FreeStyle 1.1SP1 トレーニングマニュアル PN: Revision A July 2015

FreeStyle 1.1SP1

トレーニングマニュアル

Contents（⽬次）

第 1 章 FreeStyle の概要

3

FreeStyle の起動⽅法

4

Workspace Options Toolbar

5

FreeStyle Views ビューの配置を変更する

6

View の設定

7

Tool ボックスの固定

8

画⾯の拡⼤

8

Default Opitons の設定を変更する

9

第 2 章 クロマトグラムの解析

13

クロマトグラムにトレースを追加する

14

フィルタをかけて表⽰する

15

マスクロマトグラムを表⽰する

16

トレースを削除する

17

表⽰オプションを変更する

18

フォーマットを変更する

18

ピークラベルを変更する

19

表⽰のスケールを変更する

20

オートインテグレーションで⾯積計算する

21

オートインテグレーションのパラメータについて

22

マニュアルインテグレーションで⾯積計算する

26

インテグレーションを消去する

26

クロマトグラムおよびピークリストを Export する

27

第 3 章 スペクトルの解析

29

任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する

29

平均したスペクトルを表⽰する

30

バックグランドを差し引いてスペクトルを表⽰する

30

表⽰オプションを変更する

31

ピークラベルを変更する

32

Precursor Flag のスペクトルを表⽰する

33

表⽰のスケールを変更する

34

スキャンヘッダーの項⽬を変更する

34

スペクトルを⽐較する（Multi Spectrum）

35

質量差を確認する

36

C

Spectrum List を Export する

38

元素組成を計算する（Elemental composition）

40

Elemental Composition のパラメータについて

42

Elemental Composition Results について

44

計算結果を Export する

45

Isotope simulation

46

Xtract －Decinvolving and Deisotoping Spectra-

47

Xtract のパラメータについて

49

Xtract Result について

50

Library Search -NIST Search-

51

NIST Search のパラメータについて

52

NIST Search 結果について

53

NIST Browser にスペクトルを Export する

54

Library Search -mzCloud Search-

55

第 4 章 その他の設定

57

Report の表⽰について

57

装置の状態を確認する

58

シークエンスを作成し解析する

59

ピークを検出し組成計算結果を確認する

60

注釈をする

63

第 1 章 FreeStyle の概要

FreeStyle は弊社の質量分析計で測定したデータファイル（*.Raw）を解析するためのアプリケー

ションです。データファイル（*．Raw）には、m/z、Retention Time、Intensity の主要な値

のほか、Tune File や Instrument Method、測定時の Status log などの情報が含まれています。

データファイル（*.Raw）

シークエンスファイル（*.Sld）

FreeStyle ではクロマトグラム、スペクトルの表⽰だけでなく、クロマトグラムのエリア計算、バ

ックグランドを差し引いたスペクトル、ライブラリサーチの結果、組成式の計算結果、測定値のパ

ラメータなどを表⽰することが出来ます。このマニュアルでは、ウィンドウの説明、クロマトグラ

ムの解析、スペクトルの解析の順に説明していきます。

クロマトグラム

X 軸：Retention Time

Y 軸：Intensity

スペクトル

X 軸：ｍ/ｚ

Y 軸：Intensity

1

FreeStyle の起動⽅法

デスクトップ上の

アイコンをダブルクリックすると FreeStyle が起動します。

データを開く場合は、File メニューの[Open Rawfile]またはツールバーの[New WorkSpace]から

データを選択します。⼀度開いたデータは FreeStyle を起動すると表⽰されます。

<FreeStyle 各部名称>

Toolbar Tab Toolbar Chromatogram View Spectrum View Active Traces View File menu Status or error information

Workspace Options Toolbar

Workspace にはツールバーで表⽰されているクロマトグラム、スペクトル、レポートなどの View

を配置できます。決められた配置をレイアウトとして保存呼び出しすることが出来ます。また、表

⽰している Workspace 内のデータを Export することが出来ます。

 

Workspace Spectral Traces： マルチスペクトルのトレース条件を表⽰します Chromatogram： クロマトグラムの View にトレースを追加します Spectrum： スペクトルの View を追加します

Multi Spectrum： １つのスペクトルの View に複数のスペクトルをトレースします Create

New WorkSpace： データファイル（*.raw）を開きます

Create Sequence： シークエンスファイル（*.sld）を開きます Report Scan Header： クロマトグラムで選択したリテンションのスキャンヘッダーを表⽰します Spectrum List： クロマトグラムで選択したリテンションのスペクトルのリストを表⽰します Status Log：スキャンを⾏ったときのパラメータのリードバック値を表⽰します Instrument Method：データを取得したときのメソッド条件を表⽰します Tune Method：データを取得したときのチューンファイルを表⽰します Sample Information： シークエンスファイルに⼊⼒したサンプル情報を表⽰します Layouts Save as Default： 表⽰しているレイアウトをデフォルトに設定します Save as：表⽰しているレイアウトに名前をつけて保存します Apply Default： デフォルトのレイアウトを適⽤します Apply： 選択したレイアウトを適⽤します Exports

Workspace As： Workspace 内のすべての View をエクスポートします

Selection As： アクティブな View をエクスポートします

Write to .Raw： １スキャンのスペクトルを.Raｗファイル形式でエクスポートします

FreeStyle Views ビューの配置を変更する

① Active になっている Workspace および View は⻘⾊になっています。View をアクティブに

します。

② アクティブにしたまま動かしたい位置のボタンにドラッグします。別の View の上下左右に配

置するか、真ん中に重ねて表⽰をすることが出来ます。移動位置部分が⻘く表⽰されます。

③ リリースすると View の配置がかわります。

動かしたい View （WorksSpace1:samplea の Spectrum View）を クリックしアクティブにし ます WorksSpace2:sampleb の Chromatogram View が選択されています View Arranger アクティブ View をドラッグして、 挿⼊したい位置を選択します FreeStyle Views

View の設定

① デフォルトでは各 View は Dockable になっています。View の⻘いバーの上で右クリックす

ると画⾯を独⽴させる Floating と左端に⼩さくする Auto Hide を選択することが出来ます。

●Floating…選択した View だけを独⽴して表⽰します。

●Dockable…デフォルトの設定。Workspace 内に配置します。

●Auto Hide…左側にタブ表⽰します。タブを選択すると WorksSpace 全⾯に表⽰します。

② また、View の押しピンツールでも Auto Hide

と Dockable

の切り替えを⾏うことが

可能です。Active Traces View は Auto Hide にすると便利です。

③ View および WorkSpace は Close または

ボタンでクローズします。

右クリックでメニューが出ます

Floating

Auto Hide

Dockable

Auto Hide している View のボタンをク リックすると画⾯が表⽰します。

Workspace のバーにカーソルを合わせると⾃動 でもとの位置に戻ります。

Tool ボックスの固定

① Chromatogram と Spectrum 上でカーソルを停⽌させる Tool ボックスが起動します。

押しピンマークで⽌めて固定すると便利です。

 

 

 

画⾯の拡⼤

クロマトグラムやスペクトルは拡⼤したい範囲を囲むことで拡⼤出来ます。

スケールを元に戻す場合は、右クリックのメニューから[Reset Scaling]を選択するか、ツールの

を押します。

Tool ボックスが出たら押しピンで固定します ピークトップのマスナンバーをクリックすると Tool ボックスが起動します 拡⼤したい範囲を選択します Reset Scaling で戻します Tool Box

Default Option の設定を変更する

Default Options Configuration:データ処理をする前に変更しておきます。

●マストレランス、スペクトルの⼩数点表⽰を変更する場合 Mass Precision

●定量処理をする場合 Peak Detection

●組成解析をする場合のパラメータの設定 Elemental Composition

●デコンボリューション（Xtract）をする場合 Xtract Options

① File メニューを開き、右下の[Options]ボタンを押します。

② Default Options Configuration 画⾯が開きます。

Options を開きます。

設定する項⽬を選択します。

初期設定に戻します。

< Default Options Configuration>

Parameter Description Mass Precision Mass Precision:⼩数点以下の桁数 Mass Tolerance：マストレランス設定値と単位（amu/mmu/ppm）を選択 中⼼値に対して±設定値の値でクロマトグラムをトレースします。

Peak Detection デフォルトのアルゴリズムの選択（Genesis/ICIS/Avalon）および初期値を設定

できます。

Recently Used Files 直近で開いた指定の数のファイルを表⽰します。

Raw Files Directory Open Workspace でファイルを開く場合のデフォルトのパスを指定できます。

Elemental Composition Elemental Composition の Default のパラメータを設定します。 Factory Default

Template Default の Template の設定です。

Library Search Library Search の Default のパラメータを設定します。

Workspace Options クロマトグラム及びマルチスペクトルの最⼩表⽰幅を設定します。

Xtract Options Xtract のパラメータを設定します。

<

Default Elemental Composition Search Parameter

>

Info Bar の Elemental Composition で表⽰するデフォルト値と検索条件の設定を⾏います。

Parameter Description Max Results 結果の表⽰数。（0-400、デフォルト 10） Charge 価数を設定します。Positive で M+H が観測される場合は１を、Negative で M-H の場合は-1 を⼊⼒します。ニュートラルロスの組成解析をする場 合は０を⼊⼒します。 Intensity Threshold Theory % 計算に⽤いるスペクトルの強度のしきい値 <推奨パラメータ>に設定します。 Mass Tolerance： 3 ppm

RDB equiv Min.：-1.5 Max.：30 Hundred Fit Expected Error：0.05 Default Options Configuration

RDB equiv Ring and double-bond equivalents.

不飽和度の許容値を設定します（-1000 から+1000）

Zero Fit Expected Error Score を 0 と計算する場合の同位体パターンの類似度

（0.00-10000.00、デフォルト 1.00）

Hundred Fit Expected Error Score を 100 と計算する場合の同位体パターンの類似度 （0.00-10000.00、デフォルト 0.20）

Expected Intensity Error (%)

モノアイソトピックのイオンのベースピーク強度に対する同位体イオンの 強度⽐に設定値以上のずれがある場合は、エラーとみなします。 （0.00-10000.00、デフォルト 10.00）

Expected Mass Error (ppm)

実測スペクトルの質量と候補に挙がった組成式の理論的な質量とのずれが 設 定 し た 値 （ ppm ） 以 上 で あ る 場 合 は 、 エ ラ ー と み な し ま す 。 0.00-10000.00、デフォルト 10.00）

Centroid Algorithm セントロイドスペクトルを作成するときのアルゴリズム

（FTOrbitrap/TSQ/GCQ/MAT、デフォルト FTOrbitrap）

Nitrogen Rule 窒素ルール(デフォルト Even Electron Ions)

Missing Peak Penalty Mode

理論的なピークが設定した条件で実測スペクトルの中に⾒つからなかった 場合

・1 std dev: Low penalty ・4 std dev: Medium penalty ・16 std dev: High penalty ・Closest match:

・Automatic:

(デフォルト Closest match)

Normalization Mode 同位体パターン⽐の標準化⽅法

(Base peak/Linear/Quadratic、デフォルト Quadratic)

Absolute Intensity Error チェックを⼊れると強度⽐のエラーの算出を絶対強度で⾏います。チェッ

クをはずした場合は相対強度となります。(デフォルト Selected) Automatic Intensity

Threshold

チェックを⼊れると理論パターンの S/N>3 以上のピークについてマッチ ングを⾏います。(デフォルト Selected)

Weight Intensity Error by Abundance

強度の低いピーク（ベースピークの 10％以下）に対して強度⽐エラーを考 慮します。(デフォルト Selected)

Weight Mass Error by Abundance

強度の低いピーク（ベースピークの 10％以下）に対して質量差エラーを考 慮します。(デフォルト Selected)

Use Representative Element

炭素の同位体存在⽐の Representative Element table を使⽤する。 ・Representative Element table

12C：0.9893 / 13C：0.0107 ・Protein Element table

12C：0.989136445 / 13C：0.010863555 (デフォルト Selected) Element in Use 予想される元素の種類と数（最⼩と最⼤）を⼊⼒します。表にない場合は [Add]ボタンを押すと周期表が起動するので、リストに追加することがで きます。

元素の精密質量＆同位体の天然存在⽐

M M+1 M+2 元素 存在⽐(%) 質量 元素 存在⽐(%) ⊿md 元素 存在⽐(%) ⊿md 14_{N 100 14.0031} 15_{N 0.369 0.9970} 16_{O 100 15.9949} 17_{O 0.038 1.0042} 18_{O 0.205 2.0042} 32_{S 100 31.9721} 33_{S 0.801 0.9994} 34_{S 4.519 1.9958} 28_{Si 100 27.9769} 29_{Si 5.078 0.9996} 30_{Si 3.347 1.9968} 35_{Cl 100 34.9689} 37_{Cl 31.961 1.9970} 79_{Br 100 78.9183} 81_{Br 92.278 1.9980}

※⊿m

d

: モノアイソトピック質量との質量差

<

Xtract Options

>

Info Bar の Elemental Composition で表⽰するデフォルト値と検索条件の設定を⾏います。

Parameter Description Fit Factor (%) Isotope Table と実測スペクトルの同位体分布の類似度 設定した値以上の Fit Factor を持つスペクトルがデコンボリューションさ れる。（０％：類似性無し〜100％理論的分布に⼀致） Reminder Threshold (%) 複数の分⼦の同位体分布が重なって観測されたとき、最も強度の⾼い同位 体分布に対する Overlap した別の同位体の⾼さの⽐率。 （設定値以下の同位体はデコンボリューションされない） Consider Overlaps データに複数の同位体分布の重なりがあると思われるとき、いぇっくを折 れる。 Minimum Intensity バックグラウンドノイズとして解析対象外とする強度の下限値

Expected Intensity Error 最も強度の⾼い同位体分布と⼆番⼿との質量誤差の許容％

Resolution at 400 m/z

解析するスペクトルの m/z での設定分解能

(Orbitrap や Exactive のデータでは測定時の設定が⾃動⼊⼒されるので設 定は不要）

第 2 章 クロマトグラムの解析

①

[New WorkSpace]でデータを開きます。

② スペクトルの View を閉じます。

③ トレースを増やす場合は

[Chromatogram]ボタンを押します。クロマトグラ

ムを表⽰している場合は Active Trace View が必ず 1 つ開いています。

④ Active Trace の設定をします。

2

TIC：デフォルトのプロット スペクトル強度の総和をトレース

4 つの Trace Type

X 印ボタンで View をクローズします Mass Range：Range に⼊⼒した範 囲でトレース Base Peak：スペクトルの中で⼀番 強度の⾼いピークをトレース Neutral Fragment：Ranges に⼊ ⼒した値をニュートラルロスしたフ ラグメントイオンをトレース

<Active Trace の設定項⽬>

Parameter Description Display クロマトグラム View にトレースを表⽰する場合にチェックします。 File Name トレースしているデータのファイル名とパスを表⽰します。 Detector データファイルの情報から⾃動的に検出器のタイプを判断します（MS、PDA、など）。 Filter 測定条件によって作成されるフィルタでトレースできます。 MS、MS2、CID、HCD などのグループフィルタによってもトレースできます。 Trace Type ・Detector Type が MS の場合：TIC、Base Peak、Mass Range、Neutral Fragment

・Detector Type が PDA の場合：Total Scan、Wavelength range、 Maximum Spectra(option)

・Detector Type が MS Trending の場合：装置のパラメータのリードバック値 （例、API Source Voltage、Current など）

Ranges 特定の範囲をトレースします。（例 443.2,534.6、600-800）

Smoothing トレースごとに 3-11 ポイントのスムージング処理が可能です。

・Gaussian：正規分布に近づくようにスムージング処理します。

・Moving Mean：設定したポイントの加重平均でスムージング処理します。

Delay Time Delay Time がある場合にシフト表⽰できます。（デフォルト 0min）

Reference シークエンスファイルでデータを⽐較する場合のリファレンスのトレースに指定します。

Plot Operator Trace 1 と Trace 2 の間でクロマトグラムの範囲を指定し⾜し引きができます。

Trace Type 2 Plot Operator を使⽤する場合に指定します。

Range 2 Plot Operator を使⽤する場合に指定します。

クロマトグラムにトレースを追加する

① ツールバーの Workspace>[Chromatogram]ボタンもしくは Active Traces 画⾯の空欄のトレ

ースのチェックボックスにチェックを⼊れます。

② クロマトグラム View にトレースが追加されます。

Chromatogram ボタンを押す

チェックを⼊れます Active Trace

フィルタをかけて表⽰する

① Active Traces でフィルタをかけたいトレースを選択し、Filter を選択します。Info Bar にも

Filter タブが表⽰されます。

② 選択したフィルタでトレースします。

<Scan Filter>

スキャンフィルタは測定条件によって⾃動的に作成されます。装置やメソッドによって表⽰さ

れる内容が変わります。

アナライザー： ITMS/FTMS 極性： ＋（ポジティブ）、－（ネガティブ） データ形式： c（セントロイド）、p（プロファイル） イオン化モード： APCI/ESI/NSI スキャンメソッド： d（データディペンデント） スキャンタイプ： Full/SIM/SRM スキャンモード：MS/MS2…MS10

_{スキャン範囲： [First mass-Last mass]} 解裂⽅法とエネルギー： cid/hcd/pqd/etd プリカーサーイオン＠

<No Filter>

MS

MS2

フィルタを選択します Active Trace

マスクロマトグラムを表⽰する

① Active Traces の Trace Type を Mass Range に変更します。Ranges 欄にトレースしたい

m/z を⼊⼒します。設定されているトレランスでマスクロマトグラムを表⽰します。

<Mass Tolerance>

FreeStyle ではデータの測定条件によって⾃動的にマストレランスが設定されます。

値を変更する場合は、File メニュー＞FreeStyle Options＞Mass Tolerance で変更します。

Trace Type を Mass Range に変更し Ranges に m/z を⼊⼒します FTMS では機種によって設定値が異なります ・Fusion 3 ppm ・Exactive シリーズ 3 ppm ・Orbitrap Elite 3 ppm ・LTQ Orbitrap XL 5 ppm ITMS では 0.50 amu に設定されています。 m/z=820.4682-820.4764 m/z=875.3358-875.3446 Active Trace

② スペクトル View のマスナンバーをダブルクリックすると、そのマスナンバーを中⼼に設定さ

れたトレランスでのマスクロマトグラムのトレースが追加で挿⼊されます。

トレースを削除する

① 削除したいトレースは右肩に表⽰される

ボタンで削除することができます。

② または Active Traces の削除したいトレースのレコードを選択し、[Delete]キーを押します。

確認メッセージが表⽰されますので、Yes を押します。

×印を押します レコード選択し Delete キーを押します Yes を押します トレースしたいマスナンバーを選択す ると、⾚枠で囲まれます。ダブルクリ ックするとトレースが追加されます。 Active Trace

表⽰オプションを変更する

① クロマトグラムの View を選択します。Chromatogram の

Toolbar Tab に変わります。

② Toolbar Tab の[Display Options]タブを選択します。

フォーマットを変更する

Display Options タブの Format ツールではクロマトグラムの重ね書きや表⽰の⽅法、トレースの

⾊変更をすることができます。

<Display Options

Format

>

Parameter Description Stack クロマトグラムトレースをたてに並べて表⽰します。 Overlay クロマトグラムトレースを重ね合わせて表⽰します。 Skew 0 から 45 度まで視点の表⽰を変更できます。 Elevation 重なりの度合いを変更できます。 Point-to point スキャンポイントを連続で結びます。 Stick スキャンポイントから垂直に線をおろします。 Color トレースの⾊を変更します。 クロマトグラムの Workspace を選択します。 Chromatogram のオプションに変わります。 Display Option を選択します。

Stack

Overlay

Overlay

Display Options

ピークラベルを変更する

<Display Options

Labels

>

Parameter Description

Retention Time リテンションタイムを表⽰します。

Decimal Places すべてのラベルの⼩数点以下の桁数を設定します。0,1,2,3,4,5 Decimal(s)

Peak Area エリア値を計算させた場合にピーク⾯積表⽰します。

Base Peak ピークトップのスペクトルの中で⼀番強度の強いピークの質量電荷⽐（m/z）を

表⽰します。

Signal-To –Noise Genesis または ICIS のアルゴリズムでエリア計算をした場合に SN 値を表⽰します。

Scan Number スキャンナンバーを表⽰します。 Height エリア値を計算させた場合にピーク⾼さを表⽰します。 Stick 表⽰にすると、1 つのピークのスキ ャン数を確認することが出来ます。

Point-to-point

_Stick

RT：リテンションタイム S#：スキャンナンバー AA：オートインテグレーションの⾯積値 （MA：マニュアルインテグレーション⾯積値） AH：オートインテグレーションのピーク⾼さ （MH：マニュアルインテグレーションのピーク⾼さ） SN：SN ⽐ BP：ベースピークのマスナンバー

Decimal Places 

RT： リテンションタイム 

BP： ベースピークのマスナンバー 

S#： スキャンナンバー 

Display Options

表⽰のスケールを変更する

<Display Options

Normalization

>

Parameter Description

Local そのトレースの中で⼀番⾼いピークを 100％として表⽰します。

Global クロマトグラム WorkSpace 中のすべてのトレースの中で⼀番⾼いピークを 100％として表

⽰します。

Off Minimum と Maximum で設定した範囲でトレースします. 設定値は Intensity で設定します。

Minimum 選択している Y 軸のスケール

（Relative Abundance% または Intensity10X_{）での最⼩値}

Maximum 選択している Y 軸のスケール

（Relative Abundance% または Intensity10X_{）での最⼤値}

<Display Options

Y Scale, X Axis, Y Axis, Legend

>

Parameter Description

Y Scale Relative 相対強度（％）で表⽰します。

Absolute 絶対強度（Intensity 10X_）

Y Axis Show Labels Y 軸ラベル（Relative Abundance または Intensity 10X_{）を表⽰します。}

Axis Offset Y 軸位置を若⼲ずらして表⽰します。

X Axis Show Labels X 軸ラベル（Time(min)）を表⽰します。

Axis Offset X 軸位置を若⼲ずらして表⽰します。

Legend Trace Title トレース情報をトレースの右肩に表⽰します。

Off にすると指定したスケール

（Min.-Max.）で表⽰します。

Local

_Global

Off

NL:1.30E7 

NL:1.71E6 

NL:1.30E7 

NL:1.71E6 

NL:6.00E5 

NL:6.00E5 

Display Options

オートインテグレーションで⾯積計算する

① クロマトグラムの View を選択します。Chromatogram の Toolbar Tab に変わります。

② [Workspace Processing]のタブを開きます。

③ [Detect in Active Plot]または[Detect in All Plots]を押します。Info Bar の Peak Detection

のパラメータで⾯積値を計算します。Display Options で設定したラベルをクロマトグラム上

に表⽰します。また、Peaks List View が新たに起動します。

クロマトグラムの View を選択します。 Chromatogram のオプションに変わります

Peak

Detection

パラメータ

Peaks List

Peak Detection

オートインテグレーションのパラメータについて

ICIS、Genesis、Avalon のアルゴリズムの違いについて

オートインテグレーションでは ICIS、Genesis、Avalon の 3 つのアルゴリズムでピーク検出

と⾯積計算を⾏うことができます。ICIS はデフォルトのアルゴリズムです。Avalon は質量分

析計以外の検出器の特にネガティブのクロマトグラムにおいて、ICIS、Genesis よりも正確に

計算できます。

<ICIS アルゴリズムについて>

Peak parameters ①Baseline windows 設定したスキャン数の中で⼀番低いポイントをピークエッジ (ピークスタート、ピークエンド）とします。

②Area noise factor ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。

③Peak noise factor 設定した S/N 値以上のピークを計算します。

④Constrain Peak Width(sec) /Peak Ht(%)

ピークエンドを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％） の⾼さをピークエンドにします。

⑤Constrain Peak Width(sec) /Tailing Factor

ピークスタートからピークトップまでの幅を１として、この数値 でピークエンドまでの幅を決定します。

ICIS 

Genesis

Avalon

下限のラインはあまりパラメータ の影響を受けない 下限のラインはパラメータ によって変化する ベースラインがネガティブ でも検出可能 ②Area noise    Factor

 

①Base Line    Window  ④Peak Ht ⑤Tailing Factor Peak Detection

Advanced

⑥Noise Method ノイズの計算⽅法、INCOS Noise, Repetitive Noise のどちらかを選択しま

す。マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。

⑦Min peak width ピークとして検出する最低幅（スキャン数）

⑧Multiplet resolution 未分離のピークを分けるパラメータ。未分離ピークまでの幅がこの数値より⼤

きければ別ピークとしてインテグレーションします。（スキャン数）

⑨Area tail extension インテグレーションの底部分の⾼さを設定するパラメータ。ピークエンドから

⼊⼒したスキャン数の⾼さを平均します。その平均値が底部になります

⑩Area scan window ピークをインテグレーションする幅（スキャン幅）を強制的に決定します。

③Peak noise Factor＜5 ③Peak noise Factor＞5

 

⑦Min peak width=3

⑧Multiplet resolution

⑨Area tail extension Scan数

⑩Area scan window

<Genesis アルゴリズムについて>

Peak parameters

①Percent of Highest Peak 最も強度の⾼いピークに対する設定値（％）をしきい値に設定しピークを判

定します。

②Minimum Peak Ht (S/N) ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークのしきい値を決定します。

設定した S/N 値以上のピークを計算します。

③S/N Threshold S/N 値を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。

④Valley Detection Expected Width (sec)

未分離ピークを分ける場合にチェックを⼊れます。設定したピーク幅（sec） を超えたところで Valley を認識します。

⑤Constrain Peak Width /Peak Ht(%)

ピークエッジの⾼さを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％） 以下を切り落とします。

⑥Constrain Peak Width /Tailing Factor ピークスタートからピークトップまでの幅を 1 としてこの数値でピークエ ンドまでの幅を決定します。

①Percent of Highest Peak＜10  ②Minimum Peak Ht<5

 

①Highest Peak ＜10  ②5＜Min Peak Ht＜10

 

⑤Peak Ht ⑥Tailing Factor ③S/N Threshold

 

④Valley Detection：No Check  または Expected Width>30 ④Valley Detection：  Check  0.0＜Expected Width＜20

 

④Valley Detection：  Check  20＜Expected Width＜30

 

Peak Detection

Advanced

⑦Report Noise As ノイズの計算⽅法、RMS、Peak to Peak のどちらかを選択します。

マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。 ⑧Baseline Noise Tolerance

(%)

ベースラインをノイズのどの範囲で描くかを決めます。 設定範囲 0.0-100.0％:デフォルト 10

⑨Min Number of Scans in Baseline

ベースラインを計算する場合のノイズ範囲のスキャン数 設定範囲 2-100.0:デフォルト 16

⑩Baseline Noise Rejection Factor RMS ノイズレベルに対して、ノイズの範囲に含めないピークを設定。 設定範囲 0.1-10:デフォルト 2.0 ⑪Peak S/N Cutoff ノイズレベルに対して設定した S/N 値を満たすようにベースライン を引きます。設定範囲 50.0-10000.0:デフォルト 200 ⑫Rise Percentage ピークエッジの勾配をノイズレベルからの⽴ち上がりで計算。 設定範囲 0.1-500:デフォルト 10

⑬Valley S/N Valley Detection をする場合の、S/N 値

設定範囲 1-100:デフォルト 1 ⑭Background Recomputation (min) バックグランドを再計算させる間隔 設定範囲 0.5-10.0:デフォルト 5 ⑮Number of Scans in Background バックグランドの計算におけるスキャン数。 設定範囲 2-100:デフォルト 5 Peak Detection

マニュアルインテグレーションで⾯積計算する

① クロマトグラムの View を選択します。Chromatogram の Tool ボックスを固定します。

② [Add Peak]ボタンを押します。スタートとエンドポイントをドラッグ＆リリースで範囲を指定

します。

③ インテグレーションされた両端の□にカーソルを合わせると、+に変わります。この状態でピ

ークの⾯積値を切り直すことが出来ます。

インテグレーションを消去する

① [Delete Peak]を押します。スタートの□ポイントをクリックします。

ドラッグ＆リリースで範囲を指定します。 Add Peak ボタンを押します。 RT：リテンションタイム MA：マニュアルインテグレーション⾯積値 MH：マニュアルインテグレーションのピーク⾼さ Delete Peak ボタンを押します。 Peak Detection

クロマトグラムおよびピークリストを Export する

① クロマトグラムで⾯積値を計算させると、必ず Peak List の View が作成されます。

② Export するクロマトグラムもしくは Peak List を Active にします。

③ Exports>[Selection As]のボタンを押します。Export Type を選択します。

④ EXCEL を開き貼り付けします。

Export Type To CSV File：CSV ファイルとして出⼒します To Clipboard in EMF： クリップボードにコピーします Print： そのままプリントします

To CSV

To Clipboard in EMF

Workspace As：Workspace 内すべての View を Export します。 Selection As：選択した View を Export します。

第３章 スペクトルの解析

任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する

① New WorkSpace でデータを開きます。

② Chromatogram と Spectrum の両⽅の View を表⽰し、Spectrum を Active にします。

クロマトグラムのツールをピンで固定しておきます。

③ クロマトグラム上の任意のスキャンポイントをクリックするとスペクトルを表⽰します。

3

Spectrum を Active にします。 ＜スペクトルのヘッダー情報＞ ファイル名 ＃スキャンナンバー RT：リテンションタイム AV：何スキャン分を平均したか NL：⼀番⾼いピークの強度 T：トレース情報（スキャンフィルタ） 任意のポイントをクリックします。

平均したスペクトルを表⽰する

① クロマトグラムのツールのΣボタンを押します。平均したいスキャン範囲をドラッグ＆リリー

スで指定します。平均したスペクトルを表⽰します。

バックグランドを差し引いてスペクトルを表⽰する

① クロマトグラムのツールボタンで、1 か所の場合は

[Background Subtract 1 Range]を、

2 か所の場合は

[ Background Subtract 2 Range]を選択し範囲を指定します。

任意の範囲をドラッグします。

この時間の平均スペクトル を表⽰します。

-1

-2

② バックグランドを差し引きしたスペクトルを表⽰します。

③ バックグランド処理を戻す場合は、再度

ボタンを押します。

表⽰オプションを変更する

① スペクトルの View を選択します。Spectrum の

Toolbar Tab に変わります。

② Toolbar Tab の[Display Options]を選択します。

<Display Options >

バックグランド由来の

スペクトル

化合物由来の

スペクトル

クロマトグラムの Workspace を選択します。 Spectrum のオプションに変わります。 Average Spectrum

ピークラベルを変更する

<Display Options

Format

>

Parameter Description

Color スペクトルの表⽰⾊を変更できます。

<Display Options

Labels

>

使⽤装置、測定メソッドによってラベルできる項⽬が異なります。

Parameter Description

Mass to Charge 質量電荷⽐

Charge State 価数を表⽰、判別できない場合は？表⽰。（FTMS）

Peak Resolution 分解能を表⽰（FTMS）

Precursor Flag Data Dependent Scan のデータでトリガーがかかったピークにピンクの

三⾓印でフラグします。（DD Scan）

Noise ノイズを表⽰（FTMS）

Width(m/r) ピーク幅（Profile mode）

Label Threshold ラベルするしきい値 954.9563：マスナンバー R=43701：分解能 Z=2：価数 N=6759.77：ノイズ W=21.9mmu：ピーク幅 Precursor Flag Display Options

Precursor Flag のスペクトルを表⽰する

① フラグの三⾓印をダブルクリックするとそのマスナンバーをプリカーサーイオンにしたフラ

グメントスペクトルが新しい Spectrum View で起動します。

<Display Options

Composition

>

Elemental Analysis を⾏った結果をラベルします。

Parameter Description Elemental Comp. 1 位にヒットした組成式を表⽰します。 Theo. 組成式の理論質量を表⽰します。 Delta Mass 実測値と理論値の差を表⽰します。 240.9952：実測値 C4H13O2Ｓ4=240.99561：予測組成式=理論値 -1.59 ppm：実測値と理論値の差

801.93@

Precursor Flag をダブルクリックします。

801.7319

Display Options

表⽰のスケールを変更する

<Display Options Normalization>

Parameter Description

Local そのスペクトルの中で⼀番⾼いピークを 100％として表⽰します。

Off Minimum と Maximum で設定した範囲でトレースします。 Off すると縦軸は絶対強度表⽰に変わります。

Minimum 選択している Y 軸のスケール（Relative Abundance% または Intensity10X_{）での最⼩値}

Maximum 選択している Y 軸のスケール（Relative Abundance% または Intensity10X_{）での最⼤値}

<Display Options Y Scale, X Axis, Y Axis, Legend>

Parameter Description

Y Scale Relative 相対強度（％）で表⽰します。

Absolute 絶対強度（Intensity 10X_）

Y Axis Show Labels Y 軸ラベル（Relative Abundance または Intensity 10X_{）を表⽰します。}

Axis Offset Y 軸位置を若⼲ずらして表⽰します。

X Axis Show Labels X 軸ラベル（m/z）を表⽰します。

Axis Offset X 軸位置を若⼲ずらして表⽰します。

Legend Scan Header スキャンヘッダーの表⽰項⽬を選択できます。

スキャンヘッダーの項⽬を変更する

<Display Options Legend>

Parameter Description

Scan Header スキャンヘッダーに表⽰する情報を

選択できます。 Display Options

スペクトルを⽐較する（Multi Spectrum）

① ⽐較したいスペクトル View を開きます。

② Workspace Options＞Workspace＞[Multi Spectrum]ボタンを押します。

Spectrum Traces 画⾯が起動します。⽐較したいスペクトルのトレースにチェックを⼊れます。

③ OK ボタンを押すと、Multi Spectrum View に変わります。Multi Spectrum View 内のトレー

スを変更する場合は、Workspace Options＞Workspace＞[Spectral Traces]ボタンで再度

Spectrum Traces 画⾯が起動し、変更します。

CID

HCD

725.41＠cid35.00

Multi Spectrum をクリックします。 ⽐較したいスペクトルにチェックを⼊れます。

725.4136

725.41＠hcd45.00

Multi Spectrum

CID と HCD スペクトルの違い

Thermofisher Scientific 社製の⾼分解能・精密質量型質量分析装置で選択できるフラグメンテーションの

⽅法はリニアイオントラップ内で⾏う CID(Collision-induced Dissociation)とコリジョンセルによる

HCD(Higher Energy Collision-induced Dissociation)の 2 種に⼤別できます。それぞれにメリットとデ

メリットが存在します。

CID（イオントラップ） HCD 有効な Scan range ・プレカーサーのイオンの 4 分の 1 以下 の⼤きさのフラグメントイオンが⾒えな い(Quarter rule)。 ・強制的に Scan range の下限を設定するこ とができる。(上限の 10%以下のものは⾒え にくなる。) MS/MS ・多段階の MS/MS(MSn)が可能。 ・MS2 のみ可能。 スペクトルの特徴 ・_{クトルパターンは変化しない。} コリジョンエネルギーを変えてもスペ ・_{ターンが変化するので最適化が必要。} コリジョンエネルギーによりスペクトルパ イオンの開裂 ・1 次開裂 MSとMSnを組み合わせることにより官 能基の構造を容易に取得できる。 ・N 次開裂 1 枚のスペクトルから多くの情報が得られ る。

CID と HCD は、それぞれ特徴的な MS/MS のスペクトルパターンを持つため、相補的な構造情報を得られ

る場合があります。

質量差を確認する

① ⽐較したいスペクトルを複数開き、Multi Spectrum で⼀つの View に表⽰させます。

② スペクトルツールを固定し、基準となるピークの質量を表⽰させ

ボタンを押します。

基準とする質量を選択すると、ツールボックス に値が⼊ります。

③ 基準となるピークからの質量差を表⽰します。

よく検出されるアダクトイオン

最終的にアダクトイオンであることを判定するには、マスクトマトグラムを抽出して

モノアイソトピックイオンと共溶出するかどうか確認します。

Full Scan

MS3

MS2

⊿ｍ＝45.0579

⊿ｍ＝75.9441

Multi Spectrum

スペクトル情報を Export する

① スペクトルを選択しExports>[Selection As]のボタンを押します。Export Typeを選択します。

② Exports>[Selection As]のボタンを押します。Export Type を選択します。

③ EXCEL を開き貼り付けします。

Spectrum List を Export する

① スペクトルを選択し、Workspace Options>[Spectrum List]ボタンを押します。

Export Type To CSV File：CSV ファイルとして出⼒します To Clipboard in EMF：クリップボードにコピーします Print：そのままプリントします

To CSV

To Clipboard in EMF

スペクトルを選択し、Spectrum List を押します。 Export Spectrum

② Spectrum List View が起動します。

③ Exports>[Selection As]のボタンを押します。To CSV File を選択します。

④ EXCEL が開きます。

<Spectrum List

Flags

>

Flag Description R Reference peak（ロックマスキャリブレーションの参照になっているピーク） E Exception peak（参照ピークのアイソトープやフラグメントイオンでキャリブレーション には使⽤されていないもの。） M Merged peaks（近接ピークを合算している） F Fragment pesks（スペクトルピークの先端が割れている）

Spectrum List

Spectrum List

 

ScanNumber:スキャンナンバー m/z:質量電荷⽐ Intensity:強度 Relative:強度の相対⽐ SegmentNumber:セグメントナンバー Flag:フラッグ

Fragment peaks

 

Merged peaks

 

元素組成を計算する（Elemental Composition）

Elemental Composition ではスペクトルの質量に対して最も適合する組成式を計算します。

FreeStyle では、まずスペクトルの任意の質量に対して、構成元素の組み合わせから考えられる全

ての組成式の内、設定したマストレランスの範囲におさまる組成式を候補にあげます

。

次に候補の

組成式に対して理論的な同位体パターンを作成し、実際のスペクトルとの質量のずれと同位体パタ

ーンの類似性をスコア化（Score 100 は設定範囲内で⼀致 Score 0 は全く⼀致しない）し表⽰し

ます。

解析の流れ

STEP1

_{解析する質量を⼊⼒}

STEP2

測定条件による制限を設定

STEP3

計算に使⽤する元素の数と種類

STEP

_{４ 測定時の分解能でシミュレーションを表⽰}

STEP5

解析を実⾏

STEP6

_{結果を表⽰}

スペクトルのピークトップでツールの

ボタン

で⼊⼒できます。数字を⼊⼒することもできます。

Positive 1、ニュートラル 0、Negative －１

ESI では Even electron ions、MS2 では Do not use

マストレランス 3〜5ppm

(m/z 100 以下の場合は広げた⽅がよい場合あり)

不飽和度の範囲

S,Cl,P 等の元素が含まれていない場合は Remove

するか Max 数を 0 に

分⼦量が⼤きい場合は元素数を増やす

測定時の分解能で同位体のシミュレーションを確認

します。

Calculate ボタンを押します。

Elemental Composition

① 解析したいスペクトルを表⽰します。Workspace Processing の Elemental Analysis>

[Elemental Composition]ボタンを押します。Info Bar に Elemental Composition のタブが

表⽰されます。

② 解析したいピークにカーソルを合わせると、Tool が表⽰されますので

ボタンを押します。

③ Elemental Composition Results の View が起動し結果を Max Result で設定した数だけ Score 順

に表⽰します。また、デフォルトでは 1 位の Score のシュミレーションスペクトルが Spectrum

View に挿⼊されます。

Elemental

Composition

解析したいスペクトルの Mass の値の上で クリック、⾚枠で囲まれます。

Elemental Composition Results

Elemental Composition のパラメータについて

Elemental Composition のパラメータは、Info Bar の[Elemental Composition]で変更しま

す。デフォルトパラメータは、File メニュー＞FreeStyle Options＞Elemental Composition

で設定できます。あらかじめデータの特性に合わせて変更して下さい。（第 1 章 参照）

<Elemental Composition

Single mass/Limits

>

Calculate ボタンで計算結果を表⽰します。

Parameter Description Single mass Mass 計算させたい質量数を⼊⼒します。 Max Results 結果の表⽰数。（0-400、デフォルト 10） Limits

Charge 価数を設定します。Positive で M+H が観測される場合は１を、Negative で M-H の場

合は-1 を⼊⼒します。

Nitrogen Rule M+H や M-H、その他アダクトの場合も even electron ions になり、M+や M-などラジ カルイオンの場合は odd electron ions になります。多価イオンの場合([M+H]n+, [M-H]n-)もすべて even electron ions になります。（デフォルト Even electron ions）

Mass Tolerance 計算させる質量数の許容値と単位（amu/mmu/ppm）

RDB equiv Ring and double-bond equivalents.

不飽和度の許容値を設定します（-1000 から+1000） 計算式

窒素ルールについて

イオンの整数質量から窒素の数を絞り込める！

D:RDB の値 imax:構成される元素の種類数 Ni:それぞれの元素の数 Vi：それぞれの元素の原⼦価 Elemental Composition

<Elements in Use>

① 予想される元素の種類と数（最⼩と最⼤）を⼊⼒します。表にない場合は[Add]ボタンを押す

と周期表が起動するので、リストに追加することができます。

② 不要な元素は Remove ボタンでリストから外すことが出来ます。

<Simulated Spectrum>

計算された組成式の Isotope Simulation スペクトルを表⽰します。

Profile Resolution にチェックをいれて、

Profile のスペクトルと⽐較することもできます。

追加したい元素を選択し Add To List ボタンを押します。

Profile

Simulated Spectrum

C

8

H

11

O

2

N

4

Simulated Spectrum

C

3

H

12

N

835

Cl

ｍ/ｚがずれている場合は⾚線で 表⽰します。

Profile

Elemental Composition

<Buttons>

設定したパラメータは、Isotope Limits（*.limx）

という形式で保存および呼び出しをすることが

出来ます。

Elelmental Composition Results について

結果は Score の順に表⽰されています。

選択するとシュミレーションスペクトルが変わり確認することができます。

<Elemental Composition Results>

Parameter Description Index Score 順にインデックス番号が振られます。 m/z 計算に⽤いた質量の値（実測値） Formula 計算の結果予測された組成式。 Score 理論値と実測値のスペクトルがどれだけ適合しているかを数値で表します。 0-100 で数字が⼤きいほど適合している可能性が⾼いことを表します。 RDB 不飽和度を表⽰ Delta 理論値と実測値の差を表⽰します。選択した単位で表⽰します。 Original Formula 組成式、アイソトープを表⽰できます。 Theo. Mass 質量の理論値を表⽰

Buttons

Score Delta ppm

Elemental Composition

検索結果と Score について

●検索結果が何も表⽰されない場合

⇒Mass tolerance を⼤きくする

⇒フラグメントイオンの組成式を計算する場合は Nitrogen-rule を Do not Use に変更

⇒直鎖飽和炭化⽔素にアンモニウムアダクトが付加する場合は RDB equiv. Min.を

-1.5 に設定

⇒芳⾹環が多く含む巨⼤分⼦（C が 200〜）の場合、不飽和度が極めて⾼いので RDB

equiv. Max を 100 以上に設定

⇒Elemetal in Use の元素の数を増やす

●検索結果の Score がすべて 100.00 になってしまう場合、候補が多すぎる場合

⇒フラグメントイオンの組成式を計算する場合は、Elemetal in Use をプレカーサーの

元素組成と個数に合わせる

⇒Default Elelmental Composition Search Parameter の Zero Fit Expected Error

を 0.5 に設定する

⇒Default Elelmental Composition Search Parameter の Hundred Fit Expected

Error を 0.05 に設定する

●検索結果の Score がすべて 0.00 になってしまう場合

⇒Default Elelmental Composition Search Parameter の Zero Fit Expected Error

を 1 より⼤きく設定する

計算結果を Export する

結果は Export して Excel 等に貼り付けすることが可能です。

Isotope Simulation

あらかじめ組成式やペプチドの配列などが分かっている場合にはシュミレーションスペクトルと

⽐較することが可能です。

① 解 析 し た い ス ペ ク ト ル を 表 ⽰ し ま す 。 Workspace Processing の Elemental

Analysis>[Isotope Simulation]ボタンを押します。Info Bar に Isotope Simulation のタブ

が表⽰されます。

② パラメータを表⽰し Apply ボタンを押すとシュミレーションスペクトルが挿⼊されます。

<Isotope Simulation>

Parameter Description

Formula Type Chemical Formula と Peptide Formula を選択します。

Chemical Formula Type 組成式を⼊⼒します。⼤⽂字⼩⽂字を認識します。

1 つしかない元素は 1 を⼊れるかスペースを挟みます。 アイソトープは[]を使⽤します。（例、[13]C） ポリマーは()を使⽤できます。（例、HO(C2H4O)5H）

Peptide Formula Type ペプチドの配列を 1 ⽂字または 3 ⽂字コードで⼊⼒します。

計算できる⼤きさは 600000amu までです。

Species アダクトイオンの種類を選択します。組成式を⼿⼊⼒することも可能です。

（Positive の場合 H,Na,K,NH4） （Negative の場合 H,Cl,OH,HCOO）

Charge State 価数を選択します。（Positive の場合+1〜+25）（Negative の場合-1〜-25）

Polarity 極性（Positive か Negative）選択します。

Simulated Spectrum Profile Resolution にチェックを⼊れるとプロファイルスペクトルを表⽰し

ます。

組成式を⼊⼒し Apply ボタンを押すと シュミレーションスペクトルを表⽰します。

Simulation

③ ペプチドの場合は価数を選択します。実測スペクトルの Resolution に合わせてプロファイル

スペクトルを表⽰させて⽐較することが出来ます。

Xtract

–Deconvolving and Deisotoping Spectra–

Xtract は、ペプチド、たんぱく質、及びヌクレオチドの多価イオンのスペクトルからデコンボリュ

ーションという計算⽅法を⽤いて、1 価または 0 価のモノアイソトピック質量を算出するためのア

ルゴリズムです。ある価数の隣り合う同位体ピーク間の質量差が「1÷価数」に相当することを利⽤

して元の分⼦の分⼦量を計算するため、同位体が⼗分に分離しているスペクトルが必要となります。

＜同位体ピークが分離していないスペクトル＞

＜同位体ピークが分離しているスペクトル＞

Simulation

Isotope Simulation

① 解析したいスペクトルを表⽰します。Workspace Processing の Elemental Analysis>

[Xtract]ボタンを押します。Info Bar に Xtract のタブが表⽰されます。

アベレージ処理をしたスペクトルは解析できません。

② パラメータを設定し Apply ボタンを押します。

③ Deconvolved Spectrum View と Xtract Results View が開きます。Xtract Results に計算さ

れた分⼦量のリストが表⽰されます。リストの任意の⾏を選択すると対応するピークが⻘⾊で

ハイライトされます。

パラメータを設定し Apply ボタンを押します。

Xtract

Deconvolved Spectrum

Xtract Results

選択した結果に対応するピークが⻘でハイライトされます。 Xtract

Xtract のパラメータについて

Xtract のパラメータは、Info Bar の[Xtract]で変更しま

す。デフォルトパラメータは、File メニュー＞FreeStyle

Options＞Xtract で設定できます。あらかじめデータの

特性に合わせて変更して下さい。（第 4 章 参照）

<Xtract Parameters

Data Selection

>

Parameter Description

M/Z Range 解析対象とする質量範囲。デフォルトでは測定したスキャン範囲が⼊⼒されます。

<Xtract Parameters

Deconvolution Parameter

>

Parameter Description

Output Mass Xtract によりデコンボ―リューションして得られるピークの質量表⽰⽅法を選択

します。 M：ニュートラルなモノアイソトピック質量 MH+：１価のプロトン化分⼦としてのモノアイソトピック質量 Adduct Element アダクトイオンの種類を選択します。 H+：プロトン付加、K+：カリウム付加、Na+：ナトリウム付加 Custom：任意のアダクトイオンの質量増加分を⼊⼒ Charge Range 解析対象とするイオンの価数範囲を⼊⼒

Analyzer Type アナライザーの種類を選択（FT/OT/Sector/Quads、デフォルト OT：Orbitrap）

Rel.Abund.Threshold(%) デコンボリューション後に結果表⽰するピークの相対強度下限値 （0-100％、デフォルト 0％）

Isotope Table フィッティングを⾏う場合の同位体分布のモデル

Protein：仮想的タンパク質 Averagine の同位体テーブル Nucleotide：ヌクレオチドの典型的な元素組成の同位体テーブル

Negative Charge データが選択された時の ESI の極性 デフォルト：⾮選択（＝Positive mode）

DNA や RNA 等の核酸サンプルの場合は選択（＝Negative mode） Min Num Detected

Charge

デコンボリューションの対象となるために必要な多価イオンピークの数 （デフォルト：3）

Xtract Result について

結果はモノアイソトピック質量の順に表⽰されています。+ボタンをクリックして展開するとオリ

ジナルスペクトルのピークアサイメントに対応した項⽬を確認できます。

<Xtract Results>

Parameter Description No. モノアイソトピック質量順にインデックス番号が振られます。 Monoisotopic Mass 同⼀分⼦由来の同位体クラスター(各価数)から算出した分⼦のモノアイソトピ ック質量を加重平均した値

Sum Intensity 各価数の同位体クラスターのピーク強度（Charge Normalized Intensity）を

積算した値

Number of Charge States デコンボリューション後のピークを構成する同⼀クラスターの数

Average Charge デコンボリューション後のピークを構成する同⼀クラスターの価数の平均値

Delta Mass デコンボリューションスペクトルで、最も強度の⾼いピークとの質量差（Da）

Relative Abundance デコンボリューション後のスペクトルで最も強度の⾼いピークに対する相対 強度⽐（％） Fractional Abundance デコンボリューション後のすべてのスペクトルの強度の総和を 100 とした場 合のそのピーク強度の占める割合 RT Range デコンボリューションに⽤いたスペクトルのリテンションタイム Charge State 任意の同位体クラスターの価数 Calculated Monoisotopic m/z 任意の同位体クラスターのモノアイソトピック質量(計算値） Monoisotopic Mass for This

Charge

Charge State と Calculated Monoisotopic m/z から算出された分⼦のモノア イソトピック質量 Mostabund m/z 任意の同位体クラスターの中で最も強度の⾼いピークの m/z 値 Charge Normalized Intensity 各価数の同位体クラスターのピーク強度 Xtract

Library Search –NIST Search-

① NIST 形式のデータベースを⽤いてライブラリサーチをすることが出来ます。解析したいスペ

クトルを表⽰し Workspace Processing の Library Search>[NIST Search]を選択します。

② サーチパラメータを設定し、Apply ボタンを押します。

② サーチが終了すると Nist Search Result と ChemicalStructureView の 2 つの画⾯が起動しま

す。

NIST Search Result

ChemicalStructureView

Search

NIST

サーチするスペクトルを表⽰し Search NIST ボタンを押します。 NIST Search

NIST Search のパラメータについて

<NIST Search

Search List

>

Parameter Description

Library 検索に使うライブラリを選択します。追加する場合は Library Search>Library manager か

ら⾏います。

Hits サーチ結果の表⽰数（1-100HIT まで）

Display 3 種類の結果表⽰を選択できます。（Stacked、Exclusion、Mirror ）

< NIST Search

Search Parameter

>

Parameter Description Search type Identity/Normal： デフォルト Identity/Quick： ライブラリ内にサーチしたい化合物がある場合使⽤します Identity/MS/MS： MS/MS スペクトルサーチをする場合使⽤します Identity/In-Source HiRes： In-Source EI の⾼分解能精密質量スペクトルのサーチを⾏います。MS/MS スペ クトルサーチと異なりプリカーサーの値は⽐較しません。 Similarity/Simple： 単純に似たパターンのスペクトルを持つ化合物をサーチします。

Similarity/Hybrid： Simple と Neutral Loss の両⽅をサーチします。

Similarity/Neutral Loss： 分⼦イオンピークと主なフラグメントイオンの差を認識して、類似したパターンの 化合物をサーチします。 Options Search with MW： 設定した分⼦量の化合物に絞ってサーチします。 Reverse search： リバースサーチのスコア順位に結果を表⽰します Penalize Rare Compounds NIST のデータベース（例 MAINLIB）を使⽤する場合、チェックを⼊れると⼀般的 な化合物のスコアが上がります。

Stacked

Exclusion

Mirror

NIST Search