3. 確認
2018.11.15版 52
①これくらいでOK。作業自体は、さきほどと同じくコピペです。
ここではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に 読み込む(ロードする)作業を行っています。1回目とか2回目と か書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ 様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めな かったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。
①
3. 確認
赤枠内のコード全体を①コピーして…
①
3. 確認
2018.11.15版 54
赤枠内のコード全体を①コピーして…
②R Console画面上で、右クリックで③ ペースト。インストール完了直後の状 態でも、一旦終了してRを再び起動さ せたあとの状態でもどちらでもよい。
①
③
②
3. 確認
途中経過。こんな感じで画面がどんど ん遷移します。1分程度で終了します。
3. 確認
2018.11.15版 56
終了後の状態。①R Console画面上に見え ている範囲のパッケージ群は、エラーなく ロード(読み込み)できていると解釈します。
②上にスクロールさせていって、エラーメッ セージが出ているものがないかを確認
①
②
3. 確認
①上方向に1クリックした段階で、②早速発見!
②
①
3. 確認
2018.11.15版 58
①のあたりを少しずつクリックしていって、2/3ページほ どさらに上部に移動させたところ。ロードできなかったの は、②EBSeqというパッケージであるが、その原因は③
blockmodelingというパッケージであると解釈します。
③
①
②
3. 確認
①のあたりを少しずつクリックしていって、さらに1/3ページほど さらに上部に移動させたところ。②ここが2回目の確認用コード の最初なので、今回の場合は③blockmodelingのみに対応すれ ばよい。④EBSeqを使わないのであれば、このまま放置でもよい。
② ①
③
④
Contents
◼ 事前準備:古いR本体とパッケージ群の削除
◼ R本体のインストール
◼ PC環境設定(登録されている拡張子も表示する)
◼ Rの起動と終了
◼ パッケージ群のインストール
◼ インストール確認
◼ エラーへの対処
60 2018.11.15版
エラーへの対処
ここでは、①EBSeqを読み込めるようにすることを目的とし て、②blockmodelingのエラーへの対処を行います。このエ ラーメッセージは非常に分かりにくく、私も最初に遭遇した ときは試行錯誤しながら対処しました。この問題への対処 は中上級レベルですが、誰かがブログなどに記載してい るかもしれませんのでググるのが基本です。私のウェブ ページ上にも対処法を記載してあるので、それを見せます
①
②
エラーへの対処
2018.11.15版 62
このウェブページ上で、以前に認識して掲載 したblockmodelingのエラーへの対処法を
「ページ内検索(CTRL + Fキー)」で探します。
エラーへの対処
①blockmodeぐらいまで打ち込んだ段階で、
②以前記載した対処法の部分に飛びます。
エラーへの対処
2018.11.15版 64
①対処法です
①
エラーへの対処
①ドキュメント(今回インストール された場所)、②R、③win-library
①
②
③
エラーへの対処
2018.11.15版 66
①3.5(今回インストールしたR本体のバー ジョン3.5.1と対応)。②この中にインストー ルされたRパッケージがアルファベット順 に並んでいるので、blockmodelingを探す
①
②
エラーへの対処
①blockmodelingを発見。②
CITATIONというファイルを削除
①
②
エラーへの対処
2018.11.15版 68
ファイルを削除し終えたら、①R Console画面上 で、もう一度②library(EBSeq)と打ち込んで確認
②
エラーへの対処
①つまりこういうことです。リターンキーを押すと…
①
エラーへの対処
2018.11.15版 70
①
画面がば~っと流れてよくわかりません。①を少 しずつ押していって、エラーが出ていないかを確 認してもよいですが、ここではやらずに(小技の伝 授を兼ねて)もう一度library(EBSeq)を実行します
エラーへの対処
②
①
①キーボードの上矢印キーを1回押すと、
②直前に打ち込んだコマンドが表示される。
この状態でもう一度リターンキーを押す。
エラーへの対処
2018.11.15版 72
無事エラーが出なくなりました