Quan Browser
ベーシックトレーニングマニュアル
PN:81012222 Revision A March 2013 サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 本社 〒221-0022 神奈川県横浜市神奈川区守屋町 3-9 C 棟 2F ⼤阪⽀店 〒532-0011 ⼤阪府⼤⼤阪市⻄中島 6-3-14ＤＮＸ新⼤阪ビル お問い合わせはQuan Brower トレーニングマニュアル
⽬次 第１章 Processing Method 作成 ◆ Xcalibur 定量操作の概要 4 ◆ Qual Browser で定量する化合物の RT を確認 6 ・Example Data について ◆ Processing Setup で雛型を作成 8 ・Processing Setup の起動とソフトの選択 ・定量⽅法の選択 ・新規作成画⾯とデータ（RAW ファイル）の表⽰ ・Identification タブの設定（化合物の情報の⼊⼒） ・Detection タブの設定 ・Calibration タブの設定 ・LEVEL タブの設定 ・同時プリントやレポートテンプレートが決まっている場合の設定 ・Processing Setup の保存 第２章 Sequence Setup ◆ シークエンスの編集 24 ・シークエンスファイルの呼び出し ・シークエンスファイルの編集 ・シークエンスファイルの保存 ◆ バッチ処理を⾏う 28 ・シークエンスファイルの呼び出し ・シークエンスファイルの編集 ・シークエンスファイルの保存 第３章 QUAN Browser ◆ 定量結果の確認と再検討 30 ・QUAN Browser の起動と定量結果の表⽰ ・QUAN Browser ウインドウの概要 ・化合物の切り替え ・サンプル表⽰の切り替え ・クロマトグラムの切り替え ・化合物を削除する・データを⼀覧表から削除する ・エリアを切りなおす 33 ・インテグレーションのパラメータを設定しなおす ・マニュアル操作で Area を切りなおす ・設定を元に戻す ・検量線のオプションを変更する ・検量線のポイントを削除する ・結果の保存 ◆ レポート作成 37 ・Sample Reports の設定 ・Summary Reports の設定（検量線のレポート） 第４章 その他 ◆ 測定と⾃動定量処理 42 ◆ 検量線ファイルの作成と再利⽤ 43 ・検量線ファイルの作成 ・シークエンスセットアップ画⾯の編集 ・QUAN Browser で結果を確認 ◆ 注意事項 46
・QUAN Browser file の開き⽅ ・エクセルへの転送 ・バックアップについて ◆ レポートテンプレート 49 ・テンプレート⼀覧表（CD） ・テンプレート実例―Sample レポート ・テンプレート実例―Summary レポート ◆ オートインテグレーションのパラメータについて 54 ・Genesis と ICIS の違い ・ICIS アルゴリズムについて ・Genesis アルゴリズムについて
Xcalibur 定量操作の概要
はじめに
Xcalibur の定量には、バッチ処理、及び、⾃動定量処理の 2 種類があります。
バッチ処理では、あらかじめ測定しておいたデータについて、定量計算を⾏います。⾃動定量処理では、データ の測定から、データの処理（定量計算やプリントアウトまで）を⼀貫して⼀度に⾏います。
Xcalibur での定量は、Processing Setup と Sequence Setup 及び QUAN Browser を組み合わせて⾏います。 それぞれ以下の役割を果たします。 Processing Setup 定量の各パラメータを含む雛形を作成、保存。 Sequence Setup シークエンスの作成（測定、⾃動データ処理、バッチデータ処理⽤）。 QUAN Browser 結果の⾒直し、再計算。
簡単な操作の流れ
バッチ処理の場合
この場合には、既に全データが取得されているのが前提です。
Step１. 既存の定量⽤データを⽤い、Processing Method で雛形を作成する。 Step２. Sequence Setup でデータ取得時に作成したシークエンスを加⼯する。 Step３. Sequence Setup でバッチ処理を⾏う。
Step４. 定量結果の確認、再検討、結果の保存 Step５. プリントアウト
⾃動定量処理
実際に定量処理するデータと同じ測定⽅法でデータを取得しておきます。（1 データでよい） Step１. 既存のデータをもとに Processing Setup で雛形を作成する。
Step２. Sequence Setup で検量線を含む⼀連のデータのシークエンスを作成する。 Step３. 測定を⾏う。（測定終了後⾃動的にデータ処理開始。）
Step４. 必要があれば、QUAN Browser を起動して、再検討、保存
バッチ処理及び⾃動定量処理のいずれを⽤いても、Step１.と Step４.で設定を⾏えば、Step4.で⾃動出 ⼒が可能です。
Qual Browser で定量する化合物の RT を確認
定量する化合物の RT と定量イオン、フィルタ等について確認する必要があります。Thermo Xcalibur Roadmap 画⾯で をクリックすると Qual Browser が起動します。
Thermo Xcalibur Roadmap
スタンダードデータを開き RT と定量イオンを確認します。（詳細は Qual Browser マニュアルを参照）
Example Data について
（デモデータファイルは C:/Xcalibur/examples/data にインストールされています。）
スタンダードサンプルデータ
steroids02, steroids03, steroids04, steroids05, steroids13, steroids14 steroids15, steroids16, steroids17
Unknown サンプルデータ
RT 化合物名 スキャンフィルタ
0.68 Hydrocortisone +c Full ms2 363.30@cid[150.00-375.00] 定量イオン:m/z267.1,309.1 1.38 Deoxycorticosterone +c Full ms2 331.30@[100.00-350.00]
定量イオン:m/z109.1,277.3,295.3 1.99 Methyltestosterone +c Full ms2 303.30@cid[100-310]
定量イオン: :m/z267.1,285.2 3.16 progesterone +c Full ms2 315.30@cid[100-320]
定量イオン: m/z109.0,279.1,297.3 Calibration levels
Cal Level Amount Data File Name Data File Name
Cal_01 0.63 steroids05
Cal_02 1.25 steroids04 steroids15
Cal_03 2.50 steroids03 steroids14
Cal_04 5.00 steroids02 steroids13
Cal_05 12.00 steroids16 steroids17
Hydrocortisone(ヒドロコルチゾン) Deoxycorticosterone (デオキシコルチコステロン) 内部標準物質 Methyltestosterone (メチルテストステロン) progesterone (プロゲステロン)
e.g.
Processing Setup で雛型を作成
Processing Setup の起動とソフトの選択
① Road Map-Home Page の をクリックして、Processing Setup を起動します。
② メニューView/View Bar を選択します。
定量⽅法の選択 ① クロマトグラムの種類を選択します。 ①-1 メニューバーの Options/Chromatography By…を選択します。 ①-２ GC、LC のどちらかを選択します。 ①-３ 下図のようにデフォルトに指定しておくと、次回以降この設定は必要ありません。 ①-４ を押して終了します。 ② 内部標準法、外部標準法を選択します。 ②-1 メニューバーの Options/Calibration By…を選択します。 ②-２ 内部標準法か外部標準法か選択します。 ②-３ ％RSD（繰り返し測定の相対標準偏差）を定量計算結果からか⾯積値（または⾼さ）で 計算するかを選択します。 ②-４ を押して終了します。 GC か LC を選択します。
新規作成画⾯とデータ（RAW ファイル）の表⽰ ① ツールバーの を押して新規作成画⾯を表⽰します。 ② ツールバーの を押します。 ③ 表⽰されたダイアログボックスから雛型（Processing Method）を作成するデータを選択して を押します。(e.g. Steroids03 を選択します) Processing Setup ウインドウの下部に選択したデータのクロマトグラムとスペクトルが表⽰され ます。 クロマトグラム表⽰ スペクトル表⽰
Identification タブの設定（化合物の情報の⼊⼒）
① Identification タブがアクティブになっていることを確認します。
② 化合物名を⼊⼒します。Name:の＜New＞を反転表⽰にし、化合物名をタイプします。
(e.g. Hydrocortisone をタイプします)
③ Detector Type を選択します。MS 以外に UV、PDA などが選択できます。
④ 化合物に使⽤するピーク検出のアルゴリズムを選択します。MS のクロマトグラムには ICIS もし くは Genesis を選択してください。
(e.g. Genesis を選択)
⑤ Filter を設定します。フルスキャンのデータは⑥へ
MS/MS、SRM、SIM の場合のみ設定します。（⼀部機種の SIM は Filter 扱いになりません）
⑥ Trace を選択します。
⑦ ⑥で Mass Range、Base Peak を選択した場合、Mass Range を設定します。 （フルスキャンやプロダクトスキャンなど）
Processing Setup ウインドウ下部にあるクロマトグラムおよびスペクトルセルの使⽤⽅法は Qual Browser と同じになります。Mass Range などはここから調べることができます。 MS Mode、Filter、Trace、Mass Range の関係
MS Mode Filter Trace Mass Range
フルスキャン 無し TIC or Mass Range 数値を⼊⼒
SIM ※プルダウンメニューから選択 TIC or Mass Range 数値を⼊⼒
MS/MS プルダウンメニューから選択 Mass Range 数値を⼊⼒ SRM プルダウンメニューから選択 TIC 無し ※⼀部機種では Filter 扱いになりません。 ⑧ 定量するピークのリテンションタイムを登録します。 ⑧-1 スペクトルのセルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ⑧-2 クロマトグラムのセルのピーク上をプレス＆ドラグします。 ⑧-3 リテンションタイムが⼊⼒されます。
⑨ ピークの検出範囲（Window）とクロマトグラムの表⽰範囲（View width）を調整します。 ⑨-1 Window(sec) 設定値内ならば、リテンションタイムがずれても定量対象のピークとして認識します。 ⑨-2 View width(min) ピークトップを中⼼にして、設定値の幅でクロマトグラムを表⽰します。レポートのプリン トアウトもこのクロマトグラムが表⽰されます。LCMS のデータは 1~3min を設定します。 ⑩ 以上の操作で、ウインドウ下部のクロマトグラムのセルは、設定した化合物のクロマトグラムを 表⽰します。 ⑪ を押すとピークがインテグレーションされます。（インテグレーションのパラメータ 設定は次の Detection タブで設定） ⑫ ②〜⑪ の操作を各化合物について繰り返します。 注 意 別の化合物の⼊⼒に移る際には、必ず、 を押して前の化合物の情報を保存してか らからはじめます。 化合物名を追加する際には、⼀度、<New> を表⽰させてから⼊⼒してください。 4 成分の登録をしましょう RT 化合物名 スキャンフィルタ 定量イオン
0.68 Hydrocortisone +c Full ms2 363.30@cid[150.00-375.00] m/z 267.1,309.1 1.38 Deoxycorticosterone +c Full ms2 331.30@[100.00-350.00] m/z 109.1,277.3,295.3
1.99 Methyltestosterone +c Full ms2 303.30@cid[100-310] m/z 267.1,285.2
3.16 progesterone +c Full ms2 315.30@cid[100-320] m/z 109.0,279.1,297.3
Detection タブの設定
① Detection タブをクリックします。
② ウインドウ右側の化合物名をクリックします。
③ インテグレーションのパラメータを⼊⼒します。（Identification タブで設定したアルゴリズム⽤ の画⾯が表⽰されます。）
Genesis Type ICIS Type
④ インテグレーションの状態がよくない場合には、 を押して、アドバンスメニューを 表⽰しパラメータを変更します。
Genesis Type ICIS Type
⑤ ピークの検出条件を設定します。 Highest Peak、 Nearest RT のどち らかを選択します。Minimum peak Height を⼊⼒します。 ● Highest Peak Identification タブで設定したクロマトグラム範囲内でもっとも⾼いピークを定量対象とみなします。 ● Nearest RT Identification タブで設定した RT に最も近いピークを定量対象物とみなします。
P８でクロマトグラムの種類を GC に選択した場合のみ Spectrum の設定や Ion ratio confirmation の設定が可能になります。
● Spectrum
定量対象化合物のスペクトル判定を定量と同時に⾏います。 ⼀覧表に化合物由来の m/z とそのイオン 強度を⼊⼒し、Threshold を設定します。⼀覧表と実際のデータのスペクトルを⽐較し、設定した Threshold を満たすピークのみを定量します。
Ion ratio confirmation
指定した化合物のスペクトル内にある代表的なイオンの m/z とその相対強度および誤差範囲を⼊⼒し、 実際に定量処理を⾏うデータ内のスペクトルと⽐較して判定を⾏います。相対強度表以上の誤差の場合 には、レポートに Ion ratio confirmation “Fail”が記載されます。ただし、この場合、 Ion ratio confirmation 専⽤のレポートのテンプレートが必要になります。
⑥ を押すと、ウインドウ下部のクロマトグラムが設定したパラメータでインテグレー ションされます。 ⑦ 適宜パラメータを変更し、 を押しながら、適当なインテグレーションのパラメータ を決定します。ウインドウ下部のクロマトグラム及びスペクトルは QUAL Browser と同様な操作 で拡⼤、オプションの設定等できるようになっています。 ⑧ ②〜⑦の操作を他の化合物についても繰り返します。
Calibration タブの設定 ① Calibration タブをクリックします。 ② 内部標準物質がある場合には、まず、内部標準物質から⼊⼒します。内部標準法でない場合には 定量対象化合物の設定 ④ に従います。 内部標準物質の設定 を押します ③ 内部標準化合物が複数ある場合には、内部標準物質について ② の操作を繰り返します。 注 意 他の化合物の設定に移る際には必ず、 を押して設定を保存してください。 ②－１内部標準の化合物名をクリック ②－２ ISTD をチェックして、濃度、単位を⼊⼒しま ②－３ 設定が終了したら
④ 定量対象化合物の設定をします。 ④－１定量対象化合物名をクリックします。 ④－２ Target compound をチェックします。 ④－3 選択した化合物の内部標準物質を指定 します。絶対検量線の場合はグレイアウトし選 択できなくなります。 絶対検量線の場合 ④－４ 検量線のカーブと単位を⼊⼒します。 ④－６ ゼロ点について Ignore （0 . 0）は無視する。 Force （0 . 0）を強制的に通す。 Include （0 . 0）をポイントとして含む ④－5 Weighting 重み付けを選択します。 ④－7 Area か Height を選択します。通常 Area で定量します。 ⑤ 残りの定量対象化合物について ④ の操作を繰り返します。
LEVEL タブの設定 ① Levels タブをクリックします。 （注意 この項⽬は内部標準物 質については⼊⼒しません。） ② ウインドウ右側の化合物名をク リックして選択します ③ Cal Level をクリックしてレベル 名を⼊⼒します。 Amount をクリックしてサンプ ル濃度を⼊⼒します Cal Level を⼊⼒しましょう ④ QC サンプルがある場合には、QC Level、Amount、％Test を⼊⼒します。 ％Test は QC サンプルの検量線からの許容範囲を⽰し、QC サンプルの定量結果がこの範囲以上 ずれた場合、QC Failed を表⽰するようになっています。 ⑤ 定量対象化合物について ②〜⑤ の操作を繰り返します。 各化合物の Cal Level、Amount が⼀致している場合には、表上で右クリックして表⽰されるメニ ューの Copy Levels to All Target Components を選択すると、Cal Level /Amount の表が コピーされます。
また、QC Level についても同様な操作ができます。
System Stability タブの設定。
この項⽬は定量には直接関係ありません。詳細は、英⽂マニュアルを参考してください。
同時プリントやレポートテンプレートが決まっている場合の設定
Processing Setup ウインドウ左側の を押して Reports に切り替えます。
① Sample Reports と Summary Reports の Enabled をチェックして Yes にします。
② Save As で出⼒の形式をリストから選択します。
③ Report Template Name をダブルクリックして表⽰されたダイアログボックスから使⽤する テンプレート名を指定します。
ダブルクリックして表⽰されるダイアログボックスから選択し を押します。 テンプレートについては 49 ページ 参考
(e.g. Sample Reports
C:/Xcalibur/templates/QuanBrowser/INT/Samplereport/ を選択）
(e.g. Summary Reports
C:/Xcalibur/templates/QuanBrowser/INT/Summaryreport/ を選択） ④ を押して設定を保存してください。 プリントアウトのみ Text ファイルとして保存 Word のドキュメントとして保存 HTML ファイルとして保存 PDF ファイルとして保存 RTF ファイルとして保存 XLS ファイルとして保存
Processing Setup の保存
すべての Component について、Identification から Levels タブまでの設定が終了したら、Processing Method を保存します。 ① ツールバーの を押すか、メニューの File/Save As… を選択します。 ② 表⽰された File Summary…ダイアログボックスの を押すと、次のダイアログボッ クスが表⽰されます。 ③ Save As ダイアログボックスで名前を付けて を押します。 Processing Setup のファイルには、 ファイル名.pmd という拡張⼦がつきます。 ＊上書き保存する場合には、ツールバーの を押します。
シークエンスの編集
バッチ処理では、データ測定の際に作成したシークエンスファイルを再編集して使⽤します。
シークエンスファイルの呼び出し
① Road Map-Home Page から Sequence Setup に切り替えます。
② データ測定の際に作成したシークエンスファイルを呼び出します。 メニューバー/File/Open... ⼜は をクリックします。 表⽰されたダイアログボックスから測定に使⽤した シークエンスファイルを選択し、 を 押します。 （e.g. C:/Xcalibur/examples/methods/steroid.sld を選択）
シークエンスファイルの編集
① Proc Meth のカラムを編集します。Proc Meth をダブルクリックして表⽰されるダイアログボッ クスから Processing Setup で作成したファイル（ファイル名.pmd）を選択します。 ② 検量線⽤のデータファイルの を Unknown から STD Bracket に変更します。 データ数が多い場合には、ツールバーの を使って Fill Down すると便利です。 サンプルタイプを右のように セットしましょう ダブルクリックして、Processing Setup で作成したファイル（フ ァイル名.pmd）を選択します。 クリックして表⽰されるリストから選択します。
e. g.
Blankデータ 検量線用データ QC用データ 未知資料 ③ 検量線⽤データファイルの Level を設定します。 ④ QC ⽤のデータがある場合、ファイルの を Unknown から QC に変更し、 QC Level を下図のように選択し設定します。
⑤ Blank ⽤データがある場合には、 を Unknown から Blank に変更します。 （ の設定はありません。） ⑥ Unknown ⽤データは、 及び の変更ありません。 編集例 クリックして表⽰されるリスト から選択します。 ④-2 クリックして表⽰される QC の レベルのリストから選択します。 ④-1 クリックしてQCを選択します。 ⑤⑥ クリックして表⽰される Blank あるいは Unknown を設定します。 Level の設定はありません。
検量線⽤のデータファイル(STD Bracket)の濃度レベルをセットしましょう
Calibration levels
Cal Level Amount Data File Name Data File Name
Cal_01 0.63 steroids05
Cal_02 1.25 steroids04 steroids15
Cal_03 2.50 steroids03 steroids14
Cal_04 5.00 steroids02 steroids13
Cal_05 12.00 steroids16 steroids17
編集したシークエンスファイルの保存 ① 上書き保存の場合にはツールバーの を押します。別名で保存する場合にはメニューバーの File/Save As… を選択します。 ② 表⽰された File Summary…ダイアログボックスの を押すと、次のダイアログボッ クスが表⽰されます。 ③ Save As ダイアログボックスで名前を付けて を押します。 Sequence Setup のファイルには、ファイル名.sld という拡張⼦がつきます。 スタンダードサンプルデータ
steroids02, steroids03, steroids04, steroids05,
steroids13, steroids14 steroids15, steroids16, steroids17
Unknown サンプルデータ
samplea, sampleb, samplec, sampled, samplee
e. g.
バッチ処理を⾏う
バッチ処理は引き続き、Sequence Setup ウインドウで⾏います。
① Sequence Setup ウインドウとシークエンスファイルを表⽰します。
② ツールバーの を押します。
③ 表⽰された Batch Reprocess Setup ダイアログボックスの設定を⾏います。
④ を押します。同時にバッチ処理が始まります。 ⑤ バッチ処理中はタスクバー上に のようなアイコンが表⽰され、バッチ処理が終了すると このアイコンが消え、ピポッという⾳がします。 次に定量結果を検討します。 すべてチェックします。 タスクバー
第３章 QUAN Browser
定量結果の確認と再検討
Quan Browser の起動と定量結果の表⽰
① Road Map-Home Page の をクリックして Quan Browser を起動します。 Quan Browser が表⽰されると同時に Open ダイアログボックスが表⽰されます。
② Open ダイアログボックスからバッチ処理に使⽤したシークエンスファイルを選択し、 を押します。
（e.g. C:/Xcalibur/examples/methods/steroid.sld を選択）
③ View Sample Types ダイアログボックスが表⽰されるので、下図のようにどちらかを選択し を押します。
④ QUAN Browser に定量結果が表⽰されます。
検量線⽤と QC データのみ表⽰
QUAN Browser ウインドウの概要 化合物の切り替え ウインドウ右側の Component ⼀覧表の化合物名を クリックします。表⽰されている化合物は反転表⽰に なります。 サンプル表⽰の切り替え（Std ⇔ QC ⇔ Unk ⇔ Blank） ⼀覧表は Sample Type で分けられています。それぞれタブをクリックして切り替えます。 メニューバ― ツールバ― 化合物⼀覧 定量結果⼀覧表 Sample Type クロマトグラム 検量線 クリックして選択します。 タブをクリックして表⽰を切り替えます。
クロマトグラムの切り替え 定量結果⼀覧表の任意のデータファイルをクリックすると、選択したデータのクロマトグラムが表 ⽰されます。選択しているデータファイルは⻘⾊で表⽰されます。 化合物を削除する 削除したい化合物名をウインドウ右からクリックして指定し、メニューバーOptions/Delete…を選 択します。 データを⼀覧表から削除する ① ⼀覧表上で削除したいデータを 選択します。 （複数データ選択できます。） ② 右クリックして Delete Selected Samples を選択します。 ⻘⾊で表⽰されたデータの クロマトグラム ①削除したい化合物を選択する。 ②メニューバーの Options/Delete…を選択します。 ③ 確認のダイアログボックスが表⽰されるので OK を押します。
エリアを切りなおす
Area の切り⽅には、2 種類あります。インテグレーションのパラメータを設定しなおす⽅法（User Setting）とマニュアル操作できりなおす⽅法（Manual Integration）があります。
インテグレーションのパラメータを設定しなおす
① ⼀覧表から Area を切り直しするデータを選択します。（⻘⾊に表⽰）
② クロマトグラム上で右クリックし、表⽰されるメニューの User Peak Detection Settings… を選択します。 表⽰されたダイアログボックスの各タブを設定します。 設定⽅法は Processing Setup と同じです。 ③ 変更した結果を⾒る場合には、 を、このデータファイルのみ切り直す場合には、 を、選択している化合物の全データを切り直すには を押します。 この結果はリアルタイムに検量線、定量結果に反映されます。また定量結果の⼀覧表に User Settings と表⽰されます。 ② 右クリック 変更していないデータ 変更したデータ
マニュアル操作で Area をきりなおす ① 切り直しをするデータをクリックし て選択します。 ② クロマトグラム上にある⻘⾊の四⾓ をドラグして始点及び終点を決定 します。 ⻘⾊の四⾓をマウスでドラッグ して範囲を指定します。 マニュアルインテグレーションの結果 もリアルタイムに検量線、定量結果に反映されます。 また、⼀覧表に Manual Integration と表⽰されます。
設定を元に戻す（User Settings や Manual Integration からもとの設定に戻す場合）
⼀覧表の Integration Type をクリックして表⽰されるメニューから Method Setting を選択し ます。
検量線のオプションを変更する。 変更できるのは、 ○ 検量線のカーブの種類 ○ 重み付け ○ ゼロ点の取り⽅ ○ y 軸（Area ⼜は Height） ① 検量線のセル上で右クリックして表⽰されるメニューから Calibration Settings を選択 します。 ② 表⽰されたダイアログボックスの 設定を変更します。 検量線のカーブを選択 ゼロ点の取り⽅ Ignore（0 . 0）は無視する Force（0 . 0）を強制的に通す Include（0 . 0）をポイントとして含む Y 軸の設定 を押して終了します。 この変更結果もリアルタイムにアップデートされます。 重み付け
検量線のポイントを削除する ① 検量線のポイント上で右クリックしてメニューの Exclude を選択します。削除したポイントは⽩⾊ の四⾓に表⽰されます。 ② 削除したポイントはポイント上で 右クリックし、メニューの Include を 選択すると復帰します。 この結果もリアルタイムに全データに更新されます。 結果の保存 QUAN Browser で設定を変えた場合（インテグレーションのパラメータや検量線の重み付けなど）には 必ず、その最終結果を保存してください。 ツールバーの を押して表⽰される ダイアログボックスで結果を保存します。 ファイル名を⼊⼒して を押します。 ファイル名.XQN という拡張⼦がつきます。 最終結果を呼び出す場合には、46 ページを参照してください。
レポート作成
Sample Reports の設定
データファイルごとに出⼒するレポートでピークのインテグレーションのレポートなど 注意 Word を閉じて操作してください。
① ツールバーの を押して Reports ダイアログボックスを表⽰します。
② Sample Reports の Enabled をチェックして Yes にします。
③ Save As で出⼒の形式をリストから選択します。 クリックする チェックする プリントアウトのみ Text ファイルとして保存 Word のドキュメントとして保存 HTML ファイルとして保存 PDF ファイルとして保存 RTF ファイルとして保存 XLS ファイルとして保存
Report Template Name をダブルクリックして表⽰されたダイアログボックスから使⽤するテンプレ ート名を指定します。 ダブルクリックして表⽰されるダイアログボックスか ら選択し を押します。 テンプレートについては 46 ページ 参考 (e.g. C:/Xcalibur/templates/QuanBrowser/INT/Sampl ereport/ を選択） ④ データファイルを指定します。 を押して、Select Samples ダイアログボックスを表⽰させます。 左の Sample Choices の中からレポートしたいファイル名をクリックして選択し、ダイアログボッ クス中央の ボタンを使って Selected Samples に編集します。 編集が終わったら を押します。 Sample Choices ファイル名をクリックします。 を押して Selected Samples に追加します。
⑤ Include Sample Reports の□をクリックしチェックを⼊れます。 を押すとプリントアウトが開始されます。
Summary Reports の設定（検量線のレポート）
注意 Word を閉じて操作してください。
① ツールバーの を押して Reports ダイアログボックスを表⽰します。
② Summary Reports の Enabled をチェックして Yes にします。
③ Save As で出⼒の形式をリストから選択します。
④ Report Template Name をダブルクリックして表⽰されたダイアログボックスから使⽤するテン プレート名を指定します。 ダブルクリックして表⽰されるダイアログボックスから選 択し を押します。 テンプレートについては 49 ページ 参考 (e.g. C:/Xcalibur/templates/QuanBrowser/INT/Summary report/ を選択）
⑤ Include Summary Reports の□をクリックしチェックを⼊れます。 を押すとプリントアウトが始まります。 プリントアウトのみ Text ファイルとして保存 Word のドキュメントとして保存 HTML ファイルとして保存 PDF ファイルとして保存 RTF ファイルとして保存 XLS ファイルとして保存
測定と⾃動定量処理
① Sequence Setup ウインドウに、測定定量に使⽤するシークエンスファイルを表⽰します。 ② ツールバーの を押します。ダイアログボックスが表⽰されます。 ③ 表⽰された Run Sequence ダイアログボックスの設定を⾏います。 ③-1 Acquisition Option については機種ごとに異なるので測定⽅法の説明に従って設 定してください。③-2 Processing Actions の QUAN をチェックします。
③-3 同時プリントを設定している場合には Reports もチェックします。
検量線ファイルの作成と再利⽤
以前作成した検量線を⽤いて未知試料のみのバッチ処理を⾏なうことができます。
検量線ファイルの作成
① QuanBrowser 画⾯を表⽰します。
② 以前の定量結果のファイル（*.LQN または、*.SLD）を開きます。 ③ 検量線の画⾯の上で右ボタンを押し、Save Calibration File を選択します。
④ 検量線ファイルの名前を付けて保存します。（*.xcal）
シークエンスセットアップ画⾯の編集
① シークエンスセットアップ画⾯ を表⽰します。
③ シークエンステンプレートダイアログボックスが表⽰されるので、Bracket を None に設定しま す。この操作を⾏うと General の Calibration File が⼊⼒可能な状態に変わります。
④ Calibration File（検量線ファイル（*.xcal））を をおして選択します。 ⑤ を押します。 注意 上のメッセージが表⽰されますが、 OK ボタンを押してください。 ⑥ シークエンスセットアップ上で編集します。 ⼜はメニューバーの Change/Column Arrangement…を開き ます。
⑦ Cal File の欄に④で選択したファイルが表⽰されます。
新たに定量計算するデータファイルを呼び出します。Sample Type はすべて Unknown に 設定します。
Proc Meth も同様に設定し、シークエンスファイルを保存します。
⑧ ボタンをおしてバッチ処理を⾏います。
QUAN Browser で結果を確認
注意事項
QUAN Browser file の開き⽅
QUAN Browser を起動した場合やQUAN Browserのツールバーの を押して表⽰されるダイアロ グボックス では、以下の 3 種類のファイルが選択でき、それぞれ結果の表⽰⽅法に特徴があります。
○ シークエンスファイル
選択したシークエンスファイルのデータファイル名のリストにしたがって リザルトファイルを⼀覧表にします。
この場合、QUAN Browser で⾏ったパラメータの変更（Method Setting ⇒User Setting、Manual Integration など）は保存されていません。 ○ リザルトファイル
1 データファイルの定量結果のみを表⽰します。 ○ QUAN Browser File
定量の最終結果を表⽰します。
定量結果の保存、呼び出しは QUAN Browser File で⾏うことをお勧めします。
① QUAN Browser を起動するか、QUAN Browser のツールバーの を押して Open ダイアログ ボックスを表⽰します。
② File of Type をクリックして表⽰されるリストから、QUAN Browser files（*.xqn）を選択します。 ③ ファイル名を選択して、
を押します。
エクセルへの転送
① メニューバーの File/Export data to Excel/Export Long Excel Report もしくは File/Export data to Excel/Export Short Excel Report を選択します。
⾃動的にエクセルが起動し、ファイルが表⽰されます。 QUAN Browser でどちらかを選択します。 エクセルのファイルが⾃動的に表⽰されます。 ② 必要があれば、エクセルのメニューバーの File/Save As…を選択して、新しくファイル名をつけて 保存します。
バックアップについて 測定から定量処理の過程で以下のファイルが作成されます。 ○ データファイル（ファイル名.RAW） ○ シークエンスファイル（ファイル名.SLD） ○ Processing Method（ファイル名.PMD） ○ リザルトファイル（ファイル名. RST） ○ Quan Browser ファイル（ファイル名.XQN） バックアップする場合には必ず、以上のファイルを全て保存してください。 また、バックアップしたデータを再検討する場合には、各データファイルがシークエンスファイル内に 設定されたディレクトリにないとファイルが開けません。 ファイルの管理としては、測定、データ処理過程で作成されるファイルの保存先を 1 個のディレクトリ に指定し、ディレクトリごとのバックアップ、ディレクトリごとのリストアをお勧めします。 ファイルの種類 ファイルを保存するアプリケーション データファイル シークエンスファイルの シークエンスファイル シークエンスファイルの もしくは Save As… Processing Method Processing Setup の もしくは Save As…
リザルトファイル シークエンスファイルの
レポートテンプレート
Quan Browser のレポートは⼤別すると Sample レポートと Summary レポートの 2 種類になり ます。
Sample レポートとはデータごとにまとめられたレポートで定量結果、ピーク形状などの情報が載って います。（→ テンプレート実例 1 参照）
Summary レポートとは化合物ごとにまとめられたレポートで検量線や STD, Unknown の Area などが 化合物ごとに載っています。
フォルダの概要は以下のとおりです。Xcalibur インストール時に C/Xcalibur/Templates 既存テンプレ ートが⼊⼒されます。また、別途 CD にて別のレイアウトのテンプレートを配布しております。
テンプレート⼀覧表 （ CD ） 《フォルダ名》 EXT；外部標準法で処理したデータ⽤のテンプレートです。 Samplereport : Summaryreport : INT；内部標準法で処理したデータ⽤のテンプレートです。 Samplereport : Summaryreport : 《テンプレート名》 フォルダ名 テンプレート名 詳細 Q u a n B r o w s e r EXT sample SampleReport_EXT_T 定量結果のテーブル SampleReport_EXT_TP 定量結果のテーブル/クロマト＆text summary SummaryReportA_IE 検量線のみ
SummaryReportB_IE 検量線＆Cal Level ,Sample Table SummaryReportC_EXT_all 検量線/ All data (blank,unknown and
STD)テーブル
SummaryReportC_EXT_QC_all 検量線/QC Level/All data のテーブル SummaryReportC_EXT_QC_S_Q 検量線/QC Level/STD,QC のテーブル SummaryReportC_EXT_S 検量線/ STD テーブル INT sample SampleReport_Int_T 定量結果のテーブル SampleReport_Int_TP 定量結果のテーブル/クロマト＆text SampleReport_Int_TP2 定量結果のテーブル/クロマトのみ summary SummaryReportA_IE 検量線のみ
SummaryReportB_IE 検量線＆Cal Level ,Sample Table SummaryReportC_IS_All 検量線/ All data (blank,unknown and
STD)テーブル
SummaryReportC_IS_QC_All 検量線/QC Level/All data のテーブル SummaryReportC_IS_QC_S_Q 検量線/QC Level/STD,QC のテーブル SummaryReportC_IS_S 検量線/ STD テーブル テンプレート名 詳細 IRC_0522_13 Sample レポートで確認イオンを表⽰できます filter 化合物とその filter を表⽰します ＊詳細は次ページからの実例を参照してください。
テンプレート実例 Sample レポート 実例 1 SampleReport_EXT_T , SampleReport_Int_T 実例 2 SampleReport_EXT_TP , SampleReport_Int_TP 1 ページ⽬にすべての化合物の RT, Area, Calcurated amount などが表⽰されます。 データごとにまとめられたレポートです。 化合物の登録数によってページの枚数が変わっ てきます。 2 ページ⽬からは化合物のピーク形状と化合物名、RT、Area,Calculated Amount などが表 ⽰されます。
実例 3 SampleReport_Int_TP2 Summary レポート 実例４： SummaryReportA_IE 2 ページ⽬からは内部標準化合物（ISTD）のピーク形状が右側に、分析対象化合物(Target) のピーク形状が左側表⽰されます。 検量線のみが表⽰されます。
実例 5：SummaryReportB_IE
実例 6：SummaryReportC_EXT_XXX , SummaryReportC_IS_XXX
SummaryReportC_EXT_a 検量線 , Cal Level Table , Sample Table が表⽰されます。 化合物ごとにまとめられたレポートです。 たとえば 13 成分農薬であれば、少なくとも 13 枚 のレポートがでます。 検量線やその設定、アルゴリズムのパラメータ、 STD や Unknown の RT、Area，Calculated amount などが表⽰されます。 SummaryReportC_EXT_all SummaryReportC_EXT_QC_all SummaryReportC_EXT_QC_S_Q SummaryReportC_EXT_S SummaryReportC_IS_All SummaryReportC_IS_QC_All SummaryReportC_IS_QC_S_Q SummaryReportC_IS_S
オートインテグレーションのパラメータについて
Genesis と ICIS の違い ピークの検出とインテグレーションの⽅法が違います。 クロマト内に⾼さの違うピークが混在する場合や低濃度域のピークは Genesis では検出しづらいときが あります。また、下に⽳を掘るようなインテグレーション（下左図）をする場合があります。 ICIS アルゴリズムについて ピークの判定と Area のインテグレーションは、ピークスタート、ピークエンド、ベースライン（ノイ ズレベル）で決まります。これらを決定しているパラメータは以下の通りになります。Peak parameters Advanced ピーク判定 ③ Peak Noise Factor ⑦ Minimum Peak width ピークエッジ ① Baseline windows
② Area Noise Factor
ノイズレベル ② Area Noise Factor ⑥ Noise Method ⑨ Area tail extension
上記の基本的なパラメータのほかに、ピークの形状によっていくつかのパラメータを使い分けます。
ピークの形状 Peak parameters Advanced
未分離のピーク ③ Peak Noise Factor
⑧ Multiplet Resolution ⑨ Area Scan window テーリングしている
ピーク
④Constrain Peak Width /Tailing Factor ⑤Constrain Peak Width /Peak Ht (%)
⑩ Area Scan window
Genesis ICIS 下限のラインはあまりパラメータ の影響を受けない 下限のラインはパラメータ によって変化する ピークスタートと エンドがパラメータに よって変化していく
＜ICIS アルゴリズムのパラメータ＞ Peak parameters
①Baseline windows： 設定したスキャン数の中で⼀番低いポイントをピークエッジ（ピークス タート、ピークエンド）にします。
②Area noise factor： ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。
③Peak noise factor： 設定した S/N 値以上のピークを計算します。
④Constrain Peak Width /Peak Ht(%)： ピークエンドを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％）の ⾼さをピークエンドにします。 ⑤Constrain Peak Width /Tailing Factor： ピークスタートからピークトップまでの幅を 1 としてこの数値でピーク エンドまでの幅を決定します。 ②Area noise Factor ①Base Line Window ④Peak Ht ⑤Tailing Factor
Advanced
⑥Noise Method： ノイズの計算⽅法、INCOS Noise, Repetitive Noise のどちらかを 選択します。マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。
⑦Min peak width： ピークとして検出する最低幅（スキャン数）
⑧Multiplet resolution： 未分離のピークを分けるパラメータ。未分離ピークまでの幅がこの数値よ り⼤きければ別ピークとしてインテグレーションします。（スキャン数）
⑨Area tail extension： インテグレーションの底部分の⾼さを設定するパラメータ。ピークエンド から⼊⼒したスキャン数の⾼さを平均します。その平均値が底部になりま す
⑩Area scan window： ピークをインテグレーションする幅（スキャン幅）を強制的に決定します。
⑦Min peak width=3
⑧Multiplet resolution
⑨Area tail extension Scan 数
Genesis アルゴリズムについて Genesis の基本パラメータです。
Peak parameters Advanced ピーク判定 ① Percent of Highest Peak
② Minimum Peak Ht (S/N)
ピークエッジ ③ S/N Threshold ⑨ Peak S/N Cutoff
ノイズレベル ② Minimum Peak Ht (S/N) ⑫ Number of scans in background 上記の基本的なパラメータのほかに、ピークの形状によっていくつかのパラメータを使い分けます。
ピークの形状 Peak parameters Advanced
未分離のピーク ④Valley Detection /Expected Width ⑩Rise Percentage ⑪Valley S/N テーリングしている ピーク
⑤Constrain Peak Width /Tailing Factor ⑥Constrain Peak Width /Peak Ht (%) ＜Genesis アルゴリズムのパラメータ＞ Peak parameters ①Percent of Highest Peak： 最も強度の⾼いピークに対する設定値（％）をしきい値に設定しピーク を判定します。 ②Minimum Peak Ht (S/N)： ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークのしきい値を決定します。 設定した S/N 値以上のピークを計算します。 ③S/N Threshold： S/N 値を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。 ④Valley Detection Expected Width (sec) ：
未分離ピークを分ける場合にチェックを⼊れます。設定したピーク幅 （sec）を超えたところで Valley を認識します。
⑤Constrain Peak Width /Peak Ht(%)：1
ピークエッジの⾼さを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％） 以下を切り落とします。
⑥Constrain Peak Width /Tailing Factor：
ピークスタートからピークトップまでの幅を 1 としてこの数値でピーク エンドまでの幅を決定します。
①Percent of Highest Peak＜10 ②Minimum Peak Ht<5
①Highest Peak ＜10 ②5＜Min Peak Ht＜１０
Advanced
⑦Report Noise As： ノイズの計算⽅法、RMS、Peak to Peak のどちらかを選択します。 マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。
⑧Baseline Noise Tolerance (%)：
ベースラインをノイズのどの範囲で描くかを決めます。 設定範囲 0.0-100.0％:デフォルト 10
⑨Min Number of Scans in Baseline： ベースラインを計算する場合のノイズ範囲のスキャン数 設定範囲 2-100.0:デフォルト 16 ⑩Baseline Noise Rejection Factor: RMS ノイズレベルに対して、ノイズの範囲に含めないピークを設定。 設定範囲 0.1-10:デフォルト 2.0 ⑪Peak S/N Cutoff： ノイズレベルに対して設定した S/N 値を満たすようにベースラインを引 きます。設定範囲 50.0-10000.0:デフォルト 200 ⑫Rise Percentage： ピークエッジの勾配をノイズレベルからの⽴ち上がりで計算。 設定範囲 0.1-500:デフォルト 10
⑬Valley S/N： Valley Detection をする場合の、S/N 値 設定範囲 1-100:デフォルト 1 ⑭Background Recomputation (min)： バックグランドを再計算させる間隔 設定範囲 0.5-10.0:デフォルト 5 ⑮Number of Scans in Background： バックグランドの計算におけるスキャン数。 設定範囲 2-100:デフォルト 5 ⑤Peak Ht ⑥Tailing Factor ③S/N Threshold
④Valley Detection：No Check または
Expected Width>30 ④Valley Detection： Check
