並列計算ための
並列計算プログラミング超入門
... MPI Forum はプログラミングのためのインターフェイス、すなわち C 言語関数および FORTRAN のサブルーチンや関数を決めているだけで、それらの関数ライブラリの構築や、 どのようにして並列計算を行なわせるかについては別途それらの実装者を想定しています。 代 表 的 な 実 装 と し て MPICH ...
19
東北大学金属材料研究所 大規模並列計算サーバマニュアル 2019 年 4 月 1 日 東北大学金属材料研究所 計算材料学センター
... ４-１３ ４.１.３ 実行スクリプトの書式 スーパーコンピュータ上でプログラムを動作させる際に使用する実行スクリプトの書式について説明し ます。実行スクリプトを必要とするアプリケーションを実行する際は、事前に実行スクリプトを作成して おく必要があります。/home 領域よりも/work 領域のほうが I/O 性能が良いため、以下の例を参考に /work ...
71
東海地区ベクトル並列計算機保守請負契約
... 別紙２ 産業財産権特約条項 （乙が単独で行った発明等の産業財産権の帰属） 第１条 乙は、本契約に関して、乙が単独でなした発明又は考案（以下「発明等」という。） に対する特許権、実用新案権又は意匠権（以下「特許権等」という。）を取得する場合 は、単独で出願できるものとする。ただし、出願するときはあらかじめ出願に際して提 出すべき書類の写しを添えて甲に通知するものとする。 ...
13
東北大学金属材料研究所 並列計算 インフォマティクスサーバ マニュアル 2019 年 10 月 3 日 東北大学金属材料研究所計算材料学センター
... ４-３１ mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files ４ .２.１１ CPMD CPMD を使用するためには、利用者自身が CPMD のライセンスを取得している必要があります。 CPMD の利用を希望される場合は、 CPMD ...
33
並列計算の数理とアルゴリズム サンプルページ この本の定価 判型などは, 以下の URL からご覧いただけます. このサンプルページの内容は, 初版 1 刷発行時のものです.
... 本書の主たる目的は，非常に多くのプロセッサやメモリを搭載した計算機（コンピュー タ）上で行う並列計算に，数値計算手法をどのように適用するかを詳しく解説するこ とである．本書を適切に理解するためには，情報工学の基礎知識と数値解析の知識が ...
30
スパコンに通じる並列プログラミングの基礎
... 並列計算のまとめ ハードウェアによって並列化の方法が異なるので，ソフトウェアも それに合わせて選択する． 他のソフトウェアに比較すると， MPI はプログラムを書く人が並 列化を考えねばならず，やや敷居が高い． ...
60
最新の並列計算事情とCAE
... CAEのためには何を学ぶ（使う）べきか 2/2 並列化が必要な場合は何を学ぶべきか（一例） OpenMPとMPI C/C++でもFortranでも使える（言語自体から学ぶ必要がない） 分散メモリと共有メモリを学べる ...
23
講義の流れ 並列プログラムの概要 通常のプログラムと並列プログラムの違い 並列プログラム作成手段と並列計算機の構造 OpenMP による並列プログラム作成 処理を複数コアに分割して並列実行する方法 MPI による並列プログラム作成 ( 午後 ) プロセス間通信による並列処理 処理の分割 + データの
... 計算結果をまとめて表示したい場合にとりまとめ。 ループの分割方法によって取りまとめ方が違う Block分割： 集団通信 MPI_Gather を利用 結果を全員に持たせたい場合は MPI_Allgatherを利用 その他： 一対一通信（MPI_Send, MPI_Recv等）を利用 ...
68
並列計算導入.pptx
... 並列プログラムの実現方法 • C言語，FORTRAN言語で並列計算を実現するライブラリを使用して拡張する． ライブラリ・・・付加的な幾つかの関数等を予め用意したパッケージ 代表的な並列プログラミング環境 ...
25
並列計算
... • 同期的 – 呼ばれた側の仕事が終わるまで、呼び出し側は止まる – バグが出にくい – 素朴な実装の場合、呼ばれる側の関数は、同時に複数 入ってこな いため、簡単で良い。 (再入可能性の検討など不要) ...
33
計算システム計画 運用部 ( 横浜研究所 ) 海洋地球情報部データ統合 解析グループ ( 横浜研究所 ) すべてのクール可 最大 2 名 地球シミュレータあるいはJAMSTEC スパコンを用いたシミュレーション実験の体験を通して 大規模並列数値計算に関するプログラムの性能評価や最適化の基礎を学ぶこと
... 営し、すぐれた研究成果を生み出す ための他部署職員に対するサービ ススタッフ、②役員の参謀役、③機 構全体で取り組む業務の推進役、 ④他部署の所掌に属さない業務を 行うオールマイティな遊撃手、 等々、機構全体の運営を内側から 支えている非常に重要な部署です。 今回の職場体験実習では、機構 ...
7
CCS HPCサマーセミナー 並列数値計算アルゴリズム
... • ブロックサイズNBについても探索を行うことによって， 最適なブロックサイズを調べることができる． • 今回の実装では，データサイズ およ びMPIプロセス数 が2のべき乗であると仮定してい るため，ブロックサイズNBも2のべき乗に限定して2， 4，8，16，32，64のように変化させている． ...
51
計算クラスタ上で文字列の類似度を計算するための並列アルゴリズム
... 本稿では，説明の簡単のため，文字列の類似度のみを 求める(最適アライメントを求めるように拡張するこ とは容易である).また， 2 つの文字列の長さは等しい とする ( 1節で述べたように η と記す).. Dnn (文字列の類似度)を計算する並列ア ノレゴリズムを次に示す..[r] ...
4
講師取締役千田範夫シニアコンサルタント竹内宗孝 の事業内容 Winmostar の開発 販売 科学技術計算コードの並列化 高速化 およびカスタム開発 計算化学コンサル etc 2
... 本チュートリアルの実施あたっては、PCのLinux環境(cygwin)に予めermodをビルドしておく 必要があります。 ermodのWiki: http://sourceforge.net/projects/ermod/ 第一部 ER法による溶媒和自由エネルギー計算について I. ER法の概要 ...
46
スパコンに通じる並列プログラミングの基礎
... 阪大のスーパーコンピュータ (SX-ACE) はベクトル型計算機を束ねたものな ので，1 ノード (1 cpu, 4 core) でおさまる計算ならばテクニック的には難し いことはない．ベクトル化率を高める為の工夫はまた別に必要だが． 実は普通の PC でも 4 コア持っていたりするので，4 倍ぐらいまでの並列化 は容易にできたりする． ...
59
Stage 並列プログラミングを習得するためには : 1 計算機リテラシ, プログラミング言語 2 基本的な数値解析 3 実アプリケーション ( 例えば有限要素法, 分子動力学 ) のプログラミング 4 その並列化 という 4 つの段階 (stage) が必要である 本人材育成プログラムでは1~4を
... 有限要素法は計算機と深い関係にあり，計算機の発展とともに進歩してきた分野であるが， 本学の各学部，研究科において実施されている有限要素法関連の講義は，理論，アルゴリズム に関する教育が中心で，プログラミングまでカバーしているものはほとんど無い。また，有限 要素法は最終的には疎行列（行列成分のうち 0 ...
5
並列・高速化を実現するための 高速化サービスの概要と事例紹介
... ▌ 主な業務内容 科学技術計算（流体、構造解析。各種解析コードを用いた解析・開発 等） エンジニアリング系ソフトウェア開発（CAD、PDM 等） AI、IoT等 先端技術活用支援、開発 業務系システム基盤構築 ...
27
CCS HPCサマーセミナー 並列数値計算アルゴリズム
... • ブロックサイズNBについても探索を行うことによって， 最適なブロックサイズを調べることができる． • 今回の実装では，データサイズ およ びMPIプロセス数 が2のべき乗であると仮定してい るため，ブロックサイズNBも2のべき乗に限定して2， 4，8，16，32，64のように変化させている． ...
51
SENAC Vol. 48, No. 2( ) 29 [ 大規模科学計算システム ] 並列コンピュータ LX 406Re-2 の利用法 情報部情報基盤課共同利用支援係共同研究支援係サイバーサイエンスセンタースーパーコンピューティング研究部 1 章はじめに 本センターは並列コンピュータ L
... NumericFactory でサポートしているライブラリを使用する場合、ライブラリによってはユーザプログラム側でモ ジュールファイルやヘッダファイルをインクルードする必要があります（表 14）。 Fortran から ASL または ASLSTAT の 64 ビット整数に対応したライブラリを利用する場合、コンパイル時に必 ずオプション ...
33
高生産 高性能プログラミング のための並列言語 XcalableMP 佐藤三久 筑波大学計算科学研究センター
... 生産性が悪く、並列化のためのコストが高い。 並列プログラミングの教育のための簡便で標準 的な言語がない（MPIでの教育にとどまっている） 研究室のPCクラスタから、センター、ペタコンまで ...
36