HPCI計算生命科学
計算機生命科学の基礎II_
... • DNA binding, E-box binding, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, double-strande[r] ...
42
生命・錯体分子科学研究領域
... 加藤晃一, 「生命分子の自己組織化のダイ ナミ クス」 , 日本化学会第９５回春季年会, 船橋, 2015年 3月. 加藤晃一, 「糖鎖をみる」 , 第４回バイオイメージング研究会, 東京, 2015年 5月. T. YAMAGUCHI and K. KATO, “Paramagnetic Lanthanide-Tagging for NMR Characterization of The Conformational ...
36
計算分子科学研究系
... 誘起四重極子の効果を 計算できるように基礎理論を拡張した。 観測されるシグナルには界面だけでなくバルクからの成分が含まれている ことが従来から指摘されているが， その大きさを定量的に計算することを可能とした。 また②に対しては初めのス テップとして， 我々が以前に報告した水表面のスペクトルの計算手法に多くの改良をほどこしたうえで大規模計算 を行い， ...
9
顕微鏡の操作と細胞の観察 基礎生命科学実験・生命科学実験（東京大学 教養学部）実験概要
... ③ 異なる２カ所（ 葉の表 vs 裏、葉の先端 vs 基部、若い葉 vs 古い葉、等）を観察し、それぞれの典型的な細胞を １つずつ大きくスケッチする。. ④ 葉緑体が移動する時間を測定し、実長測定の結果を踏ま えて原形質流動の速度を算出する。[r] ...
5
次代の基礎生命科学者
... 日本人学生の博士課程進学者について書いたが， 後継者不足による基礎科学の衰退を防ぐもう一つの 打開策は外国人の大学院生および研究者の一層の活 躍を実現することである．先ごろ行われたラグビー W杯の日本代表チームを見て，日本の国際化のあ るべき姿を感じた方も多いと思われる．大学そして 研究室が，あの日本代表チームのようになれば，日 本の基礎科学の今後は暗くない．彼らは，ラグビー ...
1
先端生命科学特論(7)
... 胚性幹細胞 ES cell iPS細胞 iPS cell = ≒ 多能性幹細胞 Pluripotent stem cell 神経 Neuron 皮膚 Skin : 膵臓 Pancreas 肝臓 Liver : 血液 Blood : 最終分化細胞, 200種 Terminally differentiated cells, 200 types 好中球 Neutrophil[r] ...
48
生命・錯体分子科学研究領域
... がて混合脂質系で，より堅牢に自己生産し続けるベシクルが現れる場合もあろう。このようなベシクルの多様性は， 生命起源が自己複製する脂質膜から誕生したとするリピッドワールド仮説を支持するものである。現在，２種類の脂 質からなるベシクル系が共存した際に，ベシクル膜を構成する脂質が化学反応により交換することを確認している。 c) 現在，鎖長を変えた鋳型 D N A を内部に封入し，その自己増幅過程を観察している。その中で，D N ...
34
生命・錯体分子科学研究領域
... 山口拓実，加藤晃一 , 「生命分子ア ッ センブリ ーにおける分子間相互作用のダイ ナ ミ クスの精密解析」 , 山田研究会・統合バイ オサイエンスシンポジウム, 田原 , 2013年 11月. K. KUMOI, T. SATOH, K. MURATA, T. HIROMOTO, T. MIZUSHIMA, Y. KAMIYA, M. NODA, S. UCHIYAMA, M. SUGIYAMA, H. YAGI and ...
30
生命・錯体分子科学研究領域
... ユビキチン（U b）−プロテアソーム系で働くタンパク質の中には U b. と相同性の高いドメイン（U B L ）を持つものがい くつか存在する。例えば，N F -κB の活性化制御を通じて免疫応答や細胞の生存など様々な生命現象に関与している直 鎖状 U b 鎖の生成を触媒する酵素複合体は，HOIL -1L の UB L と HOIP の U b 会合ドメイン（UB A ）の相互作用を通じ ...
41
生命・錯体分子科学研究領域
... c). ナノテクノロジーと構造生物学の融合による生命分子科学研究 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). ユビキチンが L y s48 を介して連結された重合体は，プロテアソームによるタンパク質分解の目印として機能している。 これまで，L y s48 連結型のユビキチン 2 量体については，分子表面の疎水性領域がドメイン間相互作用により遮蔽され ...
35
生命・錯体分子科学研究領域
... 古谷祐詞 ,. 「ロ ドプシン -K csA 融合蛋白質の発現とF T IR によ る構造変化解析」 ,. 特定領域研究 「高次系分子科学」 第 ９ 回ミ ニ 公開シンポジウム,.サギセ ミ ナーセンタ ー ,.広島県三原市 ,.2010 年 8月. T. KIMURA, “In vitro protein folding dynamics in the microsecond to millisecond ...
35
生命・錯体分子科学研究領域
... べる興味深い反応場と言える。この構造と機能の研究は分子科学の新分野であるとともに，上記の素子構造形成にも 重要である。２ ０ ０ ８年度は固体基板表面が人工細胞膜系に及ぼす影響を原子分子レベルで理解することを目的とし， S i O 2 /S i 表面上および単原子ステップ T i O 2 単結晶表面上での斜入射照明法による 1 分子追跡法を行った。従来の 1 分 ...
34
農学生命情報科学特論I
... 課題1の解説 8 Jun 30 2015 茂木 朋貴氏 他数名提供情報 最もシンプルな対処法は、mean関数中の na.rmオプションをTRUE (デフォルトは FALSE)にするやり方。NAの要素を読み飛ば すオプションなので、平均値の計算が若干不 正確になるが、AGAGCACがposition 8で相 対的に高頻度に出現しているということを調 べるという点では全く問[r] ...
112
生命科学と社会(長谷川)①
... キリスト教の時代は、キリスト教的哲学がヨーロッパ世界を支配し ていましたが、この考え方は、現在、東洋の神を信じるわれわれの立 場からはよく理解できないところがあります。キリスト教哲学では、 聖書の説明で科学をつくらなければなりませんし、そのための大変な 知的作業を求められます。なぜ、キリスト教に合致する説明体系をつ くるのかと言えば、それは、キリスト教が支配体系だからにほかなり ...
112
final_生命科学データ保存GL_ver
... ※1 本ガイドラインは、学術論文については東京大学大学院医学系研究科・医学部の生命科学系関 連分野の研究者が責任著者の場合、学位論文については学位取得者が東京大学大学院医学系研究科・ 医学部生命科学系関連分野等に所属する場合に適用する。 ※ 2 他機関の研究者が責任著者である共同研究の成果は、共同研究者と相談のうえ、他機関もしく ...
6
農学生命情報科学特論I
... 直感は重要 ① N=10000個の遺伝子発現データ中にXXX= 酸化的リン酸化関連遺伝子はn=7個存在する ② 上位X=1500個の発現変動遺伝子（ DEG ）の 中に x =6個の酸化的リン酸化関連遺伝子が 含まれていた ③ 帰無仮説：酸化的リン酸化関連遺伝子の割合 はDEGとnon-DEG間で差がない ①の段階で、調べたい遺伝子セットは 、7/10,000 = 0[r] ...
163
弘前大学農学生命科学部学術報告
... d-20. Hashimoto, M.: Synthesis of thiosaccharides employing the pummerer rearrangement of tetrahydrothiopyran oxides. The 14th International symposium on the fine chemistry and functional polymer（China）2004. 招待講 演 e-01. ...
24
計算分子科学研究系
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど， 溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
12
計算分子科学研究系
... 液体や過冷却液体のダイ ナミ クスの解析と して，過冷却水の解析を行っている。低密度，高密度領域の揺ら ぎ， ポテンシャ ルエネルギーの変化，密度揺ら ぎによ るエネルギー地形の変化を明らかにし， この結果を も と に，室温状態の水において1/ f スペク ト ルと して見られる遅い揺ら ぎの解析へと展開させていき たい。 生体高分子の解析と して，細胞増殖に関わるR as の加水分解反応の解析を行っている。G T P ...
9