ImageLab ソフトウェアユーザーガイド

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Image Lab™ ソフトウェアユーザーガイド

Image Lab™ソフトウェア Ver. 6.1～

(2)

(3)

バイオ・ラッドテックコール

製品の学術的お問い合わせ並びに修理・メンテナンスに関するお問い合わせは弊社テックコールにお問い合わせください。

受付時間：月曜日～金曜日（祝祭日を除く）

AM 9:00 ～ PM5:00

電話： 03-6404-0331

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注意事項

本マニュアルの全てまたは一部をバイオ·ラッドラボラトリーズ株式会社からの書面による許可なしに複製、編集、再配布、することを禁じます。

ここで言う複製には電子的コピーおよびハードウェアコピー、録画、撮影、その他あらゆるメディアへの保存を含みます。

バイオ·ラッドラボラトリーズ株式会社は、その製品やサービスをいつでも変更する権利を所有します。この取り扱い説明書も予告なしに内容を変更することがあります。

正確性を確保するために万全を期していますがバイオ·ラッドラボラトリーズ株式会社では、この情報やアプリケーションに起因するいかなる失敗、発生した損害について、法的責任を負いません。

本書で使用されているすべての商標は、それぞれの所有者に帰属します。

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はじめに

Image Lab™ ソフトウェアはバイオ・ラッドのイメージャーでゲルやブロットの画像を撮影し、データ

解析するためのソフトウェアです。撮影条件を指定したプロトコルを用いることで、最小限の時間でスムーズに、再現性ある最適なデータを取得することができます。さらに解析後のデータはカスタマイズされたレポートとして出力することもできます。

Windows をインストールしたコンピューターにおいて、Image Lab 6.1 は次の機器での画像撮影に

対応しています。

• ChemiDoc™ MP （タッチスクリーンではない Universal Hood III モデル）

• ChemiDoc XRS+

• Gel Doc™ EZ

• Gel Doc XR+

• GS-900™ Calibrated Densitometer

Mac OS において、Image Lab 6.1 による画像撮影はGel Doc™ EZ、Gel Doc XR+ でのみ対応

しています。

画像撮影のための設定やプロトコルの詳細は、それぞれの撮影装置の取扱説明書をご参照ください。

Image Lab セキュリティエディションの設定方法、使用方法について、本取扱説明書では説明をい

たしません。セキュリティエディションの詳細については、Image Lab セキュリティエディションの取扱説明書をご参照ください。

参考：

ChemiDoc Touch, ChemiDoc Touch MP （スタンドアローンタイプ）では、Image Lab Touch ソフトウェアにより画像撮影を行います。別に用意されたコンピューターにインストールされた Image Lab ソフトウェア 6.1 を使用し、それらの撮影装置からエクスポートした画像を解析することができます。

Image Lab セキュリティエディションは、アメリカ食品医薬品局（FDA）の連邦規則第21条第11章

（21 CFR Part 11）に準拠した組織運営を支援するためのツールです。

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第 1 章 Image Lab ソフトウェアのセットアップ

Image Lab ソフトウェアは、Microsoft Windows または Mac OS の動作するコンピューターにイン

ストールすることができます。Image Labの動作に必要となるメモリ容量は、撮影や解析を行いたい画像のサイズに依存します。高い解像度で撮影するほど、ファイルサイズは大きくなります。そのため、画像データはネットワークファイルサーバやリムーバブルメディアにバックアップすることが推奨されます。

ヒント：

バイオ・ラッドでは、それぞれの撮影装置に適した仕様のコンピューターも取り扱っております。詳細は最寄りのバイオ・ラッドのお問い合わせ窓口（テックコール）までご連絡ください。

コンピューターの推奨仕様（バージョン 6.1 ）

仕様必要仕様

オペレーティングシステム（OS）

Microsoft Windows 7 (64-bit) Microsoft Windows 10 (64-bit) Mac OS X 10.14 or 10.15 *¹ プロセッサー Intel Core i3又は同等ハードディスク空き 60 GB

メモリ（RAM） 4 GB

機器接続ポート USB2.0ポート 1個以上

*

1 ： Image Lab セキュリティエディションは、Mac OS には対応していません。

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セキュリティエディションをインストールする前に

Image Lab をインストールする際に、通常版とセキュリティエディションのどちらをインストールする

か選択する画面が表示されます。セキュリティエディションを使用する場合は、あらかじめ Windows のOSのグループ設定や権限設定を行い、Image LabのAdministrator 権限（OSの権限とは異なる）をユーザーに付与する必要があります。Image Lab をインストールする前にあらかじめこれらのグループ設定を行っておくことを強く推奨します。詳細は、セキュリティエディションの取扱説明書をご参照ください。

Image Lab ソフトウェアのインストール

Image Lab ソフトウェアは、Microsoft Windows または Mac OS の動作するコンピューターにイン

ストールすることができます。ただし、セキュリティエディションは、Windows のコンピューターにのみインストール可能です。

MacintoshへのImage Lab ソフトウェアのインストール

Macintoshへのインストール

1. Image Labインストール用USBメモリを、USBポートにさします。

2. 内容が表示されたら、アイコンをダブルクリックします。

Mac とWindows の２つのフォルダが現れます。

3. Macフォルダを開きます。

4. “Image Lab.dmg” のファイルをダブルクリックします。

5. その中にあるImage LabのアプリケーションアイコンをMacintoshのApplication Folderへドラッグします。

以上でMacitntoshへのインストールは終了です。

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WindowsへのImage Labソフトウェアのインストール

通常版の Image Lab のインストールにはライセンスコードを必要としませんが、セキュリティエディ

ションのインストールにはライセンスコードが必要です。

重要：

セキュリティエディションをインストールする際には、製品に付属する18桁のライセンスコードをあらかじめご準備ください。もし、ライセンスコードを示す書類が見当たらない場合には、インストールを試みる前にバイオ･ラッドの担当者までお問い合わせください。

通常版またはセキュリティエディションのインストールにあたっては、次の事項もご参考ください。

• 通常版をインストールした後に、セキュリティエディションをインストールする場合は、まず通常版をアンインストールしてから、セキュリティエディションをインストールする必要があります。

• セキュリティエディションのライセンスを持ち、インストールが完了しても、その機能を有効化するためにはImage Lab の Administrator権限が必要です。この権限を持つユーザーのみセキュリティモードの有効化/無効化の切り替えを行うことができます。

参考：

Image Lab の Administrator 権限を持つユーザーは、必ずしもネットワーク上の

Administrator やITの管理者である必要はありません。

• もし、セキュリティエディションのライセンスを持たないユーザーがセキュリティエディションをインストールした場合には、Image Lab起動時に毎回コード入力画面が表示されます。セキュリティエディションのライセンスが無い場合は必ず通常版をインストールしてください。

Windowsへのインストール

1. Image Labインストール用USBメモリを、USBポートにさします。

2. 内容が表示されたら、アイコンをダブルクリックします。

Mac とWindows の２つのフォルダが現れます。

3. Windows フォルダを開き、ImageLabSetup.exe をダブルクリックしてインストーラーを起

動します。

4. インストーラーのWellcome画面が表示されたらNextをクリックします。

5. ライセンス確認の画面が表示されたら、内容を確認した上で I accept the terms・・・にチェックを入れNextをクリックします。

Next I accept the terms ・・・を選択 Next

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6. インストールするライセンスの種類を選択する画面が表示されます。

通常版（Standard Edition）をインストールする場合はデフォルト設定のまま（Install Standard

Editionにチェック） Nextをクリックします。

セキュリティエディション（Security Edition）をインストールする場合はInstall Security Edition にチェックを変更します。

（セキュリティエディションを選択した場合のみ）

セキュリティエディションのライセンスコードの入力画面が表示されます。18桁のコードを3つのウィンドウに分割して入力してNextをクリックします。

もし、正しいライセンスコードが分からない場合には、次のどちらかを行います。

• Backキーをクリックし元の画面に戻り、通常版（Standard Edition）をインストールします。

• 仮に任意の18桁の数字を入力すると、セキュリティエディション（Security Edition）をインストールすることができます。ただし、正しいライセンスコードを入力するまで、セキュリティモードを起動することはできません。

後から、正しいライセンスコードを入力してアクティベーションする作業の詳細については、

セキュリティエディションの取扱説明書をご参照ください。

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7. インストール先フォルダの確認画面が表示されたら、そのままNextをクリックします。

8. インストール開始の確認画面が表示されたらInstallをクリックします。

9. ドライバーのインストール確認画面が表示された場合は、その都度Install をクリックしてインストール作業を継続します。

Installをクリック Install

10. インストールが完了すると以下の画面が表示されます。Finish をクリックしてインストーラーを終了します。

参考：

デフォルトの設定では、インストーラー終了時にリリースノートを表示するオプションが On になっています。不要であれば設定を変更します。

参考：

デフォルトの設定では、インストーラー終了時にインストールログを表示するオプションが Oｆｆになっています。必要であれば設定を変更します。インストールログを表示すると以下の例のような画面が表示されます。

参考：

Windows 7 では、Image Lab のインストール中に各種デバイスドライバーもインストールされ

ますが、以下のようなメッセージが表示されることもあります。このメッセージは、必要なドライバーがインストールできていても表示されることがあるので、無視してください。

以上でWindows版のImage Labのインストールは終了です。

Finish

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第 2 章 Image Lab ソフトウェアの概要

Image Labソフトウェアは、バイオ・ラッドの画像撮影装置の制御、データ解析、プロトコルファイルへ

の撮影条件の保存を行うのに用います。

メイン画面

Image Lab を起動すると、次のメイン画面が表示されます。

Image Labソフトウェアではイメージ画像、プロトコル、および各種選択画面は、全てワークスペー

ス（メインウィンドウの灰色の領域）に開かれます。

ウィンドウの大きさを調整することで複数の画像やプロトコルを同時に表示することができ、解析結果を並べて比較することができます。

デスクトップに複数のファイルを開いている場合、Windowメニューにそのファイル名が表示されます。Window メニューのファイル名をクリックするか、直接そのウィンドウをクリックすることで、アクティブ（使用中）にすることができます。アクティブのファイルは、画面上部のバーが濃紺色となります。

メインツールバー

解析ツールボックス

スタートページ

ワークスペース上部メニュー

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スタートページ

ソフトウェアを起動したときに表示されるスタートページでは、最近使用したプロトコルやイメージファイルがリストとして表示されます。前回と同じ条件（イメージサイズ等）でゲルを撮影したい場合は、

ここからプロトコルファイルを選択するだけで条件設定が終了します。

Image Lab で保存したファイル（拡張子.scn）だ

けでなく、8-, 16-ビットのグレースケールTIFFイメージ（拡張子.tif）のファイルも開くことができます。

ソフトウェア起動時にスタートページを表示させたくない場合は、左下の Always show on startup のチェックを外します。

メインツールバー

ソフトウェア上部に位置するツールバーのアイコンは、いつでも利用することが可能です。解析結果の表示方法に関する様々なボタンがあります。また、Screenshot（スクリーンショットツール）をクリックすると、表示している画面のキャプチャをクリップボードに送ったり、ファイルとして保存したりすることができます。またUndoおよびRedoボタンには回数の制限がないので、間違った操作を容易に訂正することができます。

プロトコルを表示するためのツールおよび解析結果の様々な表示形式を以下に示します。これらのツールに関する詳細は、第4章イメージの表示（33ページ～）で説明しています。

解析結果の表示ツール

ゲルイメージを解析した結果は、Analysis Table（解析値一覧表）、Lane Profile（デンシトグラム）、

Standard Curve（標準曲線）、またはReport（レポート形式）で表示することができます。これらの

解析結果は、選択されている画像もしくはレーンについて表示されます。複数の解析結果を一度に表示することもできます。

画面表示に関するツール

イメージ画像ウィンドウの上方にある Display Toolbox を使うと、目的に応じた表示形式で画像を表示することができます。

画像情報立体画像表示画

像色の変更色調調整全体表示ズームアウトズームインゲルオプ

ション

解析結果の表示

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解析用ツール

Analysis Tools は撮影した画像の分子量や濃度を解析するための解析用ツ

ールです。

Auto Analysis ボタンを押すと、全自動で画像を迅速に解析します。

以下のツールは、解析をカスタマイズしたい場合に使用します。

1. Image Tools は画像を反転、回転させることができます。また、イメージファイルから必要部分を切り取ったり、合成（重ね合わせ）を行ったりすることができます。

2. Lane and Bands はバンドやレーンの検出機能を制御します。レーンの数や太さの変更、調整を行うことができます。またバンドの検出、追加、削除などを行うことができます。

3. MW Analysis Tools は分子量（核酸ゲルを使う場合は塩基対）を算出します。スタンダードのレーンを選択し、検量線を作成することができます。

4. Quantity Tools は相対値または絶対値を用いて自動的にバンドを定量します。

5. Annotation Tools は研究者が関心をもったレーンやバンドにテキスト情報を付与します。

6. Volume Toolsは自ら定義した境界領域内のシグナルを積算し定量化します。

これらのツールの詳細は、第5章イメージの解析（61ページ～）にて説明します。

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ステイタスバー

メインウィンドウの右下のステイタスバーは、使用している撮影装置の機種名およびイメージファイル上でマウスが示す位置の X 値および Y値を示しています。また、その位置における Intensity

(Int) またはOptical Density (OD) も表示しています。数値の単位や最大範囲は、撮影に用いた

イメージャーの機種や撮影条件に依存します。

上部メニューコマンド

ここでは上部メニューに含まれる全てのコマンド（File, Edit, View, Window, Help）について説明します。これらの機能の多くはツールバーやスタートページからも使うことができます。

ファイル：File

◼ ファイル管理

File > New Protocolにより、新しいプロトコルを作成することができます。この機能はスタンド

アローンタイプの ChemiDoc Touch (MP) では使用しません。

File > Openにより、ファイルを閲覧したり、以前に保存したプロトコルファイルまたはイメージフ

ァイルを検索したりすることができます。

参考：

StripまたはTileフォーマットで保存された、非圧縮またはLZW圧縮されたほとんどの8-,

16-bit TIFF イメージを開くことができます。多くのグレースケール TIFF はこの形式で保

存されています。

File > Recent Imagesにより、最近使用したイメージファイルを選択して開くことができます。

File > Recent Protocolsにより、最近使用したプロトコルを選択して開くことができます。

File > Saveにより、プロトコルファイルまたはイメージファイルを保存することができます。プロ

トコルは拡張子.ptl (または.sptl)で保存されます。イメージファイルは拡張子.scn (または.sscn)で保存されます。

File > Save Asにより、プロトコルまたはイメージファイルに名称をつけ保存することができます。

通常は元ファイルとは別名で保存するために使用します。

File > Create Multichannel Imageにより、現在開いている2枚以上の画像（Single Channel で撮影したもの）を重ねたMultichannelの画像を合成することができます。

File > Split Multichannel Imageにより、Multichannel画像から各画像を分離することができます。このコマンドはMultichannel画像解析時のみ表示されます。

装置名ｶｰｿﾙ位置ｼｸﾞﾅﾙ強度

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File > Closeにより、操作中のアクティブな画面を閉じることができます。

File > Close All により、ImageLab のデスクトップ上にある全ての画面を閉じることができま

す。

◼ 出力 (Export)

File > Export により、ゲル画像または解析結果一覧を出力することができます。出力形式に

は7つの選択肢があります。

• 表示画像の出力：Export for Publication

主として閲覧、プレゼンテーション用のゲル画像を出力します。出力形式とし

て.bmp, .png, .jpg, と.tifフォーマットを選択することができます。ゲルは全てのレーン、バン

ドおよびテキスト情報とともに出力されますが、定量性は維持されません。単なるスクリーンショットと同じレベルの画像になるため、別のソフトウェアで解析をすることはできません。

• 解析用画像の出力：Export for Analysis

全ての画像データを保持した.tif フォーマットでファイルを出力します。解析した数値データやテキスト情報は含まれません。このファイル形式は Quantity One^® 等の別のソフトウェアで画像を解析するために使用することができます。

• Pulse Netへの出力：Export for Pulse Net

8-bitの.tifフォーマット、解像度300 dpi に調整して画像を出力します。

• レーンとバンド解析結果のExcelへの出力：Lane and Band Table to Excel

あらかじめコンピューターにExcelなどの表計算ソフトウェアをインストール済みの場合、レーンとバンドのデータ表がその表計算ソフトウェア上で立ち上がります。

• レーンとバンド解析結果のCSVへの出力：Lane and Band Table to File

レーンおよびバンドの情報をCSV（カンマ区切りフォーマット）ファイルとして出力します。CSV ファイルはデータベースアプリケーションで開くことができます。

• ボリューム解析結果のExcelへの出力：Volume Table to Excel

あらかじめコンピューターにExcelなどの表計算ソフトウェアをインストール済みの場合、ボリューム解析したデータ表がその表計算ソフトウェア上で立ち上がります。

• ボリューム解析結果のCSVへの出力：Volume Table to File

ボリューム解析したデータ表を CSV（カンマ区切りフォーマット）ファイルとして出力します。

CSVファイルはデータベースアプリケーションで開くことができます。

ファイルの出力に関する詳細な情報については第7章結果の出力（109ページ～）をご参照ください。

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◼ 画像情報表示

File > Image Infoにより、ゲルおよびブロットイメージの基本情報が表示されます。情報には

解像度、濃度範囲、および撮影条件、使用した光源などが含まれます。

情報は4つのタブ（Image Details、Analysis Settings、Calibration Report, Notes）に分類されています。

画像情報表示 Image Info に関する詳細な情報については41ページをご参照ください。

◼ 印刷

File > Page Setupにより、用紙の向き（縦向、横向）、余白、使用プリンタおよびサイズなどの

プリントの設定を行います。

File > Printにより、ゲルのプリントプレビューおよびヘッダー情報が表示されます。ヘッダー情

報にはイメージのファイル名、ユーザー名およびプリント日／時間が含まれます。プリンタの機種、印刷数を設定することができます。

◼ 終了

File > Exit により、（プロトコルまたはイメージの変更を保存するかを確認した後）Image Lab

を終了します。

編集：Edit

◼ 操作の取り消し

Edit > Undoにより、最後のアクションを元に戻します。

Edit > Redoにより、最後のアクションをやり直し（Undoのキャンセル）します。

◼ 画像キャプチャ

Edit > Screenshotにより、表示されている画面やレーンプロファイルをキャプチャすることがで

きます。このキャプチャ画像はクリップボードに貼り付けたり、名称をつけてファイルに保存したりすることができます。

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◼ 装置の設定

Edit > Default Imagerにより、2つ以上の撮影装置を所有しているユーザーはそれを切り替え

ることができます。

Edit > Instrument Setupにより、機器のシリアル番号および撮影システムの調整状態が確認

できます。システムの再キャリブレーションを行うこともできます。

◼ レポートの設定

Edit > Report Settingsにより、レポートの内容を設定することができます。このダイアログは

4つのタブを含んでいます。Lane Statistics タブ以外の3つのチェックボックスはデフォルトで ON になっています。レポートに含めたくない項目がある場合は、ボックスのチェックを外します。

この設定は再び変更するまで、全てのレポートに適用されます。詳細は第6章レポートの作製

（103ページ～）をご参照ください。

• Generalタブでは、画像の基本情報の表示／非表示の設定を行います。

• Lane and Band Tableタブでは、出力レーンの選択や、出力項目の選択を行います。

• Volume Tableタブでは、ボリューム解析での出力項目の選択を行います。

• Lane Statisticsタブでは、レーン間の補正(Normalization) に関係する値の表示／非表示の設定を行います。

Edit > Preferencesは2つのタブを含んでいます。

• プロトコルタブは、画像ファイル保存時のデフォルトファイル名の設定を行います。ファイル名にユーザー名、日付／時間を入れるかどうかを選択することができます。

• Colorsタブは、Lane Frame、Lane、Band、Band AttributeおよびMW Legendなどのゲル中の図形要素の配色を選択することができます。異なる色彩配合で画像を表示すると、画像の全ての構成要素を容易に識別することができます。

表示：View

◼ サブウィンドウの設定

View > Image Overviewにより、画像の全体を示す小さいサブウィンドウを開きます。またサ

ブウィンドウ内にメインウィンドウに表示している領域の輪郭を描いた赤色の長方形を描きます。

この長方形をつかんで移動（Grab 機能）することで、メイン画面の画像の表示範囲を変更することができます。画像を拡大したときに使用すると便利です。

View > Operations Historyにより、作業履歴を示すウィンドウを開きます。

View > View System Logにより、Image Labの内部コマンド実行履歴を表示します。

View > View (Instrument) Logにより、撮影装置に関するコマンド実行履歴を表示します。こ

のコマンドは撮影装置が接続されている場合のみ表示されます。

View > View (Document) Logにより、セキュリティ管理に関するコマンド実行履歴を表示しま

す。このLogはセキュリティエディションのみ作成されます。

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セキュリティメニュー：Security Menu Commands

本コマンドはセキュリティエディションでのみ表示されます。通常版で使用している場合は表示されません。

詳細は、セキュリティエディションの取扱説明書をご参照ください。

◼ セキュリティ設定の変更

Security > Security Preferences

Image Lab Adminisotrator の権限を持っているユーザーはセキュリティモードと通常モードを

切り替えることができます。

またドメイン設定やローカルグループのセキュリティレベルの変更をすることもできます。

Security > Rename Security Groups

Windows の Administrator の権限を持つユーザーでログインしている場合には、Image Lab

のセキュリティレベルを決定するグループ名を変更することができます。デフォルトのグループ名はTDS_Administrator, TDS_User, TDS_Tech, TDS_Guestです。

このオプション変更はローカルユーザーとしてWindows Administratorの権限を持つユーザーがログインしているときのみ表示されます。

ここで入力されるグループ名は Windows に登録されているグループ名と一致している必要があります。

◼ 署名

Security > Sign Document

ユーザーは画像やプロトコルファイルに署名を行うことができます。ユーザーはユーザー名およびパスワードを入力し、署名をする理由も記入します。書類に署名がなされると、システムログファイルに署名理由とともに記録されます。

◼ セキュリティエディションのライセンス削除 Security > Deactivate Security Edition

セキュリティエディションのライセンスをコンピューター上から削除します。

通常モードへの切り替えとは異なり、ライセンスそのものを削除します。

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ウィンドウ：Window

ウィンドウメニューは、ワークスペース上に開いている複数の画像ファイルの表示を制御します。

開いている全ての画像およびプロトコルのリストが本メニューの一番下に表示されます。

◼ ウィンドウの整列

Window > Tileにより、開いている全ての画像ファイルを一度に見ることができるように、それら

を等間隔に整列させます。

Window > Tile Horizontalにより、開いている全ての画像ファイルを上下に並べます。

Window > Tile Verticalにより、開いている全ての画像ファイルを左右に並べます。

Window > Cascadeにより、開いている全ての画像ファイルおよびプロトコルをタイトルバー分

だけずらして積み重ねます。タイトルバーを確認することでファイルを容易に選択することができます。

◼ ウィンドウの同調

Window > Imitate Zoomにより、開いている全ての画像のズーム設定を、現在選択されてい

る画像ファイルと同じズーム率に変更します。

Window > Imitate Transformにより、開いている全ての画像のコントラストを、現在選択され

ている画像ファイルと同じ設定に変更します。

◼ ウィンドウの順送り

Window > Next により、開いている全ての画像ファイルを最も古いものから最も新しいものの

順に表示します。

Window > Previousにより、開いている全ての画像ファイルを最も古いものから最も新しいも

のの順に表示します。

ヘルプ：Help

◼ ヘルプコマンド

Help > Image Lab User Guideにより、Image Lab のマニュアルPDF（英文）を表示します。

Help > Instrument User Guidesにより、各種撮影装置のマニュアルPDF（英文）を表示しま

す。

Help > Aboutにより、Image Labソフトウェアのバージョンおよびリリース情報を表示します。

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(25)

第 3 章プロトコル

Image Labソフトウェアを用いた画像撮影では、まず撮影条件を設定したプロトコルを作成します。プロ

トコルでは、撮影条件の他に、データ解析条件、カスタマイズしたレポートの作製までを設定することができます。プロトコルファイルは修正や再利用することも可能で、シングルチャンネル（単一条件）での撮影だけでなく、イメージャーの機種によってはマルチチャンネル（複数条件）の撮影にも対応しています。

データ解析については、ChemiDoc Touch, ChemiDoc Touch MP のようなスタンドアローンタイプのイメージャーで撮影した画像にも対応しています。

重要：

本章では、プロトコルの作製と実行に関する主な手順を説明しますが、設定内容の詳細は使用された画像撮影装置に依存して変わります。詳細は、お使いの画像撮影装置の取扱説明書をご参照ください。

イメージャーの機種による表示の違い

Image Lab ソフトウェアをインストールしたコンピューターにイメージャーが接続されていた場合に

は、Image Lab ソフトウェアはイメージャーの機種に対応した画面表示となります。コンピューターにイメージャーが正しく接続されているかを確認するには、画面右下のステイタスバーを確認してください。接続しているイメージャーの機種名がステイタスバーに表示されています。緑色のチェックマークは、Image Labソフトウェアによってイメージャーが正しく認識されていることを示します。

注意：

本章では、プロトコルの機能により、撮影、解析、データ出力の工程を自動的に行う手順をご説明します。撮影済みのイメージの解析方法については、第 5 章イメージの解析（61 ページ～）をご参照ください。

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プロトコルのセットアップウィンドウについて

スタートページのNewを選択するか、ツールバーまたはメニューバーからNew Protocolを選択してプロトコルの編集を開始します。カスタムプロトコルを作成するには各画面でパラメータの設定を行う必要があります。

プロトコルを新規作成すると以下の画面が表示されます。画面の左側にいくつかのステップ名が表示されます。

Step 1. Gel Imaging

Step 2. Lane and Band Detection Step 3. Analyze Molecular Weight Step 4. Specify Output

プロトコルで自動的に実施したいステップにのみチェックを入れます。例えば撮影だけで解析までは実施しないのであれば、Gel Imagingのステップにのみチェックを入れます。

各ステップを選択すると設定項目が表示され、必要な条件を変更することができます。

参考：

この画面は GS-900 でのプロトコル作成の初期画面です。機種に応じてプロトコルの設定画面は異なります。

(27)

既存のプロトコルを選択すると、Protocol Summary画面が開きます。そのプロトコルを編集したい場合は、画面左側にあるProtocol Setup のウィンドウから編集したいプロトコルのプロセス名をクリックします。

参考：

この画面は GS-900 でのプロトコル作成の初期画面です。機種に応じてプロトコルの設定画面は異なります。

(28)

プロトコルの作成

画面の左側に表示されている各ステップについて、順に設定していきます。すべての設定が終わっ

たら、Protocol Summary から設定内容を確認することができます。また、元のステップ画面に戻

って設定しなおすこともできます。

参考：

イメージャーの機種に応じてプロトコルの設定画面は異なるため、本取扱説明書の図とは少し異なることがあります。

Step 1. Gel Imaging （画像撮影条件の設定）

画像撮影のための条件を指定するため、次の事項について設定を行います。

• Application

染色剤の種類に応じて、設定済みの画像撮影条件の中から選択します。

• Imaging Area

画像撮影エリアを指定します。

• Image Exposure

撮影の露光時間を指定します。自動露光の条件、または任意の時間を設定します。

• Display Options

画面表示のオプションを指定します。

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Custom Applications

画像撮影のために選択可能なアプリケーションは、サンプルタイプ（染色剤など）に応じて最適な条件があらかじめ定義されています。選択肢の種類は、画像撮影装置の種類に応じて異なります。

アプリケーションメニューの中には、個別に条件を設定できる Custom という選択肢もあります。

設定済みのアプリケーションと同じ条件をカスタムで作成し、別名で保存することもできます。いったん保存したカスタムアプリケーションは、再利用したり編集したりすることもできます。

Custom Application を作成することにより、次のような設定を組み合わせた撮影条件を設定す

ることができます。

• Light Source

• Filter

• Tray

• Image Color

• Binning

• Scan mode 参考：

Custom Application の設定方法の詳細は、お持ちの画像撮影装置の取扱説明書をご参照くだ

さい。

Multichannel 撮影の設定

マルチチャネルプロトコルで画像を撮影できるイメージャー（ChemiDoc MP）では、チャネルごとに撮影条件の設定画面が表示されます。ひとつのチャンネルの設定を行うと、他のチャンネルのアプリケーションの選択肢には、残りの設定可能な条件が表示されます。

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Step 2. Lane and Band Detection （レーンおよびバンドの検出）

イメージ解析の方法を指定するため、まずレーンとバンドの検出条件から設定します。

Image Lab ソフトウェアはゲルやブロットの解析にあたって、まずレーンとバンドの検出を行う必要

があります。画像上の薄いバンドを検出できるように、バンド検出を高感度に設定することもできます。また、Image Lab はバックグラウンドを自動的に差し引くこともできます。バンド検出の感度を高く設定しすぎると、バックグラウンドレベルのノイズまでバンドとして検出してしまうこともあります。逆にバンド検出の感度を低く設定しすぎると、興味のあるバンドを検出できないこともあります。バンド検出の設定方法に関する詳細は、第 5 章の「バンドの検出（78 ページ～）」をご参照ください。

参考：（マルチチャンネル撮影が可能な ChemiDoc MP のみ）

マルチチャンネルでの撮影と解析において、バンド検出の感度を個別に設定することはできません。

同じバンド検出の設定で、すべてのチャンネルが自動解析されます。プロトコルによる撮影後であれば、Lane and Bands ツールを使って、個別にバンド検出の感度を調整することができます。

レーンとバンド検出の設定方法

1. Protocol Setupウィンドウにある 2. Lane and Band Detection のチェックボックスを、Onにします。

2. レーンとバンドの検出オプションを設定します。

◼ Low Band Detection Sensitivity ：低感度検出

この設定はシグナルの強いバンドを含むイメージに対して、感度を低め（Custom 設定では 25 に相当）にしてバンドの検出を行うものです。この設定では薄いバンドは検出されません。

◼ High Band Detection Sensitivity ：高感度検出

この設定はシグナルの弱いバンドを含むイメージに対して、感度を高め（Custom 設定では 75 に相当）にしてバンドの検出を行うものです。薄いバンドまで検出されます。不要なバンドはあとで、Analysis Tool Box のBands ツールを使って削除することができます。具体的な方法は、第5章の「バンドの修正（81ページ）」をご参照ください。

(31)

◼ Custom ：カスタム検出

この設定はバンド検出の設定値をマニュアルで入力します。

サンプルに最も適した検出感度を選択するために、1～100の数値を入力します。

◼ Advanced ：高度なバンド検出の設定

バンド検出に関する様々なパラメータ（Sensitivity、Size Scale、Noise Filter、Shoulder

value、Band Limit）を設定します。具体的な方法は、第 5 章の「バンドの検出（78 ページ

～）」をご参照ください。

補正条件（Normalization）の設定方法

（マルチチャンネル撮影が可能な ChemiDoc MP のみ）

マルチチャンネル撮影した画像の中で、補正用のチャンネルを指定し、レーン間のシグナルの補正に用いることができます。

具体的な方法は、第5章の「Volume データのノーマライズ（82ページ～）」をご参照ください。

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Step 3. Analyze Molecular Weight （分子量の解析）

このステップを用いて使用中のスタンダードの種類（大きさ）を選択し、さらにスタンダードを流したレーンを指定することでゲル中のバンドの分子量（塩基対）を推定することができます。

サンプルの分子量解析の設定方法

1. Protocol Setupウィンドウにある 3. Analyze Molecular Weight のチェックボックスをOnにします。

2. Mol. Wt. Standardの横にあるChangeをクリックするとManage Standardsダイアログボック

スが開きます。これにより、リストにないスタンダードを追加したり、分子量を編集したりすることができます。

参考：

ただし赤い文字で表示されているプリインストールのリストは編集（Edit、Delete、Rename）することができません。このリストを編集したい場合は一度Copyを使ってリストを複製し、複製した新しいリスト（黒い文字で表示）を編集します。

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3. リストからスタンダードを選択して、OK をクリックします。

もし使用したスタンダードがリストにない場合は、次のI～IIIのどれかを行います。

I. リストに表示されるスタンダードのタイプを変更

画面下の Show (Protein) のドロップダウンリストをクリックして、All Standards に変更しま

す。リストの中に使用したスタンダードがあれば、それを選択します

II. 設定済みスタンダードをコピーして編集

(1) Mol. Wt. Standardの横にあるChangeをクリックするとManage Standardsダイアログボックスが開きます。これにより、リストにないスタンダードを追加したり、分子量を編集したりすることができます。

(2) 使用したスタンダードに近い内容のスタンダードを選択します。

(3) Copy をクリックします。

リストにコピーされたスタンダードが追加されます。

(4) コピーされたスタンダードを選択します。

(5) Edit をクリックします。

Edit Standard ダイアログボックスが開きます。

(6) 使用したスタンダードに一致するように、Name、Type、Units、Value を編集します。

(7) 編集が終わったらOKをクリックします。

III. 新たにスタンダードの情報を追加

(1) Mol. Wt. Standardの横にあるChangeをクリックするとManage Standardsダイアログボックスが開きます。これにより、リストにないスタンダードを追加したり、分子量を編集したりすることができます。

(2) New をクリックします。

Edit Standard ダイアログボックスが開きます。

(34)

(3) 使用したスタンダードの名前を Name に入力します。

(4) Type のドロップダウンリストから、Protein Standard または Nucleic Acid Standard を選択します。

(5) Units のドロップダウンリストから、スタンダードの単位（kDa, pI, bp, kb, Mb）を選択します。

(6) Add をクリックします。

Edit ダイアログボックスが開きます。

(7) スタンダードの値（分子量等）を入力し、OK をクリックしますDescription は任意です。

参考：少なくとも2点以上を入力する必要があります。

(8) 値の入力が終了したら、OKをクリックします。

4. Standards Lanes ボックスに、分子量スタンダードを泳動したレーン番号を入力します。

レーン番号またはFirst、Lastという単語を入力することで、スタンダードを流したレーンを指定することができます。複数のレーンを指定する場合はカンマで区切ります。例えば、18 ウェルゲルを使用していて、1、10、18レーンにスタンダードを流した場合、First, 10, Lastと入力します（1,

10, 18と入力することも可能です）。

参考：

スタンダードは最初と最後のレーンに配置すると、効果的に働きます。

核酸サンプルの場合は、タンパク質と同様にバンドのサイズ(bp) を確認することができます。

5. 適切な回帰式を選択します。

• Point-to-Point (semi-log)

• Linear (semi-log)

• Logistic

• Cubic Spline

回帰法の計算に関する情報は、後述の回帰法の選択（31ページ～）をご参照ください。

(35)

Step 4. Specify Output （レポート設定）

1. Protocol Setupウィンドウにある 4. Specify Output のチェックボックスをOnにします。

2. プロトコルが終了したあと、レポートを自動的に表示するか、プリントアウトするかを選択することができます。

◼ Output Action

• Automatically Print Image ：撮影後に自動的に画像印刷まで行います。

• Automatically Print Report ：撮影後に自動的解析し、結果印刷まで行います。

• Display Report ：撮影後にレポートを画面に表示します。

◼ Custom Report Title

レポートに任意のタイトルをつけることができます。

レポートは上部メニュー Edit > Report Settingsのオプションを用いてカスタマイズすることができます。

レポートオプションの設定に関する詳細は、第6章レポートの作成（103ページ～）をご参照ください。

(36)

プロトコルの設定内容の確認

Protocol Setupウィンドウにある Protocol Summary をクリックすると、プロトコルの設定内容を確

認することができます。

保存済みのプロトコルの編集

保存済みのプロトコルを開いて、編集して別名で保存することもできます。

プロトコルの実行

プロトコルの実行方法の詳細は、お使いの画像撮影装置の取扱説明書をご参照ください。

参考：機種によってプロトコルの実行手順が少し異なります。

プロトコル実行の方法

1. ゲルをイメージャーにセットします。

2. プロトコルの設定画面で、Run Protocol をクリックします。

(37)

プロトコルが実行されると、画面が撮影モードになります。

画像撮影後、プロトコルで指定された工程（検出、解析、出力など）を実行します。プロトコルのステップが画面上部に示され、どの工程を実行しているかハイライト表示します。

プロトコルが終了すると、ワークスペースに画像が現れます。さらなる解析を実施したり、編集、保存したりすることができます。

プロトコルの中断

Cancel Run をクリックします。

回帰法の選択

未知のバンドの分子量/塩基対を算出するために、回帰法を指定します。ソフトウェアは標準曲線を算出するためにスタンダードバンドの Rf (Relative Front)値および分子量値を用います。次に、標準曲線を用いて、未知のバンドの値を算出します。標準曲線の形状は選択した回帰法に基づいています。

Protocol Setupウィンドウにある 3. Analyze Molecular Weight のステップにおいて、次の4つの回帰法のいずれかを選択します。

回帰法スタンダードバンドの必要最小数

Linear (semi-log) 2

Point-to-Point (semi-log) 2

Logistic 5

Cubic Spline 5

未知バンドの分子量は、Analysis Table の Mol.Wt. / Base Pair のカラムに表示されます。もし、

スタンダードのバンドの数が必要最小数に満たなかった場合には、未知バンドの分子量は計算されません。

各回帰法が標準曲線ウィンドウのデータにどれほど適合するか、グラフで確認することができます。

詳細は、第4章の「スタンダードカーブ（59ページ）」をご参照ください。

Linear (semi-log)法ではR²値をみることで標準曲線の適合性を判断することができます。R²値が

1.0に近ければ近いほど、データは標準曲線に適合します。

スタンダードカーブの表示

1. ツールバーの Standard Curve をクリックします。

2. Standard Curve ダイアログボックスで、Mol.Weight Standard Curve タブをクリックします。

回帰法の計算に関する情報は、付録A 回帰法の計算（120ページ～）をご参照ください。

MW Analysis Tools の詳細は、第5章の「(3) Molecular Weight (MW) Analysis Tools（87ページ

～）」をご参照ください。

(38)

(39)

第 4 章イメージの表示

ゲルが撮影されると、イメージはワークスペースに表示されます。

イメージの色調最適化や解析のための多くの機能がソフトウェアに搭載されています。

解析結果の概要

上のイメージは、バンドおよびレーンを検出したゲルイメージをテキスト情報つきで示したものです。

テキスト情報はオーバーレイとして表示されており、表示または非表示を選択することができます。

詳細情報は次ページをご参照ください。

解析結果を表示するための様々な機能があります。データは結果一覧表、レーンプロファイル、標準曲線およびレポートなどの形式で表示することができます。

ゲルイメージ上の表示項目

ゲルイメージの上のツールバーにあるアイコンから、画面に表示する情報の選択、表示形式などを設定することができます。

テキスト情報レーンラベル

分子量

ラベルレーンフレーム

スタンダードレーン

バンド

レーン

画像情報立体画像表示画

像色の変更色調調整全体表示ズームアウトズームインゲルオプショ

(40)

表示項目の選択：Display Gel Options

イメージを表示しているときにツールバーにあるDisplay Gel Optionsボタンをクリックすると、画面に表示する情報を取捨選択することができます。

◼ テキスト情報：Annotations

イメージ上に描かれたテキスト情報および矢印などの表示／非表示を選択することができます。

◼ レーンおよびバンド：Lanes And Bands

レーンフレーム、レーン、バンド、レーンラベルおよび分子量のイメージオーバーレイについて、

表示／非表示を選択することができます。

◼ バンドの特性：Band Attributes

選択したレーンまたは全てのレーンについて、以下のいずれかの情報をレーン上に表示することができます。表示したい項目をプルダウンメニューから選択します。

• Band No. ：バンド番号

• Band Label ：バンドラベル

• Mol. Wt. （Molecular Weight）：分子量

• Relative Front ：Rf値

• Adj. Volume ：補正後のVolume値

• Volume ：バンドのシグナル強度の積分値

• Abs. Quant. （Absolute Quantity）：絶対定量値

• Rel. Quant. (Relative Quantity) ：相対定量値

• Band % ：レーン中の全てのバンドの積分合計値と比較したバンド積分値の百分率

• Lane % ：レーンの全積分値と比較したバンド積分値の百分率

(41)

◼ 定量領域：Volumes

Volume Toolsを使用してゲル上に定量用の境界を描いた場合、定量領域とそれらのラベルを

表示することができます。これは自動的に行われるレーン解析の定量領域とは異なるため

Volume Tools を使用していない時は使用することができません。

イメージの拡大と縮小：Zoom Tools

Zoom Tools により、ゲルイメージのサイズを変更することができます。イメージを拡大する場合は、

プラス（＋）のついた虫メガネのアイコンをクリックします。縮小する場合は、マイナス（－）のついた虫メガネのアイコンをクリックします。

マウスのドラッグ操作による拡大と縮小

1. Alt キーを押したまま、マウスの左ボタンをクリックしたまま移動し（ドラッグ操作）、興味のある

エリアを囲みます。

囲ったエリアが、画面いっぱいに表示されます。

2. ダブルクリックすると、画像全体の表示に切り替わります。

スクロールホイールによる拡大と縮小

1. Ctrl キー(Windows) またはCommandキー(Mac) 押したまま、マウスのスクロールホイール

を回すと、イメージが拡大、縮小します。

2. ダブルクリックすると、画像全体の表示に切り替わります。

イメージの全体表示：Fit in Window

イメージ領域を拡大／縮小しているときにFit in Windowボタンをクリックすると、イメージ全体を表示することができます。

(42)

Image Transform （色調補正）

イメージが持つ階調範囲（明暗値）により画面に表示される最小値(Min)～最大値（Max）の範囲はイメージごとに様々です。ソフトウェアであれば非常に小さい階調差も識別することができます。

しかし、残念ながら人間の眼では、この階調をすべて識別することができません。

Image Transform コマンドは、イメージの輝度およびコントラストを調整し、薄い部分がはっきりと

見えるようにイメージ表示を最適化することができます。それにより、人間の眼でも微妙な色調差を認識することが可能となります。

注意：Image Transform コマンドでの調整はイメージの表示法（見た目）のみ変更するだけで、

定量値には影響を与えません。

Image Transform の設定画面

イメージを表示しているときにツールバーにある Image Transform ボタンをクリックすると、

Image Transform ダイアログボックスが表示されます。

度数分布ヒストグラムは、イメージの全データ範囲および、その範囲内の各ポイントでのデータ量を示しています。

(43)

◼ 色調補正の方法

Image Transform画面に表示されているAuto Scaleボタンを押すと、イメージ色調が自動的に

最適な階調に調整されます。

Image Transform ウィンドウ内にある以下の機能により表示をカスタマイズすることができま

す。

• Highスライダー：

ゲルイメージ中の最大グレースケールの指定。この数値を下げると、薄いものが濃く見えます。

• Lowスライダー：

ゲルイメージ中の最小グレースケールの指定。この数値を上げると、薄いものがより薄く（例：

バックグラウンドが白く）なります。

• Gammaスライダー：

グレースケール曲線を変更します。この数値を変えることで、濃いものと薄いものの差をより際立たせることができます。

1.0は線形です。1 より小さい値はグレースケールの大部分を強度値の前半に再配置します。

1より大きい値はグレースケールの大部分を強度値の後半に再配置します。

スライダーはドラッグして動かすほかに、スライダー横のテキストボックスの中に数値を入力することもできます。スライダーバーをクリックすると一定間隔で大きく移動します。

◼ オプション：Options

Image Transformウィンドウにあるオプションにより、表示形式を変更することができます。

• Invert Image display ：

イメージ表示を白黒反転します。「明るい背景上の暗いバンド」を「暗い背景上の明るいバンド」に反転します。その逆も可能です。

• Highlight saturated pixel ：

飽和したピクセルを赤くハイライトします。このチェックボックスを選択すると、飽和（測定可能な範囲以上に強い）シグナル強度を有するイメージ領域が赤色にハイライトされます。

マルチチャンネルイメージでは、個別のチャンネル上で飽和したピクセルを赤くハイライト表示することはできますが、合成イメージ上では赤いハイライト表示はされません。

• Linear or Logarithmic histogram ：

各強度値でどれほど多くのピクセルがあるかを表示するためにヒストグラムの Y 軸を変更します。

(44)

マルチチャンネルイメージでの色調補正の方法

マルチチャンネルイメージでは、チャンネルごと色調の補正を行うことができます。

まず、ダイアログボックスの下部でチャンネルを指定し、個別に色調を補正して、すべてのチャンネルについても同様に調整を行います。

また、チャンネルごとの表示色を個別に変更することもできます。

Image Transform ダイアログボックスで表示色を変更すると、マルチチャンネルイメージ上のタイ

トルバーやチャンネルボタンの色も同様に変更されます。さらに、合成イメージ上でのバンドの表示色も指定された色に変わります。

(45)

イメージへの配色：Image Colors

イメージ表示の配色パターンを選択することができます。

配色パターンを調整することにより、染色剤の種類やバンドの濃淡を認識しやすくなります。配色パターンを変更しても定量値には影響を与えません。

多くのカラーパターンから表示色を選択することができます。上から 8 色は染色剤の色をイメージしたものです。残りの4色は、濃淡のわずかな違いを強調するための配色となっています。

参考：

マルチチャンネルイメージでは、個々のチャンネルのイメージ色を変更できますが、合成イメージ上の配色をここで変更することはできません。

(46)

3-Dイメージ表示：3-D Projection

3-D アイコンをクリックすると、ゲルイメージが、x、y、z軸を有する3次元モデルに変形します。マウスでドラッグすることにより、イメージを回転させることもできます。画面下部のスライダーを左右に動かすことによって、データポイントの相対的高さを調整することができます。

参考：

マルチチャンネルイメージでは、個々のチャンネルごとに3-Dイメージを表示することができますが、

合成イメージ上では表示できません。

3-Dイメージの表示方法

1. ツールボックスの 3-D アイコンをクリックします。

3-Dイメージが表示されます。

2. マウスをドラッグして、3-Dイメージを見たい位置まで回転させます。

3. イメージを拡大している場合は、「右クリック＋ドラッグ」でイメージを掴んで、表示枠を移動することができます。

任意のポイントにおける強度の確認方法

1. 3-Dイメージの表示中にキーボードの「c」を押すと、緑色の逆円錐形（Cone）が表示されます。

2. 緑色の逆円錐形は、マウスの動きに合わせて移動します。逆円錐形が指す位置における強度と座標が、画面右下（3-Dウィンドウではなく、ImageLabの外枠）に表示されます

3. もう一度キーボードの「c」を押すことで逆円錐形を消すことができます。

スライダー逆円錐形が指す位置の

座標と強度

(47)

イメージ情報の表示：Image Info

Image Info コマンドにより、操作中のイメージ情報を表示することができます。

イメージ情報の表示方法

1. ツールボックスの Image Info アイコンをクリックします。

Image Info ダイアログボックスが表示されます。

2. （マルチチャンネルイメージの場合のみ）チャンネルを選択します。

選択したチャンネルにおけるイメージ情報が表示されます。

イメージツールバー上のアイコンをクリックしてイメージ情報に関する3つのタブを表示します。

• Image Details ：撮影条件と画像に関する情報

• Analysis Settings ：ゲルを解析（バンド検出や分子量解析）したときに用いた設定

• Notes ：テキスト情報の追加や各レーンのカスタムラベルの作成、用

いたサンプルタイプやその他の結果についてコメントします。

(48)

マルチチャンネルイメージの表示

マルチチャンネルイメージでは、各チャンネルのイメージと合成イメージを並べて表示します。合成イメージのタイトルバーには Multichannel と表示され、個々のチャンネルには撮影した Application 名が表示されます。選択中のイメージは、黄色い枠で囲まれます。

マルチチャンネルの表示に関する設定

マルチチャンネルイメージを表示している場合、ツールボックスにはマルチチャンネルの表示設定用のツールが追加されます。これらの設定を使用すると、マルチチャンネルイメージの表示をカラー／白黒に切り替えたり、マルチチャンネルイメージで表示するチャンネルの追加／削除、各チャンネルの表示／非表示、イメージのレイアウトを変更したりできます。

1 合成イメージのRGBカラー／白黒の表示切り替え

2 Channel 1 の表示／非表示の切り替え

5 レイアウトの変更

合成イメージの表示／非表示の切り替え

RGB アイコンをクリックすると、合成イメージの表示／非表示を切り替えます。

(49)

RGBカラー／白黒の表示切り替え

RGB アイコンの右横のドロップダウンリストをクリックし、次のどちらかを選択してください。

• Show Grayscale Composite をクリックして白黒表示に切り替えます

• Show RGB Composite をクリックしてカラー表示に切り替えます

ドロップダウンリストの表示は、GrayscaleとRGBのどちらを選択中かに応じて変わります。

参考：表示中の設定は、レポート、プリントアウト、データ出力の設定にも反映されます。

各チャンネルの表示／非表示の切り替え

ツールボックスのチャンネル表示（C1, C2, C3）をクリックします。

合成イメージ上の各チャンネルの表示／非表示の切り替え

ドロップダウンリストの Show/Hide Channel 1～3をクリックします。

(50)

マルチチャンネルのレイアウト表示の変更

レイアウト変更ドロップダウンリストの中からレイアウトを選択します。

Grid View グリッド表示（デフォルト表示） Vertical View 縦表示

Horizonal View 横表示 Single View 選択チャンネルの表示

ImageLab ソフトウェア ユーザーガイド