R本体とパッケージのインストール
Windows版
東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム
門田幸二（かどた こうじ）
[email protected]
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小 限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。 スライドはWindows10環境でのスクリーンショットです。 ウェブブラウザによって挙動が多少異なるのでご注意 ください。私はChromeを使っています。Contents
◼事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除
◼R本体のインストール
◼PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）
◼Rの起動と終了
◼パッケージ群のインストール
◼インストール確認
◼エラーへの対処
2 2018.11.15版事前準備
現在進行中の論文でバージョンを変更したくない場合な どを除き、たとえ以前インストールしたR本体のバージョ ンがそれほど古くなくても（あるいは全く同じ最新版だっ たとしても）自己責任で手順通りに真っさらな状態にして おくことが肝要です（もちろん全て自己責任のもとで）事前準備
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2018.11.15版
まずはR本体の削除。①プログラムのアンインストール
事前準備
①削除したいR本体を選択して、②アンインストール
① ②
事前準備
6 2018.11.15版 次は、以前にインストール済みのRパッケージ群の削 除。以前インストールした場所が①ドキュメントの場合 は、②に見えているRフォルダごと削除 ① ②Contents
◼事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除
◼R本体のインストール
◼PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）
◼Rの起動と終了
◼パッケージ群のインストール
◼インストール確認
◼エラーへの対処
2018.11.15版
R本体のインストール
8 R本体は、①最新版（リリース 版）のインストールが基本です ①R本体のインストール
①Rのインストーラ
R本体のインストール
10 2018.11.15版 ここでは①ダウンロードフォルダに なっていますが、どこでもよいのでダ ウンロードして、②exeファイルを実行 ① ②R本体のインストール
①OK、②次へ
①
R本体のインストール
12 2018.11.15版 ①ここにR本体がインストールされます。こ のときはver. 3.5.1でした。②次へ、③次へ ① ② ③R本体のインストール
①次へ、②次へ
①
R本体のインストール
14 2018.11.15版 ①ここにチェックを入れて、②次へ。もし チェックし忘れても、単にインストール後 にデスクトップ上に③のようなアイコンが 作成されないだけなので問題ありません。 ② ①R本体のインストール
①インストール進行中…、②完了
①
R本体のインストール
16 2018.11.15版 2つのアイコンが作成されます。 ①R i386 3.X.Y のほうは32 bit版で私は通常使わないのでゴミ箱 行きにします。②R x64 3.X.Yのほうを使います。 ① ②R本体のインストール
Contents
◼事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除
◼R本体のインストール
◼PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）
◼Rの起動と終了
◼パッケージ群のインストール
◼インストール確認
◼エラーへの対処
18 2018.11.15版PC環境設定
①ファイルの拡張子を 明示させる作業です
PC環境設定
20 2018.11.15版 Windows10の場合は、こんな感じに見 えるので、①設定。②のような画面に なる。③設定の検索のところで… ① ② ③PC環境設定
①拡張子と打つと、すぐに直下に 候補が見られるので、②を選択
①
PC環境設定
22 2018.11.15版 ①エクスプローラーのオプションの表示タブが開 く。②下にスクロールすると、③登録されている 拡張子は表示しないの項目が見つかるので… ① ② ③PC環境設定
①チェックを外して、②適用、③OK
①
②
Contents
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◼R本体のインストール
◼PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）
◼Rの起動と終了
◼パッケージ群のインストール
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24 2018.11.15版Rの起動
Rの起動
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2018.11.15版
起動直後は画面いっぱいに開くので、①最大化を解除 ①
Rの起動
Rの起動
28 2018.11.15版 ①赤枠で囲まれた部分が、②「Rコンソール画面」 ① ②Rの終了
通常のソフトウェアと同様、①右 上の×ボタンを押せばよい。② 「作業スペースを保存します か?」というダイアログが出る。こ の意味が不明な最初のうちは ③いいえでよい。間違って「は い」を押してしまっても.Rdata と.Rhistoryという2つのファイル が作成されるだけなので特に問 題はない ① ② ③Contents
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30 2018.11.15版パッケージ群のインストール
①必要最小限プラスアルファ、の 推奨インストール手順を示します
1. R本体を起動
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2018.11.15版
①R本体を起動
1. R本体を起動
起動完了
2. パッケージ群のインストール
34 2018.11.15版 ①は、②赤枠部分を全て反転 させてコピー。具体的には… ①2. パッケージ群のインストール
こんな感じで①左上から…
2. パッケージ群のインストール
36 2018.11.15版 ず～っと、①一番下まで 選択して（反転させて）… ①2. パッケージ群のインストール
右クリックで、①コピー
2. パッケージ群のインストール
38 2018.11.15版 右クリックで、①コピー。 ②R Console画面上で、 右クリックで③ペースト ① ③ ②2. パッケージ群のインストール
大抵の場合、①で示されているような②の場所への書 き込み権限がないというメッセージが表示されて、③の メッセージが出ます。④はい。経験上、20台に1台程度 は②の場所にそのままインストールされます ① ③ ② ④2. パッケージ群のインストール
40 2018.11.15版 ① ② ②ちなみに、①a personal libraryは、 ②ドキュメントに相当します。
2. パッケージ群のインストール
①
①を押すと、今度は②の質問を受けます。
②
2. パッケージ群のインストール
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2018.11.15版
これは、①（ユーザ名kadotaの）ドキュメントの正式な 場所名である②C:¥Users¥kadota¥Documents上に…
①
2. パッケージ群のインストール
①こんな感じでフォルダを作成し、その中に パッケージ群をインストールしていいですか? と聞かれていることに相当します。②はい ① ②2. パッケージ群のインストール
44 2018.11.15版 この段階で、①Rのフォルダが新規作成されます。どこか らダウンロードするかを聞かれているので、ここでは②デ フォルト（Cloud）で、③OKとします。④下にスクロールして、 日本国内の近い場所を直接指定するほうが早いかも… ② ③ ④ ①2. パッケージ群のインストール
インストールがはじまったところ。基本的にアルファ ベット順に並べてあるので、（この場合）①最初はape のパッケージからです。インターネット環境にも大きく 依存するが、東大有線LAN環境で概ね30分程度。 ①2. パッケージ群のインストール
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2018.11.15版
2. パッケージ群のインストール
2. パッケージ群のインストール
48 2018.11.15版 無事最後まで終了したところ。①起動直後と同じコ マンド入力待ち状態(>)になったら終了です。②一 番最後のパッケージが一番ダウンロードに時間が かかります。理由は③677.8MBもあるからです。 ② ③ ①2. パッケージ群のインストール
①は、ヒトゲノム配列を丸々含むパッケージです。本来は 3GBですが、圧縮しているので677.8MBで収まっています。
この段階で一区切りなので、疲れたら一旦終了でもよい
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◼エラーへの対処
50 2018.11.15版3. 確認
パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。 ①の文字がページ上部に来る程度まで画面をスクロール
3. 確認
52 2018.11.15版 ①これくらいでOK。作業自体は、さきほどと同じくコピペです。 ここではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に 読み込む（ロードする）作業を行っています。1回目とか2回目と か書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ 様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めな かったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。 ①3. 確認
赤枠内のコード全体を①コピーして…
3. 確認
54 2018.11.15版 赤枠内のコード全体を①コピーして… ②R Console画面上で、右クリックで③ ペースト。インストール完了直後の状 態でも、一旦終了してRを再び起動さ せたあとの状態でもどちらでもよい。 ① ③ ②3. 確認
途中経過。こんな感じで画面がどんど ん遷移します。1分程度で終了します。
3. 確認
56 2018.11.15版 終了後の状態。①R Console画面上に見え ている範囲のパッケージ群は、エラーなく ロード（読み込み）できていると解釈します。 ②上にスクロールさせていって、エラーメッ セージが出ているものがないかを確認 ① ②3. 確認
①上方向に1クリックした段階で、②早速発見!
②
3. 確認
58 2018.11.15版 ①のあたりを少しずつクリックしていって、2/3ページほ どさらに上部に移動させたところ。ロードできなかったの は、②EBSeqというパッケージであるが、その原因は③ blockmodelingというパッケージであると解釈します。 ③ ① ②3. 確認
①のあたりを少しずつクリックしていって、さらに1/3ページほど さらに上部に移動させたところ。②ここが2回目の確認用コード の最初なので、今回の場合は③blockmodelingのみに対応すれ ばよい。④EBSeqを使わないのであれば、このまま放置でもよい。 ① ② ③ ④Contents
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◼インストール確認
◼エラーへの対処
60 2018.11.15版エラーへの対処
ここでは、①EBSeqを読み込めるようにすることを目的とし て、②blockmodelingのエラーへの対処を行います。このエ ラーメッセージは非常に分かりにくく、私も最初に遭遇した ときは試行錯誤しながら対処しました。この問題への対処 は中上級レベルですが、誰かがブログなどに記載してい るかもしれませんのでググるのが基本です。私のウェブ ページ上にも対処法を記載してあるので、それを見せます ① ②エラーへの対処
62 2018.11.15版 このウェブページ上で、以前に認識して掲載 したblockmodelingのエラーへの対処法を 「ページ内検索（CTRL + Fキー）」で探します。エラーへの対処
①blockmodeぐらいまで打ち込んだ段階で、 ②以前記載した対処法の部分に飛びます。
エラーへの対処
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2018.11.15版
①対処法です
エラーへの対処
①ドキュメント（今回インストール された場所）、②R、③win-library ① ② ③エラーへの対処
66 2018.11.15版 ①3.5（今回インストールしたR本体のバー ジョン3.5.1と対応）。②この中にインストー ルされたRパッケージがアルファベット順 に並んでいるので、blockmodelingを探す ① ②エラーへの対処
①blockmodelingを発見。②
CITATIONというファイルを削除
①
エラーへの対処
68 2018.11.15版 ファイルを削除し終えたら、①R Console画面上 で、もう一度②library(EBSeq)と打ち込んで確認 ②エラーへの対処
①つまりこういうことです。リターンキーを押すと…
エラーへの対処
70 2018.11.15版 ① 画面がば～っと流れてよくわかりません。①を少 しずつ押していって、エラーが出ていないかを確 認してもよいですが、ここではやらずに（小技の伝 授を兼ねて）もう一度library(EBSeq)を実行しますエラーへの対処
② ① ①キーボードの上矢印キーを1回押すと、 ②直前に打ち込んだコマンドが表示される。 この状態でもう一度リターンキーを押す。エラーへの対処
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2018.11.15版
