63
5 HPCI 利用環境の代表的な利用シナリオと実行例
64 ます。次に，4.8.2(1)GSI-SSHTermを利用してファイルを転送する場合（Windows/Unix/Li nux/MacOSXなどJava環境向け）を参照してmyprog-src.tar.gzをアップロードします。
ファイル転送が成功したら，その後はGSI-SSHTermでログインサーバにログインした ウィンドウを用いて，通常のUNIX環境でのプログラムのビルド作業を行います。
$ tar xzf myprog-src.tar.gz
$ cd myprog/src
$ make
次に，バッチジョブ実行のためのスクリプトを作成します。以下のようなバッチジョブ スクリプト(myjob.sh)を作成し，
#!/bin/sh
#@$-q short
#@$-N 1
cd /short/${USER}
cp ~/myprog/bin/myprog.x . cp ~/myprog/src/run.sh . ./run.sh
cp ./result.out ~/myprog/results/
利用可能なキューにジョブをサブミットします。
注)ここではプログラム実行時の作業用ディレクトリとして/short/${USER}を仮定して います。一般にプログラム実行時に使用するための高速なストレージ領域が各センター で提供されているので，それらの領域を指定して下さい。
$ qsub myjob.sh
5.2.2 シナリオ2の実行例
ここでは利用者は東大T2Kで一連のパラメータサーベイジョブ実行のための入力ファ イルの準備をし，それらをHPCI共用ストレージに保管します。ジョブ実行は東北大SX 9，阪大SX9で行うものとします。ジョブ実行結果ファイルはHPCI共用ストレージに格 納します。HPCI 共用ストレージで一元管理された結果ファイルを東大 T2K で解析しま
65 す。
東大ログインサーバにGSI-SSHTermでログインします。GSI-SSHTermによるログイン 方法は4.8.1(1)GSI-SSHTermを利用してログインする場合（Windows/Unix/Linux/MacOSX などJava環境向け）を参照して下さい。
利用者は入力ファイル群を東大T2Kローカルの~/jobdata/以下に作成します。ここでは，
パラメータAの値がX，Y，Zであるような場合の入力ファイル群を~/jobdata/paramA_X，
~/jobdata/paramA_Y，~/jobdata/paramA_Zに作成したとします。
次に，作成した入力ファイル群をHPCI共用ストレージにコピーするため，HPCI共用 ストレージをマウントします。東大ログインサーバにおけるHPCI共用ストレージのマウ ントポイントは/gfarm/グループ名/ユーザ名として用意されているものとします。
$ mount.hpci
東大T2Kローカルの領域に作った入力ファイルをHPCI共用ストレージ領域にコピー します。
$ cp -r ~/jobdata /gfarm/グループ名/${USER}/home/グループ名/HPCI-ID/
東大T2Kでの作業が終了したら，HPCI共用ストレージをアンマウントします。
$ umount.hpci
次に，東北大および阪大では，HPCI共用ストレージに置かれている入力ファイルの中 から，ジョブ実行に必要なファイルを，ジョブ実行に先立ってバッチジョブ実行計算機 からアクセス可能なローカルストレージ領域（ここでは~/jobdata/とする）にコピーしま す。ここでは東北大でパラメータAの値がXであるケースの一連のジョブを実行する作 業例について示します。
東北大のログインサーバにGSI-SSHTermでログインします。
次に，HPCI共用ストレージをログインサーバにマウントします。東北大のログインサ ーバにおける HPCI 共用ストレージのマウントポイントは/gfarm/グループ名/ユーザ名と して用意されているものとします。
$ mount.hpci
HPCI共用ストレージからログインサーバのローカルストレージにコピーします。
66
$ cp -r \
/gfarm/グループ名/${USER}/home/グループ名/HPCI-ID/jobdata/paramA_X \ ~/jobdata/paramA_X
バッチジョブスクリプトで，~/jobdata/paramA_X から必要な入力ファイルを読み込み，
それぞれの入力ファイルに対応する実行結果ファイルは~/jobresults/paramA_X/にコピー します。
一通りのジョブ実行が終わると，~/jobresults/paramA_X/には用意した入力ファイル群に 対応する結果ファイル群が格納されているので，それらの結果ファイル群をHPCI共用ス トレージにコピーします。
$ cp -r ~/jobresults/paramA_X \
/gfarm/グループ名/${USER}/HPCI-ID/home/グループ名/HPCI-ID/jobresults/
同様に，パラメータAの値がYやZであるケースについて，計算機の空き状況に応じ て実行し，全てのジョブ実行が終わると，結果ファイルはHPCI共用ストレージ上にコピ ーされます。コピーが終了したら，HPCI共用ストレージをアンマウントします。
$ umount.hpci
結果の解析を行うために，再び GSI-SSHTerm で東大のログインサーバにログインし，
HPCI共用ストレージをマウントした後，結果の解析作業を行います。
$ mount.hpci
$ # 結果の解析作業