PowerPoint プレゼンテーション

(1)

日本蛋白質構造データバンク: PDBj

の紹介とＨＰの使い方

中村春木

大阪大学蛋白質研究所

附属プロテオミクス総合研究センター

蛋白質情報科学研究室

http://www.pdbj.org/

(2)

PDBj

Protein Data Bank

Japan

http://www.pdbj.org/

大阪大学蛋白質研究所にて実施。

（独立法人）科学技術振興機構

バイオインフォマティクス推進センター

（

http://www-bird.jst.go.jp/

）

が

スポンサー

(3)

PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体（３次元）構造情報

原子種とその座標、アミノ酸残基、実験手法、実験時の情報、実験観測

データ（構造因子）を整理して登録する。

X線結晶解析、核磁気共鳴法

(NMR)、電子顕微鏡観測

蛋白質立体構造

(4)

PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体（３次元）構造情報

原子種とその座標、アミノ酸残基、実験手法、実験時の情報、実験観測

データ（構造因子）を整理して登録する。

X線結晶解析、核磁気共鳴法

(NMR)、電子顕微鏡観測

蛋白質立体構造

(Rice dwarf Virus composed of

3,500,000 atoms (1UF2: By

Nakagawa et al., 2003))

(5)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（

_wwPDB

）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース

登録作業

３．蛋白質構造情報の

_{標準XML記述（PDBML）}

の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る

文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する

新規二次データベー

ス

の構築と

解析ツール

の開発

６．教育用蛋白質構造データベース（

_eProtS

）の開発

(6)

日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の実施体制

代表研究者

研究チーム事務員早大サブグループ ProMode 早稲田大学社会科学部阪大情報科学サブグループＰＲＴ阪大情報科学研究科阪大・蛋白研サブグループ eF-site, jV, MrPDB 阪大蛋白研京大サブグループ ASH 京都大学化学研究所阪大蛋白研附属プロテオミクス総合研究センター運営委員会・蛋白質立体構造データベース専門部会月原冨武,長谷俊二,中村春木（阪大蛋白研）郷信広（原研計算科学技術推進ｾﾝﾀｰ）甲斐泰（阪大理学研究科）西村善文（横浜市大総合理学研究科）若槻壮市（高エ研構物質構造科学研究所）飯塚哲太郎（理研播磨研究所）（以上H16-17年度）

wwPDB

新規蛋白質立体構造データベース(PDBML)構築グループ阪大蛋白研解析システム開発と二次データベース構築グループ PDBデータベース管理運営グループ阪大蛋白研ＢＭＲＢデータベース管理運営グループ阪大蛋白研教育用蛋白質データベース作成公開グループ阪大蛋白研

(7)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（

_wwPDB

）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

(8)

(9)

(10)

Rutgers Univ.

UCSD

NIST

大阪大学

蛋白質研究所

PDBj

R

esearch

C

ollaboratory for

S

tructural

B

ioinformatics

グラント

支援

NSF

Dept. of

Energy

NIH

国際蛋白質構造データバンク: wwPDB

(world wideProtein Data Bank)

３万件の構造ﾃﾞｰﾀ

European

Bioinformatics

Institute

(

MSD-EBI

)

JST-BIRD

グラント

支援

構造ｹﾞﾉﾑ

プロジェクト

新たな国際組織

_wwPDB

_{が2003年に創設。}

(11)

Agreement signature

(12)

RCSB-PDB Team

RCSB PDB Team:Ken Addess, Helen M. Berman, Wolfgang F. Bluhm, Phil Bourne, Kyle Burkhardt, Li Chen, Sharon Cousin, Jim Croker, Nita Deshpande, Shuchismita Dutta, Zukang Feng, Lew-Christiane Fernandez, Judith L. Flippen-Anderson, Gary Gilliland, Rachel Kramer Green, Vladimir Guranovic, Shri Jain, Ann Kagehiro, Charlie Knezevich, Andrei Kouranov, Kevin Lwinmoe, Jeff Merino-Ott, Irina Persikova, Suzanne Richman, Melcoir Rosas, Kathryn Rosecrans, Bohdan Schneider, Wayne Townsend-Merino, Susan Van Arnum, Elizabeth Walker, John Westbrook, Alice Xenachis, Huanwang Yang, Jasmin Yang, Christine Zardecki, Cindy Zhang

(13)

The MSD group at EBI

Harry Boutselakis search database

Dimitris Dimitropoulos MSDChem

Joel Fillon eHTPX

Adel Golovin active site

Kim Henrick group leader

Ayzaz Hussain PDB depositions

John Ionides NMR / data model

Melford John DBA

Peter Keller deposition database

leader

Eugene Krissinel MSDfold

Phil McNeil database development

Avi Naim EM validation

Richard Newman EM / PDB

depositions

Tom Oldfield search system leader

Anne Pajon NMR / data model

Jorge Pineda database development

Abdel-Krim Rachedi visualization

Janet Roser-Copeland outreach

Andre Sitnov deposition system

Siamak Sobhany API

Antonio Suarez-Uruena mapping

Jawahar Swaminathan PDB

depositions

Mohammed Tagari EM / deposition

system

John Tate search system

Swen Tromm validation

Sameer Velankar search system

(14)

S. Saeki, A. Takahashi, Y. Shimizu, K. Kobayashi

Y. Ikegawa, R. Igawashi, Y. Kengaku, M. Kusunoki

H. Nakamura, C. Kamada, H. Sakamoto, D. Standley, T. Kosada,

E. Nakatani

PDBj Team at Osaka

(15)

S. Saeki, A. Takahashi, Y. Shimizu, K. Kobayashi

Y. Ikegawa, R. Igawashi, Y. Kengaku, M. Kusunoki

H. Nakamura, C. Kamada, H. Sakamoto, D. Standley, T. Kosada,

E. Nakatani

PDBj Team at Osaka

A. Paehler, R. Yamashita, A. Yoshihara, Y. Matsuki (BIRD-JST)

H. Akutsu (Institute for Protein Research, Osaka Univ.)

N. Ito (School of Biomedical Science, Tokyo Medical & Dental Univ.)

K. Kinoshita (Institute of Medical Science, Univ. Tokyo)

H. Wako (Waseda Univ.), S. Endo (Kitasato Univ.)

H. Toh (Institute for Chem. Research, Kyoto Univ.)

(16)

wwPDBにおける国際協力

(Berman, Henrick & Nakamura (2003) Nat. Struct. Biol. 10, 980)

Rutgers

Univ.

ＵＣＳ

Ｄ

ＮＩ

ＳＴ

PDBj

EBI

RCSB

1) １ヶ所の “アーカイブ・キーパー

(RCSB)”が管理を行う唯一の

データ・アーカイブ。

2) wwPDBメンバー内で、データフォーマットや記述法を

討議する。

3) データ編纂・編集・登録作業を全てのメンバーが行う。

4) 各メンバーはそれぞれ独自のビューアやAPI、サービス

の開発が望まれている。

(17)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース

登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

(18)

(19)

(20)

ＰＤＢデータ登録作業の流れ

ＡＤＩＴによる登録手順 Coordinates Str. Factors Precheck Validation check Title Release date Contact author Exp. Condition etc Deposit section End of ADIT input Display PDB id and

RCSB id Revised PDB file and Validation letter by an editor

Agree or not with the revision

Reply agreement or not within 3 days Registration Completed e-mail Yes No

登録者

PDB編集者

ADIT Auto Deposition Input Tool 登録者の指定した公開時期

PDB

検索サーバー

登録者の指定できる公開時期・すぐ公開する。・登録から半年後か１年後・雑誌が出版された後

(21)

PDBjにおけるデータ登録の変遷

アジア・オセアニア地域から

のデータを中心に、世界全

体の20% ～30%のデータの

登録が行われている。

year

Yearly wwPDB registration number Yearly PDBjregistration number

Yearly registration number

1972 75 80 85 90 95 00 2004

Monthly processed data in 2004

(22)

アジア・オセアニア地区

Japan: 700

Korea 47

Singapore 9

China: 75

Hong Kong 6

Taiwan 49

India 62

Australia 54

New Zealand 17

アジア・オセアニア地区のサブ・トータル:

1019

北米および南米地区

USA 97

Canada 30

Brazil 5

Mexico 1

北米および南米地区のサブ・トータル:

133 ヨーロッパ

Austria 7

Belgium 8

Sweden 20

United Kingdom 45

France 68

Germany 128

Denmark 18

Italy 33

Netherlands 7

Israel 13

Greece 8

Spain 5

Switzerland 43

Finland 17

Czech Republic 1

Hungary 3

Poland 3

Portugal 1

Slovenia 6

ヨーロッパからのサブ・トータル:

434 2004-01-01 ～ 2004-12-31における国別登録量の統計

日本蛋白質構造データバンク（PDBj）での全登録数： 1586

(世界全体での全登録数：

5501)

(23)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の

_{標準XML記述（PDBML）}

の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

(24)

(25)

(26)

(27)

PDB フォーマットファイルの例 (1)

HEADER HYDROLASE 21-AUG-00 1FN8 TITLE FUSARIUM OXYSPORUM TRYPSIN AT ATOMIC RESOLUTION

COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: TRYPSIN; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 EC: 3.4.21.4; COMPND 5 MOL_ID: 2;

COMPND 6 MOLECULE: GLY-ALA-ARG; COMPND 7 CHAIN: B;

COMPND 8 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: FUSARIUM OXYSPORUM; SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: FUNGUS; SOURCE 4 MOL_ID: 2; SOURCE 5 SYNTHETIC: YES KEYWDS BETA BARREL

EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR W.R.RYPNIEWSKI,P.OESTERGAARD,M.NOERREGAARD-MADSEN,M.DAUTER, AUTHOR 2 K.S.WILSON

REVDAT 1 07-FEB-01 1FN8 0 JRNL AUTH W.R.RYPNIEWSKI,P.OESTERGAARD,M.NOERREGAARD-MADSEN, JRNL AUTH 2 M.DAUTER,K.S.WILSON

JRNL TITL FUSARIUM OXYSPORUM TRYPSIN AT ATOMIC RESOLUTION AT JRNL TITL 2 100 AND 283 K: A STUDY OF LIGAND BINDING

JRNL REF ACTA CRYSTALLOGR., SECT.D V. 57 8 2001 JRNL REFN ASTM ABCRE6 DK ISSN 0907-4449

(28)

CRYST1 58.390 86.700 46.270 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 4 ORIGX1 0.017126 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 0.011534 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 0.021612 0.00000 SCALE1 0.017126 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.011534 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.021612 0.00000 ATOM 1 N PRO A 1 29.061 39.981 4.981 1.00 28.69 ATOM 2 CA PRO A 1 29.970 38.922 4.561 1.00 29.08 ATOM 3 C PRO A 1 29.325 38.106 3.429 1.00 29.19 ATOM 4 O PRO A 1 28.097 38.168 3.298 1.00 29.87 ATOM 5 CB PRO A 1 30.106 38.013 5.789 1.00 29.07 ATOM 6 CG PRO A 1 28.749 38.112 6.413 1.00 28.59 ATOM 7 CD PRO A 1 28.387 39.600 6.246 1.00 29.21 ATOM 8 N GLN A 2 30.153 37.412 2.681 1.00 28.13 ATOM 9 CA GLN A 2 29.636 36.572 1.593 1.00 27.95 ATOM 10 C GLN A 2 29.861 35.139 2.082 1.00 27.28 ATOM 11 O GLN A 2 31.038 34.773 2.266 1.00 27.61 ATOM 12 CB GLN A 2 30.373 36.787 0.305 1.00 28.43 ATOM 13 CG GLN A 2 30.346 35.501 -0.539 1.00 29.40 ATOM 14 CD GLN A 2 30.921 35.844 -1.899 1.00 29.51 ATOM 15 OE1 GLN A 2 31.894 35.283 -2.340 1.00 30.56 ATOM 16 NE2 GLN A 2 30.288 36.839 -2.518 1.00 30.01

PDB フォーマットファイルの例 (2)

(29)

PDBフォーマットにおける問題

1. “

固定フォーマット

”の限界

2. “

異なるフォーマットの混在

”による混乱

3. 著者定義における不統一性

アミノ酸残基番号における例

-

90 -

91 -

91 A

-

91 B

-

92 -

93 -

(挿入)

-

90 -

91 -

92 -

96 -

97 -

98 -

(削除)

-

90 -

91 -

92 ···

96 -

97 -

98 -

(flexible部分で観測されない)

データ検証が困難

データ品質管理上の問題が残る。

(30)

PDBML: PDBデータ記述のカノニカル XML

PDBML設計のための留意点:

• “Macromolecular Crystallographic Information

Format (

mmCIF

)” をテンプレートとして利用する。

• mmCIFの包括的な辞書における名前と構造をできる

だけ用いる。

• DTDではなく、さらにいろいろな記述が可能な

XML

Schema

を採用する。

(Westbrook, Ito, Nakamura, Henrick, Berman (2004) Bioinformatics,

in press)

(31)

テンプレートとしてのmmCIF

(macromolecular Crystallographic Information Format)

mmCIF は、

name

と

value

からなるデータ項目

からできており、XMLにおけるelements (

tag

と

content

) との対応性がよいため、PDBフォー

マットから XMLのテンプレートとするのではなく、

mmCIFをXMLのテンプレートとする。

_name

value

↓

(32)

_entry.id 1GOF _cell.length_a 98.000 _cell.length_b 89.400 _cell.length_c 86.700 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 117.80 _cell.angle_gamma 90.00 _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 ' loop_ _atom_site.label_seq_id _atom_site.group_PDB _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.id 1 ATOM N N ALA 1 A 38.840 0.236 1.012 1.00 34.65 1 1 ATOM C CA ALA 1 A 38.356 -0.999 0.357 1.00 42.26 2 1 ATOM C C ALA 1 A 37.098 -1.547 1.056 1.00 41.25 3 1 ATOM O O ALA 1 A 36.619 -0.946 2.028 1.00 29.44 4 1 ATOM C CB ALA 1 A 39.398 -2.114 0.379 1.00 40.70 5 2 ATOM N N SER 2 A 36.610 -2.666 0.495 1.00 32.67 6 2 ATOM C CA SER 2 A 35.411 -3.244 1.202 1.00 34.90 7 2 ATOM C C SER 2 A 35.683 -4.740 1.081 1.00 38.30 8 2 ATOM O O SER 2 A 36.827 -5.147 0.747 1.00 28.59 9 2 ATOM C CB SER 2 A 34.063 -2.660 0.823 1.00 24.49 10 2 ATOM O OG SER 2 A 33.031 -3.308 1.686 1.00 20.37 11

mmCIF の記述例

(33)

PDBML の記述例（１）

HELIX 1 1 ILE A 7 PRO A 19 1 6

<PDBx:struct_confCategory>

<PDBx:struct_conf id="HELX_P1">

<PDBx:conf_type_id>HELX_P</PDBx:conf_type_id>

<PDBx:pdbx_PDB_helix_id>H1</PDBx:pdbx_PDB_helix_id> <PDBx:beg_label_comp_id>ILE</PDBx:beg_label_comp_id> <PDBx:beg_label_asym_id>A</PDBx:beg_label_asym_id> <PDBx:beg_label_seq_id>7</PDBx:beg_label_seq_id> <PDBx:end_label_comp_id>PRO</PDBx:end_label_comp_id> <PDBx:end_label_asym_id>A</PDBx:end_label_asym_id> <PDBx:end_label_seq_id>19</PDBx:end_label_seq_id> <PDBx:beg_auth_comp_id>ILE</PDBx:beg_auth_comp_id> <PDBx:beg_auth_asym_id>A</PDBx:beg_auth_asym_id> <PDBx:beg_auth_seq_id>7</PDBx:beg_auth_seq_id> <PDBx:end_auth_comp_id>PRO</PDBx:end_auth_comp_id> <PDBx:end_auth_asym_id>A</PDBx:end_auth_asym_id> <PDBx:end_auth_seq_id>19</PDBx:end_auth_seq_id>

<PDBx:pdbx_PDB_helix_class>1</PDBx:pdbx_PDB_helix_class> <PDBx:details>3/10 CONFORMATION RES 17,19</PDBx:details> <PDBx:pdbx_PDB_helix_length>13</PDBx:pdbx_PDB_helix_length> </PDBx:struct_conf>

(34)

<PDBx:atom_siteCategory>

<PDBx:atom_site id="1">

<PDBx:group_PDB>ATOM</PDBx:group_PDB> <PDBx:type_symbol>N</PDBx:type_symbol> <PDBx:label_atom_id>N</PDBx:label_atom_id> <PDBx:label_comp_id>THR</PDBx:label_comp_id> <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id> <PDBx:label_entity_id>1</PDBx:label_entity_id> <PDBx:label_seq_id>1</PDBx:label_seq_id> <PDBx:Cartn_x>17.047</PDBx:Cartn_x> <PDBx:Cartn_y>14.099</PDBx:Cartn_y> <PDBx:Cartn_z>3.625</PDBx:Cartn_z> <PDBx:occupancy>1.00</PDBx:occupancy> <PDBx:B_iso_or_equiv>13.79</PDBx:B_iso_or_equiv> <PDBx:auth_seq_id>1</PDBx:auth_seq_id> <PDBx:auth_comp_id>THR</PDBx:auth_comp_id> <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id> <PDBx:auth_atom_id>N</PDBx:auth_atom_id> <PDBx:pdbx_PDB_model_num>1</PDBx:pdbx_PDB_model_num> </PDBx:atom_site>

<atom_record id="1">ATOM 1 A A 1 1 ? . THR THR N N N 17.047 14.099 3.625 1.00 13.79</atom_record>

Full-tag記述 (all)

原子座標のみ別

ファイル(no-atom

& ext-atom)

(35)

(36)

(37)

(38)

(39)

(40)

(41)

(42)

(43)

(44)

zインタラクティブな分子グラフィック

表示を

_{RasMol タイプのコマンドで}

実行

_{(ソースコード公開).}

z

スタンドアローン

_{としても、JAVAに}

より

アプレット

としても利用できる。

zXMLで定義される

ポリゴン

が

表示され操作される。

z

PDBML

ファイル（all & ext-atom）

をパースできる。

http://www.pdbj.org/PDBjViewer/

(45)

(46)

(47)

(48)

PDBMLplus データベースシステム

PDBML (noatom) PDBMLplus Web server XSLT processor downloader Loader RCSB XML-DB PDBMLplus PDBMLplusF download (FTP) FTP server

Internet

GNET Swisprot PIR GenBank EBI CATRES Function/ Source Information Get/Input Tools CATRES Data Annotation Data AddInformation Filtering (error cut etc…)

PDBMLplus

PDBMLplusF

(49)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る

文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

(50)

オリジナルのPDBデータに対する

追加情報の付加。

現状のPDBファイルには、実験条件や実験

手法等、多くの情報が欠落している。また、

アミノ酸残基および原子レベルでの機能情報

が記述されているのはまれである。

そこで、拡張が容易であるXML記述の特性

を生かして、文献や他のデータベースからそ

れらの情報を、アノテータが追加している。

(51)

欠落している実験データの付加

<exptl>

<method>SYNCHROTRON RADIATION</method> <crystal id="1">

<grow auth_validate="N" update_id="6">

<method auth_validate="N" update_id="6">Microdialysis</method> <temp auth_validate="N" unit="&#x2103;" update_id="6">4</temp> <pH auth_validate="N" update_id="6">4</pH>

</grow>

<grow_comp id="1" auth_validate="N" update_id="6"> <sol_id auth_validate="N" update_id="6">1</sol_id>

<name auth_validate="N" type="common name" update_id="6">protein</name> <conc auth_validate="N" unit="mg/ml" update_id="6">13</conc>

</grow_comp>

<grow_comp id="2" auth_validate="N" update_id="6"> <sol_id auth_validate="N" update_id="6">2</sol_id>

<name auth_validate="N" type="common name" update_id="6">ammonium sulphate</name>

<conc auth_validate="N" unit="%sat" update_id="6">70</conc> </grow_comp>

: :

</crystal> </exptl>

(52)

(53)

機能データの追加

<struct>

<site id="CATRES1" auth_validate="N" info_subtype="catalytic"

info_type="CATRES" update_id="2"> <num_residues>3</num_residues>

<details>a catalytic site defined by CATRESS, Medline 98100076</details> <site_gen nid="1">

<label_comp_id>ARG</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>100</label_seq_id>

<details>transition-state stabilisation. stabilise negatively charged tetrahedral intermediate</details>

</site_gen>

<site_gen nid="2">

<label_comp_id>ASP</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>46</label_seq_id>

<details>acid/base, transition-state stabilisation. stabilises

positively charged NH3+ part of intermediate, then as a base removes proton from this, leading to collapse and formation of asn</details> </site_gen>

<site_gen nid="3">

<label_comp_id>GLN</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>116</label_seq_id>

</site_gen> </site>

(54)

(55)

(56)

PDBの全登録数

_29,101

GO (Genome Ontology) 情報

(Biological Process, Molecular Function, Cellular Component)

20,066

文献情報からの抽出情報

_11,066

eF-siteからの機能情報

10,033

Swiss-Protからの機能情報

(ACT_SITE, BINDING, DNA_BIND, NP_BIND, ZN_FING, TRANSMEM)

14,417

CATRES –EBI-からの機能情報

extCATERS （ホモロジー解析による追加）

171 2,433

Medline 文献情報

25,335

xPSSSにおいて追加された情報

（

January 2005

）

(57)

12AS(Asn Synthetase)の機能情報検索

を行うXPath サーチ

(58)

SOAP (Simple Object Access Protocol) の利用例

% ./sample1.pl "/datablock[@datablockName='12AS-noatom']/struct_site_genCategory/ struct_site_gen[@info_subtype='catalytic']" 50

<struct_site_gen auth_validate="N" info_subtype="catalytic" info_type="CATRES" ino:id="71" nid="1" site_id="CATRES1" update_id="1"

xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"> <label_comp_id>ARG</label_comp_id>

<label_asym_id>A<label_asym_id></label_asym_id> <label_seq_id>100<label_seq_id></label_seq_id>

</struct_site_gen>

xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"> <label_comp_id>ASP</label_comp_id>

<details>acid/base, transition-state stabilisation. stabilises positively charged NH3+ part of intermediate, then as a base removes proton from this, leading to collapse and formation of asn</details>

</struct_site_gen>

xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"> <label_comp_id>GLN</label_comp_id>

(59)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する

新規二次データベー

ス

の構築と

解析ツール

の開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

(60)

Protein Molecular

Surface Database,

eF-site

(Kinoshita

& Nakamura）

Protein Dynamics

Database,

ProMode

(Wako & Endo)

Alignment of Structural

Homologues,

ASH

(Standley & Toh)

Encyclopedia of Protein

Structures,

eProtS

(Ito & Nakamura）

Sequence Navigator &

Structure Navigator

(Standley）

Development of

Secondary

(61)

(62)

eF-site database

http://www.pdbj.org/eF-site

eF-site

e

lectrostatic-surface of

F

unctional

site

z

antibody (103)

z

prosite (5399)

z

ActiveSite (5042)

z

Membrane (51)

z

Binding site (15,480)

as a total: 19,121 entries

without redundancy

Kinoshita et al., J. Struct. Funct. Genomics 2, 9-22 (2002)

Kinoshita & Nakamura, Bioinformatics (2004) in press.

(63)

(64)

(65)

(66)

(67)

(68)

(69)

ＡＳＨアラインメント結果の表示例

配列・構造統合アラインメントの設定画面

(70)

(71)

(72)

(73)

NER: Number of Equivalent Residues

(74)

(75)

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（

_eProtS

）の開発

(76)

(77)

PowerPoint プレゼンテーション

日本蛋白質構造データバンク: PDBj

の紹介とＨＰの使い方

中村春木

大阪大学蛋白質研究所

附属プロテオミクス総合研究センター

蛋白質情報科学研究室

http://www.pdbj.org/

PDBj

Protein Data Bank

Japan

http://www.pdbj.org/

大阪大学蛋白質研究所 にて実施。

（独立法人）科学技術振興機構

バイオインフォマティクス推進センター

（

http://www-bird.jst.go.jp/

）

が

スポンサー

PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体（３次元）構造情報

原子種とその座標、アミノ酸残基、実験手法、実験時の情報、実験観測

データ（構造因子）を整理して登録する。

X線結晶解析、核磁気共鳴法

(NMR)、電子顕微鏡観測

蛋白質立体構造

PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体（３次元）構造情報

原子種とその座標、アミノ酸残基、実験手法、実験時の情報、実験観測

データ（構造因子）を整理して登録する。

X線結晶解析、核磁気共鳴法

(NMR)、電子顕微鏡観測

蛋白質立体構造

(Rice dwarf Virus composed of

3,500,000 atoms (1UF2: By

Nakagawa et al., 2003))

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（

wwPDB

）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース

登録作業

３．蛋白質構造情報の

標準XML記述（PDBML）

の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る

文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する

新規二次データベー

ス

の構築と

解析ツール

の開発

６．教育用蛋白質構造データベース（

eProtS

）の開発

日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の実施体制

代表研究者

wwPDB

日本蛋白質構造データバンク：PDBj

１．国際蛋白質構造データバンク（

wwPDB

）の創設

と協力

２．蛋白質立体構造データベース登録作業

３．蛋白質構造情報の標準XML記述（PDBML）の

開発とその応用

４．蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関す

る文献情報の付加

５．蛋白質立体構造に関する新規二次データベー

スの構築と解析ツールの開発

６．教育用蛋白質構造データベース（eProtS）の開発

Rutgers Univ.

UCSD

NIST

大阪大学

蛋白質研究所

PDBj

大阪大学蛋白質研究所にて実施。

_wwPDB

_{標準XML記述（PDBML）}

_eProtS

_wwPDB

_wwPDB

_{が2003年に創設。}