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の遺伝子診断システム構築の試み

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Academic year: 2021

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厚生労働科学研究費補助金(難治性疾患政策研究事業)

神経変性疾患領域における調査研究班  (分担)研究報告書

Neurodegeneration with brain iron accumulation の遺伝子診断システム構築の試み

 

戸田 達史1, 2 

所属:  1東京大学大学院  医学系研究科  神経内科学 

2 神戸大学大学院  医学研究科  神経内科学

A.研究目的

Neurodegeneration with brain iron accumulation

(NBIA)は希少疾患であり、正確な診断の上 での臨床情報収集、バイオマーカー探索が求 められる。診断のための鑑別アルゴリズムは 重要であるが、非典型例もあり、臨床情報の みでの確定診断は困難である。遺伝子診断で は、NBIAとして確立された10病型の原因遺 伝子に加え、最近新たに関連が報告された

SCP2、GTPBP2遺伝子についても検討する必

要がある。

今回我々は、卓上型の次世代シークエンサ ーを用いて、疾患関連のエクソン領域にフォ ーカスした簡易なエクソーム解析により、

NBIAの遺伝子診断システムを構築することを 試みた。

B.研究方法

ターゲットキャプチャーには、疾患遺伝子パ ネルの中でNBIA関連の遺伝子を多くカバーし ているfocused exome(Agilent)を選択した。設

計上、CP遺伝子exon9、FTL遺伝子exon4、お

よびGTPBP2遺伝子はカバーされていないため、

直 接 シー クエ ンス 法にて 補 うこ とと した 。 MiSeq(Illumina)を用いてシークエンスを行い、

Sure Call(Agilent)を用いて解析を行った。遺伝 子解析についてのインフォームドコンセント を全例に行い同意書を取得した。

C.研究結果

過去に遺伝子診断されている SENDA2 例お よびNF1例について、システムを用いて解析を 行い検証した。SENDA2例については、既知の 変異を検出できた。NF症例については、カバー されていないexon4に変異が存在するため、エ クソーム解析のみでは変異を検出できなかっ た。また、臨床診断のみであったSENDA1症例 についても解析を行ったところ、WDR45 遺伝 子のナンセンス変異(既報告あり)を検出でき た。

D. 考察

今回は既存の疾患遺伝子パネルを用いたた 研究要旨

Neurodegeneration with brain iron accumulation(NBIA)は希少疾患であり、正確な診断の上で の臨床情報収集、バイオマーカー探索が求められる。非典型例も多く存在するため、臨床情報のみで の確定診断は困難であり、遺伝子診断が重要である。今回我々は、卓上型の次世代シークエンサーを 用いて、疾患関連のエクソン領域にフォーカスした簡易なエクソーム解析により、NBIA の遺伝子診断 システムを構築することを試みた。過去に遺伝子診断されているいくつかの NBIA 症例を用いて、この システムの検証を行い、有用性を確認した。

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47 め、カバーできない領域もごくわずか存在した が、NBIA を簡易に網羅的に診断することは可 能と考えられた。

E.結論

  卓上型の次世代シークエンサーを用いた NBIAの網羅的診断システムを構築した。今 後、NBIAが疑われる症例について、解析を行 っていく。

F.健康危険情報 なし

F.研究発表

1.論文発表  なし 2.学会発表  なし

G.知的所有権の取得状況(予定を含む)

1. 特許取得  なし 2. 実用新案登録  なし 3. その他  なし

参照

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