生命科学とオープンデータ
2016 年 2 月 8 日情報 システム研究機構シンポジウム 生命科学とオープンデータ 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 情報 システム研究機構 (ROIS) 国立遺伝学研究所 (NIG) DDBJ センター
... – Wellcome Trust：資金援助した研究から出る成果の価値を最 大化するため • 出版社：発表論文に関するエビデンスの確保 – PLOS系列：論文作成に関係する全データを制限なしで公開 – Nature系列：論文Submit時にはEditorsやReviewersが見られ ...
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オープンデータに関する権利と義務ー本格的なデータジャーナルに向けてー
... 新たな視点でオープンアクセス、オープンデータについて検討することが必要になった。 データジャーナルは、既往の数値データベースやオリジナル論文に含まれない科学技術 データを対象とし、テキスト主体、オリジナル論文主体の情報基盤と緊密に連携したジャ ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... b). サレン錯体は，合成の容易さやその物性の多様性から光学材料，磁性材料，不斉酸化触媒など広く利用されている。 我々は，サレン錯体を用いて生体内の金属酵素や J acobsen 触媒と呼ばれる不斉エポキシ化触媒の反応活性種や反応 機構の研究を行ってきた。今回我々は，マンガン３価およびニッケル２価サレン錯体の一電子酸化生成物の研究を ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... の距離では脂質の拡散が速く，ピット間をまたいで移動する µ m オーダーの距離では拡散係数が減少することを明ら かにした。細胞膜内で起きている異常拡散現象を， 基板表面ナノ構造を利用して人為的に誘起しうることが示された。 b). 神経細胞ネットワーク素子の応用として，物理化学の観点から細胞核内反応を調べることに的をしぼって素子開発を ...
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final_生命科学データ保存GL_ver
... 4） ダウンロードデータ等外部から取得した電子データの取扱い 論文や学位等、研究成果発表内容の再現や反証可能性の証明に必要なダウンロードデータの 保存に関しても、当該論文等の発表後 10 年間保存する。また、後日の利用/参照が可能となる ようにメタデータの整備や検索可能性、追跡可能性の担保に留意すべきである。ただし、保存 ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... a). 枯草菌 （ Bacillus subtilis）中に含まれる HemA T-Bs は， 酸素に対する走化性（A erotaxis） 制御系において酸素センサー として機能するシグナルトランスデューサータンパク質であり，酸素センサーの本体として機能するヘムを活性中心 として有している。HemA T -Bs 中のヘムには，生理的なエフェクター分子である酸素以外に，C O も結合するが，C O ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... + 輸送タンパク質（V -A T Pase）についても論文準備中である。これらの研究は前任地の名古屋工業大 学神取研究室でなされたが，分子科学研究所においても引き続き研究を進めている。 b). ロドプシンは発色団レチナールを結合し，その光異性化反応によりタンパク質の構造を変化させ，光情報を伝達した り，プロトンやイオンを輸送したりする機能を持つ。これまでにバクテリオロドプシン内部に存在する水分子の O–H ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... こ とができ た （C R E S T 研究な ど） 。またナノ パラジウム粒子の高分子マ ト リ クス内での発生・分散と固定化に成功し， アルコール酸化やハロゲン化芳香族の脱ハロゲン 反応な ど， グリ ーン化学の中心課題を解決してきた。他の金属種 （W，R u，R h，C u） に適用範囲を拡張しつつある。今後さ ら に基礎科学的論証を重ねる予定である。さ ら ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... チングできることを初めて確認した。これにより，P D M S によるマイクロ流路形成や細胞外マトリックスの印刷な どにおいて従来できなかった各種の構造を形成することが可能となった。 b) 脂質二重膜／膜タンパク集積系は，細胞の基本的機能を支配する，脂質−タンパクやタンパク−タンパク相互作用 ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... 他の国際ジャーナルに発表されており，これは本研究のプロダクティビティとクオリティをよく反映している。総合 的に，本研究は非常に創造的で，国際的に競争力のある内容である。 魚住泰広教授 本研究の中心はグリーンケミストリーである。特に，魚住教授の研究では水中で機能しかつ高い活性と選択性を示 す不均一系有機反応触媒の開発が行われている。この目標に対する非常に成功した例として，ポリエチレングリコー ル（P E ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... b) 不斉マンガンサレン錯体（J acobsen 触媒）は，極めて有用性の高い錯体である。しかし，J acobsen 触媒がどのような 活性種を生成し，どのように不斉選択性を発現しているかは未解明の問題である。とりわけ，J acobsen 触媒がほとん ど平面的な構造であるにもかかわらずなぜ高い不斉選択性を示すのかは，多くの研究者が注目している点である。 ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 糖鎖は一連の細胞内レクチンとの相互作用を通じて，それを担うタンパク質の分泌経路における運命（フォールディ ング， 輸送， 分解）を決定する目印として機能している。特に， 3 本鎖高マンノース型糖鎖の中央の枝の末端マンノー ス残基の除去は分解経路に向かう第一歩となる一方，別の枝の一端には小胞体シャペロンの認識タグとなるグルコー ...
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2014 年度活動報告 イベント Mashup Awards オープンデータ部門賞 ( アプリコンテスト ) オープンデータシンポジウム 勝手表彰 委員会活動 技術委員会 データガバナンス委員会 利活用 普及委員会 2020オープンデータシティ推進委員会 2
... 最優秀賞／日本マイクソフト賞 東京メトロ「オープンデータ活用コンテスト」 東京地下鉄株式会社 優秀賞 Code for Japan Code for Japan アパハウ賞 GEEO 株式会社おたに 勝手地方創生賞 株式会社CCL オープンデータ事業 株式会社CCL CiP準備会賞 家計簿・会計アプリ「Zaim」 株式会社Zaim ...
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農学生命情報科学特論I
... 発現データ情報と遺伝子セット情報のIDの対応付け 検証用RNA-seqカウントデータセットPickrell data（なぜGSVAにしたか） GSVAの解説PDFを読み解く（手元のc1.all.v6.1.entrez.gmt をどう読み込ませるか） ◼ GSVAdataパッケージ提供の、MSigDB c2コレクションであるc2BroadSetsを理解する ◼ 手元のgmtファイルを読み込ませて、 ...
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農学生命情報科学特論I
... 回避策 19 Jun 30 2015 基本戦略は「single-endとして 別々にアダプター配列除去を 行うが、出力ファイルのリード 数が変わらないようにする」で す。乳酸菌paired-end RNA- seqデータ(SRR626268)のアダ プター配列除去を行う一連の 手順の基本形は、例題3-5で す。例題3では、Forward側の リードファイルを入力として、 FastQCでレポートされた「 ...
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計算機生命科学の基礎II_
... • 広い意味で、「 機能解析 」と呼ばれる。 • 解析のために、様々なアルゴリズムがある。 • 一番基礎的なものが、「 GO解析 」 • データベースを利用したものとして、下記の2つが有名。 エンリッチメント アナリシス という言い方もある。 ...
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弘前大学農学生命科学部学術報告
... d-01. 姫野俵太：トランス・トランスレーション：2 分子の RNA から 1 分子のタンパク質．日本農芸化学会東北支部 大会若手シンポジウム，2003. d-02. 牛田千里・宮田真人・ユラテ・シュグザイテ・武藤 ：M. capricolum subsp. capricolum California kid 株と GM262G 株における MCS4 RNA 遺伝子のマッピング．第 30 ...
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生命・錯体分子科学研究領域
... 題ない。水中機能性固定化触媒に関するCREST 研究が２００８年３月に終了し，続いてその成果を実践的に発展させるた め経済産業省 （NEDO） プロジェク ト を ２ ０ ０ ８年９月 に開始し， ２ ０ １ ２年２月 に終了 した。一⽅， 環境調和型触媒反応開発か らの発展と してCRETS 研究 「元素戦略」 に採択され２ ０ １ １ 年 １ ０月から課題研究を推進しつつある （2016年度終了予定） 。こ ...
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学術情報オープン化と論文のエビデンスとしての研究データの公開について
... ３． 公的研究資金による研究成果を広く社会に還元 → これらの意義や国際的動向を踏まえ、文科省として「公的研究資金 による研究成果のうち、論文とそのエビデンスとしての研究データは、 原則公開とすべき」と方針を明確化。同時に、研究資金配分機関、 JST、 ...
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