CASTEPは周期系モデルの計算のみ実行可能です.したがってCO分子の構造を最適化するためには,周
期境界条件を課したセル内に分子を配置する必要があります.
Project ExplorerのCO moleculeフォルダを右クリックし, New3D Atomistic Documentを選択します.
CO.xsdと名前を変えます.
空の3D Viewerが表示されます. Build Crystalツールを用いて空のセルを作成し, CO分子をそこに加え
ます.
メニューバーからBuildCrystalsBuild Crystalを選択し, Build Crystalダイアログを開きます. Lattice Parametersタブを選択し, cell Length a, b, cをそれぞれ8.00に変更します. Buildボタンをクリックし ます.
図50: Build Crystal dialog, Lattice Parameters tab
3D Viewerに空のセルが表示されます.
メニューバーからBuildAdd Atomsを選択し, Add Atomsダイアログを開きます.
CO分子の結合長は実験から1.1283 ˚Aと決定されています. Cartesian座標を用いて原子を追加することに よって, CO分子をこの結合長で正確に作成することができます.
Add AtomsダイアログのOptionsタブを選択します. Coordinate systemをCartesianに変更します. Atoms タブを選択します. Addボタンをクリックします.
図51: Add Atoms dialog, Options tab
炭素原子がセルの原点に加わります.
ElementをOに変更します. xとyの値を0.000のままにしておきます. zの値を1.1283に変更します.
Addボタンをクリックし,ダイアログを閉じます.
図52: Add Atoms dialog, Atoms tab
図53:一酸化炭素分子の構造
これでCO分子を最適化する準備ができました.
CASTEP Calculationダイアログを開きます.
計算の設定は以前のまま保持されていますが,この計算ではセルの最適化をする必要はありません.
SetupタブのMore...ボタンをクリックし, CASTEP Geometry Optimizationダイアログを開きます. Optimize cellのチェックをはずして,ダイアログを閉じます. CASTEP CalculationダイアログのElectronicタブを 選択し, k-point setをFineからGammaに変更します.
図54: CASTEP Calculation dialog, Electronic tab
PropertiesタブのDensity of statesを選択します. k-point setをGammaに変更しCalculate PDOSにチェッ クを入れます. Runボタンをクリックします.
対称性を課すかどうか選択するダイアログが表示されますので, Yesを選択します.
図55: CASTEP Calculation dialog, Properties tab
計算が開始されます.計算終了を待たずに次に進みます.
Note:系に対称性が課されておらず,系により高い対称性がある場合は,対称性を課すかどうかを選択す
るダイアログが表示されますので,対称性を課して計算する場合はYes,課したくない場合はNoを選択 します.