大規模アラインメント
配列アラインメント Sequence alignment
... char *ax,*ay; /* 結果: アラインメントした二本配列 */ int K; /* pairwise alignment の長さ */ int k; /* pairwise alignmentの変数, 0..K-1 */ int sc; /* tmp best pathを探すの変数 */ ...
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生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS
... リプトファイルがBLASTのアラインメントを元に生成 される．ユーザーが既にMODELLERを自分の計算機に インストールしてあれば，これをカットアンドペース トするだけでモデリングの計算を開始することができ る．また，“［SeqReplaced 3D］”をクリックすると，予 測立体構造の PDB ファイルが表示される．これは，テ ンプレート構造の座標はそのままで，クエリのアミノ ...
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量子化学計算の大規模化１
... 分子科学分野スパコン利用の変遷 • 設立当初から多くの研究者がスパコンを利用 • システムの一部を長時間占有する大規模計算が近年増加 – 2017年7月時点では、クラスタ専有利用枠は最大4096コア、 7日間x12回/3か月 ...
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2 目次 大規模修繕とは 大規模修繕の目的 大規模修繕工事の事前準備 修繕委員会等の発足 コンサルタント依頼 建物の調査診断 大規模修繕設計 修繕工事業者選定 総会開催 大規模修繕工事 工事期間 工事工程 工事内容 工事説明会 工事での留意点 竣工検査 竣工図書 長期修繕計画の見直し 修繕積立金 ア
... 会社の規模、施工実績、所在地、経営審査評点など、基本的な会社概 要と、客観的な能力審査を行い、工事規模に見合った業者を選定するため、 不適格業者の参入をブロックします。（１次選定） １次募集の公募方法として、工事規模が大きい場合（数億円規模）は、 業界紙等に公募を行なうことも考えられますが、中規模以下においては区 分所有者の推薦による公募等にて募集を行います。当該方式においては、 ...
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目次 1. はじめに ガイドライン策定の背景と目的 用語 ガイドラインの見直し 無料開放の対象となる大規模災害の範囲 災害規模と被害規模 対象地域 大規模災害に対応した措置...
... 東日本大震災では、無線 LAN 機能を搭載した移動端末、特にスマート フォンやタブレット端末の普及に伴い、 被災地の復旧支援活動や避難所 等において無線 LAN が有効な通信手段として機能したことが高く評価さ れている。このため、 今後大規模災害発生時における通信手段の 1 つと して無線 LAN の積極的な活用を図っていくことが期待されている。 ...
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量子化学計算の大規模化１
... 並列化手法 OpenMP(ノード内) 使い始めるのは簡単だが、性能を引き出すのは大変な場合が多い MPI(ノード間、ノード内) 使い始めは大変だが、性能を出すのはOpenMPよりも容易 BLAS,LAPACKライブラリ利用(ノード内) 行列・ベクトル演算を置き換え、行列×行列は効果大 Intel MKL AMD ACML コンパイラの自動並列化(ノード内[r] ...
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ハリケーン「サンディ」の概要と大規模水害対策
... 今回の災害で注目すべき点は、世界経済の中心都市である NYC が直撃され、米債権・株式の取引停止を始 めとする経済活動と市民生活に広範な影響が生じたことである。金融センターがあるマンハッタン島南部で は、地下鉄や地下施設が浸水し、島と外部を川の底でつなぐ 7 本のトンネルも冠水し、全面復旧のメドはた っていない。隣接するニュージャージー州北部やニューヨーク都市圏では、製油所の閉鎖や交通網の遮断、 ...
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大規模修繕かし保険パンフ_4校.indd
... 保険のポイントをご案内します 下表 ～ の部分に実施した大規模修繕工事が保険の対象となります。 大規模修繕工事を実施した部分の不具合が原因で、以下のような事象が起こった場合に保険金をお支払いします。 それぞれの保険期間は下表のとおりです。 ...
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常陸太田市大規模盛土造成地マップ
... 盛土成地のうち以下の要件に該当するものを「大規模盛土造成地」と呼びます。 大規模盛土造成地マップの作成方法 平成 28 年度、常陸太田市ではガイドラインに基づき、大規模盛土造成地の位置と規模の把握を目的とし た調査を行い、現在の現況平面図や古い航空写真をコンピュータ上で重ね合わせ対象範囲を絞込み、造成 ...
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行列計算専用大規模集積回路の開発
... 算の場合 N が大きくなるが、その分計算時間も膨大な物となる。計算時間の大部分 を固有値・固有ベクトルを求める計算に費されているので、この部分を特に高速化 することにメリットがある。 計算の高速化の方法として多数の演算プロセッサをもつ並列コンピュータを用い て計算を高速化しようという試みが多くなされている。しかしながら、固有値・固 有ベクトルを求める計算の並列化と高速化は単純には結び付かない。これは一般の ...
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[Web版大規模科学計算システムニュースより]
... [Web 版大規模科学計算システムニュースより] 大規模科学計算システムニュースに掲載された記事の一部を転載しています。 https://www.ss.cc.tohoku.ac.jp/tayori/ 利用負担金額の表示コマンドについて (No.278) 本センター大規模科学計算システムでは、利用者の利用額とプロジェクトごとに集計した負担額、 ...
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量子化学計算の大規模化１
... maxiter 最大SCF回数 150 (default) dconv SCFでの電子密度収束判定 5.0D-6 (default) maxdiis 最大DIIS回数 20 (default) maxsoscf 最大SOSCF回数 20 (default) maxqc 最大QC回数 15 (default).. インプット指定(opt,dft,mp2セクション)[r] ...
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大規模グラフ処理 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... Hirundo analyzes, identifies the structure of a stream program, and transforms it to many different sample programs with same semantics using the no- tions of Tri-Operator Transformation[r] ...
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マイクロソフトと大規模データ処理
... Sqoop Hadoop 上で大規模な機械学習を行うためのライブラリ 典型的には、ネットワーク経由で収集される大量のデータを基に、 レコメンデーション エンジンの作成や評判分析に利用される。 ...
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大規模ソフトウェアを手探る
... この課題の目標 ▶ 「演習レベルの小 さなプログラムが 作れること」と， 「実用規模のプログ ラムが作れること」 のギャップを埋め る (ための知識と経 験を得る) ▶ ささやかでも，ソ フトをどう改良す るかについて，ア イデアを出しあう (what と how) プログラミング演習 アルゴリズム G1G2G3 ...[r] ...
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トラブルシューティング：スプリアス アクセス、アラインメント エラー、スプリアス割り込み
... TAC のサービス リクエストを作成する場合に収集すべき情報 上記のトラブルシューティング手順を実行した後も、引き続きサポートを必要とし、Cisco TAC で サービス リクエストを作成する （ 登録ユーザのみ ）場合、スプリアス アクセス、アラインメント エラー、スプリアス割り込みのトラブルシューティングのために、ケースに 必ず次の情報を添付してください。 サービスリクエストを作成する前に実行したトラブルシューティング ...
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大規模グラフ処理 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング Graph500 HPDC2012
... BFS with 2D partitioning and we proposed some optimization meth ods such as communication compression and vertex sorting. Our implementation can solve BFS of large-scale graph with 6[r] ...
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「大規模プラントの最適保全方策《
... 大規模プラントはシステム、装置、機器、部品といった構成要素が階層的に結合してい る。各構成要素に対してはその健全性を維持するための保全が施され、その結果としてプ ラントの機能が達成される。この意味で保全は重要であるが、保全にも複数の種類がある。 また保全はコストを要し、過剰な保全は許容されない。即ち保全の適正化を図り、プラン トの信頼性、経済性を許容できるレベルに保つことが重要である。 ...
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大規模グラフ処理 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... Communication Data Size at Each Level Figure 16 compares the reference implementations, R-CSR and R- CSC, with U-BFS in terms of the execution time at each level of the level-synchron[r] ...
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アラインメントはグラフで表現できる
... どんな法則で塩基配列の 出現パターンが決まるのか？ ggagctgcagcccgaccgcggggaggacgccatcgccgcctgcttcctcatcaactgcct ctacgagcagaacttcgtgtgcaagttcgcgcccagggagggcttcatcaactacctcac gagggaagtgtaccgctcctaccgccagctgcggaccc[r] ...
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