分子シミュレーションの現状
研究施設の現状と将来計画 分子研リポート2014 | 分子科学研究所
... I の 戦 略 機 関 の 一 つ と し て 分 子 科 学 研 究 所 が 参 加 し 戦 略 プ ロ グ ラ ム を 推 進 し て い る。 H P C I 事 業 の 中 で， 計 算 科 学 研 究 セ ン タ ー は H P C I の 資 源 提 供 機 関 の 一 つ と し て H P C I 戦 略 プ ロ グ ラ ム に 参 加 し， ２ ０ ...
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研究施設の現状と将来計画 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... I. の戦略機関の一つとして分子科学研究所が参加し戦略プログラムを推進している。HPC I 事業 の中で，計算科学研究センターは H P C ...I. の資源提供機関の一つとして H P C I. 戦略プログラムに参加し，昨年度よりコ ンピュータ資源の一部（20% ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2005 | 分子科学研究所
... 溶媒の効果を取り入れる のが困難であるばかりでなく， 系にエネルギー関数の極小状態が無数に存在するために， シミュレーションがそれ らに留まってしまって， 世界最速のスーパーコンピューターをもってしても， 最小エネルギー状態に到達するのが 絶望的であるからである。 我々はシミュレーションがエネルギー極小状態に留まらない強力な計算手法を， ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... c) 磁性金属ナノクラスターの形態と配列の制御 A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 化学的凝集法によって液相で合成された金属超微粒子の形態や配列に関する構造評価は， 透過型電子顕微鏡 （T E M） 観察による方法が主流である。 しかしながら， これらの金属超微粒子を 「金属クラスター」 として分子科学的な視点 で捉えるうえでは， T E M ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2002 | 分子科学研究所
... 系にエネルギー関数の極小状態が無数に存在するため， シミュレーションがそれらに留まっ てしまって， 世界最速のスーパーコンピューターをもってしても， 最小エネルギー状態に到達するのが絶望的であ るからである。 我々はシミュレーションがエネルギー極小状態に留まらない強力な計算手法を， 蛋白質の立体構造 予測問題に適用することを提唱してきた。 具体的には， ...
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分子シミュレーションの応用
... 初期構造の作成（２） • 欠失残基への対応 – 欠失残基はモデリングなどで補う – N末端、C末端が欠失している場合は、欠失残基 の前後の残基をacetyl基、N-methyl基でブロック しても良い ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 系にエネルギー関数の極小状態が無数に存在するために， シミュレーションがそれらに留 まってしまって， 世界最速のスーパーコンピューターをもってしても， 最小エネルギー状態に到達するのが絶望的 であるからである。 我々はシミュレーションがエネルギー極小状態に留まらない強力な計算手法を， 蛋白質の立体 構造予測問題に適用することを提唱してきた。 具体的には， ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 系にエネルギー関数の極小状態が無数に存在するために， シミュレーションがそれらに留 まってしまって， 世界最速のスーパーコンピューターをもってしても， 最小エネルギー状態に到達するのが絶望的 であるからである。 我々はシミュレーションがエネルギー極小状態に留まらない強力な計算手法を， 蛋白質の立体 構造予測問題に適用することを提唱してきた。 具体的には， ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2000 | 分子科学研究所
... d) 分子クラスターイオンにおける分子間相互作用と電荷移動 ・ エネルギー移動ダイナミックス A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) π 電子系を持つ電子吸引性又は電子供与性の有機化合物と遷移金属原子とを１次元、 ２次元、 或いは３次元的に交 互に並べると、 強いπ -ｄ相互作用によって極めて伝導性が高く、 且つ、 金属原子上にスピンが並んだ高スピンクラ ...
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細胞環境下の生命システムを再現した1分子粒度シミュレーション
... 反応である．システム生物学では，まず生命現象に関わる 分子と生化学反応を特定し，続いて特定された要素で再構 成したシステムが対象とする生命現象を再現することを示 す，という手法が一般的である．しかし，in vitro（試験管 内）にせよ，in silico（計算機上）にせよ，この再構成では 多くの場合in vivo（生体内）とは異なる状況を前提として ...
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モデルポテンシャルによるビクスバイト型酸化物と転位芯の分子動力学シミュレーション
... Johnson ポテンシャルの酸化物での検討では，動き出すせん断ひずみは系による差が なく，この bixbyte は遠方の転位に影響しないことが示された．転位は酸化物から大 きな抵抗を受けずに通過し，また転位通過後に酸化物周辺に欠陥を残さないこともわ かった．先行の研究では hcp 球体の不整合析出物やボイドとの切り合いでは交差すべ ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... T. SAKURAI, N. SAKURAI, H. MATSUMOTO, S. HIROTA and O YAMAUCHI, “Roles of Four Iron Centers in Paracoccus halodenitrificans Nitric Oxide Reductase,” Biochem. Biophys. Res. Commun. 251, 248 (1998). C ) 研究活動の課題と展望 ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。よって，その立体構造を予測することは（その生化学的機能 との関係上，極めて重要であるにもかかわらず）至難の業である。特に，理論的に第一原理から（エネルギー関 数を最小化することにより）立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。それは，溶媒の効果を取 ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 実在する分子系は通常，有限温度において周りの環境と相互作用していることが多く，必然的に分子系と周りの環 境との間では熱的エネルギーの出入り（熱的揺らぎ）や電子のやり取り（電子数の揺らぎ）が起こり得る。我々の ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... ポリマーのポテンシャルでは，共有結合部の bond stretch，bending，torsion，in- version ポテンシャルは相互作用する粒子が同一分子鎖内位であらかじめ決まってい るため，原子対を探索する必要はなく分子鎖単位での並列化による高速化も容易で ある．一方，van der Waals ...
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研究施設の現状と将来計画 分子研リポート2015 | 分子科学研究所
... 研究所全体として大規模装置を効率的に運用する必要性の高まりを受けて，機器センターにおいて，比較的汎用性 の高い装置群を集中的かつ経常的に管理することとなった。その一環として，２ ０ １ １年度末に終了した「ナノテクノ ロジーネットワーク事業」で運営されてきた 920 MHz NMR および高分解能電子顕微鏡，さらに，Ｘ線光電子分光器， ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... Gflops のベクトル演算装置 30 台から構成され，各 C PU に 8 ∼ 16 GB の主記憶装置をもつベ クトル並列計算機である。 一方， S GI Origin は 1 C PU 当たりの最高演算性能が ...Gflops のスカラー演算装置 320 C PU から構成され，1 C PU 当たり 1 GB の主記憶をそれぞれの C PU ...
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系・施設の在り方等の検討を踏まえての現状報告 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... (2) 今は大学共同利用機関として分子研がいろいろな研究分野のコミュニティに果たす義務というものを改めて見直 す時期である。この観点では，所内的に分野横断的な情報交換が不足気味なのも是正する必要がある。予算が削減さ れたため中断していた岡崎コンファレンスはその重要性を勘案し，平成１ ９年度より再開することとした。 (3) ...
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電子計算機センター 現状と将来構想 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... 者が新しい計算機に慣れるに従い，より大規模な計算処理を要求することがグラフから覗える。逐次処理コードから の並列化が比較的困難な分散メモリ型計算機（S P2）では，ソフトウエアの移植（並列化）が行われたとみられる時期 （ １ ９ ９ ７ 年度） での利用率の上昇は著しい。 導入から２・３年後に利用のピークに達した計算機は， さらに大規模な計算 ...
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研究領域の現状 分子研リポート2015 | 分子科学研究所
... 物理は，原子間スケールで擬縮退した電子状態に由来する強い電子相関効果であり，この相関効果の問題の複雑さは 分子サイズに対して指数関数的に複雑化し，既存の量子化学計算法ではこの現象を効率よく高精度で計算することが できない。これまで，当研究室では，このような距離スケールな強い複雑な電子相関を記述するための厳密対角化法， ab initio ...
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