並列に計算できる
講義の流れ 並列プログラムの概要 通常のプログラムと並列プログラムの違い 並列プログラム作成手段と並列計算機の構造 OpenMP による並列プログラム作成 処理を複数コアに分割して並列実行する方法 MPI による並列プログラム作成 ( 午後 ) プロセス間通信による並列処理 処理の分割 + データの
... 現在利用されているほとんどの並列計算機には、MPIのライブラリが実装されている。 MPIの規格に準拠していれば、基本的に互換性は確保されている。 欠点１．並列プログラムの作成が複雑 プロセス毎のデータ配置やプロセス間の通信等を全て自分で記述しないといけないた ...
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計算クラスタ上で文字列の類似度を計算するための並列アルゴリズム
... 本稿では，説明の簡単のため，文字列の類似度のみを 求める(最適アライメントを求めるように拡張するこ とは容易である).また， 2 つの文字列の長さは等しい とする ( 1節で述べたように η と記す).. Dnn (文字列の類似度)を計算する並列ア ノレゴリズムを次に示す..[r] ...
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Stage 並列プログラミングを習得するためには : 1 計算機リテラシ, プログラミング言語 2 基本的な数値解析 3 実アプリケーション ( 例えば有限要素法, 分子動力学 ) のプログラミング 4 その並列化 という 4 つの段階 (stage) が必要である 本人材育成プログラムでは1~4を
... CW-01～10 までの講義では，変分法，重み付残差法から始まって，一次元・三次元コードに ついて，例題プログラムを一行一行解説した。疎行列解法，前処理手法に関する解説も実施し た。計算結果の可視化にあたっては MicroAVS 2 を使用した。 CW-12 以降では三次元コードの並列版（MPI 使用）についての解説を実施した。時間が限ら れていたので，MPI ...
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在必要性が高い多倍長整数のビット数は高々数千ビット程度である. そこで本論文では, 筆算に基づく O(n 2 ) 時間の乗算を並列計算に適した積表と名付けたデータ構造を用いて GPU 上で高速に並列実行する手法を提案する.FFT 乗算とちがって, 提案手法では乗数と被乗数のビット数が異なる場合に長い
... 桁× 1 桁を FFT を用いて行なうサブルーチンを Karatsuba 法から呼び出しながら多倍長整数の乗 算を行うものである．この手法はビット数が同一， かつ， 393216 の倍数である多倍長整数同士の乗算 は高速に行えるが，乗数と被乗数のビット数が異な る場合は短い方の数のビット数を長い方の数のビ ット数に合わせ，かつ， 393216 の倍数に切り上げ ...
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いて, サンプルとして詳細に実行するイタレーション数を 計算する. シミュレーション時には, シミュレーション精 度の異なる形式を実行時に切り替えることにより, 並列化 アプリケーションにおけるサンプリング対象のイタレーシ ョンに対応する部分をサンプルサイズ分だけ詳細なシミュ レーションを行い, 残
... 誤差の比較においては対象によって様々な分布を見せ ているが，全体として第 2 章で想定した許容する誤差であ る 5%を大きく下回っているものが多い．特に，サンプル サイズが小さくなるようなクラスタ数 k の K 平均法や， x-means の場合においてこの目標値は達成されており，最 もイタレーション実行コストの変動が激しい MPEG-2 エン コーダの入力動画 SIF16 の場合において，K 平均法では ...
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000/6/3 目次 地球シミュレータの紹介 大気大循環モデル 基礎方程式 スペクトル法 コアとなる計算部分 並列化手法 実行性能 問題点と今後の予定 ワークショップ 計算科学におけるアルゴリズム
... 「地球シミュレータ」計画の目標 ■ 気象，気候変動現象の解明 ★ エルニーニョ現象，地球温暖化現象等のグローバル現象の理解 • 現状の全球モデルで水平方向約６０Ｋｍ，鉛直方向２０層 • 計算格子数の増加による詳細なシミュレーション ...
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トランスポートレイヤの仕事 計算機間での良好なデータのやり取りを実現する 誤りがないように 再送 パリティー情報による自動再生 (FEC; Forward Error Correction) データを取りこぼさないように それ以外に欲しくなる機能 並列データ転送 ネットワークに やさしく 道が混まな
... send: ACK appl: close send: FIN recv: ACK send: <nothing> appl: close or timeout recv: ACK send: <nothing> recv: FIN send: ACK recv: ACK send: <nothing> recv: FIN,ACK[r] ...
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SENAC Vol. 48, No. 2( ) 29 [ 大規模科学計算システム ] 並列コンピュータ LX 406Re-2 の利用法 情報部情報基盤課共同利用支援係共同研究支援係サイバーサイエンスセンタースーパーコンピューティング研究部 1 章はじめに 本センターは並列コンピュータ L
... NumericFactory でサポートしているライブラリを使用する場合、ライブラリによってはユーザプログラム側でモ ジュールファイルやヘッダファイルをインクルードする必要があります（表 14）。 Fortran から ASL または ASLSTAT の 64 ビット整数に対応したライブラリを利用する場合、コンパイル時に必 ずオプション ...
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Microsoft PowerPoint 並列アルゴリズム04.ppt
... 並列プログラムの実行時間 プログラムの評価に用いる時間は二通り • CPU使用時間： CPUが働いた時間． • 経過時間： 計算機の動作にかかわらず，消費した時間． 計算が主体のプログラムでは， ...
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OpenACCによる並列化
... OpenACCで並列化してください – コンパイラメッセージに注意！ – 常に CPUでの結果と突き合わせ！ • 計算順序が変わるため、必ずしも一致しない – この時点で遅くても気にしない！ ...
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講師取締役千田範夫シニアコンサルタント竹内宗孝 の事業内容 Winmostar の開発 販売 科学技術計算コードの並列化 高速化 およびカスタム開発 計算化学コンサル etc 2
... 6. 第4周期以降の元素の結合判定長を一部修正しました。 7. MDのトラジェクトリ読み込みの3D表示でセルの大きさの変化を反映するようにしました。 8. cifファイル読み込み後に残基情報を作成して、GROファイル保存に使えるようにしました。 9. 電荷表示→Numericalの時に、原子番号を表示しない不具合を修正しました。 ...
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並列処理の背景
... り高い性能は期待できない。画像処理専用ICの流用では、科学技術 計算でも倍精度以上の浮動小数点演算を必要としたり、演算の局所 性が低いものではそれほど高い性能は得られない。画像処理専用で はなく、GPUから派生して新たに開発されたGPGPU用のICでは、 倍精度浮動小数点演算やより広いメモリ空間に対応したものがあり 、これらは広範な科学技術計算への利用が期待される。 ...
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高生産 高性能プログラミング のための並列言語 XcalableMP 佐藤三久 筑波大学計算科学研究センター
... ベース言語とした F90が未熟だった。Fortranだけだった。 必要な情報をユーザで指示文で補ってもらうという方針だったが、どこをどうす れば最適なコードになるかが明らかでなかった。 自動であるがために、通信がどこでおこっているのか、どうやってチューニン ...
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スパコンに通じる並列プログラミングの基礎
... この講習の対象者 普段は Windows, Mac を使っていて，Unix についてはあまり… 研究対象についてはよく知っている． 普通にプログラミングは出来る． 計算対象がやや大規模になりそうだ． 少しでも計算が速いと有難い． ...
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スパコンに通じる並列プログラミングの基礎
... K: 神戸大学大学院システム情報学研究科・計算科学専攻の計算科学演習用 web. http://exp.cs.kobe-u.ac.jp/wiki/comp practice/index.php? %B7%D7%BB%BB%B2%CA%B3%D8%B1%E9%BD%AC O: 大阪大学サイバーメディアセンター大規模計算機システム ...
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並列計算
... • LLは、キャッシュにCPUコアからのアクセスがあったことを記憶。 • SCの実行前に、他のCPUコアでLLアクセスがあれば、SCが失敗する • キャッシュ同士が、 LLアクセスがあったことを通信する キャッシュ 演算ユニット ...
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東北大学金属材料研究所 大規模並列計算サーバマニュアル 2019 年 4 月 1 日 東北大学金属材料研究所 計算材料学センター
... 本センターでは、MASAMUNE-IMR 上で超大規模計算用のアプリケーションソフトを開発し、新し い計算材料学の方法論を構築することを目標とされている研究者を応援したいと思っています。その ため、超大規模計算を行う自作アプリケーションソフトを使用される方は、申請書を提出して頂くことで、 以下のキューも使用できます。ご利用になりたい方は お問い合せフォーム からご連絡ください。 ...
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並列計算プログラミング超入門
... mpirun -np 4 a.out 一般には； mpirun -np number_ f_p ocess p ogram o r r [ arguments ] コンパイルで得られたバイナリファイルの存在するディレクトリとそれを実行するディ レクトリが異なる場合には program はフルパス名で指定する必要があります。たとえば a.out の フ ル パ ス 名 が /home/mpitest/a.out ...
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CCS HPCサマーセミナー 並列数値計算アルゴリズム
... が一次元分割よりも性能が高くなっていることが分かる． • 二次元分割を行った場合でも，4,096コアにおいては 96%以上が通信時間に費やされている． – 全対全通信において各プロセッサが一度に送る通信量が わずか1KBとなるため，通信時間においてレイテンシが 支配的になるためであると考えられる． ...
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最新の並列計算事情とCAE
... CAEのためには何を学ぶ（使う）べきか 2/2 並列化が必要な場合は何を学ぶべきか（一例） OpenMPとMPI C/C++でもFortranでも使える（言語自体から学ぶ必要がない） 分散メモリと共有メモリを学べる ...
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