LS-DYNA 利用の手引第 1 版東京工業大学学術国際情報センター 2017 年 9 月 25 日

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LS-DYNA 利用の手引

第 1 版

東京工業大学学術国際情報センター

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1. はじめに ··· 1 1.1. 利用できるバージョン ··· 1 1.2. 概要 ··· 1 1.3. マニュアル ··· 1 2. TSUBAME3 での利用方法 ··· 2 2.1. LS-DYNA の実行 ··· 2 2.1.1. TSUBAME3 にログイン ··· 2 2.1.2. バージョンの切り替え ··· 2 2.1.3. インタラクティブノードでの LS-DYNA の起動/実行 ··· 2 2.1.4. バッチジョブスケジューラーUGE による実行 ··· 4 2.1.5. ライセンスの確認 ··· 8 3. 改定履歴 ··· 9

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1. はじめに

本書は、LS-DYNA を東京工業大学学術国際情報センターの TSUBAME で利用する方法について説明しています。また、TSUBAME を利用するにあたっては、「TSUBAME 利用の手引き」もご覧下さい。サーバの利用環境や注意事項などが詳細に記述されていますので、よく読んでください。

LS-DYNA の国内販売元の株式会社 JSOL では，LS-DYNA に関する Web ページを公開しています。次のアドレスを参照してください。

http://ls-dyna.jsol.co.jp/

1.1. 利用できるバージョン

TSUBAME3 で利用可能な最新バージョンについては TSUBAME 計算サービス Web ページのシステム構成＞アプリケーションソフトウェアをご確認下さい。 [アプリケーションソフトウェア]http:/www.t3.gsic.titech.ac.jp/applications 研究に支障がない限り、バグ修正の入っている最新版をご利用下さい。

1.2. 概要

LS-DYNA は非線形有限要素法をベースとする先進の CAE ソフトウェアです。様々な産業分野，目的に応じた解析に適用可能な高度な汎用性を有しています。製品設計の基本となる構造解析から流体・構造連成問題などの複雑な解析などをひとつのソフトウェアでカバーすることができます。豊富な材料物性モデルライブラリーを有しており，様々な材料をモデル化することが可能です。スケーラブルな領域分割型並列計算機能により大規模モデルを高速に処理します。また、GUI の LS-PrePost は LS-DYNA と合わせて無償提供されている先進的なプリポストツールになります。ユーザインターフェースは効率的かつ直感的に扱えるようにデザインされています。 LS-PrePost は高速なレンダリングと XY プロットを実現するために OpenGL グラフィックスを利用します。

1.3. マニュアル

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2. TSUBAME3 での利用方法

2.1. LS-DYNA の実行

2.1.1.TSUBAME3 にログイン

次のコマンドを入力し、TSUBAME3 にログインしてください。 SSH 鍵を利用する場合

$ ssh login.t3.gsic.titech.ac.jp -l USER-ID –i 鍵ファイル SSH 鍵、X 転送を利用する場合

$ ssh login.t3.gsic.titech.ac.jp -l USER-ID –i 鍵ファイル -YC ssh オプションについては SSH のman page をご確認ください。

2.1.2.バージョンの切り替え

module コマンドで module ファイルを読み込むことでバージョンの切り替えが可能です。「TSUBAME3.0 利用の手引き」の「3.1. 利用環境の切換え方法」の方法で切り替えが可能です。読み込めるバージョンについては TSUBAME 計算サービス Web ページのシステム構成＞アプリケーションソフトウェアをご確認下さい。 [アプリケーションソフトウェア]http:/www.t3.gsic.titech.ac.jp/applications

2.1.3.インタラクティブノードでの LS-DYNA の起動/実行

ログインノードは計算ノードとは別構成となっており、ログインノード上でアプリケーションを実行することは想定されておりません。ログインノードに負荷がかからないように「TSUBAME3.0 利用の手引き」の「4.3 インタラクティブジョブの投入」の方法でインタラクティブ利用（計算ノードに接続して直接コマンド実行）を行ってください。以下のコマンドで計算ノードに接続します。 $ qrsh -g [TSUBAME3 グループ] -l [資源タイプ]=[個数] -l h_rt=[経過時間] CUI の場合は以下のコマンドを実行してください。コマンドは下表をご確認ください。 $ cd <利用したいディレクトリ>

$ module load lsdyna/R9.1.0 $<コマンド名> i=<入力ファイル>

表 1 LS-DYNA コマンドプログラムコマンド名 SMP 単精度版 smpdynas

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3 SMP 倍精度版 smpdynad MPP 単精度版 mppdynas MPP 倍精度版 mppdynad 表 2 MPP 実行後処理用プログラム l2a コマンドプログラムコマンド名 MPP 単精度版 l2as MPP 倍精度版 l2ad GUI の場合は以下の方法で実施してください。 qrsh で接続したノードから直接 X 転送を行う場合は、下記の手順にて接続ください。なお、f_node のみが対象となります。 (1) qrsh コマンドの実行 (2) 別のターミナルから qrsh で割り当てられたノードへの ssh 接続コマンド実行例例では 2 時間接続で、割り当てノードとして r0i0n0 が割り当てられた場合を想定しております。割り当てノードはコマンド実行時に空いているノードですので、明示的にノードを指定することはできません。 #qrsh の実行 $ qrsh -g [TSUBAME3 グループ] -l f_node=1 -l h_rt=2:0:0 Thu Sep 21 08:17:19 JST 2017 r0i0n0:~> #qrsh を実行したターミナルはそのままで、別のターミナルを立ち上げてください。 #以下は、TSUBAME にログインした後となります。

Last login: Thu Sep 21 08:16:49 2017 from XXX.XXX.XXX.XXX login0:~> ssh r0i0n0 –YC

r0i0n0:~> module load lsdyna/R9.1.0 lsprepost/4.3 r0i0n0:~> lsprepost

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OpenGL version 1.4 (4.2.0 - Build 10.18.10.3325)

図 1 LS-PrePost の起動画面メニューバーの File > Exit をクリックすると終了します。

2.1.4.バッチジョブスケジューラーUGE による実行

LS-DYNA はバッチジョブで利用する場合の例を以下に示します。【SMP 単精度版】 $ cd <入力データを置いてあるディレクトリ> run_smps_r9.1.0.sh を実行する場合

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5 $ qsub run_smps_r9.1.0.sh 【SMP 倍精度版】 $ cd <入力データを置いてあるディレクトリ> run_smpd_r9.1.0.sh を実行する場合 $ qsub run_smpd_r9.1.0.sh 【MPP 単精度版】 $ cd <入力データを置いてあるディレクトリ> run_mpps_r9.1.0-1node-avx2.sh を実行する場合 $ qsub run_mpps_r9.1.0-1node-avx2.sh 【MPP 倍精度版】 $ cd <入力データを置いてあるディレクトリ> run_mppd_r9.1.0-1node-avx2.sh を実行する場合 $ qsub run_mppd_r9.1.0-1node-avx2.sh スクリプト例：SMP 単精度版 #!/bin/bash #$ -cwd #$ -V #$ -l h_node=1 #$ -l h_rt=0:30:0 . /etc/profile.d/modules.sh module load cuda/8.0.44 module load lsdyna/R9.1.0

export base_dir=/home/4/t3-test00/isv/lsdyna cd $base_dir/smp_s export exe=smpdynas #export LSTC_LICENSE=network #export LSTC_MEMORY=auto export NCPUS=4

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6 export OMP_NUM_THREADS=${NCPUS}

export INPUT=$base_dir/sample/airbag_deploy.k

${exe} i=${INPUT} ncpus=${NCPUS}

スクリプト例：SMP 倍精度版 #!/bin/bash #$ -cwd #$ -V #$ -l h_node=1 #$ -l h_rt=0:30:0 . /etc/profile.d/modules.sh module load cuda/8.0.44 module load lsdyna/R9.1.0

export base_dir=/home/4/t3-test00/isv/lsdyna cd $base_dir/smp_d export exe=smpdynad #export LSTC_LICENSE=network #export LSTC_MEMORY=auto export NCPUS=4 export OMP_NUM_THREADS=${NCPUS} export INPUT=$base_dir/sample/airbag_deploy.k

${exe} i=${INPUT} ncpus=${NCPUS}

スクリプト例：MPP 単精度版 #!/bin/bash #$ -cwd #$ -V #$ -l h_node=1 #$ -l h_rt=0:30:0 . /etc/profile.d/modules.sh

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7 module load cuda/8.0.44

module load lsdyna/R9.1.0 mpt/2.16

export base_dir=/home/4/t3-test00/isv/lsdyna cd $base_dir/mpp_s export exe=mppdynas_avx2 export dbo=l2as_avx2 #export LSTC_LICENSE=network #export LSTC_MEMORY=auto export NCPUS=4 export OMP_NUM_THREADS=1 export INPUT=$base_dir/sample/airbag_deploy.k export MPI_BUFS_PER_PROC=512 export MPI_REMSH=ssh

mpiexec_mpt -v -np 4 dplace -s1 ${exe} i=${INPUT} ncpus=${NCPUS} ${dbo} binout* スクリプト例：MPP 倍精度版 #!/bin/bash #$ -cwd #$ -V #$ -l h_node=1 #$ -l h_rt=0:30:0 . /etc/profile.d/modules.sh module load cuda/8.0.44

module load lsdyna/R9.1.0 mpt/2.16

export base_dir=/home/4/t3-test00/isv/lsdyna cd $base_dir/mpp_d

export exe=mppdynad_avx2 export dbo=l2ad_avx2

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8 #export LSTC_LICENSE=network #export LSTC_MEMORY=auto export NCPUS=4 export OMP_NUM_THREADS=1 export INPUT=$base_dir/sample/airbag_deploy.k export MPI_BUFS_PER_PROC=512 export MPI_REMSH=ssh

mpiexec_mpt -v -np 4 dplace -s1 ${exe} i=${INPUT} ncpus=${NCPUS} ${dbo} binout* スクリプトは、利用者の環境に合わせて変更してください。インプットファイルは、シェルスクリプト内で INPUT=<インプットファイル名>として指定します。

2.1.5.ライセンスの確認

LS-DYNA のライセンス利用状況を以下のコマンドで確認できます。 $ lstc_qrun -r 詳細な使用状況を確認する場合は以下のオプションで実行ください。 $ lstc_qrun –R 現在契約しているライセンス数については下記のページをご確認ください。 http://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/8

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3. 改定履歴

改定番号改定日付内容

LS-DYNA 利用の手引 第 1 版 東京工業大学学術国際情報センター 2017 年 9 月 25 日