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小さいゲノムのシーケンス

国際共同研究グループ 理化学研究所統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム チームリーダー 中川英刀 ( なかがわひでわき ) 研究員 藤田征志 ( ふじたまさし ) 研究員 ( 研究当時 ) クリストファー ウォーデル (Christopher Wardell) 北海道大学大学院

国際共同研究グループ 理化学研究所統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム チームリーダー 中川英刀 ( なかがわひでわき ) 研究員 藤田征志 ( ふじたまさし ) 研究員 ( 研究当時 ) クリストファー ウォーデル (Christopher Wardell) 北海道大学大学院

... つの遺伝子 の生殖細胞系列の病的変異が原因であり、ゲノム修復機能が破綻しているため、約 10 倍以上もの体細胞変異ががんゲノムに蓄積している。その結果、免疫原性が高まって おり免疫チェックポイント阻害剤により治療の効果が期待されている。 ...

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第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平

第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平

... RNA シーケンスをする目的 l RNAを研究することで分かること – RNA-seq は細胞・組織の”今”の状態を知る l ライブラリー作製・シーケンスは解明のための通過点（一手段） ...

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ゲノム情報解析基礎

ゲノム情報解析基礎

... GC含量計算部分の説明 90 Apr 23 2018 ①dim関数は行列の行数と列数を返す。 alphabetFrequency関数出力結果は、4 行×18列からなることが分かる。②最初 の4列分のみ抽出するやり方。キーボード の上下キーを上手に利用して最小限の労 力でキータイプ（あるいはコピペ）すべし! ...

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変異創成技術としてのゲノム編集技術

変異創成技術としてのゲノム編集技術

... の機能が明らかになって来ている．例えば，フロリゲン経 路に関わる誘発遺伝子変異を遺伝学的に組み合わせること で，トマトの果実生産性を向上できることが報告されてい る（Park et al. 2014）．著者の研究室は，実験トマトである 品種マイクロトムを基盤とした大規模変異体集団を保有し ており（Matsukura et al. 2008, Saito et al. ...

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非アルコール性脂肪肝障害のゲノム・エピゲノム解析

非アルコール性脂肪肝障害のゲノム・エピゲノム解析

... NAFLD の発 症や進展に重要な領域（遺伝素因）であることを示した。 NAFLD の発症や進展 には遺伝素因と環境要因（DNA メチル化）が相互作用していると考えられてい ることから、感受性領域に DNA メチル化の変化が生じていることが考えられる。 しかし、この感受性領域を対象として DNA のメチル化を詳細に解析した報告は これまでにない。この領域には 4 ...

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ヒトの健康における細菌およびメタゲノム

ヒトの健康における細菌およびメタゲノム

... Dacheux L., Cervantes-Gonzalez M., Guigon G., Thiberge J. M., Vandenbogaert M., et al. (2014) A preliminary study of viral metagenomics of French bat species in contact with humans: identification of new mammalian ...

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機能ゲノム学

機能ゲノム学

... ①トランスクリプトーム配列をリファレンスとして使う メリットは、リファレンスのサイズ（トータルの配列長 と同義）がゲノムに比べて圧倒的に小さいので、マッ ピングがサクッと終わります。また、②で示したよう なexon間にまたがるジャンクションリードのマッピン グも、リファレンスがトランスクリプトーム配列の場合 は、全く気にする必要がありません ...

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「ゲノム育種」再び

「ゲノム育種」再び

... QTL の選抜に日常的 に利用されて成果をあげてきた．しかしながら MAS は， 収量などの多因子支配の量的形質の選抜への適用において はほとんど成功例がみられなかった（Bernardo 2008）．ここ で MAS とゲノミックセレクションを対比することは，ゲ ノミックセレクションの特徴の理解に役立つであろう． MAS ...

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（1）がんゲノム医療

（1）がんゲノム医療

... 3．解析の実際 がんのクリニカル・シーケンスにおいて必要なの は，がん細胞特異的な変異である．したがって腫瘍 部の組織を効率的に収集する必要がある．サンプル に正常組織が多く混入すると，がん細胞特異的な変 異を見逃す原因となってしまう．そのため，腫瘍組 織をホルマリン固定してパラフィン包埋（formalin fixed paraffin ...

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機能ゲノム学（第6回）

機能ゲノム学（第6回）

...  アセンブル結果の評価基準は？  よくわかりません。平均コンティグ長やN50が論文の表でよく記述されます。このあた りの数値を大きくするだけなら、kの値を小さめにすればいいのですが、同時にそれは キメラコンティグを形成してしまう確率が上昇することを意味するからです。 ...

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極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列を解読

極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列を解読

... 虫であるヤモンユスリカは乾燥に対して感受性を示すため、これら同属異種の ２種類のユスリカのゲノム情報を比較することで、ネムリユスリカ特有の乾燥 無代謝休眠に関与する遺伝子の同定を目指しました（図２） 。 概要塩基配列を決定したところ、ネムリユスリカが 17,137 個の遺伝子をもっ ていたのに対して、ヤモンユスリカは ...

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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

... HGAPはbax.h5ファイルのみしか受け付けない 。 HGAPを内包するPacBio提供のSMRT Analysisシ ステムのインストールは超高難易度（個人の感想 です）。しかも数百GBメモリ搭載マシンでないと動 かせない（DDBJ Pipeline上でDRR054113のみを入 力としてHGAPを実行しても120GB程度のメモリを ...

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ゲノム配列の登録 ～大量登録システム(MSS) ～

ゲノム配列の登録 ～大量登録システム(MSS) ～

... 2. サンプルファイルの形式 MSS サイト内で，サンプルアノテーションファイルを提供しています >ENT01 ggacaggctgccgcaggagccaggccgggagcaggtggtggaagacagacctgtaggtgg aagaggcttcgggggagccggagaactgggccagaccccacaggtgcaggctgccctgtc ...

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機能ゲノム学（第6回）

機能ゲノム学（第6回）

... 長所（解析が容易）、短所（搭載されてない遺伝子など）  他の解析技術によって得られたトランスクリプトー ムデータへの適用可能性 遺伝子発現行列さえできれば次世代シーケンサーもOK  「（Rで）マイクロアレイデータ解析」でお幸せに ...

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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

... 様々なトリム条件3 67 Aug 04 2016, NGSハンズオン講習会 コピペ実行後に①lsした結果。-ltオプションをつけ たおかげで作成時間順にソートされる。こうすること で、②さきほどコピペ実行したものと、そうでないも のを分けることができる。ここでも③作成時間や④ ファイルサイズを一応眺めてチェック。 赤枠分が見 えないだけだとわかっていれば①をやってもよい ...

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ポスト・ゲノム関連技術 産業への応用

ポスト・ゲノム関連技術 産業への応用

... 遺伝情報のプライバシーと保護、それに基づく保険や雇用における差別の排除について 様々な法案が審議されてきたが、クリントン政権下、2000 年２月には連邦政府機関において 遺伝情報を基に雇用差別を行ってはならないとする Exec ut i ve O r der 13145 が出されている。 州レベルでは、 保険、 雇用における差別を規制する様々なレベルの州法が制定されているが、 ...

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Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

... ① 赤下線のように沢山のオプションを駆使している。① sep=“¥t”は区切り文字を指定するオプション。¥tはタブ区 切りの意味。②row.names=Tは、行の名前(row names)を T RUE にせよという意味。ここがTになると、③赤枠部分の 情報が追加される。F ALSE にすると、この列は消える。④ ...

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Taro ゲノム.jtd

Taro ゲノム.jtd

... １．DNA品種判別技術 とは、デオキシリボ核酸の略で、染色体の中に格納されている遺伝子の本体であ DNA る。植物でもヒトでも動物でも、ごく一部の例外を除いて一生のうちに遺伝子が変わるこ とがないので、 DNA ＝遺伝子を用いることにより環境に影響されることなく信頼度の高 い品種の識別や親子鑑定ができる。ヒトでは 10 年ほど前から DNA ...

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機能ゲノム学（第6回）

機能ゲノム学（第6回）

... アグリバイオインフォマティクス教育研究 プログラムのフォーラム活動について 本プログラムでは、研究課題ごとにフォーラムを形成し、セミナー、シンポジウムの開 催から、企業との共同研究、学位論文の指導などを行い、当該課題の研究・教育の 活性化を図ります。フォーラムのメンバーは、本研究科の教員のほか、他大学、企業、 ...

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機能ゲノム学（第6回）

機能ゲノム学（第6回）

... Jun 04, 2014 2 教科書 授業の目標・概要 細胞中で発現している全転写物（トランスクリプトーム）の解析技術 は、マイクロアレイから次世代シーケンサ（RNA-seq）に移行しつつ あります。RNA-seqデータ解析の多くは、マイクロアレイの知識を 前提としています。また、ニュートリゲノミクス（食品系）分野では、 ...

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