y 軸は観測結果の頻度 (すなわちリード数) を表します。 ● メニューの新しい Sample correlation タスク ○ リード数を含むデータノードで利用可能 ○ 2 サンプル間のリード数のスキャッタープロットを作成 ○ ピアソンの相関係数と回帰の傾きをプロットに表示 ● GSA タスクレポートで Shrinkage ありの対数正規分布モデルに対する新 しい Shrinkage グラフ ○ グラフはデザインごとに作成されます (Summary of factors influencing expression 円グラフの成分に対応) 。 ● Chromosome Viewer ○ 使い勝手を改善するためのページレイアウトの新たなデザイン ○ トラックの選択
■ 初期設定のトラックから pileup トラックの削除 ■ Clear selection ボタンの削除 ■ プロジェクトがマイクロアレイデータを含む場合、トラック 選択でリードの pileup とプローブのシグナル強度を区別し ます。 ○ 変異データで Chromosome Viewer を起動した場合 ■ 変異のサンプルのトラックは自動的に選択されます。 ■ ヒストグラムトラックは初期設定で塩基ごとに色分け ○ GSA/ANOVA タスクレポートやカバレッジレポートで Chromosome Viewer を起動した場合 ■ 定量やカバレッジのタスクで使用したアノテーショントラッ クが選択されます。
○ Selection details 内で利用可能な遺伝子や転写産物を NCBI データ ベースで閲覧するための新しいリンク
○ より多くのゲノムで利用可能な BLAST 機能 ○ ペアエンドリードでのリードの pileup 表示の改善 ○ 遺伝子名や転写産物名のフォントサイズの拡大 ○ トラックの向きの指標 (矢印) の明瞭化
○ Variant detection among samples はサンプルごとに個別に変異の 割合のトラックを表示します。 ● 主成分分析 ○ 主成分分析は単独のタスクになりました (Visualizations メニューの セクションから選択できます) 。 ■ 既存の定量結果や正規化したデータの PCA の結果を表示す るためには、PCA タスクを実行する必要があります。 ○ インターフェースの改善と応答性の強化 ○ サンプルをつなぐ線とドットの境界の明瞭化 ○ 大量のサンプルを取り扱う機能 ○ ウインドウのサイズにより適したグラフと説明 ● ドットプロット ○ ドットプロットは正規化前のリード数からだけ作成されます。 ○ ウインドウの左に設定欄を配置した改善されたインターフェース ○ 色はべた塗 (階調なし) になりパレットで変更できます。 ○ グループ化と色付けの初期設定は GSA/ANOVA で使用した実験条 件に基づきます。 ○ ウインドウのサイズにより適したグラフと説明 ● 階層型クラスタリング ○ 設定の保存および読込みができます。 サンプル、データ、ライブラリの管理
● 遺伝子や転写産物のリード数の読込ボタンがサンプル作成ボタンに組み込 まれました。
● pre-alignment QAQC の Average base quality score per read グラフの一 貫した命名 ● フルパスを直接入力するファイル選択 ● URL からファイルを読み込んだ時のファイル名のデコードの改善 ● アラインメントされていないデータは全て読込み時にバリデーションされ ます。 ● 別のプロジェクトからサンプルを読み込むときに実験条件も読み込むこと ができます。 ● 数値の実験条件を設定した時に初期値が指定できます。 ● データタブをタブ区切りテキストファイルでダウンロードできます。 ○ Download をクリックする前にデータテーブルが拡げられている (データファイルが表示されている) 場合、ダウンロードされたテー ブルにはファイル名が含まれます。 ● サンプルの実験条件の編集の簡略化 ○ Edit Attributes ボタンが再度追加されました。 ○ カテゴリーの実験条件はキーボードを使った入力 (自動補完が行わ れます) もセルごとにドロップダウンメニューを使った入力もでき ます。 ● *.bz2 ファイルの解凍と読込み機能の改善 ● ライブラリファイルセクションに説明文の追加 ● gff3 ファイルから情報を構文解析して GSA/ANOVA の結果のテーブルに 選択可能な列として追加する機能 ● データノードは右クリックメニューから削除できます。 ○ 起点のデータノードはプロジェクトの共同研究者が削除できます。 ○ 生成されたデータノード (Partek Flow 内のタスクによってつくら れたデータ) はタスクを実行したユーザーまたはプロジェクトの作 成者が削除できます。 ● プロジェクトやライブラリファイルの削除の改善 ● ライブラリファイルの新しい名前
○ Genome build は Assembly に変更されます。 ○ Genome files は Reference に変更されます。
○ Genome sequence は Reference sequence に変更されます。 ○ Genome aligner indexes は Reference aligner indexes に変更され
ます。 ユーザーインターフェース
● ユーザーはあらかじめ登録されたアバターから画像を選択できます。 ● タスクノードやデータノードの真新しい見た目
● 出力ファイルビューアーは最大 1000 行を表示します。
● Queued tasks ページに Activity Log ページを表示するリンクが追加されま した。 ● (カバレッジのパーセンテージを示すために) よりはっきりとしたヘッダー を持つカバレッジレポート ● Task details ページにユーザーが入力したタスクの説明文を追加 ● ツールチップとグラフレジェンドの様々な改善 管理ツール ● システム管理者が実行できる Partek Flow の実行状態をレポートするスク リプトがインストール内容に含まれます。 ● Partek Flow の管理者はどのユーザーに終了していないタスクがあるかを 確認できます。 ● Partek Flow の管理者はユーザーのアカウントを無効化する時にそのユー ザーのタスクをキャンセルできます。 ● (絶対パスではなく) シンボリックリンクがデータベースに保存されます。 ● 新しいインスタンスを開始する時に古い一時ライセンスファイルは削除さ れます。
● “all users”グループは“All non admins”に変更されます。
● ソフトウェアのライセンスがないことを示すより分かりやすいエラーメッ セージ
● Partek Flow のライセンス項目の可読性の向上 新しいライセンス項目
新しいライセンス項目は基本ライセンスとは別に提供され個別に購入できます。 ライセンス項目は Settings を選択して System information ページ内に表示され ます。
● グループ管理
○ ユーザーのディスククォータ‐管理者はユーザーごとのディスク クォータとクォータの 80%および 100%の水準に達した時に実行 される動作を設定できます。ユーザー管理ページに“Disk quota”列 が追加されます。システム設定ページに“Default disk quota”、 “Actions at 80% of disk quota”、 “Actions at 100% of disk quota”の 項目が表示されます。選択可能な動作は“Email user”、 “Email administrators”、 “Prevent importing sample files and running tasks” です。マイプロフィールページにも“Disk usage”行が表示されます。 ○ グループライセンス‐管理者は同時使用ライセンスのいくつかを
特定のユーザーグループ専用にすることができます。ライセンス数 のグループのユーザーが常にログインしてタスクを実行でき、他の ユーザーがそれらのライセンスを使用することを制限することを保
障します。この機能は同時使用ライセンスでのみ有効です。全ての ユーザーはグループ管理ページで“Dedicated licenses”列を見るこ とができますが、管理者だけがその値を変更できます。 ○ 使用量レポート‐管理者はユーザー、ユーザーグループ、プロジ ェクト、ディレクトリ、ファイルタイプ、ファイル圧縮、ディスク クォータと使用量についての情報をレポートに出力できます。管理 者だけが使用量レポートページを閲覧して使用できます。 ● マイクロアレイツールキット‐ユーザーはマイクロアレイデータをアラ インメント前のリードに変換できます。アラインメントプログラムのため の変換タスクがメニューの“Convert to Aligned Reads”セクションに表示 されます (マイクロアレイデータはこの機能の有り無しいずれかで読み込 むことができることに留意して下さい) 。
○ マイクロアレイデータの変換タスクの新しい Advanced Options は Scale Intensity Transform、RMA background、Quantile
normalization を含みます。
○ チップ上のプローブの配列はプローブアノテーションファイルの配 列に合うように補正できます (補正されない倍は配列の方向が既に 一致していることを意味します) 。
● コマンドオプション‐ユーザーはコマンドをオプションセットに変換で
きます。オプションセット管理ページに“Add option set from command
line”ボタンが表示されます。 ● タスクの優先順位の再設定‐管理者はプロジェクトのタスクをタスクキ ューの一番上に移動できます。タスクキューのタスクの隣に上矢印が表示 されるので、矢印をクリックするとそのタスクのプロジェクトの全てのタ スクがタスクキューの一番上に移動します。 最終更新日： 2016 年 4 月 15 日
Copyright © 2016 by Partek Incorporated. All Rights Reserved. Reproduction of this material without express written consent from Partek Incorporated is strictly prohibited.
