理化学研究所・計算科学研究機構
出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 「京」のようなスーパーコンピュータは、普通のパソコンの何万倍も計算が速い。実は、 「京」もパ ソコンも、CPUやメモリ、ハードディスク、電源、冷却装置など、基本的なつくりは同じなんだ。大き な違いはCPUの数。パソコンは普通CPUが1個しかないけれども、 「京」はなんと8万個以上の CPUがつながっているんだ。それぞれのCPUが同時に計算できるから、 「京」は速く、たくさんの ...
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令和元年 6 月 1 3 日 科学技術振興機構 (JST) 日本原子力研究開発機構東北大学金属材料研究所東北大学材料科学高等研究所 (AIMR) 理化学研究所東京大学大学院工学系研究科 スピン流が機械的な動力を運ぶことを実証 ミクロな量子力学からマクロな機械運動を生み出す新手法 ポイント スピン流が
... ＜研究の背景と経緯＞ 電子は電気的な性質に加えてスピンと呼ばれる自転的な性質を持っており、物質の磁気 的な性質はスピンに強く関わっています。スピン流とは、スピンの流れのことで、 「磁気の 流れ」ともいえます。スピン流は電流と同じように情報を伝送するキャリアとして利用で きると考えられており、例えば、強磁性体（磁石）にスピン流を流し込むことで磁石の向 ...
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60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 10 月 17 日財団法人高輝度光科学研究センター (JASRI) 独立行政法人科学技術振興機構 (JST) 独立行政法人理化学研究所松下電器産業株式会社筑波大学 DVD-RAM の記録速度を支配する構造の謎を解明 - さらなる記録速度向上への材料設計の
... /東北大学多元物質科学研究所 研究顧問）の研究テーマ「反応現象のX線ピンポイ ント構造計測（研究代表者 :高田昌樹）」において、高田昌樹（理化学研究所 主任研 究員） 、小原真司（財団法人高輝度光科学研究センター 副主幹研究員）、山田 昇（松 下電器 グループマネージャー ）、守友 浩（筑波大学 教授）を中心とする産官学連 ...
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PRESS RELEASE 2019 年 4 月 3 日理化学研究所金沢大学国立天文台 ガンマ線バーストのスペクトルと明るさの相関関係の起源 - 宇宙最大の爆発現象の理論的解明へ前進 - 理化学研究所 ( 理研 ) 開拓研究本部長瀧天体ビッグバン研究室の伊藤裕貴研究員 長瀧重博主任研究員 数理創造プ
... そのような中で、近年注目を集めている放射機構の理論モデルとして、 「光球 面放射モデル」があります。光球面放射モデルは、ジェットの内部に捕縛され ていた大量のガンマ線が、ジェットが膨張するにつれて解放されることによっ てガンマ線バーストが発生するというシナリオです。このモデルは、従来の理 論モデルでは説明が難しかった特徴を説明できるといった長所があるため、現 在有望視されており、多くの研究が行われています。 ...
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トランスクリフ トーム トモク ラフィーを用いた 遺伝子発現に基づく全脳地図作成 理化学研究所光量子工学研究領域客員研究員於保祐子
... 理研戦略的研究展開事業（理事長ファンド）の 助成を受けた研究に、基づいています。 この研究の一部は、国際ニューロインフォマティクス統合機構（INCF) デジタル脳図譜プログラム ワクスホルム空間 (Waxholm Space)作業部会 ...
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国際共同研究グループ 理化学研究所統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム チームリーダー 中川英刀 ( なかがわひでわき ) 研究員 藤田征志 ( ふじたまさし ) 研究員 ( 研究当時 ) クリストファー ウォーデル (Christopher Wardell) 北海道大学大学院
... 要旨 理化学研究所（理研）統合生命医科学研究センターゲノムシーケンス解析研究 チームの中川英刀チームリーダー、藤田征志研究員と北海道大学大学院医学研 究院消化器外科学教室 II の中村透助教、平野聡教授らの国際共同研究グループ ※ は、日本とイタリアの胆道がんの大規模ゲノムシークエンス解析を行い、多数の ...
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S PECIAL INTERVIEW バイオスーパーコンピューティングが拓くライフサイエンスの未来 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 の 6 年半をふりかえる 革新的なアプローチでライフサイエンス分野の未来を切り拓いてきたグランドチャレンジ 理化学研究所次世代計算科学研究開発プ
... 生命科学研究における「京」などスパコン利用の促進 創薬の現場では、計算機を利用したバーチャルスクリーニングやドッ キングシミュレーションによる候補となる化合物の絞り込みを行ってお り、効率化を図っています。さらに分子間の結合自由エネルギーを計算 で求め、精密な分子動力学のシミュレーションを行う手法も現実的にな りつつあります。より精密な分子動力学シミュレーションでは、因子が ...
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植物科学最前線 7:241 (2016) 寄生植物コシオガマの吸器形成機構 若竹崇雅 1,2, 吉田聡子 3,4 1,2, 白須賢 1 東京大学大学院理学系研究科 東京都文京区本郷 理化学研究所環境資源科学研究センター 神奈川県横浜市鶴見区末広町
... al., 2016） 。当研究グループではゲノムの解析も進んでおり，ゲノムリシーケンスによる変異 体原因遺伝子の同定も可能となっている。また，Agrobacterium rhizogenes を用いた形質転換 法を確立しており，誘導された毛状根を用いた分子生物学的解析をともなった寄生実験も可 能である（Ishida et al., 2011）。コシオガマは T. versicolor と同様に，幅広い植物種を宿主と ...
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戦略的創造研究推進事業 CREST 研究領域 生物の発生 分化 再生 研究課題 Geneticdissection による神経回路網形成機構の解析 研究終了報告書 研究期間平成 12 年 11 月 ~ 平成 17 年 10 月 研究代表者 : 岡本仁 ( 独立行政法人理化学研究所脳科学総合 研究セン
... 相澤秀紀、後藤翠、岡本仁 Developmental study on generation of left-right asymmetry in zebrafish habenular nucleus 第 28 回日本神経科学大会（Neuroscience 2005）横浜 2005.7 田中英臣、前田龍、韓昌均、野島康弘、和田浩則、白木利幸、小林恵実、中山涼子、政井一郎、岡本 仁 Genetic and imaging ...
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GPU チュートリアル :OpenACC 篇 Himeno benchmark を例題として 高エネルギー加速器研究機構 (KEK) 松古栄夫 (Hideo Matsufuru) 1 December 2018 HPC-Phys 理化学研究所 共通コードプロジェクト
... Introduction to GPU computing GPU システムの一般的構成 – ノード ホスト (CPU) デバイス (GPU) グローバルメモリ 共有メモリ (local store) デバイスコア O(10k)/device Streaming Multiprocessor (NVIDIA) 共有メモリを共有 PCIe or NVLink (ここが[r] ...
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植物のエピジェネティクス変化をリアルタイムに捉えることに成功 プレスリリース（研究成果）2017 | 理化学研究所
... 東京理科大学 理化学研究所 東京工業大学 科学技術振興機構 東京理科大学理工学部応用生物科学科 松永 幸大 教授、坂本 卓也 助教、栗 田和貴大学院生、理化学研究所 環境資源科学研究センター 植物ゲノム発現研 究チーム 関原明チームリーダー、ケミカルゲノミクス研究グループ 吉田稔グ ループディレクター、東京工業大学 ...
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組織透明化による全身全細胞解析基盤の構築 プレスリリース（研究成果）2017 | 理化学研究所
... 泰己 東京大学大学院 学系研究科 機能生物学専攻 薬理学分 教授 理化学研究所生 研究 ン 合成生物学 兼任 宮園 浩 東京大学大学院 学系研究科 病因 病理学専攻 分子病理学分 教授 井中 一貴 研究当時 ： 東京大学大学院 学系研究科 機能生物学専攻 薬理学分 ...
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計算分子科学研究系
... a) 液体を急冷すると，融点で結晶化せずに過冷却液体，さらにはガラスとなる。とくに，過冷却液体では，通常の液 体状態に比べ揺らぎの影響が顕著となる。また， 水においては， 一般的な液体とは異なり， ２種類以上のアモルファ ス状態が存在し，その密度揺らぎは非常に興味深く，過冷却水の運動，揺らぎの分子動力学計算による解析を行っ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 一方， 「ナノ統合シミュレーションソフトウエアの開発」プログラムは２ ０ ０ ６年度に開始された文科省プロジェクト 「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」の一貫として，次世代スパコンを有効に活用するソフトウエア の開発を目的としている。 この目的のため， １． 次世代情報機能材料， ２． 次世代ナノ生体物質， ３． 次世代エネルギー， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 液体を急冷すると， 融点で結晶化せずに過冷却液体さらにはガラスとなる。水においては， ２種類以上のアモルファ ス状態が存在し，その密度揺らぎは非常に興味深い。我々は，分子動力学計算を用い過冷却水の構造・密度・エ ネルギー揺らぎの解析を進めている。また，薄膜や多孔質媒体などの制限空間におけるガラス転移に関する研究も ...
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表出系としての行動異常の統合的研究 ( 研究代表 : 内匠透 ) の支援を受けて行われました 注 1)Chandana et.al. J. Dev. Neurosci (2005) 共同研究グループ理化学研究所脳科学総合研究センター精神生物学研究チームシニアチームリーダー 内匠透 ( たくみとおる
... [5] 研究でも報告されています。 また、体性感覚皮質を組織学的に解析したところ、15 番染色体重複モデルマ ウスでは抑制シナプスが減少していました。さらに、モデルマウスの体性感覚皮 質の電気活動を調べたところ、抑制性入力が減少していました。抑制機能が低下 していると周辺エリアの応答が高くなります。抑制性入力の減少が、シグナルノ イズ比を悪化させ、感覚情報のチューニング機能に障害を与える原因と考えら れます。 ...
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国際共同研究グループ理化学研究所放射光科学研究センター利用技術開拓研究部門 SACLA 利用技術開拓グループグループディレクター岩田想 ( いわたそう ) ( 京都大学大学院医学研究科教授 ) XFEL 研究開発部門ビームライン研究開発グループイメージング開発チーム研究員南後恵理子 ( なんごえりこ
... チするためのレチナール [2] を含んでおり、高効率かつ立体選択的に構造を変化さ せて機能を発現することが知られています。しかし、その光化学反応はフェムト 秒からピコ秒という超高速で起こるため、どのように反応し構造変化を起こす のかを知るのに必要な原子レベルの動きを捉えることは非常に困難でした。今 回、国際共同研究グループは、レチナールを持つ光応答タンパク質（レチナール ...
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計算分子科学研究系
... 研究課題(b)を特に推進する。 非断熱 ト ンネル現象を利用した分子機能の制御と開発を目的とする。 その中で特に最近， 環 状分子にその機能を う ま く 発現させる可能性を見出している。 つま り ， ま さ に分子スイ ッチ ・ ゲー ト と して提案したモデルに対 する現実系と しての可能性を持つ結果を得は じめている。 そこで， この分子とその類似系について同様な理論計算を行い， 分子スイ ッチ ・ ...
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計算分子科学研究系
... b) 二分子反応の研究では特に最近， 大気化学反応のモデリングにおいて重要であり， 化学反応動力学の研究にとって もいくつかある代表的な反応の中の一つであるO( 1 D ) + HC l反応において， 素晴らしい成果を得た。 この反応が特に 注目される理由は， 電子基底状態のポテンシャル面上に安定な分子 HOC l と HC lO に対応する二つの深い井戸があ るため， ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... １． 計算（機）科学からの評価 評点３．８ 生命科学で重要なタンパク質間相互作用をネットワークする為に計算アルゴリズムを開発して大規模並列計算 を可能とするソフトウェア「MEGADOCK」を開発した。蛋白質形状相補性および静電相互作用に基づき高速にドッ キングの可能性を評価する独自ソフトウェアの開発は評価できる。計算速度と予測精度を改良し、さらに次世代ス ...
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