Top PDF 2B ゲノム構造・機能解析

エピゲノム制御を介した作物ゲノムの構造と機能の改変

... asDDM1（日本晴系統）を野生型カサラスと交配し，自殖後代の F2 集団における遺伝子型解析を行った結果，3 番染色体のセントロメア領域内に野生型の日本晴・カサラス交配では見られない減数分裂期組み換えのホットスポットが新たに生じていることが明らかになった（Habu et al 2015）．検出された組み換えホットスポットは asDDM1 で CG 配列および CHG 配列のメチル化が低下しているセン ...

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機能ゲノム学

...  例：肝臓の空腹状態 vs. 満腹状態のGO（BP）解析の結果、「脂肪酸β酸化」関連GO term (GO:0006635)が動いていることが分かった  パスウェイ解析（発現に差のあるパスウェイを探索）  KEGG Pathway, BioCarta, Reactome pathway databaseのどれでも可能 ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  サンプル間比較（sample A vs. Bなど）で、発現変動遺伝子（ Differentially Expressed Genes; DEGs）を調べたい場合  「トータルのリード数を補正したデータ」で解析  正確には、「サンプル間で発現変動していない遺伝子（non-DEGs）ができるだけ発現変動し ...

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マウス神経発生における低分子量Gタンパク質Arl8bの機能解析

... 2. Arl8b ノックアウトマウスは神経隆起と蓋板の発生に異常を呈する Arl8b ノックアウトマウスで異常の観察された脳背側領域の構造体は、神経管の蓋板領域から発達して形成される。 Arl8b ノックアウトマウスでは対照マウスと比較して、胎生 10.5 日目で蓋板の細胞死が減少し、Sox1 や Sox9 などの蓋板 ...

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ゲノム遺伝子解析研究説明同意文書

... 12.知的財産権等の帰属について ☆「将来、研究の成果が特許権等の知的財産権を生み出す可能性がある場合はその旨及び想定される帰属先」を記載する。この遺伝子解析研究の結果として特許権など知的財産権が生み出される可能性があります。しかしその際には、それらの知的財産権等は、解析研究機関や研究者に帰属し、医学研究に協力していただく患者さんには帰属いたしません。 ...

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Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで参照ゲノム配列へのアラインメントデータの品質管理統計解析ゲノム統合解析生物学的解釈各種グラフやゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートしますファイルの

... Partek 社では不定期に Partek 社製品の機能や活用例を紹介するウェビナーを開催しています。直近では次のようなウェビナーが開催されました。ウェビナー開催後に録画が公開されますので、ご興味がある内容がございましたら Partek 社のウェブサイト（ http://www.partek.com/webinars ）をご覧下さい。 ➢ Single Cell Analysis: Using Partek Flow ...

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目次生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用のプラットフォームとして使われている Galaxy についてオンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について

... オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する事例をご紹介します。 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について 3. クラスタ構成の Galaxy 環境 ...

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機能ゲノム学

... RNA-seq（トランスクリプトーム解析）は、癌でよくみられる融合遺伝子の検出などにも利用されます。理由：そこそこ発現している転写物は原理的に検出可能だから。肺がんでみられるALK融合遺伝子(fusion gene) は有名な例ですが、それ以外の①新たな融合遺伝子の発見などに役立っています。主に「トランスクリプトーム配列解析」の話 ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  同じセットに属する遺伝子をひとまとめにして解析  例１：酸化的リン酸化に関係する遺伝子セット（KEGG: hsa00190）  例２：脂肪酸 β酸化に関係する遺伝子セット（ GO:0006635）  比較する二群間でその遺伝子セットが動いたかどうかを評価 ...

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第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平

... Total 1day.[r] ...

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機能ゲノム学（第6回）

... 非モデル生物の比較トランスクリプトーム解析戦略 1. 比較する複数サンプル（samples A and B）由来のリードを一つにまとめたセットを用意 2. de novo transcriptome assemblyプログラムを実行し、コンティグのセット(transcriptome sequence)を得る ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  プローブが搭載されていない遺伝子の発現レベルは測定不可能（未知遺伝子も当然対象外）  主なユーザー  主な解析対象が（アノテーション情報が豊富な）モデル生物で、既知 ...

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糸状菌メロテルペノイドの複雑骨格構築に関わるα-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼの構造機能解析

... 審査の結果の要旨氏名中嶋優本学位論文において中嶋優は「糸状菌メロテルペノイドの複雑骨格構築に関わる α-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼの構造機能解析」という題目で、糸状菌二次代謝経路に存在する複数の α-ケトグルタル酸（αKG）依存性ジオキシゲナーゼに対する、X 線結晶構造解析及びその機能解析を行った。 αKG ...

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機能ゲノム学（第6回）

... 手順4- 3’：パスウェイ上にマップ  LIVサンプルの4 fed vs. 4 fasted samplesデータのKEGG Pathway 解析結果から、第3位の”HSA00071”を構成する遺伝子メンバーの二群間（fed vs. fasted）での変動の程度を4諧調色で表示 ...

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機能ゲノム学（第6回）

... 2. 上位x個を抽出し、XXX(例：酸化的リン酸化)関連遺伝子群（Gene Set：遺伝子セット）がどれだけ濃縮（Enrichment）されているのかを解析(Analysis) 3. 遺伝子セット（XXXに相当）をいろいろ変えて、二群間で発現変動している遺伝子セットを探索 ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  サンプル間比較（sample A vs. Bなど）で、発現変動遺伝子（ Differentially Expressed Genes; DEGs）を調べたい場合  「トータルのリード数を補正したデータ」で解析  正確には、「サンプル間で発現変動していない遺伝子（non-DEGs）ができるだけ発現変動し ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  「数百個程度の遺伝子セットの中から、比較するサンプル間で動いている遺伝子セットはどれか？」という解析を遺伝子セット間の独立性を仮定して調べるが、そもそも独立ではない（GO term間の親子関係などから明らか）  いくつくらいの遺伝子セットが動いているのか？という問いに答えるすべがない ...

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機能ゲノム学（第6回）

...  バイオインフォマティクス技術者認定試験合格を目指せ  相関係数やエントロピーなどの要素技術を駆使すれば様々なデータ解析が可能であることを紹介次世代シーケンサデータもRのコピペで解析可能 → 頭脳労働 ...

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機能ゲノム学（第6回）

... グラント  若手研究(B)（H21-23年度）：「マイクロアレイ解析の再現性・感度・特異度を飛躍的に向上させるデータ解析手法の開発」(代表)  新学術領域研究(研究領域提案型)(H22年度-)：「非モデル生物 ...

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2-6 粉末 X 線構造解析概要本節では粉末試料によるX 線回折データを用いて構造解析をおこなうためのリートベルト解析ソフトを紹介し結晶構造パラメーターから結晶構造モデルを可視化するための結晶構造描画 VESTA の使用方法について解説するリートベルト解析への第一歩構造解析を行

... 2-10-2-5 粉末 X 線回折図形のシミュレーション VESTA では結晶構造を描画するだけではなく、リートベルト解析プログラム RIETAN-FP との連携により、粉末 X 線回折図形のシミュレーションを行う機能を備えている。 RIETAN-FP のインストール等に関しては開発者である泉氏の web サイトや成書を参考にさ ...

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