生物ゲノムの資源（リソース）化
Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの
... ➢ データを選択するとデータの種類に対応した解析メニューを表示 FASTQ ファイル、BAM ファイル、遺伝子ごとのリード数、変異のコール、転写因子結合部位のピークな ど選択したデータの種類に応じた解析メニューが表示されます。解析メニューを選択すると、プルダウンメ ニューやラジオボタンなどでパラメーターを選択できます。コマンド入力なしにマウス操作でマッピングツ ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(37)
... mm の菌叢ディスクを PDA 平板に置床し，25℃暗黒下で 7 -14 日間培養した後，形成されたコロニーの表裏を観察・撮影する．Fusarium 属菌の観察には，表面に滅 菌ろ紙片を置いた Synthetic low nutrient agar（SNA, Aoki & O’Donnell, 1999）を，その他のカビの観察に は PDA ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(16)
... ②酸処理セルロースを用いる方法 酸処理セルロース 酸処理セルロースは佐々木らの方法 31-32) に基づいて調製した。セルロース粉末 50 gに氷冷した 60% H 2 SO 4 200 mLを加え，氷上において粘性をもつ半透明のペースト状になるまで撹拌し，1 時間放置した。これに氷冷 アセトン 2 Lを注ぎセルロースを沈殿させ，生成した白沈をポリトロンホモジナイザーにて懸濁液状にした。 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告14巻
... _可溶画分（HI） の含量は、SKとほぼ同量であるが、4MKOH _可溶画分 （HII）は少なかった。また、SK細胞壁に含まれるHII含 量は生育過程で著しく減少した。生育過程で、両小麦の HI画分中のXyl含量は増加し、Glc含量は減少した。これ らのことから、生育過程におけるHMMの細胞壁代謝は SKのものと大きく異なっていることが明らかとなった。 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告8巻
... 種 の 分 節 ゲ ノ ム （ R N A 1 − ４ ） を も つ 。 RNA1は複製，RNA2は粒子形成，菌伝搬性，細胞間移 行，RNA3（P25タンパク質）は病原性（抵抗性）に関 与している。このRNA３の病原性の分子機構を解明す るため，BNYVVをテンサイの葉に汁液接種を試みた。 その結果，感受性品種では黄色斑の感受性反応 (S)を， ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(31)
... 週間おきに播種して育成しておくと，いろんなウイルスで局部病斑の形成やウイルス の増殖に使える場合が多い．一方，ササゲやメロンなどは種子が比較的大きく，播種後 10 日以内に接種でき るので，接種検定を行う際に播種しても少し待てば利用できて便利である．ササゲでは， CMV の多くが接種 2 -3 日後には接種葉にえそ性の局部病斑を生じるので，この病徴が CMV ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告15巻
... 活性を示すが、ATP要求性が異なることを明らかにした。 更に、オオムギ由来セリンラセマーゼ（HvSR）遺伝子 とイネ由来セリンラセマーゼ（OsSR）遺伝子をクロー ニングし全長cDNA塩基配列を解読して、アミノ酸配列 を明らかにした。HvSRのアミノ酸配列はOsSR、AtSR、 ヒト由来セリンラセマーゼ（hSR）、マウス由来セリン ラセマーゼ（mSR）とそれぞれ89、68、46、45％の相同 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告11巻
... ２．セントロメア特異的タンパク質の解析 ヒトのセントロメアに結合するタンパク質としては、 ヒストンH3変異体（CENP-A） 、CENP-Bや-Cが知られて いる。そこで、我々は、これらタンパク質のホモローグ をシロイヌナズナで同定し、そのｃDNAを大腸菌で発現 させることにより、抗体を作製した。これら抗体の間接 免疫抗体染色法とGFP（蛍光緑色タンパク質）融合タン ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告9巻
... ２．合成ピレスロイド剤抵抗性コナガ系統におけるナト リウムチャンネル遺伝子の解析 昆虫の薬剤抵抗性は、解毒代謝活性の増大、あるいは 薬剤に対する感受性の低下によってもたらされる。アブ ラナ科作物の重要害虫であるコナガの合成ピレスロイド 剤抵抗性には、ナトリウムチャンネルのアミノ酸置換に ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(15)
... Leuconosotoc の 4 属と提案され てきた。そして鈴木（1996）が指摘したとおり、1986 年に Bergey’s Munual of Systematic Bacteriology ...RNA の塩基配列に基づく系統分類学的アプローチにより属 レベルの分類体系の再構築が進められた（鈴木 1996）。これまで未知の乳酸菌株が分離された時、その菌株が ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(30)
... Simmons（2007）による種の細分化に対しては検討を要する結果となっている．本属菌 の場合，2 % グルコース溶液の液面で培養した菌体から，Villa ら（2006）の方法により容易に，PCR に供 試可能な DNA が抽出できる（図 5）．本属菌の分子分類では，核リボゾーム遺伝子の internal transcribed ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(39)
... ツラン科） の葉に見いだされ Leptosphaeria 属の新種として記載された．のちに Montagnula 属（Berlese， 1896） や Pleospora 属（Wehmeyer, 1961） に移されてきたが，現在では Montagnula 属の基準種として認識 されている（ Ariyawansa et ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告16巻
... ２．宇宙環境における植物の生育とストレス 微小重力、宇宙放射線、電磁場等の地球上とは全く異 なる宇宙環境が植物の発生、生長、世代交代等に与える 影響は不明であるが、宇宙放射線と微小重力の相乗効果 によりフリーラジカルが多量に発生し、植物に酸化スト レスを引き起こすことが予測されている。そこで、宇宙 環境が植物の生育に及ぼす影響を明らかにする目的で、 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告17巻
... capense) の起源に関する分子細胞遺伝学的研究 H. secalinum お よ び H. capense は H. marinum の Xa ゲノムおよび未同定の I ゲノム 2 倍種のゲノムを保 有する異質四倍体であることを明らかにしてきた。本研 究では、それぞれの四倍種におけるゲノム間転座および 2 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告7巻
... ゲノムインフォメーションシステムの開発 田村卓郎(日立ソフトウェアエンジニアリング株式会社) 近年の分子生物学にかかわる研究技術の発達によってDNA 配列解読に要求されていた時間、費用、研究者の熟練度 などが急速に低下する一方、大量の生物分子配列情報が生産されている。特定生物の全DNA 配列の解読に着手した先 進的な研究グループにおいては既に 2 0 を超える生物の全D[r] ...
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2012 年 2 月 3 日第 5 回アグリ技術シーズセミナー 植物ゲノム研究の育種への利用 - 世界の最先端と育種への利用状況 その可能性 - コムギ遺伝資源の持つ表現型 遺伝子型多型の評価 : ゲノム情報活用の現状と課題 京都大学大学院農学研究科応用生物科学専攻植物遺伝学分野那須田周平
... ゲノミクスの進歩により、大きく状況が変わろうとしている （１）ゲノムワイドマーカーによるジェノタイピング技術の確立 （２）正確なフェノタイプ評価技術の向上 （３）ジェノタイプ―フェノタイプの相関解析手法の開発 ...
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極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列を解読
... 虫であるヤモンユスリカは乾燥に対して感受性を示すため、これら同属異種の ２種類のユスリカのゲノム情報を比較することで、ネムリユスリカ特有の乾燥 無代謝休眠に関与する遺伝子の同定を目指しました（図２） 。 概要塩基配列を決定したところ、ネムリユスリカが 17,137 個の遺伝子をもっ ていたのに対して、ヤモンユスリカは ...
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ー小さいー 酵母 6 x 8 µm; 細菌 1 x 3 µm ー多様性ー 3 ドメインすべてに分布 微生物とは? 優れた生物資源 遺伝資源 ーユビキタスネスー 地球上のあらゆる環境に存在 多様な生物機能を発現 カビ酵母細菌 いろいろな微生物 全ての生物ドメインに分布する微生物 1 g の土に 10
... iChip (Nature 2015) Single cell droplet 複合微生物制御技術、メタゲノム Micro Dissection これまでの人類の英知を凌駕する新たなテクノロジーを！ バイオリソースの拡充、生物多様性の理解と保全 ...
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微生物遺伝資源利用マニュアル(25)
... なお，本稿で用いる“ F. graminearum” の学名については，とくにことわらない限り F. graminearum s. str. （狭義）を表し，広義のものとして用いる場合にのみ F. graminearum s. lato と表記している． Fusarium avenaceum（Corda:Fr.）Sacc.（テレオモルフ：Gibberella avenacea）は日本では本州北部 ...
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岡山大学資源生物科学研究所報告13巻
... この数年間、乾燥土壌条件下における紅芒麦を栽培し て、紅芒麦の乾燥ストレス耐性を解析してきた。新たに シードパック栽培法を採用し、種々の濃度のポリエチレ ングリコール水溶液で、紅芒麦とシラサギコムギを生育 させ、異なる水ポテンシャル条件下における紅芒麦とシ ラサギコムギの生育特性、根の吸水速度と根の水ポテン ...
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