RHF 計算を行った後，その分子軌
電子計算機室 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... ） 計算を行い分子軌 道 （MO） を求め， 得られたMOを基に多配置参照配置間相互作用計算 （MR C I） を行い， 最後にD avidsonの補正を行った。 基底関数は， D unning らの ４ 重基底関数aug-cc-pV ...
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概要 水中のエタノール分子の溶媒和自由エネルギーを エネルギー表示 (ER) 法を用いて計算します 溶質 + 溶媒 溶媒のみ 溶質のみ それぞれの MD 計算を実施した後 エネルギー分布関数と自由エネルギーを計算します 溶液の MD ( 溶媒 + 溶質 ) 溶媒の MD
... 2017/10/18 Copyright (C) 2018 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved. 18 「Solution」タブにおいて、テキストボックスに溶液系の本計算のデータが 入ったフォルダ「etohaq_gmx_tmp」をドラッグアンドドロップする。 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... P2 計算を実行できるようにした。これからの計算化学では，高速化ばかりでなく高精度化が重要に なる。すなわち，S chrö di nger 方程式の正確な解が望まれる。このために，電子配置をウォーカーとしてサンプルす るプロジェクタモンテカルロ（P M C ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b) ハミルトニアンレプリカ置換法によるアミロイド線維形成の初期過程の機構解明 c) A K 16 ペプチド，C ペプチドの加圧による構造変化 A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) アミロイド線維はタンパク質が間違って折りたたみ，凝集することによってできた不溶性の線維である。アミロイド 線維は 20 種類以上の病気の原因と考えられている。例えばアルツハイマー病はアミロイド β ペプチドが凝集してで ...
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理論・計算分子科学研究領域
... これまでに提案，改良・発展をさせてきた時間依存形式による溶質分子の電子状態の時間依存変化を記述する方法 を色素分子の光励起電子移動反応プロセスなどの研究に応用し，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダー ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 化学的，及び物理化学的側面より研究を進めてきている。分子レベルでのイオン間相互作用の理解に重点を置き， 分子動力学シミュレーションの手法を用いてイオン液体中における陽イオン，および陰イオンの挙動に関して解析を 行い， イオン間相互作用の特性についての研究を行ってきている。研究結果から， イオン間相互作用は多体効果によっ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 陽イオンと陰イオンのペアで構成されるイオン液体中において，イオン分子間の相互作用の特性がその物理的，化学 的な性質を左右している。このような相互作用を分子レベルで理解することがイオン液体の研究における最重要課 題の一つである。特に，イオン液体中でのダイナミックスなどでは異なるイオン種間の相互作用や分子内自由度の効 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... . 有機磁性体は，単分子磁石をはじめとする分子デバイスの材料として注目されており多くの研究がなされている。分子 デバイスとしての有機磁性体には，より大きな磁気モーメントを持ち，かつ寿命が長い区，異なるスピン状態間のエネ ルギー差が大きく高温でもスピン配列を崩さないものが望まれる。スピン配列の秩序を保つにはスピンサイト間の相互 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... sm）によるプロトン透過の余地を残すこと を意味する。しかしながら，チャネル内部の水分子の配向に関する詳細な解析から，チャネル内部の水分子が二つのア ミノ酸残基との間でいわゆる「二極配位」を行い，その結果，プロトンジャンプ機構に不可欠な水分子間の水素結合 配置を阻害することが示された。 ［ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... ていない現状にあり，何らかの結論的な評価を下す段階にはない。しかしながら，これまでの活動でも，理研で開発 を進めているスパコンハードウエアのアーキテクチャ選定における「ターゲットアプリケーション」として，上記の グランドチャレンジ課題に対応する６本（うち３本は分子研から提案）のプログラムをベンチマークに供したことは ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) 数 nm 程度以下の固体表面担持金属ナノクラスターは，有用な触媒として働くことが多くの研究において指摘されて いる。しかし，貴金属やレアメタル等の非常に高価な原子を使っていることが多く，豊富に存在する安価な原子で代 替した触媒の開発が望まれている。本研究課題では第一原理（カー・パリネロ）分子動力学計算を用いて，固体表 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) 電極反応の理論 A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 実在する分子系は通常，有限温度において周りの環境と相互作用していることが多く，必然的に分子系と周りの環 境との間では熱的エネルギーの出入り（熱的揺らぎ）や電子のやり取り（電子数の揺らぎ）が起こり得る。我々の ...
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電子計算機センター 現状と将来構想 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... 種 を 導 入 で き る チ ャ ン ス と ， 計 算 機 ア ー キ テ ク チュアの多様化に迅速に適応でき る計算機構成となった。 ２ ０ ０ ０ 年３ 月末から稼動を開始するスーパーコ ンピュータ （富士通 V PP5000 と S GI Origin2800） ，そして汎用高速演算 システム （日本電気製 S X -5 と IB M 製 S P2） の総合性能は， １ ...
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本研究の流れとしては, 計算準備 として地形データの設定や計算モデルの設定, 既往台風による再現計算を行い, 気象庁台風区分に対応した想定台風 や 移動経路 を設定した上で, 気圧 風場の推算 を行い, その結果を踏まえ 高潮推算及び浸水計算 や リードタイムの試算 を行い, 警戒避難の判断に役立つ
... 図-8 に，図-6 の「非常に強い台風 ( 910 hpa の想定台 風)」で潮位偏差が最も大きいコース（図-6 の赤線）を 通過した場合の時系列の風速分布を示す．台風中心が伊 豆半島付近に上陸する時点を 0 時として， 6 時間前， 4 時間前，2 時間前の風速分布を示しているが，房総半島 南部は上陸約 6 時間前，東京湾沿岸は上陸約 4 時間前， ...
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15 km ずつ平行移動した 2 経路の計 9 経路 ( 3 方向 3 平行移動, 中心気圧は経路と直交して平行移動 ) で手引きの想定台風による高潮計算を行った. なお, 最小計算格子は 90 m, 台風モデルは Myers の式, 波浪計算はスペクトル法, 潮位計算はウェイブセットアップを考慮し
... が最大となるように経路（最小気圧位置の移動経路）を 平行移動して設定することとされているが，具体的にど のように設定するかという手法の確立も必要である． このため，本研究では想定台風と想定低気圧の経路の 違いによる高潮計算の感度分析を行い，手引きの適用性 確認や経路設定について研究を行うものである． ...
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オブジェクト指向設計による分子動力学計算プログラム
... オブジェク ト指向設計 による分子動力学計算 プログラム 石 井 晃 (平 成 6年 6月 21日 受理 ) 1.序 最近 , ソフ トウェア開発の現場 に終 いてオブジェク ト指 向 とい う考えに基づいたプログラム開発 が行 われ る ようになって きている。 これ は従 来 の構造化 プログラ ミングと違 って ソフ トウェアで シュ ミレー トす る[r] ...
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リカージョン法による分子軌道計算のプログラム開発
... 一致している。フラーレンのタイトバインディングパラメーターには、式 (2.21) か ら式 (2.33) 及び表 2.1 のパラメータ [3] で計算する方が、より正確な値になるといえ る。 縮重度であるが、分子のように有限の大きさをもった物体は、何かある一点のま わりの対称操作に関してハミルトニアンは不変である。この不変になる操作をした ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 5-4-2 大規模計算のための環境整備 高速パソコンクラスターの普及などに伴って，計算科学研究センターへの期待と役割が最近変化してきている。こ のために，利用者の意見を広く集めて，魅力ある中核計算センターとしてさらに大きく発展するために，８月 ２ ５ 日か ら９月８日にかけて，計算速度，ハード，ソフト，プログラムライブラリ，運用法，利用申請と利用報告等に関する ...
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てた後, ビーカーに水を 500 ml 入れて 1 度目の洗浄をした. 洗浄液の phをphメーターで測定した. さらに二度目の洗浄を 500 ml の水で行った. この洗浄液の ph も測定した. さらに流水で枝豆の洗浄を行った. その後この枝豆をめのう乳鉢ですりつぶし, 水を少量加えてその液の
... mL を 81℃まで加熱することが可能である．これに水酸 化ナトリウムの水への溶解熱 10600 cal を加えれば計算上は 100℃まで到達できることにな る．したがって枝豆を十分に茹でることが可能であると考えた．また，枝豆には鞘がつい ており，水酸化ナトリウムが枝豆に浸透する前に中和反応を起こすことができれば，塩味 ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 5-3-2 計算科学研究センターを巡る状況 「計算科学研究センター」 （以下， 「センター」と略）が発足（機構化）して２年が経過しようとしている。昨年度の 「分子研リポート」において，我々は「センター」の将来構想に関して二つの点を明確にした。ひとつは ７ ０ ０ 名近い分 ...
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