複雑なタンパク質の構造・挙
タンパク質の合成と 構造 機能 7 章 +24 頁 転写と翻訳リボソーム遺伝子の調節タンパク質の構造弱い結合とタンパク質の機能
... 弱い結合による攻撃 一酸化窒素還元酵素およびシトクロム酸化酵素の触媒活性中心の立体構造 （ a）一酸化窒素還元酵素の活性中心．ヘムb3を赤色で，非へム鉄FeBを茶色で示した．FeBには3 つの His残基（His207，His258，His259）および1つのGlu残基（Glu211）が配位しており，三角両錐型 ...
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JAIST Repository: 蛍光標識アミノ酸の部位特異的導入によるタンパク質構造変化のFRET解析
... 末端特異的 な非天然アミノ酸誘導体の導入法、高効率アンバーサプレッサーtRNA の開発などを達成した。 研究成果の概要（英文）：In this study, FRET analysis of protein structures and structural changes were investigated through site-specific incorporation ...
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枯草菌芽胞形成制御因子Spo0Mタンパク質の構造と機能に関する研究
... 形成する可能性が報告されている。さらに、そのアミノ酸配列より、Spo0Mは哺乳類 の細胞内シグナル伝達に関与するタンパク質であるアレスチンと部分的な相同性があ ることが報告されている。しかしながら、現在までSpo0Mの詳細な機能や構造に関す る報告は無い。本研究は、表面プラズモン共鳴法（SPR法）による生体高分子間の相 ...
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タンパク質と小分子の特異的な相互作用を利用した超分子タンパク質集合体の構築
... His93 の結合が強化され、集合体として の安定性が著しく向上した。 また、集合体に過酸化水素を添加したところ、過酸化水素と反応したヘムが酸 化活性種となり、アミノ酸残基上にラジカル種を生成し、集合体間でそれらのカップリング反応が進行した。 結果として、繊維状組織体がクロスリンクした三次元ネットワーク状構造体が走査型電子顕微鏡により観察 された。 ...
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砂山形成過程における頂点移動のダイナミクス (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... 雪崩と頂点移動には密接な関係があることから雪崩 の切り替わりのパワースベクトル $S_{k}(f)$ が $1/f$ 的になることによって、頂点位置のパワー スペクトル $S(f)$ も l/f- 的になると考えられる。雪崩の切り替わりの待ち時間分布が指数 力 $\mathrm{r}_{-2}$ に近い巾になることが ...
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バルハン砂丘帯の形成ダイナミクス (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... られている。 すなわち、 固体と流体の 2 つの性質をもっているため、 従来のそれぞれの個 別の方程式では扱うことが不可能である。 その粉粒体の集まりとして地球上てもつともス ケールの大きいものが砂丘である。 砂丘は砂漠上はもちろんのこと、 海底や火星にも存在 することが知られている。 ...
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膜の座屈による皺パターン (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... ない . 一方 , 基板によって支持された膜を座屈させた場合, 基板の変形がパターンの 成長を止めるか遅くするため, パターンの統計的な特徴が比絞的よく観察されてい る. また, 支持膜の場合, 座屈は基板と膜の熱膨張係数の差を利用して, 温度変化に よって $\mathrm{B}1$ き起こすことができる . ...
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乾燥亀裂における含水量分布 (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... 図 2: 水 = デンプン系の薄いサンプルの乾燥亀裂パターン . (a) 反射光 . 直径 $160\mathrm{m}\mathrm{m}$ . (b) (a) の 拡犬図. (c) 透過光. 直径 $120\mathrm{m}\mathrm{m}$ . ...
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3体歯車系の動き (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... て、 少々考える。 今回扱った結合歯車系は非常に簡単な玩具でありながら、 多体相互作用による フラストレーションや、 それによる運動のための閾値の存在 (ビンガム性) を自然な形で内包し ている。 現実の物質系でのこれらの性質の原因は、 高分子の変形し易さ、 電荷分布の非 ...
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リドルドベイスンの多重フラクタル構造 (力学系理論と複雑系の数理)
... になる. リドルドベイスンによって相空間内の流れの様子は非常に複雑になるが , その 一方で , 相空間を微小なセルに分割し , 各セル内で 2 つのベイスンがどの様な割合で混 ざっているか, ということで粗視化することによって , リドルドベイスンが多重フラク タル性という簡明な自己相似構造を持ち , ...
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二本鎖RNA結合タンパク質が結合するマイクロRNA初期転写産物の構造的特徴の解析
... pri-miRNA の網羅的探索 今回我々はフランス・モンペリエ大学との共同研究を 通して，NF90 が結合する pri-miRNA の網羅的探索を実 施した．まず，ChIP-seq や RIP-seq 等の解析結果が登録 されているデータベースである ...eCLIP-seq のデータを取得し，NF90 が結合す る pri-miRNA を探索した．次に，NF90 ...
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糸状菌メロテルペノイドの複雑骨格構築に関わるα-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼの構造機能解析
... berkeleydione の生合成に寄与する AusE、PrhA の構造機能解析 Austinol 及び berkeleydione は共に糸状菌により生合成されるメロテルペノイドであり、その部 分構造にはそれぞれ特異なスピロラクトン環やシクロペンタジエン骨格を有している。先行研究 において、これら複雑骨格構築を担う鍵酵素がそれぞれ αKG ...
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TOPICS 特集蛍光タンパク質とお役立ち研究ツール 蛍光タンパク質を用いたタンパク質間相互作用検出技術 Fluoppi の開発 株式会社医学生物学研究所研究開発本部 LSTR 開発ユニット創薬技術開発プロジェクトグループリーダー渡部拓 蛍光タンパク質の 遺伝的融合 FP 立体構造依存 波長の多様性
... HRP-DirecT シリーズ ー 高感度 HRP 標識抗体 ー HRP-DirecTシリーズは定評のあるMBL抗体にHRPを直接標識した製品です。 HRPを直接標識した抗体は二次抗体を必要としないため、アッセイ時間の短縮や二次抗体に由来した非特異反応が抑えられます。しかしながら従 ...
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Ligases の 分類クラス下に階層構造として表 検索機能を持つ 公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより 当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度から ることができるほか タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド 文献を参照できる
... Ligases の⼤分類クラス下に階層構造として表⽰、検索機能を持つ。公共データベースサイトへのリンク と構成タンパク質の LSKB 内リンクにより、当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角 度から⾒ることができるほか、タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド、文献を参照でき ...
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アミノ酸配列解析によるタンパク質構造形成における重要部位とその頑強性予測
... In chapter 2, the commonality of folding units in the protein structural space is validated using Globin-like fold, based on the study that insists a protein can be decomposed into som[r] ...
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粒状体中の空洞の流れによる崩壊過程 (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... : 粒状体における空洞効果の相対的重要性を示す $V_{0^{\equiv}}\mu Uf(gR_{0})$ : $g$ は粒状体粒子間の結合力の強さを表し , $V_{0}$ は粘性応力との比 $c\equiv g_{\mathrm{c}\mathrm{r}}/g$ : 粒状体が崩壊するしきい値に対応し , 粒状体の堅さを表す 図 11 ...
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JAIST Repository: ウリ類炭疽病菌が分泌する病原性タンパク質DN3の構造機能解析
... orbiculareが植物細胞に分泌するDN3というエフェクターについて、その 構造と機能の一端を明らかにした。さらに、このDN3が機能を発揮するメカニズム、すなわち、感染機構に関し て、植物タンパク質CaMが重要な役割を担っていることを見出した。この研究結果は、学術的なインパクトだけ ...
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火山噴火のMDシミュレーション (複雑流体の構造形成と崩壊の数理)
... 無駄なシミュレーションを省くことができる。マ グマとガスの物性の違いは、 Lennard-Jones 粒子 のパラメーターを変更することで表現する。今 のモデル化では質量と相互作用をマグマ粒子、ガ ス粒子で変更することにより物性の違いを表現 ...
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3Dプリンターを用いた複雑構造物の設計
... 6 分離モニタ 当研究室の機体に使用している分離機構はバネなどを固定バン ドで抑えておき，発射と同時にタイマ回路が動作する．時間にな ると固定バンドに巻き付けられたニクロム線に電流が流れてバン ドを焼き切り，バネが解放され分離する． ...
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一般に医薬品は標的タンパク質に結合する事によりその薬効 ( 効き目 ) を発現する ( 図 1) 近年タンパク質の発現 精製技術の進歩 ならびに X 線 NMR 等の構造解析技術の発達により 構造解析されるタンパク質の数が大変な勢いで増加している ( 図 2) タンパク質の構造情報を基に医薬品化合物
... SH3 タンパク質 SH3 タンパク質は、シグナル伝達に関与するタンパク質である。自身は分解や合成といった機能を 持たないが、異なる種類のタンパク質を近接させるアダプタータンパク質として働く。SH3 タンパク はヒトゲノムの中で大きなファミリーを形成しており、保存されているトリプトファン（Trp）が重要 ...
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