ふ り が な
氏 名
なかい けいすけ
中井 啓介
学 位 の 種 類 博士(歯学)
学 位 記 番 号 甲 第 828 号 学 位 授 与 の 日 付 平成 30 年 3 月 9 日
学 位 授 与 の 要 件 学位規則第 4 条第 1 項に該当
学 位 論 文 題 目 Simple and rapid detection of
Rothia mucilaginosaby loop-mediated isothermal amplification method (LAMP 法を応用した
Rothia mucilaginosaの迅速・簡易検出法 の確立)
学 位 論 文 掲 載 誌
日本口腔検査学会雑誌第 10 巻 第 1 号 平成 30 年 3 月
論 文 調 査 委 員 主 査 前田 博史 教授 副 査 山本 一世 教授 副 査 梅田 誠 教授
論文内容要旨
R. mucilaginosa
は口腔内、ならびに上気道部に生息するグラム陽性菌であり、近年、難治性の根尖性
歯周炎と関連することが報告されている。また、この細菌が造血幹細胞移植、肺嚢胞線維症、あるい は腹膜炎患者において重篤な感染症を引き起こすことが報告されるようになってきた。しかしながら、
これまで
R. mucilaginosaは、病原性が弱いと考えられていたため、感染根管における分布状態、ある
いは病原性について不明な点を多く残している。本研究は、将来的に
R. mucilaginosaの口腔内分布状 態、そして歯内疾患との関連性を解明するため、等温遺伝子増幅法(LAMP 法)を応用した迅速・簡 易検査法を確立しようとするものである。
LAMP
プライマー(FIP、BIP、
F3、B3と
2つのループ・プライマー)は
Primer Explorer version3(富士通: the net Laboratory website)、ならびに
Genetyx softwareによる
alignment解析によって設計した。標 的遺伝子は
R. mucilaginosaの
16S rRNA遺伝子とし、菌種特異的な配列が含まれるように、2 種類のプ ライマーセットを設計・合成した。遺伝子増幅は
Bst DNA Polymeraseを使用した
Loopamp DNAAmplification Kit
によって行った。遺伝子増幅反応は
20分あるいは
50分の間、64℃の等温条件で行っ
た。設計したプライマー、ならびに
R. mucilaginosa ATCC 25296、DY-18、R. aeria JCM 11412、R.dentocariosa ATCC 17931
をはじめとした
21菌種を使用し、
LAMP法の特異性と感度について解析し
た。
2
種類のプライマーセットのうち、1つのプライマーセットは特異的に
R. mucilaginosa遺伝子を増幅 することができた。予想外に、もう一方のプライマー・セットは、他の
Rothia種の遺伝子を増幅した。
検出感度は
50分および
20分の
LAMP反応で、それぞれ
10、そして100 cells/reaction tubeであった。
遺伝子増幅産物はアガロース電気泳動、あるいは
SYBR-GREEN添加による目視判定によって検出した が、両方法による検出感度に違いは見られなかった。さらに検査方法を単純化するために
Intact cellを 鋳型にして
LAMP法を行った。Intact cell を鋳型とした場合には
50分の
LAMP反応で
10 cells/reaction tubeが検出限界となった。
確立した
R. mucilaginosa検出のための
LAMP法は、迅速性と簡便性に優れており、有用な臨床診断ツ
ールとなる可能性がある
論文審査結果要旨
LAMP
法を応用した
Rothia mucilaginosaの迅速・簡易検出法を確立しようとするものである。
LAMP
プライマー(FIP、BIP、F3、B3 と
2つのループ・プライマー)は
Primer Explorer version3(富士通: the net Laboratory website)、ならびに
Genetyx softwareによる
alignment解析によって設計した。標 的遺伝子は
R. mucilaginosaの
16S rRNA遺伝子とし、菌種特異的な配列が含まれるように、2 種類のプ ライマーセットを設計・合成した。遺伝子増幅は
Bst DNA Polymeraseを使用した
Loopamp DNAAmplification Kit
によって行った。遺伝子増幅反応は
20分あるいは
50分の間、64℃の等温条件で行っ
た。設計したプライマー、ならびに
R. mucilaginosa ATCC 25296、DY-18、R. aeria JCM 11412、R.dentocariosa ATCC 17931
をはじめとした
21菌種を使用し、
LAMP法の特異性と感度について解析し
た。
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