理研 計算科学機構（神戸ポートアイランド）
2008 年 7 月 28 日に神戸市付近で発生した局地的大雨の観測システムシミュレーション実験 * 前島康光 ( 理研 計算科学研究機構 / JST CREST) 国井勝 ( 気象研究所 / 理研 計算科学研究機構 ) 瀬古弘 ( 気象研究所 ) 前田亮太 ( 明星電気株式会社 ) 佐藤香枝 (
... ケーリングした予測計算を実行した (図 1, 表 1).雲物理過程は氷晶 3 カテゴリーのシン グルモーメント (雲氷のみダブルモーメン ト)とし,5km 解像度のみ Kain-Fritsch スキー ムを併用した.乱流混合過程は 5km,1km は Meller and Yamada Level 3, 他は Deardorff ス キームを用いた. 鉛直層数は 100m のみ 60 層 ,他は 50 層とした.100m ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 電子エネルギーの散逸を考慮に入れた電子状態理論の開発 c). 量子ドット列における励起子ダイナミクスの理論 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 1. nm 〜数十 nm 程度のナノ構造体では，量子性を反映した特異な光誘起電子・核ダイナミクスが見られるが，その 基礎理学的理解は十分ではない。ナノ構造体ダイナミクスでは，局所的な空間領域で物質と電磁場が再帰的に相互 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... P2 計算を実行できるようにした。これからの計算化学では，高速化ばかりでなく高精度化が重要に なる。すなわち，S chrö di nger 方程式の正確な解が望まれる。このために，電子配置をウォーカーとしてサンプルす るプロジェクタモンテカルロ（P M C ）法を考案して，基底状態および励起状態の高精度計算を可能にした。この計 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c). 有機磁性体は，単分子磁石をはじめとする分子デバイスの材料として注目されており多くの研究がなされている。分子 デバイスとしての有機磁性体には，より大きな磁気モーメントを持ち，かつ寿命が長い区，異なるスピン状態間のエネ ルギー差が大きく高温でもスピン配列を崩さないものが望まれる。スピン配列の秩序を保つにはスピンサイト間の相互 作用が強いほうが有利であることから， p 共役でスピンサイ ト間をつなぐ through- bond ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 当研究グループでは， 「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」 を根源とする化学現象や化学反応をター ゲッ トに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。特に着目するのは， 多重化学結合と解離，ナノグラフェン，有機磁性体，生体反応中心などの共役分子の光化学・スピン物性，金属化合 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... + ）の分 布を３次元 R ISM 理論により求め， これらのチャネルがプロトンを透過しない物理的理由を考察した。この解析の結果， A QP1 ではチャネル内部のアミノ酸残基がつくる正の静電ポテンシャルによってプロトン（正の電荷をもつ）が静電的 な反撥力を受け，チャネル内部の広い領域から排除されることが分かった。一方，G l pF では静電的な反発力が A QP1 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 一方， 「ナノ統合シミュレーションソフトウエアの開発」プログラムは２ ０ ０ ６年度に開始された文科省プロジェクト 「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」の一貫として，次世代スパコンを有効に活用するソフトウエア の開発を目的としている。 この目的のため， １． 次世代情報機能材料， ２． 次世代ナノ生体物質， ３． 次世代エネルギー， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... るが，水分子を透過することにより細胞内の水の濃度を調節する重要な蛋白質である。このチャネルの水分子透過 機構（特に， ゲーテイングのメカニズム）を解明するためにはチャネル内部の水分子の分布を求める必要があるが， 現在の実験の分解能では蛋白質の構造と水分子の分布の相関を求めることは極めて難しい。我々は３次元 R IS M 理 論を用いて，結晶構造が決定しているアクアポリン（A Q P Z ...
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3-3-2 理研ビームライン 大型放射光施設の現状と高度化 理研放射光科学総合研究センターではSPring-8のビームライン利用技術高度化やSACLAの新規利用技術開拓に向けた様々なR&Dに対応し また理研内の物質科学や生命科学での放射光利用研究を推進するために 現在立上げ調整中のビームラインを含め
... （平田 邦生、河野 能顕） 3．構造生物学ビームラインⅠ（BL45XU） BL45XUは、タンパク質の溶液中の構造やその動的変 化、高分子材料の構造と機能・物性などのナノスケール の構造解析を X 線小角散乱（SAXS: Small-Angle X-ray Scattering）測定により進めている。ビームラインの構 成は垂直偏光のタンデムアンジュレータを光源とし、合 成ダイヤモンド結晶を分光素子としたビーム分岐・単色 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... うとするとセキュリティー問題をはじめ難しい問題があることは承知している。しかしぜひ実現していただきたい。 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 一方，高性能分子シミュレータは，演算サーバ，ファイルサーバ，フロントエンドサーバおよびネットワーク装置 から構成される。演算サーバは，日立製作所製の S R 16000 であり，1. C PU コアあたり 18.8. G fl ops の演算性能を持ち， 1 ノードが 32.C PU コアと 256.GB yte メモリを有する共有メモリ型スカラ計算機である。理論総演算性能は 5.4.T flops， 総メモリ容量は ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 対象モジュール： PWscf（pw.x） • 依頼内容 オープンソースの第一原理電子状態計算プログラムQuantum ESPRESSOの最新版v6.1のPWscfモ ジュール(pw.x)について、実行性能の阻害要因のひとつとなっている対角化計算に対して、EPLAライ ブラリ導入による高速化を行い、ライブラリ導入前の(ScaLAPACKを使用した)コードとELPAライブラリ ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... システム構成図 まず，２００６年７月より運用を開始した新システム「超高速分子シミュレータ」は，これまでの共同利用のスーパー コンピュータシステム（富士通 VPP5000，SGI2800/Origin3800）の後継機である。新システムは，量子化学，分子シミュ レーション，固体電子論，反応動力学などの共同利用の多様な計算要求に応えうるための汎用性があるばかりでなく， ユーザーサイドの PC ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 一方， ２ ０ ０ ３ 年３月に導入された汎用高速演算システムは， NE C 製 S X -7 で構成される主システムと T X -7 で構成され る副システムとから成る。NE C S X -7 は 1 C PU あたり 8.8 Gflops の最高演算能力を持ち，256 GB の共有メモリに結合 された 32 C PU の演算装置から構成され， 総合演算性能 282.5 Gflops の共有メモリ型ベクトル計算機である。 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) 数 nm 程度以下の固体表面担持金属ナノクラスターは，有用な触媒として働くことが多くの研究において指摘されて いる。しかし，貴金属やレアメタル等の非常に高価な原子を使っていることが多く，豊富に存在する安価な原子で代 替した触媒の開発が望まれている。本研究課題では第一原理（カー・パリネロ）分子動力学計算を用いて，固体表 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... から見積もられたポンテシャル曲線を再現した。 b) 飽和脂肪酸を不飽和脂肪酸へ変換する金属酵素による生化学反応を高精度量子化学計算を用いて解明することに成功 した。脂肪酸は炭素が連なった構造を持つ分子であるが，炭素−炭素間に二重結合（C = C ）があるかどうかで大きく 二つに分類さされる。二重結合が無いものは「飽和脂肪酸」 ，有るものは「不飽和脂肪酸」と呼ばれる。体内では，飽 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 新しい拡張アンサンブル分子シミュレーション手法であるレプリカ置換法を昨年，提案した。この手法では２つのレ プリカ間だけで温度を交換するのではなく，２つ以上のレプリカ間で温度を置換する。さらに効率よくレプリカの置 換を行うために従来のメトロポリス判定法ではなく最近提案された諏訪・藤堂法を用いる。通常のレプリカ交換法で ...
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計算分子科学研究系
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど， 溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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8 日程 9:20 受付京コンピュータ前駅高架下 神戸大学コンベンションホール前テント 10:00 開会式及び若手研究者による特別講演 (3 会場に分かれて行う ) 神戸大学コンベンションホール 理研計算科学研究機構講堂 甲南大学レクチャーホール 11:00 高校生等ポスター発表 (~13:30 ま
... 兵庫県教育委員会と県内SSH（スーパーサイエンスハイスクール）指定校９校（明石北高・尼崎 小田高・加古川東高・三田祥雲館高・龍野高・豊岡高・神戸市立六甲アイランド高・武庫川女 子大附属中高・神戸高）により組織されています。神戸高校が、平成22年度に文部科学省より SSH事業の「コアSSH（地域の中核的拠点形成）」に３年間、平成25年度から「科学技術人材育 ...
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8 日程 9:20 受付京コンピュータ前駅高架下 神戸大学コンベンションホール前テント 10:00 開会式及び若手研究者による特別講演 (3 会場に分かれて行う ) 神戸大学コンベンションホール 理研計算科学研究機構講堂 甲南大学レクチャーホール 11:00 高校生等ポスター発表 (~13:30 ま
... 兵庫県 神戸市 （国立研究開発法人）科学技術振興機構（JST） 神戸商工会議所 （一般社団法人）大学コンソーシアムひょうご神戸 （公益財団法人）ひょうご科学技術協会 （公益社団法人）兵庫工業会 （公益財団法人）計算科学振興財団（FOCUS） ...
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