6. Aktivit¨ atsmuster auf dem neuronalen Netz des Wurms C. Elegans 71
6.2. Struktur des neuronalen Netzwerks
Das Nervensystem von C. ElegansHermaphroditen besteht aus insgesamt 302 Neuronen, die sich in zwei getrennte Subsysteme aufteilen: 20 Neuronen geh¨oren dem sogenannten pharyngealenSystem an, das die Muskeln des Schlundes und somit die Nahrungsaufnahme kontrolliert. Die restlichen 282 Neuronen geh¨oren zumsomatischenNervensystem, das f¨ur alle anderen Aktivit¨aten des Wurms verantwortlich ist und auf das wir uns in dieser Arbeit beschr¨anken.
Im somatischen Nervensystem wurden 97 Sensorneuronen, 101 Interneuronen und 130 Motorneuronen identifiziert, wobei einige Neuronen doppelte Funktionen haben. Die
Ein-teilung in diese Klassen erfolgte dabei nach morphologischen Kriterien, d.h Neuron mit Rezeptoren wurden als Sensorneuronen klassifiziert, Neuronen, die ¨uber eine sogenannte neuromuskul¨are Endplattemit Muskelzellen verbunden sind, entsprechend als Motorneu-ronen. Insgesamt gibt es 8895 synaptische Verbindungen und 830 Gap Junctions. Von den synaptischen Verbindungen wiederum f¨uhren insgesamt 1769 von Motorneuronen zu Muskelzellen, sie verlassen also das Nervensystem.
Abbildung 6.1 zeigt eine schematische Darstellung aller Neuronen des somatischen Sy-stems und der Verbindungen zwischen ihnen. Verbindungen zu nicht-neuronalen
Zellgrup-S,SI Neuronen M,IM,MS Neuronen
Synaptiche Verbindungen Gap Junctions
I Neuronen
PDB PDB RIPL
RMEL
IL1DL IL1L
IL1VL
URADL
URAVL
BAGL CEPVL
IL2DL IL2L
IL2VL
OLLL OLQDL
OLQVL
URBL
URYDL URYVL
RMED
RMEV RIPR
RMER
IL1DR
IL1R IL1VR
URADR
URAVR
BAGR CEPVR
IL2DR
IL2R
IL2VR OLLR
OLQDR
OLQVR
URBR URYDR
URYVR ALA
CEPDL
URXL
RID CEPDR
URXR
AIBL
AINL
AIZL
AVAL AVBL
AVDL AVEL
AVHL AVJL
RIAL RIBL RICL
SAAVL
SIBDL
RIML RMDL
RMDVL
SMDVL
RIVL
ADFL
ADLL
AFDL ASEL
ASGL ASHL
ASIL
ASJL ASKL
AUAL
AWAL AWBL
AWCL AIBR
AINR AIZR AUAR
AVAR AVBR
AVDR AVER
AVHR AVJR RIAR
RIBR RICR
SAAVR SIBDR
RIMR RMDR
RMDVR
SMDVR
RIVR
ADFR
ADLR
AFDR
ASER ASGR
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ASIR
ASJR
ASKR AWAR
AWBR
AWCR RIH
RIR RIS
AVL
AIAL AIML
AIYL AVKL
SAADL SIADL
SIAVL
SIBVL
RMDDL
RMFL RMHL
SMBDL
SMBVL SMDDL
AIAR AIMR
AIYR
AVKR
SAADR SIADR
SIAVR
SIBVR
RMDDR
RMFR RMHR
SMBDR
SMBVR SMDDR
SABD
ADAL
AVFL RIFL
RIGL
SABVL RMGL
ADEL
FLPL AS1 DA1
DB1
DB2
DD1 VA1
VB1
VB2
VD1 VD2
ADAR
AVFR RIFR
RIGR
SABVR
RMGR ADER
FLPR
AQR
AVG BDUL
PVDL
SDQL
HSNL ALML
PDEL BDUR
PVDR
SDQR
HSNR ALMR
PDER AVM
PVM
AS10 AS2
AS3
AS4
AS5 AS6
AS7
AS8
AS9 DA2
DA3 DA4
DA5
DA6
DA7 DB3
DB4
DB5
DB6 DB7
DD2
DD3
DD4
DD5 VA10
VA11 VA2
VA3 VA4
VA5
VA6
VA7
VA8
VA9
VB10 VB11
VB3
VB4 VB5
VB6 VB7
VB8
VB9 VC1
VC2
VC3
VC4
VC5
VC6
VD10
VD11
VD3 VD4
VD5
VD6
VD7
VD8
VD9 PVT
PVPL
AS11
DA8 DA9
DD6
PDA VA12
VD12
VD13 PVPR
DVA
DVC DVB
LUAL PVCL
PVNL
PVQL
PVWL
ALNL
PHAL PHBL
PHCL
PLML PLNL
LUAR PVCR
PVNR
PVQR
PVWR
ALNR
PHAR PHBR
PHCR PLMR
PLNR
PQR PVR
RIPL RMEL
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IL1VL
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BAGL CEPVL
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RMFL RMHL
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VA11 VA2
VA3 VA4
VA5
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VB3
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VB6 VB7
VB8
VB9 VC1
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VD13 PVPR
DVA
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PHAL PHBL
PHCL
PLML PLNL
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PVNR
PVQR
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ALNR
PHAR PHBR
PHCR PLMR
PLNR
PQR PVR
Abbildung 6.1.: Neuronales Netzwerk des WurmsC. Elegans, erstellt aus der Datenbank in [115], mit Erg¨anzungen aus [116, 117]. Dargestellt sind die 280 Neuronen des somatischen Systems, die eine verbundene Komponente bilden. Man beachte, dass die Position der Knoten nicht mit ihrer tats¨achlichen Lage im inneren des Wurmes ¨ubereinstimmt. Stattdessen wurden sie durch einen Standardalgorithmus zur Darstellung von Graphen so angeordnet, dass das Ergebnis m¨oglichst
”¨ubersichtlich“ wirkt. Die Farbe eines Knoten gibt die Klasse des entsprechenden Neurons an.
Ungerichtete rote Linien repr¨asentieren Gap Junctions, Pfeile stehen f¨ur synaptische Verbindungen, wobei das Signal in Richtung des Pfeils verl¨auft. Pro Neuronenpaar ist jeweils nur eine Verbindung eingezeichnet, auch wenn es mehrere gibt.
pen, sowie Mehrfachverbindungen wurden nicht ber¨ucksichtigt. Obwohl die Anzahl von Knoten in diesem Netzwerk mit 282 vergleichsweise ¨uberschaubar ist, stellt sich das gesam-te Netzwerk recht kompliziert dar. Dennoch kann man bereits hier einen inneren Bereich von Neuronen mit hoher Konnektivit¨at erkennen, sowie einen ¨außeren Rand, an dem sich Neuronen mit wenigen Verbindungen befinden.
Einen ersten Einblick in die Struktur der Verbindungen liefert die AdjazenzmatrixCin
Abb. 6.2. Besteht eine Verbindung zwischen zwei Neuronen i und j, so ist der
entspre-50 100 150 200 250
50 100 150 200 250
Neuronj
Neuron
Synaptische Verbindung in einer Richtung Nur Gap Junction
Synaptische Verbindung in beiden Richtungen
Gap Junction & synaptische Verbindung in einer Richtung Gap Junction & synaptische Verbindungen in beiden Richtungen
i
1 % 7 % 14 % 7 %
70 %
Abbildung 6.2.: Darstellung der AdjazenzmatrixC f¨ur das neuronale Netzwerk vonC. Elegans.
Besteht eine Verbindung zwischen zwei Neuroneniundj, so ist der entsprechende EintragCij ein-gef¨arbt. Die Farbe kennzeichnet dabei die Art der Verbindung. Das Kreisdiagramm rechts gibt an, welchen Anteil die einzelnen Verbindungsarten ausmachen, gemessen an allen vorhandenen Verbin-dungen zwischen zwei Neuronen (d.h. MehrfachverbinVerbin-dungen werden nicht ber¨ucksichtigt). Man beachte, dass in nur 8% aller Verbindungen sowohl eine Gap Junction, als auch eine synaptische Verbindung vorhanden sind.
chende EintragCij je nach Art der Verbindung eingef¨arbt, wobei zwischen Gap Junctions und synaptischen Verbindungen je nach Richtung unterschieden wird. Im nebenstehen-den Kreisdiagramm ist f¨ur jede Kombination von m¨oglichen Verbindungen angegeben, welchen Anteil sie an allen tats¨achlich vorhandenen Verbindungen hat. Anhand der Zah-lenwerte wird deutlich, dass die meisten Neuronenpaare entweder ¨uber Gap Junctions, oder ¨uber synaptische Verbindungen miteinander verkn¨upft sind. Nur in 8% aller F¨alle sind zwei Neuronen durch beide Varianten miteinander verbunden. Das somatische neu-ronale Netzwerk vonC. Elegansbesteht somit aus zwei unterschiedlichen Subnetzwerken.
Diese sind einerseits stark miteinander verflochten, da die meisten Neuronen sowohl ¨uber Gap Junctions, als auch ¨uber synaptische Verbindungen verf¨ugen. Nach den Ergebnissen aus Abb. 6.2 sind die beiden Netzwerke andererseits als weitgehend getrennt aufzufassen, da sich die jeweiligen Verbindungen kaum ¨uberschneiden.
Im Folgenden wollen wir nun die Struktur der beiden Netzwerke genauer untersuchen, wir beginnen mit den Gradverteilungen. Viele Neuronen inC. Eleganssind nicht nur durch einzelne synaptische Kontakte bzw. Gap Junctions miteinander verkn¨upft. Im Regelfall gibt es mehrere Verbindungen, bei synaptischen Kontakten bis hin zu 71 in einer Richtung, bei Gap Junctions bis zu 21. Je nachdem, wie man mit diesen Mehrfachverbindungen ver-f¨ahrt, ergeben sich im Wesentlichen zwei m¨ogliche Interpretationen der neuronalen Verbin-dungen: (i) Alle Mehrfachverbindungen werden einzeln gez¨ahlt. Im synaptischen Netzwerk werden insbesondere auch synaptische Kontakte miteinbezogen, die von nicht-neuronalen Zellgruppen ausgehen, bzw. auf solche verweisen. Wir bezeichnen die Gradverteilungen in
diesem Fall alsP(kin) und P(kout) f¨ur das gerichtete synaptische Netzwerk und alsP(k) f¨ur das ungerichtete Gap Junction Netzwerk. Per Definition geben diese Gr¨oßen die Vertei-lung der Anzahl der eingehenden bzw. abgehenden Signale je Neuron an. (ii) Eine zweite M¨oglichkeit besteht darin, alle Mehrfachverbindungen zusammenzufassen und nur einfach zu z¨ahlen. Dar¨uberhinaus unterdr¨ucken wir in dieser Variante auch alle Verbindungen von und zu nicht-neuronalen Zellgruppen. Daraus ergeben sich f¨ur jedes Neuron neue Kon-nektivit¨aten nin≤kin, nout ≤kout und n≤k, die angeben, von wievielen verschiedenen Neuronen es synaptische Signale empf¨angt und an wieviele verschiedene andere Neuronen es Signale weiterleitet. Die VerteilungenP(nin),P(nout) undP(n) entsprechen somit einer Verteilung der Anzahl der Nachbarn im jeweiligen Netzwerk.
Bedingt durch die geringe Anzahl an Knoten sind die direkten Gradverteilungen sehr großen Schwankungen unterworfen. Zur Charakterisierung der Gradverteilung benutzen wir daher nach [118] die kumulative Verteilung
Pc(k) = X
k′≥k
P(k′). (6.1)
Dadurch werden einerseits Fluktuationen inP(k) stark unterdr¨uckt, w¨ahrend andererseits die Skalierung von P(k) auch in Pc(k) erhalten bleibt. In Netzwerken mit skalenfreier GradverteilungP(k)∼k−γ folgt auch die kumulative Verteilung einem Potenzgesetz mit Pc(k) ∼ k−γ+1, in exponentiellen Netzwerken mit P(k) ∼ e−αk gilt weiterhin Pc(k) ∼ e−αk.
Abbildung 6.3 zeigt die kumulativen Verteilungen f¨ur beide Interpretationen des syn-aptischen Netzwerkes. F¨ur Pc(kin) und Pc(kout) in (a) ergeben sich bei doppelt
logarith-(a)
10−2 10−1 100
100 101 102 103
KumulativeVerteilungPc
Gradk(Anzahl synaptischer Verbindungen) Pc(kin) Pc(kout)
(b)
10−2 10−1 100
0 10 20 30 40 50
KumulativeVerteilungPc
Anzahl benachbarter Nervenzellenn Pc(nin) Pc(nout)
Abbildung 6.3.: Kumulative GradverteilungenPcf¨ur das Netzwerk der synaptischen Verbindungen.
(a) VerteilungenPc(kin) und Pc(kout), in denen jeder synaptische Kontakt gez¨ahlt wurde, auch mehrfache, sowie solche mit nicht-neuronalen Zellgruppen. Insgesamt gibt es in diesem Fall 8895 gerichtete synaptische Verbindungen und 280 Knoten im Netzwerk. (b) VerteilungenPc(nin) und Pc(nout), f¨ur die jede Verbindung nur einfach gez¨ahlt wird. Das entsprechende Netzwerk kann hier als Nachbarschaftsnetzwerk interpretiert werden, das lediglich angibt, welche Neuronen ¨uberhaupt miteinander verbunden sind. In diesem Fall gibt es 2176 gerichtete Verbindungen. F¨ur Fall (a) ergeben sich in doppelt logarithmischer Auftragung f¨ur gen¨ugend großek Geraden, was auf ein skalenfreie VerteilungenP(kin) undP(kout) schließen l¨ast. F¨ur (b) hingegen ergibt sich eine bessere Ubereinstimmung mit einer Gerade in einfach logarithmischer Auftragung, die Verteilungen¨ P(nin) undP(nout) fallen also exponentiell ab.
mischer Darstellung f¨ur große k jeweils n¨aherungsweise Geraden, die zugrundeliegenden Verteilungen P(kin) und P(kout) sind also skalenfrei. Im Gegensatz dazu finden wir f¨ur Pc(nin) und Pc(nout) in (b) in der einfach logarithmische Auftragung einen klaren expo-nentiellen Abfall. Abbildung 6.4 zeigt die kumulativen Verteilungen (a) Pc(k) und (b) Pc(n) f¨ur das ungerichtete Netzwerk der Gap Junctions. Hier finden wir in beiden
Inter-10−2 (a)
10−1 100
100 101 102 103
KumulativeVerteilungPc
Gradk(Anzahl von Gap Junctions) Pc(k)
(b)
10−2 10−1 100
100 101 102
KumulativeVerteilungPc
Anzahl benachbarter Nervenzellenn Pc(n)
Abbildung 6.4.: Kumulative GradverteilungenPcf¨ur das Netzwerk der Gap Junctions. (a) Vertei-lungPc(k), f¨ur die sowohl mehrfache Gap Junctions zwischen zwei Neuronen, als auch solche mit nicht-neuronalen Zellgruppen jeweils einzeln gez¨ahlt wurden. Insgesamt gibt es damit 830 unge-richtete Verbindungen in diesem Netzwerk und 258 Knoten, da 24 Neuronen keine Gap Junctions aufweisen. (b) Verteilung Pc(n), in der jede Verbindung nur einfach gez¨ahlt wird, das entspre-chende Netzwerk kann hier als Nachbarschaftsnetzwerk interpretiert werden, das lediglich angibt, welche Neuronen ¨uberhaupt miteinander verbunden sind. In diesem Fall gibt es insgesamt 534 Verbindungen zwischen 258 Neuronen. F¨ur beide Varianten (a) und (b) ergibt sich in doppelt logarithmischer Auftragung ann¨aherungsweise eine Grade f¨ur gen¨ugend große vonk bzw.n.
pretationen (a) und (b) skalenfreies Verhalten der entsprechenden Verteilungen.
Die Gradverteilungen des neuronalen Netzwerkes vonC. Eleganswurden bereits in fr¨u-heren Arbeiten untersucht, jedoch mit unterschiedlichen Ergebnissen. Eine erste Analyse in [12] kam zu dem Ergebnis, es handele sich um ein skalenfreies Netzwerk, w¨ahrend sp¨a-tere Arbeiten exponentielle Netzwerke [119] oder Mischformen fanden [120, 121]. Neben den grunds¨atzlichen Schwierigkeiten, die bei der Klassifizierung der Gradverteilungen von Netzwerken mit einer geringen Anzahl an Knoten entstehen, liegen diese Diskrepanzen in jeweils unterschiedlichen Definitionen des Netzwerks begr¨undet. So zeigen unsere Ergeb-nisse aus den Abbildungen 6.3 und 6.4, dass je nach genauer Definition der Verbindungen, tats¨achlich beide Gradverteilungen, skalenfrei und exponentiell, im neuronalen Netzwerk desC. Elegans nachweisbar sind.
F¨ur einen weiteren Einblick in die Struktur der beiden Subnetzwerke untersuchen wir wie in Kapitel 3 die Grad-Grad Korrelationen verbundener Neuronen anhand des mitt-leren Grades Knn der Nachbarn eines belieben Knotens vom Grad k. Wie in Anhang C erl¨autert wird, ergeben sich dabei f¨ur das gerichtete synaptische Netzwerk die beiden Gr¨o-ßen Knnin(kout) und Knnout(kin). Dabei bezeichnet Knnin(kout) die mittlere Zahl eingehender Kanten eines Knotens, auf den Knoten mit ihrerseits kout abgehenden Kanten verwei-sen. Entsprechend gibt Knnout(kin) die mittlere Zahl abgehender Kanten von Knoten, die auf Knoten mit kin eingehenden Verbindungen zeigen. Nach Abb. 6.5(a) steigt der Wert von Knnin(kout) mit wachsendemkout an, was wie bei ungerichteten Netzwerken
assortati-ven Korrelationen entspricht. Der Wert von Knnout(kin) weist demgegen¨uber einen Knick (a)
101 102 103
100 101 102
Knn
k
Knnin(kout) Knnout(kin)
(b)
101 102
100 101 102
Knn
k
Knn(k)
Abbildung 6.5.: Grad-Grad Korrelationen im neuronalen Netzwerk von C. Elegans anhand der Struktur der n¨achsten Nachbarn. (a)Knnin(kout) undKnnout(kin) nach (C.5) und (C.6) f¨ur das syn-aptische Netzwerk. Das Netzwerk ist assortativ mitr= 0.11. (b) Knn(k) nach (3.1) f¨ur das Gap Junction Netzwerk. Hier findet man mit r=−0.03 leicht dissortative Korrelationen. In (a) und (b) wurde jeweils das vollen Netzwerk inklusive Mehrfachverbindungen ausgewertet, jedoch ohne Verbindungen zu nicht-neuronalen Zellgruppen.
bei kin ≈ 70 auf. Dieser Abfall entsteht haupts¨achlich dadurch, dass Synapsen, die von Motorneuronen ausgehend in nicht-neuronalen Zellgruppen enden, nicht in die Analyse miteinbezogen wurden. F¨ur die betroffenen Neuronen erniedrigt sich alsokout, bei gleich-bleibendemkin. Dennoch ist das Netzwerk mit einem Pearson-Koeffizienten vonr = 0.11 insgesamt deutlich assortativ korreliert. Dies ist zun¨achst durchaus ¨uberraschend, da bio-logische Netzwerke im Allgemeinen dissortative Korrelationen aufweisen [64, 65]. So wurde in [64, 65] auch f¨ur das neuronale Netzwerk des C. Elegansein negativer Korrelationsko-effizient gefunden. Man beachte jedoch, dass in diesen Arbeiten je Neuronenpaar nur eine Verbindung gez¨ahlt wurde, w¨ahrend wir alle Mehrfachverbindungen in Betracht ziehen.
Wie bei der Gradverteilung in Abb. 6.3 ¨andern sich die Ergebnisse dadurch erheblich.
Abb. 6.5(b) zeigt schließlich Knn(k) f¨ur das Gap Junction Netzwerk. F¨ur kleine Werte vonkl¨asst sich kein Trend inKnnausmachen, abk≈10 sinktKnnmit steigendemk. Ge-messen am Korrelationskoeffizienten ergibt sich f¨ur das Gap Junction Netzwerk insgesamt ein schwach dissortativer Charakter mitr=−0.03. Wie bei den Gradverteilungen finden wir also auch in der Korrelationsstruktur deutliche Unterschiede zwischen dem synapti-schen Netzwerk und dem der Gap Junctions.
Nach der Diskussion der Struktur des gesamten Netzwerkes hinsichtlich der verschiede-nen Mechanismen der Signal¨ubertragung wollen wir nun die Verbindungen zwischen den einzelnen Klassen von Neuronen genauer untersuchen. Abbildung 6.6 stellt schematisch dar, wie die Verbindungen sich auf die einzelnen Funktionsklassen der Neuronen verteilen.
Anhand der synaptischen Verbindungen in (a) kann man eine klare Richtung des Informa-tionsflusses erkennen, der ausgehend von den Sensorneuronen hin zu den Motorneuronen verl¨auft. Eingehende Signale werden direkt von den Sensorneuronen zu den Interneuronen weitergeleitet, da es kaum Verbindungen innerhalb der Schicht der Sensorneuronen gibt.
Die Sensorneuronen hingegen weisen viele Verbindungen untereinander auf, erwartungs-gem¨aß erfolgt in dieser Schicht also eine Verarbeitung der sensorischen Informationen.
(a)
3 % 2 %
3 %
18 % 19 %
16 % 12 % 16 %
4 %
S I M
nicht−neuronale Zellgruppen
(b)
4 % 7 %
S I M
17 %
16 % 30 %
20 %
Abbildung 6.6.: Darstellung der Verteilung der Verbindungen auf die einzelnen Neuronenklassen.
(a) Synaptische Verbindungen (b) Gap Junctions. Die zu 100% fehlenden Verbindungen sind Ver-bindungen, die von Neuronen ausgehen, die gleichzeitig zwei Klassen angeh¨oren und die deshalb hier nicht eindeutig zugeordnet werden k¨onnen.
Anschließend werden die Signale weiter zu den Motorneuronen geleitet. Auch innerhalb der Klasse der Motorneuronen gibt es viele Querverbindungen, offenbar wird also hier noch eine letzte Verarbeitung der Signale vorgenommen, bevor ein Reiz schließlich das neuronale Netz verl¨asst und nicht-neuronale Zellgruppen erreicht.
Ein ¨ahnliches Bild ergibt sich f¨ur die Verbindungen des Gap Junction Netzwerks in Abbildung 6.6(b). Auch hier findet der Großteil der Informationsverarbeitung innerhalb der Interneuronen und Motorneuronen statt.