最初の5つの道具(つまり BATCH,COMPILE, SHLIB,INSTALL そして REMOVE)はまた CMD オ プション無しでRcommand args の形式で「直接」起動できる．
R CMD インターフェイス経由で利用できる各道具の使用法の情報は
R CMD command --help で得られる．
‘--max-mem-size’がある．
Windows用の Rは次の行命令オプションを持つ．
‘--version’
バージョン情報を出力し終了する．
‘--mdi’
‘--sdi’
‘--no-mdi’
Rgui が MDI プログラムとして動作
(既定動作はひとつの主ウィンドウの内部で複数の子ウィンドを使う)，また SDIアプリ ケーション(コンソール，グラフィックス，文章用に複数のトップレベルのウィンドウを 使う)として動作するかどうかを制御する．
‘--save’
‘--no-save’
R セッションの終りにデータセットを保存するかどうかを制御する．対話的セッション でどちらも与えられないと，q()で終了する際，どうするかを尋ねられる．バッチモー ドではどちらかを指定しなければならない．
‘--no-site-file’
サイト全体の起動プロファイルの読み込みを抑制する．
‘--no-init-file’
現ディレクトリもしくはユーザの ‘.Profile’ファイルの読み込みを抑制する．
‘--no-environ’
ファイル ‘.Renviron’の読み込みを抑制する．.
‘--no-restore’
‘--no-restore-data’
保存されたイメージ (Rを開始したディレクトリのファイル ‘.Rdata’)を回復するかど うかを制御する．既定では読み込む．(‘--no-restore’は個々の ‘--no-restore-*’
オプションを合わせた意味を持つ．)
‘--no-restore-history’
履歴ファイル(ふつうはR を開始したディレクトリにあるファイル‘.Rhistory’だが，
環境変数 R_HISTORY によって指定できる．)を起動時に回復するかどうかを制御する．
既定では読み込む．
‘--vanilla’
オプション‘--no-save’, ‘--no-restore’, ‘--no-site-file’, ‘--no-init-file’
そして‘--no-environ’を併せたもの．
‘--min-vsize=N’
‘--max-vsize=N’
可変長オブジェクト用のメモリ量の下限や上限を，“vector heap”サイズを N バイト に設定することにより指定する．ここで N は整数か，最後が‘G’, ‘M’, ‘K’もしくは‘k’
で終る(‘Giga’ (2^30), ‘Mega’ (2^20), (computer) ‘Kilo’ (2^10), もしくはregular
‘kilo’(1000)を意味する)整数でなければならない．
‘--min-nsize=N’
‘--max-nsize=N’
固定長オブジェクト用のメモリ量を，N に“cons セル”の数を設定することにより指定 する．N については上のオプションを参照せよ．ひとつのconsセルは28バイトを占 める．
‘--max-mem-size=N’
‘--quiet’
‘--silent’
‘-q’ 起動時メッセージを出力しない．
‘--slave’ R をできるだけ静かに動かす．
‘--verbose’
途中結果をもっと多く出力する．特に，RのverboseオプションをTRUE に設定する．
R コードはこのオプションを診断メッセージの表示を制御するために用いる．
‘--ess’
ess の R-inferior-modeで使うためRterm をセットアップする．
命令Rcmdは Rと一緒に使うと有用な様々な道具の起動を可能にするが，「直接」使うことを企図 してはいない．その一般形は次のようである．
Rcmd command args
ここで command は道具の名前で，args はそれに渡される引数である．
現在次のような道具が利用できる．
INSTALL add-on パッケージをインストールする．
REMOVE add-on パッケージを取り除く．
SHLIB
dyn.loadと共に使うためにDLLを作る．
BATCH R をバッチモードで動かす．
build add-on パッケージを作る．
check add-on パッケージを検査する．
Rdconv Rd フォーマットを様々な他のフォーマット(html, Nroff, LaTEX, plain text,そし て S 文章フォーマットを含む)に変換する．
Rd2dvi.sh
Rd フォーマットをDVI/PDFに変換する．
Rd2txt
Rd フォーマットをテキストに変換する．
Sd2Rd S の文章を Rd フォーマットに変換する．
Rcmd インターフェイス経由で利用できる各道具の用法情報は Rcmd command --help
で得られる．