MeSH Terms 再索引に関する調査と考察：
MeSH 2014 年版に追加された Levofloxacin に関して
○井上彰１） 一般財団法人 日本医薬情報センター１） 〒150-0002 東京都渋谷区渋谷 2-12-15 長井記念館 5 階 Tel: 03-5466-1821 FAX: 03-5466-1836 E-mail: a-inoue@japic.or.jpMeSH Terms re-indexing on the investigation and
study.:
Relation to Levofloxacin was added to 2014
MeSH.
INOUE Akira1)
Japan Pharmaceutical Information Center(JAPIC)1)
2-12-15 Nagai-kinenkan 5F, Shibuya, Shibuya-ku, Tokyo 150-0002 Japan Phone: +81-3-5466-1821 Fax: +81-3-5466-1836 E-mail: a-inoue@japic.or.jp 【発表概要】 医学や薬学を中心としたライフサイエンス分野の情報を調査する上で、MEDLINE は重 要な書誌データベースの一つである。MEDLINE に登録されている文献情報には、書誌事 項や著者抄録といった論文そのものの情報の他に、MEDLINE を作成・管理する米国国立 医学図書館の索引作業者により論文全文中から、論文の主題要素に注目した索引用語 MeSH（Medical Subject Headings）が付与されている。よって書誌事項や著者抄録に記載 のない項目であっても、論文が主題とするテーマについて検索が可能となっている。また 同義語などの用語の揺らぎを吸収する役割もある。MeSH は通常毎年更新され、9 月頃に次 年のMeSH が公開され、年末までに最新の MeSH への反映作業（リロード）が行われる。 MeSH を利用した検索を行う際には、MeSH の更新は重要な要素となる。 今回、2014 年版 MeSH に新規追加された Levofloxacin とリロードによる挙動について 興味深い現象に遭遇したので、調査した内容を報告する。 【キーワード】 MeSH，MEDLINE，PubMed，Year-End-Processing，リロード，再索引，文献 検索
1. はじめに
MEDLINE の索引用語 MeSH (Medical Subject Headings)は、現在 は毎年改訂され更新されている。 MEDLINE を対象に MeSH を用いて 検索する際にはMeSH の経時的な変更 内容は質の高い検索を実施するために、 極めて重要である。 今回MeSH の 2014 年改訂に伴い追 加された用語Levofloxacin について、 MEDLINE の文献検索を試行していた 際に遭遇した予期せぬ結果件数から、 MeSH の再索引実施の方法について調 査内容をまとめ考察した。 2. 背景と経緯 2.1. Levofloxacin と MeSH Levofloxacin は、日本で開発された キノロン系抗菌薬の一つである。1993 年 に承認されて以来、内服薬、点滴用注 射薬、点眼薬の形で種々の細菌性感染 症の治療を目的に、現在では本邦だけ に限らず欧米・アジア諸国で広く使用さ れている［1］ 。 Levofloxacin は、Ofloxacin という抗 菌薬のうち抗菌活性を有する光学異性 S-体の化合物である。Ofloxacin はラセ ミ体となる。 Levofloxacin は MeSH の 2014 年版 （以下MeSH2014）に新規登録された 用語［2］で、それ以前のMeSH では
Ofloxacin の MeSH の同義語（Entry Term）に含まれていた。よって、 Levofloxacin に関する内容を主題とし た学術論文に対して、2013 年版 MeSH 以前に索引された場合にはOfloxacin のMeSH が付与されていた［3］。 2.2. MeSH の年次更新 MeSH の年次更新では、 ・新規用語の追加 ・既存用語の変更 ・既存用語の削除 ・シソーラスの構造の追加・変更 などが行われる。これら変更内容は、通 常11 月から 12 月にかけて実施される MEDLINE の年末作業にあたる Year-End-Processing（YEP）の後に、 反映される［4］。この作業により過去に索 引されたMeSH のうち変更があった用 語は、最新のMeSH に置き換わり、過去 にMeSH を索引された文献であっても 常に最新のMeSH 用語を用いて検索で きるようになる。この作業はリロードとして も知られている。 またMEDLINE の索引には、MeSH の他に医薬品・化合物名などを補完する Supplementary Concept Records （SCR）がある。SCR は MeSH とは異な り毎週更新されているが、MeSH の年次 更新の際には、SCR から MeSH に格上 げされる場合がある。 今回報告するLevofloxacin では前述 のとおり、2013 年以前の MeSH では Ofloxacin の同義語であり、SCR には存 在しない用語であった。 2.3. MeSH の再索引 MEDLINE では基本的に過去に登 録した文献について再度MeSH を付与 する作業は行わないとされている［5］ 。過 去から蓄積した膨大な文献情報に対し て、索引作業をやり直す事が非現実的 な作業であることは、容易に想像できる。 よって新規に追加された MeSH では、 索引が付与され始めた当初の段階では 殆どヒットしない事が予想される。 ところが2014 年 2 月に Levofloxacin のMeSH を対象に PubMed を検索した 際に、検索結果件数は2,000 件を超え た。Levofloxacin は世界的に使用され ている医薬品ではあるが、MeSH2014 の索引開始から数ヶ月しかない限られた 期間で2,000 件もの索引が実施され検
索結果件数が得られるとは考えにくい。 そこでLevofloxacin では、過去の文献 について再索引が行われたのではない かと考え調査した。 3. 索引期間による件数の調査 毎年更新されるMeSH について、各 年版のMeSH を付与していた期間は、 NLM の Web サイト［6］で公開されている。 またMeSH2014 の索引開始日は YEP 完了報告にて公開されている［7］。そこで MeSH2014 索引以後と以前とを設定し 検索を実施した。検索式と検索結果件 数は表1 である。 索引期間毎の検索結果件数より、 Levofloxacin の全索引件数は 2,239 件、 MeSH2014 で索引が実施された件数は 136 件と、差し引いた 2,103 件は MeSH2014 の付与開始以前に MeSH が付与されていた事を確認できた。 続いて再索引の方法を検討する。再 索引の実施に当たって、膨大な文献情 報について再度目視で作業することは 非現実的と考えられる。そこで、書誌デ ータベース上で利用可能な何かしらの 情報をもとに、機械的に処理を行ったと 予想し、次の検討を行った。 4. 再索引対象の検討 2013 年までの MeSH では、 Levofloxacin に関する内容を含む場合 にはMeSH は Ofloxacin を索引してい た。よって、Levofloxacin の再索引の際 には、第一条件としてOfloxacin の MeSH を含む文献情報と考えた。そこで MeSH2014 以前の索引データである 2,103 件について、Ofloxacin の MeSH が付与されているかを確認した。なお Levofloxacin は Ofloxacin の下位語の 位置関係にあるため、MeSHを検索する 際にシソーラスの下位語を含まないよう 設定し検索した結果が表2 である。 結果、再索引された事を予想した全 2,103 件が Ofloxacin の MeSH の索引 を有する事が確認できた。MeSH2014 の索引開始以降ではLevofloxacin の 索引が付与された136 件中 9 件のみに Ofloxacin が索引されていた事からも、 MeSH2014 以降では、Levofloxacin の 索引があるからといってOfloxacin が必 ず索引される訳ではない事も確認でき た。 次に、Ofloxacin の MeSH を持つ文 献情報に対して、Levofloxacin に関す る文献である事を確認するために利用 可能な情報を考える。MEDLINE で検 索可能な情報は、標題や著者抄録、書 誌事項など論文全文に比べると限られ た情報となる。そのうち標題や著者抄録 は、論文の内容を判断する際には最も 参考となる情報と考えられる。標題や著 者抄録中にLevofloxacinを含む場合に は、Levofloxacin に関する検討を実施 している可能性がある。 再索引が予想される2,103 件に、 Levofloxacin を標題または著者抄録に 表1.索引期間による件数 表2.再索引されたと考えられる件数
含まれている条件で検索した結果、 2,101 件とほぼ全件が一致した結果とな った。 5. 一致しない情報の確認 標題と著者抄録を対象として、 Levofloxacin で絞り込んだ結果、殆ど 全件がヒットしたが2 件はヒットしていない。 そこで、一致しなかった残存の文献の情 報を確認するためNOT 検索で抽出し内 容を確認した。2 件の文献は、標題や著 者抄録中に「Levaquin」というキーワー ドを含んでいた。これは、Levofloxacin のEntry Term の一つである。よって、 Levofloxacin の再索引の実施に使用さ れた情報は、Levofloxacin に由来する Entry Term を判定条件にしたのではな いかと考えられた。つまり、Levofloxacin の再索引の条件としては、 Ofloxacin の MeSH 索引 Levofloxacin の MeSH または EntryTerm を標題または著者抄 録に持つ の2条件となり、この条件を満たした文献 についてLevofloxacin の MeSH が再 索引されたのではないかと推測した。 Levofloxacin の各 Entry Term でのヒ ット件数を表3 に示す。 Levofloxacin Anhydrous で検索結 果件数が0 件であった理由としてはこの Entry Term が 2014 年 4 月に追加され た用語であり、再索引に使用されなかっ たためと考えられる。 Levofloxacin の再索引の条件の仮説 を検証するため、Ofloxacin の MeSH が あり、Levofloxacin の MeSH が付与さ れていない文献について、標題や抄録 中にLevofloxacin の Entry Term を含 む文献が存在するかも検討した結果、件 数は仮説を裏付けるように表4 のとおり 0 件であった。 よってLevofloxacin 再索引の 2 条件 に該当した文献に対してLevofloxacin が再索引されたという仮説を支持する結 果が得られた。 6. Entry Term にない用語の検索 Entry Term は MeSH の同義語を含 むと同時に、MeSH2013 年版までの Ofloxacin と Levofloxacin の様な完全 な同義語ではないにせよ深く関連する 用語なども持っている。なおいずれの場 合にしても全ての同義語や関連した用 語を網羅している訳ではない。 例えばLevofloxacin は名称を LVFX と略して記載する事が多いがEntry Term には含まれていない。また、商品 名としても、日本国内で販売されている 商品名Cravit®はLevofloxacin の
MeSH の Entry Term には含まれてい ないが、これらを標題や著者抄録に含む
表3.各 Entry Term でのヒット状況
文献は、Levofloxacinを主要な要素とし て扱った可能性があると考えられる。 Ofloxacin の索引があり、Levofloxacin のEntry Term に該当する用語を標題 や著者抄録に持たない文献データに対 して、LVFX や Cravit で検索を実施し た結果が表5 である。 Cravit ではヒットはしなかったが LVFX では 4 件のヒットを確認した。一部 はLevofloxacin を主題として取り扱った 文献であることが推測された。 再索引により、多くの文献がMeSH で 検索可能となる一方で、主題要素であっ ても再索引漏れによりMeSH で検索が できない事例があることが確認できた。 7. 再索引によるノイズヒットの可能性 これまでに推測したLevofloxacin の 再索引では、Ofloxacin の MeSH 索引 がキー情報となる。しかしOfloxacin の MeSH 索引は、Levofloxacin が主題で なくても、Ofloxacin を主題として取り扱 った文献でも使用される。 推測した再索引方法では、主題要素 ではない場合でもLevofloxacin の Entry Term を含む場合には、条件に 該当する可能性がある。 実際に、Levofloxacin が再索引され た文献において内容の一部を確認した 所、明らかなノイズと想定されるような文 献は見当たらなかった。 8. 再索引方式で引き継がれる情報 Levofloxacin の再索引は Ofloxacin のMeSH を参照したと考えられる。 MeSH 索引には MeSH に対して内容 の詳細化を行う副標目SubHeadings や、論文の中心テーマであることを示 すMajorTopics などの情報が付与さ れ、情報を検索する際に、目的や内容 に応じた詳細な検索が可能となる。 再索引の際にこれらの情報がどの ように取り扱われたかを調査した。 SubHeadings では、Ofloxacin にど のようなSubHeadings が付与されて いた場合でも、Levofloxacin の MeSH には付与はされていなかった。再索引 分を検索する場合にSubHeadings を 指定した検索を実施することで検索 漏れに繋がる可能性が判明した。
Major Topics フラグは、Ofloxacin で付与されている場合には、 Levofloxacin でも全件が Major Topics に該当していた。 9. おわりに MEDLINE や MeSH の情報は、 NLM の Web サイト等を通じて広く公開 されているものの、再索引の詳細な挙動 については殆ど情報がない。 今回、偶然に再索引が実施されたと 考えられるLevofloxacin での再索引の 挙動を調査し得た。MeSH の用語の更 新は多様なキーワードにわたるため、追 加や変更の行われた用語の全てについ て同様の処理が行われるか今回は検討 していないため判断できない。 より精度高く検索を実施するために、 個々の検索用語について、History Note などの経年変化情報だけに限らず、 再索引の挙動についても確認した方が 良い場合が存在すると考えた。 表5.Entry Term 以外でのヒット状況
10. 参考文献
[1] 第一三共株式会社. クラビット錠 医薬品インタビューフォーム. 第 11 版, 2014 年.
[2] National Library of Medicine. “Levofloxacin”. MeSH Browser (2014 MeSH).
http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/20 14/MB_cgi?mode=&term=Levofloxa cin&field=entry, (accessed
2014-10-01).
[3] National Library of Medicine. “Ofloxacin”. MeSH Browser (2013 MeSH).
http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/20 13/MB_cgi?mode=&term=Ofloxacin &field=entry, (accessed 2014-10-01).
[4] National Library of Medicine. “Annual MEDLINE®/PubMed® Year-End Processing
(YEP):Background Information： U.S.”. National Library of Medicine. http://www.nlm.nih.gov/bsd/policy/y ep_background.html#definition, (accessed 2014-10-01). [5] シソーラス研究会. MeSH 入門. 情報科学技術協会, 2013, 56p., ISBN978-4-88951-050-8.
[6] National Library of Medicine. “What are the date ranges for past MeSH Indexing years?”. National Library of Medicine.
http://www.nlm.nih.gov/bsd/mesh_i ndexing_date_range.html, (accessed 2014-10-01).
[7] Newly Maintained MEDLINE for 2014 MeSH Now Available in PubMed. NLM Tech Bull. 2013 Nov-Dec, (395), b4. http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbu ll/nd13/brief/nd13_new_system.html, (cited 2013-12-6).
