生命科学におけるデータ共有
PDFファイル 1G3 「生命科学における知識共有」
... We developed an application which integrates various biological datasets and provides a faceted query interface for interactive analysis of gene expression data. In [r] ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... a) ヘム（鉄ポルフィリン錯体） ， およびビタミン B12（コバラミン錯体）は， 代表的な遷移金属含有型補欠分子族であり， タンパク質中に存在するこれらの分子が活性中心として機能することにより，多様な生理機能を発現することはよく 知られている。ヘムタンパク質に関する研究は，これまでに数多く報告されており，新規な研究対象とはならないと ...
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日本船級協会(ClassNK)と データ共有事業について
... そのため、実業界で行われている実船データを用いたデータ分析を演習することにより、統計手法を実業務で活か すための意味や分析の困難さを経験できる機会を提供。 ・日本有数のデータサイエンティストによる指導のもとデータ分析を経験することで、学生はこれからの海事業界を 牽引する「海事データサイエンティスト」として活躍できる可能性が検討できる。 ...
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次代の基礎生命科学者
... 日本人学生の博士課程進学者について書いたが， 後継者不足による基礎科学の衰退を防ぐもう一つの 打開策は外国人の大学院生および研究者の一層の活 躍を実現することである．先ごろ行われたラグビー W杯の日本代表チームを見て，日本の国際化のあ るべき姿を感じた方も多いと思われる．大学そして 研究室が，あの日本代表チームのようになれば，日 本の基礎科学の今後は暗くない．彼らは，ラグビー ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... b) 生化学・分子生物学・超分子化学的アプローチにより様々な生体分子のアッセンブリーのメカニズムの解明に取り 組むとともに，人工分子の自己組織化を利用した生体分子科学研究のツール開発を行った。非共有結合を保持した 状態での質量分析法をはじめとする生化学的分析手段を駆使することにより，酵母のカーゴ受容体ホモログが pH に ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... a) 高原子価ヘム酵素反応中間体の機能発現の分子機構の研究 b) 不斉マンガンサレン錯体による不斉エポキシ化活性種の研究 A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) チトクローム P450 によるアルカンの水酸化反応は，ステロイドホルモン合成など多くの生体反応において鍵となる 反応である。これらの水酸化反応では，非常に大きい水素−重水素間での速度論的同位体効果が報告されていて， 水素原子のトンネル効果によると考えられている。チトクローム ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... c). ナノテクノロジーと構造生物学の融合による生命分子科学研究 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 糖鎖の機能を詳細に理解するためには，その立体構造を溶液中での揺らぎを含めて明らかにする必要がある。我々は， 常磁性ランタニドイオンの導入によって観測される擬コンタクトシフト（PC S）を活用し，NM R 法と分子動力学（M D） ...
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弘前大学農学生命科学部学術報告
... d-05. 泉谷眞実：食料・農業における有機性廃棄物政策の現状と課題．未利用有機性資源リサイクル研究会，2003. 9. 24, 於：北海道・札幌市． e-01. 宇野忠義：全村ぐるみの稲作生産組織化とリンゴを核とした産業構造立体化の取り組み−青森県津軽地域相馬村 農協の事例分析−．九州大学大学院農学研究院，研究代表者 村田武 平成 13~15 年度科学研究費補助金研究成 果報告書，WTO ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... b). サレン錯体は，合成の容易さやその物性の多様性から光学材料，磁性材料，不斉酸化触媒など広く利用されている。 我々は，サレン錯体を用いて生体内の金属酵素や J acobsen 触媒と呼ばれる不斉エポキシ化触媒の反応活性種や反応 機構の研究を行ってきた。今回我々は，マンガン３価およびニッケル２価サレン錯体の一電子酸化生成物の研究を 行った。その結果，金属イオンは酸化を受けず，配位子のサレンのフェノール基が一電子酸化を受けたマンガン３ ...
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PDFファイル 1G3 「生命科学における知識共有」
... 統 生命 科学 ンタ RIKEN Center for Sustainable Resource Science RIKEN Center for Integrative Medical Sciences The phenome is the set of phenotypes correlated each other through common molecular pathways ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... C ). 研究活動の課題と展望 蛋白質のフ ォ ールディ ング問題は物理化学と して も興味深いが，生命科学や医学と も深い関わ り を持っている。特に， フ ォ ー ルディ ング中間体であるモルテン・グロ ビュール状態の a ラ ク ト アルブミ ンが脂肪酸 （オ レイ ン酸） と複合体を形成する と抗腫 瘍活性を発現するのは興味深い現象である。現在までの研究から， われわれはヤギ a ラ ク ト アルブミ ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... B -11).産学連携 共同研究 （ （株） カネカ） 「固相担持型 Buchwald-Hartwig 反応触媒の開発」 ,. ,.魚住泰広.(2008年 –2009年 ). C ). 研究活動の課題と展望 数年前にゼロからのス タ ー ト を切った精密有機分子変換反応の aqueous-switching，heterogeneous-switching の試みも十分な ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... 新学術領域 （計画研究） 「揺ら ぎと生体機能」 「シャペロニンの構造揺ら , ぎと フ ォ ールディ ング介助機能」 , 桑島邦博 (2008年 – ). 若手研究 （ス タ ー ト ア ッ プ） 「蛋白質デザイ , ンによ る 自己組織化ナノ繊維形成過程の解明」 , 真壁幸樹 (2008年 – ). C ) 研究活動の課題と展望 蛋白質のフ ォ ールディ ング問題は物理化学と して ...
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生命科学と社会(長谷川)①
... ●18 世紀の物理主義が理解できなかった創発生 ―― 近代科学成立の過程において、生気論と機械論の生命観の違 いがよく分からなかったのですが。 長谷川 機械論は、生物も無生物も物理の用語ですべて説明できるは ずだとする考え方です。それに対して、18 世紀後半から 19 世紀にかけての当時の生物学の知識では、遺伝や発生や進化 が分からないので、生き物の不思議さを、(当時の物理学の ...
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オープンデータのコモンユース -増大するデータの共有と活用の可能性と課題-
... 「サーチエンジンで情報を検索」すること は，日常の情報行動における代表的なもので ある。 パスキネッリ (2011) は，多様な検索エン ジンの中でグーグルの検索精度が他に秀でた 理由を 「ページランクのアルゴリズムを通じ， 集合知を諸価値の所有権に基づく計測器に することで，価値を生産・蓄積する ４ 」こと によると述べる。インデックス情報を価値付 けにリンクという人為的な価値判断の結果を ...
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犬におけるインスリン抵抗性と糖尿病発症に関する メタボローム研究 (Metabolome study on canine insulin resistance and diabetes onset) 野澤聡司 日本獣医生命科学大学大学院獣医生命科学研究科 ( 指導教員 : 田﨑弘之 ) 平成 28
... および誘導体化を行った。また、保持時間のずれを補正するために C 7 -C 33 を含む n-ア ルカン（RESTEK Co., Bellefonte, U.S.A.）をサンプルの分析と同じ条件で測定した。 Gas Chromatograph-Mass Spectrometer（GC-MS）による分析は GCMS-QP2010 Plus （SHIMADZU Co., Kyoto, Japan）を使用し、Table 3-1 ...
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生命科学機器分析部 [ 運営方針 ] 生命科学機器分析部は 各種生命科学研究機器およびサービスの提供を通じて 生命科学 理学 工学 医歯薬学 生命科学領域の教育 研究活動を支援することを目的として活動している さらに 最新の技術情報を講習会や技術セミナーなどを企画 開催することで提供し 研究者および
... ② マイクロアレイ依頼測定 核酸 (DNA または RNA)サンプルを預かり、反応調整後 Affymetrix 社のマイクロアレイにハイブリダイズ し、 GeneChip システムのスキャナーにてデータの読み取りまでの作業を行っている。遺伝子発現解析用ア レイ以外に SNP・ジェノタイピング解析アレイなども受け付けており、コンスタントな利用がある。 ...
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農学生命情報科学特論I
... 発現データ情報と遺伝子セット情報のIDの対応付け 検証用RNA-seqカウントデータセットPickrell data（なぜGSVAにしたか） GSVAの解説PDFを読み解く（手元のc1.all.v6.1.entrez.gmt をどう読み込ませるか） ◼ GSVAdataパッケージ提供の、MSigDB c2コレクションであるc2BroadSetsを理解する ◼ 手元のgmtファイルを読み込ませて、 ...
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計算機生命科学の基礎II_
... • よく使われたプラットフォームのため、比較対象が多いのは利点。 • 1つの薬剤につき、濃度の異なる複数のデータがある。 • 薬剤は、1300種類。 • 使用されている細胞は限定的（HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssMCF7）。 • 後述の TCGA のデータが比較的新しく、様々な癌の種類があるので、組み合 ...
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農学生命情報科学特論I
... 回避策 19 Jun 30 2015 基本戦略は「single-endとして 別々にアダプター配列除去を 行うが、出力ファイルのリード 数が変わらないようにする」で す。乳酸菌paired-end RNA- seqデータ(SRR626268)のアダ プター配列除去を行う一連の 手順の基本形は、例題3-5で す。例題3では、Forward側の リードファイルを入力として、 FastQCでレポートされた「 ...
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