• 検索結果がありません。

Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法による メタロ-β-ラクタマーゼ遺伝子の迅速・簡易検出の検討

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

シェア "Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法による メタロ-β-ラクタマーゼ遺伝子の迅速・簡易検出の検討"

Copied!
8
0
0

読み込み中.... (全文を見る)

全文

(1)

Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法による メタロ-β-ラクタマーゼ遺伝子の迅速・簡易検出の検討

1)栄研化学株式会社生物化学研究所,2)国立感染症研究所細菌第二部

小島 禎

1)

柴田 尚宏

2)

池戸 正成

1)

荒川 宜親

2)

(平成 17 年 12 月 27 日受付)

(平成 18 年 3 月 24 日受理)

Key words : Loop-mediated isothermal amplification (LAMP), metallo-β-lactamase, rapid diagnosis

Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法は,特定の遺伝子を簡易・迅速に検出する新しい方 法として注目されている.今回,IMP-1 型及び VIM-2 型メタロ-β-ラクタマーゼ(MBL)遺伝子保有株を対 象に,各々の MBL 型特異的プライマーを作成し LAMP 法にて,遺伝子型別を行い,同時に特異性,感度 に関する検討を行った.さらに蛍光目視検出に関する検討も行った.LAMP 法は,63℃ 恒温下で 1 時間以 内に遺伝子増幅が確認できた.特異性試験のために,MBL 産生株を LAMP 法及び PCR 法で測定したとこ ろ,全例で遺伝子型が一致した.LAMP 法の最小検出感度は,リアルタイム濁度測定装置を用いた場合,IMP- 1型 MBL 産生株で 30cfu! test,VIM-2 型 MBL 産生株で 3cfu! testであった.さらに,蛍光目視検出でも陰 性検体を明瞭に区別でき,同一の検出感度を示した.これらの成績から,LAMP 法を用いることにより MBL 産生菌の遺伝子型の判定が特別な装置を用いず迅速・簡易に行える事が確認された.

〔感染症誌 80:405〜412,2006〕

近年,日本国内でのカルバペネムなどの広域 β ラ クタム剤を分解する IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ 産生性のグラム陰性菌間で高い分離頻度であるが,イ タリア,フランス,韓国などで報告の多い VIM-2 型 メタロ- β -ラクタマーゼ産生菌も我が国で検出の報告 がなされている

1)2)

.メタロ-β-ラクタマーゼは,活性 中心に亜鉛を持ち,この亜鉛原子に結合した活性状態 の水分子が β-ラクタム環を加水分解する

3)

ことによっ て,ESBLs や AmpC 型セファロスポリナーゼには安 定なセファマイシンやカルバペネムなども分解・不活 化できる

4)

.また,メタロ-β-ラクタマーゼは,染色体 性の L1,GOB-1,IND-1 型メタロ-β-ラクタマーゼな どとプラスミド性の IMP-型や VIM-型が知られてい

5)〜7)

.なかでも医療施設では,種間を越えて伝達す

る恐れがあるプラスミド媒介性メタロ-β-ラクタマー ゼを監視する必要がある

8)

.メタロ-β-ラクタマーゼ産

生菌を検出する方法として,メタロ- β -ラクタマーゼ 活性を抑制する試薬を利用したディスク拡散法

9)〜11)

が あるが,β-ラクタマーゼ活性を測定するので,メタロ- β-ラクタマーゼが染色体性か,あるいは,IMP-型なの か VIM-型なのかなどを鑑別できない.プラスミド性 メタロ- β -ラクタマーゼを鑑別するためにメタロ- β -ラ クタマーゼを対象とした PCR 法

12)

が用いられている が,PCR 装置と電気泳動装置が必要であり,また,

その操作法にある程度熟練を要し,さらに検査コスト などの理由で,未だ医療現場へ普及するにいたってい ない.

Notomi et al. は,迅速かつ特異性が高く,特殊な装 置が不要で,簡便,迅速に遺伝子の増幅と検出を可能 とする LAMP 法を確立した

13)

が,その特徴は,標的 遺伝子の 6 つの領域に対して 4 種類のプライマーを設 定し,サンプルとなる遺伝子,鎖置換型 DNA 合成酵 素,基質等を混合し,一定温度(65℃ 付近)で保温 することによって反応が進み,検出までの工程を 1 ス テップで行うことである

14)

.さらに,遺伝子増幅過程 でピロリン酸マグネシウムが析出するまで生成される

別刷請求先:(〒329―0114)栃木県下都賀郡野木町大字野木 143

栄研化学(株)生物化学研究所 小島

(2)

Fig. 1 Primer sequences for LAMP ofblaIMP-1

ので,その濁りを目視で判定が可能である

15)

.現在,

LAMP 法は,このような特徴があることから,畜産

16)

, 漁業

17)

,環境

18)

,臨床

19)20)

など多分野で応用されている.

そこで,今回我々は,LAMP 法によりメタロ-β-ラ クタマーゼ遺伝子を検出する方法を確立し,その感 度・特異性に関し検討を行ったので報告する.

材料と方法

1.試験菌株

1)特異性試験

試験菌株は,sodium mercaptoacetate(SMA)法

21)

でメタロ-β-ラクタマーゼ産生を疑われたカルバペネ ム耐性グラム陰性桿菌を対象とした.菌種としては,

Pseudomonas aeruginosa ,Pseudomonas putida ,Acine- tobacter baumanniiAlcaligenes xylosoxidansEnterobac- ter cloacaeProteus mirabilis の 6 菌種 71 株を用いた.

遺伝子増幅試験に際しては,プラスミドの脱落を防ぐ ために,菌接種した平板培地に CAZ(ceftazidime)

ディスクを置き,その周辺に発育したコロニーを精製 水に McFarland No.1(約 2.4×10

8

cfu! mL)となるよ うに懸濁した.さらに,TE 緩衝液(10mM Tris-HCl,

1 mM EDTA,pH8.0)で希釈し,100℃10 分間熱処 理し,急冷後,13,000rpm 5 分間遠心し,その上清を サンプルとした.

2)感度試験

IMP-1 型 検 出 用 LAMP 及 び VIM-2 型 検 出 用 LAMP については,それぞれ国立感染症研究所保存 株 Klebsiella pneumoniae MKD115,P. aeruginosa NCB 326 を対象として,感度試験を行った.特異性試験と 同様に培養し,McFarland No.1 となるように懸濁し た.この菌懸濁液を TE 緩衝液で 10 倍段階希釈し,

その各段階の希釈液を 100℃10 分間熱処理し,急冷 後,13,000rpm 5 分間遠心し,その上清をサンプルと した.

2.プライマー設計

(3)

Table 1 Components ofreaction mixture for LAMP 2X Reaction Mix

mM 40 Tris-HCL(pH8.8)

mM 20 KCl

mM 16 MgSO4

mM 20

(NH42SO4

% 0.2 Tween 20

M 1.6 Betain

mM each 2.8 dNTPs

μL 12.5 2X Reaction Mix

2.0 μL pmol

40 Forward inner primer

pmol 40 Backward inner primer

pmol 5 Forward outer primer

pmol 5 Backward outer primer

pmol 20 Loop primer-F

pmol 20 Loop primer-B

μL 7.5 Distilled Water

μL 1.0 BstDNA Polymerase

μL 2.0 Sample

μL 25.0 Total

券献 献犬 献献 鹸

Fig. 2 Primer sequences for LAMP ofblaVIM-2

対象とした遺伝子型は,過去に我々が報告した調査 結果

2)

から,国内において分離頻度の高い IMP-1 型及 び VIM-2 型とし,それぞれの遺伝子配列については,

bla

IMP-1

は GenBank accession No. S71932, bla

VIM-2

は GenBank accession No.AY204637 を使用した.

LAMP プライマーは,bla

IMP-1

は下流領域,bla

VIM-2

上流領域の 250bp 前後の長さで,基本プライマーで あるインナープライマー及びアウタープライマー,並 びに増幅を速める効果のあるループプライマーを設計 した(Fig. 1,2).

3.LAMP 測定

LAMP 反応は,反応基質の dNTPs と硫酸マグネシ ウム及び pH 緩衝剤を処方した Reaction Mix に各 LAMP プ ラ イ マ ー と 鎖 置 換 型 の Bst DNA Polym- erase を 含 む 反 応 溶 液 に サ ン プ ル を 添 加 し(Ta- ble 1),生成したピロリン酸マグネシウムの白濁を 650 nm 発光ダイオード光源の透過光をフォトダイオード によって検出するリアルタイム濁度測定装置 LA-200

(テラメックス社)を用いて 63℃ で 60 分間行った.

4.PCR 測定

Shibata らの PCR 法

2)

に従って,操作した.bla

IMP-1

プライマーは,F1(5ʼ-ACC GCA GCA GAG TCT TTG CC-3ʼ)及び R1(5ʼ-ACA ACC AGT TTT GCC TTA CC-3ʼ)を用いて,587bp の増幅産物を確認した.さ らに,bla

VIM-2

プライマーは,F4(5ʼ-ATG TTC AAA CTT TTG AGT AAG-3ʼ)及び R4(5ʼ-CTA CTC AAC GAC TGA GCG-3ʼ)を用いて,801bp の増幅産物を確 認した.PCR は,TaKaRa Taq polymerase を用いて,

サーマルサイクル条件(1)denature 94℃2 分間,(2)

(4)

Fig. 3 Detection sensitivity ofLAMP for metallo-β-lactamase genes Table 2 LAMP and PCR typing ofgenomic determinants for metallo-β-lactamase

LAMP SMA PCR

Bacterialstrains

VIM-2 IMP-1

VIM-2 IMP-1

18 20

18 20

38 Pseudomonas aeruginosa

5 7

5 7

12 Pseudomonas putida

0 13

0 13

13 Acinetobacter baumannii

0 3

0 3

3 Alcaligenes xylosoxidans

0 4

0 4

4 Enterobacter cloacae

0 1

0 1

1 Proteus mirabilis

23 48

23 48

71

denature 94℃1 分間,annealing 55℃1 分間,extension 72℃1 分 30 秒(30 サイクル),(3)extension 72℃5 分間,(4)4℃ で反応させた.PCR 反応後,0.5% ア ガロースにて,電気泳動を行い,PCR 産物の有無と サイズを確認した.

5.蛍光目視検出法の検討

Loopamp 蛍光・目視検出試薬(栄研化学)の主成 分であるカルセインは,マンガンイオンと結合し消光

しているが,LAMP 増幅時に生成されたピロリン酸 イオンにマンガンイオンを奪われると蛍光を発す る

22)

.この蛍光目視検出試薬を LAMP 反応用の試薬 に 1.0µL を追加し,目視判定用の反応試薬とした.材 料と方法 3.LAMP 測定と同一操作を行った後に,

チューブに紫外線ランプ(365nm)を照射して,蛍光

発光の有無を観察した.

(5)

Fig. 4 Detection sensitivity ofLAMP for metallo-β-lactamase genes

1.特異性試験

ディスク拡散法でメタロ-β-ラクタマーゼ産生が確 認された 71 菌株を用いて LAMP 法及び PCR 法の判 定を比較したところ,LAMP 法及び PCR 法ともに,

IMP-1 型 48 株,VIM-2 型 23 株 で あ り,そ の 成 績 は 完全に一致した(Table 2).さらに,ディスク拡散法 でメタロ-β-ラクタマーゼ非産生株と判定した 23 株を LAMP 法及び PCR 法に供試したところ,いずれも陰 性であった.

2.感度試験

IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ産生株 K. pneumo- niae MKD115 を IMP-1 型 検 出 用 LAMP で 測 定 し た ところ.30cfu! testまで LAMP 増幅が認められた.

同 様 に,VIM-2 型 メ タ ロ- β -ラ ク タ マ ー ゼ 産 生 株 P.

aeruginosa NCB326 を VIM-2 型検出用 LAMP で測定 したところ,3cfu! testまで LAMP 増幅が認められた

(Fig. 3).

3.蛍光目視検出法の検討

感度試験と同一サンプルを蛍光目視検出法での判定 を行ったところ,IMP-1 型保有株で 30cfu! test,VIM- 2 型保有株で 3cfu! testまでのメタロ-β-ラクタマーゼ において明瞭な蛍光が認められ,0 cfu! test と明確に 区別することができ,濁度測定法と同一の成績を示し た(Fig. 4).

カルバペネム系抗菌薬に耐性を示すメタロ- β -ラク タマーゼ産生菌は,院内感染の対策する上で監視する 必要がある.1994 年に Osano ら

6)

は,IMP-1 型メタロ- β-ラクタマーゼを産生する IPM 耐性 S. marcescens の 臨床分離株をはじめて報告した.日本国内では,IMP- 1 型メタロ-β-ラクタマーゼの bla

IMP-1

遺伝子を持つ臨床 分離株がほとんどである

1)

.さらに,1999 年に Lauretti ら

7)

が,VIM-1 型メタロ-β-ラクタマーゼを産生するカ ルバペネム耐性 P. aeruginosa の臨床分離株を報告し た. bla

VIM

遺伝子は,当初ヨーロッパでの報告が多かっ たが,日本でも bla

VIM-2

遺伝子を持つ P. aeruginosa 臨床 分離株を Arakawa ら

23)

が報告した.また,Shibataら

2)

の 2001 年から 2002 年において,国立感染症研究所に 提出されたメタロ- β -ラクタマーゼ産生菌の中で bla

IMP-1

遺伝子は 83%,bla

VIM-2

遺伝子は 15% であり,圧倒的

bla

IMP-1

遺伝子の検出頻度が高い.bla

VIM-2

遺伝子は国

内での報告がある

24)〜26)

が,両遺伝子のアミノ酸相同性 は 31% である

7)

ため,両者は別グループとして監視が 必要と考えられる.

メタロ-β-ラクタマーゼ産生菌の検出は,メタロ-β-

ラクタマーゼを阻害するメルカプト酢酸や EDTA を

含有したディスクと CAZ ディスクを組み合わせた

ディスク拡散法,抗菌薬とメルカプト酢酸を組み合わ

せた microdilution 法やメタロ-β-ラクタマーゼに反応

(6)

する発色基質とキレート剤を組み合わせたテストスト リップ法がある.特異性に優れ,簡易なメルカプト酢 酸と CAZ を組み合わせたディスク拡散法は国内の臨 床現場で広く利用されている.これらの方法は,bla 遺伝子の phenotype を確認できるが,遺伝子型を識 別するには,PCR による遺伝子増幅法が用いられて いる.しかし,PCR は,高価なサーマルサイクラー を必要とし,さらに数時間の増幅サイクルの終了後 に,電気泳動を行う必要がある.新たな遺伝子増幅技 術の一つである isothermal and chimeric primer- initiated amplification of nucleic acids(ICAN)法を 応用した IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ検出法が報 告されている

27)

.この方法は DNA と RNA のキメラ プライマーを用いて,等温で遺伝子増幅が可能である が,特異遺伝子検出がテストストリップによる 2 ス テップのハイブリダイゼーションであり,PCR より 簡便ではあるものの,かなり手間を要するのも事実で ある.

一方,LAMP 法は,6 領域のプライマーを設定し,

迅速且つ特異性が高い方法であり,さらに,遺伝子増 幅効率が高いために生成副産物であるピロリン酸塩 が,液中のマグネシウムイオンを結合,析出し,遺伝 子増幅を肉眼で鑑別することを 1 ステップで行うこと ができた.

今回,我々は bla

IMP-1

及び bla

VIM-2

遺伝子に特異的な LAMP プライマーを設計する上で,両遺伝子はホモ ロジーが低いことから,両遺伝子を個別に検出するこ とが可能と判断した.また,メタロ-β-ラクタマーゼ 産生株の出現を早期に発見し,さらにそれらによる院 内感染発生時の疫学調査及びその後の経緯の監視のた めに大きく貢献するものと考え,研究を実施した.

今回,特異性試験において,対照としたディスク拡 散法および PCR の成績が一致し,CAZ やカルバペネ ム系抗菌薬に耐性を示した菌株の発育コロニーから LAMP 法により bla

IMP-1

及び bla

VIM-2

遺伝子を検出・識 別するが十分可能で実用的であることが確認された.

さらに,蛍光目視検出試薬の添加によって,63℃ を 維持できる加熱装置だけで検出が可能であることも確 認されたことから,サーマルサイクラーなどの特殊な 装置が設置されていない一般の検査室でも,メタロ-β- ラクタマーゼの遺伝子の検出と識別を簡便に実施する ことが可能となった.高度医療が進みつつある現在,

LAMP 法によりメタロ- β -ラクタマーゼ産生菌の検出 と識別が簡便に実施可能となったことにより,本試験 法は,今後,実効ある院内感染対策の推進や適正な抗 菌薬の選択において重要な情報を提供する,非常に有 用な試験法の 1 つとして普及するであろうことが期待 される.

検出感度試験成績をみると IMP-1 型産生菌株30cfu!

test,VIM-2 型産生菌株 3cfu ! testであった.この成績 から,検体(2µL)中に 1.5×10

3

cfu! mLから 1.5×10

4

cfu

! mLの産生菌株が存在すれば bla 遺伝子を検出するこ とが可能であると考えられた.メタロ-β-ラクタマー ゼ産生菌が分離される検体は,尿検体や痰検体であ り,多くがカテーテルを施行している.カテーテル装 着の場合,その接合部に菌が clonization を起こした 場合,その菌数は多く,さらに,細菌尿は 10

4

cfu! mL 以上の濃度と考えられるので,LAMP によって直接 検体から bla 遺伝子を検出することが可能と考えられ る.したがって,次のステップとして,臨床検体から 直接的にメタロ-β-ラクタマーゼの遺伝子を検出・識 別可能な試験・検査法の条件等を検討する予定である.

1)Nishio H, Komatsu M, Shibata N, Shimakawa K, Soeyoshi N, Ura T,

et al.:Metallo-

β-lactamse-pr- oducing gram-negative Bacilli:laboratory-based surveillance in cooperation with 13 laboratory in the Kinki region of Japan. J Clin Microbiol 2004;42:5256―63.

2)Shibata N, Doi Y, Yamane K, Yagi T, Kurokawa H, Shibayama K,

et al.:PCR typing of genetic

determinants for metallo-beta-lactamases and in- tegrases carried by gram-negative bacteria iso- lated in Japan, with focus on the class 3 inte- gron. J Clin Microbiol 2003;41:5407―13.

3)Sabath LD, Abraham EP:Zinc as a cofactor for cephalosporinase from

Bacillus cereus

569. Bio- chem J 1966;98:11C―3C.

4)Bush K:Metallo-β-lactamase:A class apart.

Clin Infect Dis 1998;27(Suppl 1: S48―53.

5)荒川宜親:広域β-ラクタム薬耐性に関与するβ- ラクタマーゼの特徴と遺伝子的相関.日本臨床 微生物学雑誌 2003;13:150―60.

6)Osano E, Arakawa Y, Wacharotayankun R, Ohta T, Horii T, Ito H,

et al.:Molecular charac-

terization of an enterobacterial metallo-β- lactamase found in a clinical isolate of

Serratia marcescens

that shows imipenem resistance. An- timicrob Agents Chemother 1994;38:71―8.

7)Lauretti L, Riccio ML, Mazzariol A, Cornaglia G, Amicosante G, Fontana R,

et al.:Cloning

and characterization of

bla

VIM, a new integron-borne metallo-β-lactamase gene from a

Pseudomonas aeruginosa

clinical isolate. Antimicrob Agents Chemother 1999;43:1584―90.

8)Senda K, Arakawa Y, Nakashima K, Ito H, Ichi- yama S, Shimokata K,

et al.:Multifocal outbrea-

ks of metallo-beta-lactamase-producing

Pseudo-

monas aeruginosa

resistant to broad-spectrum beta-lactams, including carbapenems. Antimi-

(7)

crob Agents Chemother 1996;40:349―53.

9)Arakawa Y, Shibata N, Shibayama K, Kurokawa H, Yagi T, Fujiwara H,

et al.:Convenient

test for screening metallo-β-lactamase-producing gram-negative bacteria by using thiol com- pounds. J Clin Microbiol 2000;38:40―3.

10)Yong D, Lee K, Yum JH, Shin HB, Rossolini GM, Chong Y,

et al.:Imipenem-EDTA disk method

for differentiation of metallo-β-lactamase-pro- ducing clinical isolates of

Pseudomonas

spp. and

Acinetobacter

spp. J Clin Microbiol 2002;40:

3798―801.

11)中村竜也,内田幸子,田中敬一郎,佐野みゆき,

中田千代,平城 均,他:基質試薬 HMRZ-86 を 用いたβ-ラクタマーゼ検出試薬による Extend- ed-spectrum β-Lactamase および Metallo-β-lacta- mase の検出に関する検討.臨床微生物迅速診断 研究会誌 2004;15:15―20.

12)Senda K, Arakawa Y, Ichiyama S, Nakashima K, Ito H, Ohsuka S,

et al.:PCR detection of metallo

-beta-lactamase gene (blaIMP) in gram-negative rods resistant to broad-spectrum beta-lactams. J Clin Microbiol 1996;34:2909―13.

13)Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yoneka- wa T, Watanabe K, Amino N,

et al.:Loop-me-

diated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acid Res 2000;28:e63.

14)納富継宜,長谷 哲:新規遺伝子増幅法(LAMP

法)の原理と応用.月刊バイオインダストリー 2001;18:15―23.

15)Mori Y, Nagamine K, Tomita N, Notomi T, No- tomi T:Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation. Biochem Biophys Res Commun 2001;289:150―4.

16)陰 山聡 一,平 山博 樹:新 し い 遺 伝 子 増 幅 法

(LAMP 法)による牛胚の性判別.日本胚移植 学雑誌 2003;25:136―40.

17)Konoa T, Ram S, Saka M, Itami T:Detection of white spot syndrome virus in shrimp by loop- mediated isothermal amplification. J Virol Meth- ods 2004;115:59―65.

18)安 中敏 光,吉 野 学,百 田隆 祥,根 本二 郎,砂 田亜津子,小島 禎,他:Loop-mediated isother- mal amplification(LAMP)法によるレジオネラ 属菌の検出.日本臨床微生物学雑誌 2003;13:

19―25.

19)Parida M, Posadas G, Inoue S, Hasebe F, Morita K:Real-Time Reverse Transcription Loop-Me- diated Isothermal Amplification for Rapid De- tection of West Nile Virus. J Clin Microbiol 2004;42:257―63.

20)Hong TC, Mai QL, Cuong DV, Parida M, Minek- awa H, Notomi T:Development and evaluation of a novel loop-mediated isothermal amplifica- tion method for rapid detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus. J Clin Micro- biol 2004;42:1956―61.

21)中 島一 弘,池 戸正 成,荒 川宜 親,柴 田尚 宏:メ ルカプト化合物を用いた IMP-1 型メタロβ-ラク タマーゼ産生グラム陰性桿菌の簡易検出法.日 細菌誌 2000;55:368.

22)富田憲弘,森 安義,納富継宣:ユビキタス遺

伝子検査法の実現に向けた簡易検出法(2)金属 指示薬を用いた LAMP 増幅結果の簡易 目 視 検 出.第 26 回日本分子生物学会年会プログラム・

講演要旨集 2003;777.

23)Arakawa Y, Shibata N, Kurokawa H, Doi Y, Shi- bayama K:A-101 Detection of VIM-2 metallo-β- lactamase producing

Pseudomonas aeruginosa

by thiol compounds in Japan. 101st General Meet- ing of American Society for Microbiology. Ab- stracts 2001;24.

24)神 田成 夫,大 石和 伸,柴 田尚 宏,荒 川宜 親:尿 より検出された VIM-2 型メタロ-β-ラクタマーゼ 産 生 緑 膿 菌 の 一 例.日 本 臨 床 微 生 物 学 雑 誌 2003;13:118.

25)Yatsuyanagi J, Saito S, Harata S, Suzuki N, Ito Y, Amano K,

et al.:Class 1 integron containing

metallo-beta-lactamase gene

bla

VIM-2 in

Pseudo- monas aeruginosa

clinical strains isolated in Ja- pan. Antimicrob Agents Chemother 2004;48:

626―8.

26)高野さかえ,常松範子,斉木由美子,柴田尚宏,

荒川宜親:関東で初めて検出された VIM-2 型メ タ ロ-β-ラ ク タ マ ー ゼ 産 生

Pseudomonas fluo- rescerns

の 1 症 例.日 本 臨 床 微 生 物 学 雑 誌 2003;14:163.

27)坂入和宏,大塚広樹,大國壽士:カルバペネム

剤耐性菌検出キットを用いた IMP-1 型メタロ-β- ラクタマーゼ(blaIMP)遺伝子の迅速検査.感染 症誌 2003;77:932―3.

(8)

Development and Evaluation of Novel Loop-Mediated Isothermal Amplification for Rapid Detection of bla

IMP-1and

bla

VIM-2Genes

Tadashi KOJIMA

1)

, Naohiro SHIBATA

2)

, Masanari IKEDO

1)

& Yoshichika ARAKAWA

2)

1)Biochemical Research Laboratory, Eiken Chemical Co., Ltd,2)Department of Bacterial Pathogenesis and Infection Control, National Institute of Infectious Diseases

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) amplifies a target gene with high specificity and rapid-

ity under isothermal conditions. LAMP assays were developed for the rapid detection of metallo-β-lactamase

(MBL) genes such as bla

IMP-1and

bla

VIM-2. We initially designed specific primers to detect MBL genes for LAMP as- says and evaluated the specificity and sensitivity of these assays. LAMP assays amplified MBL genes under a con- stant temperature of 63℃ within 1 hour, and were compared to PCR in MBL-producing strains. The results of MBL genes typing by LAMP assays agree completely with PCR results . The lower detection limits of

bla

IMP-1- and

bla

VIM-2- LAMP assays using real-time turbidimeters were 30cfu!test and 3cfu!test, . After amplification, products were di- rectly observed by the naked eye with a fluorescent detection reagent. In conclusion, LAMP assays are convenient, rapid, and fully feasible for detecting MBL genes in ordinary clinical microbiology laboratories without special appara- tus.

Tabl e 1  Components  of reacti on  mi xture  f or  LAMP 2X  Reacti on  Mi x mM40Tris-HCL(pH8.8) mM20KCl mM16MgSO4 mM20(NH4)2SO4 %0.2Tween 20 M1.6Betain m M  each2.8dNTPs μ L12.52X Reaction Mix 2

参照

関連したドキュメント

LAMP assay can be used as a rapid confirmatory test for HIV-1 group-M

マーカーによる遺伝子型の矛盾については、プライマーによる特定遺伝子型の選択によって説明す

Excel へ出力:見積 受付・回答一覧に表示されている伝票を Excel に出力 することが可能.

発行日 2005.10.1 改訂番号 - 大成基礎設計株式会社

12―1 法第 12 条において準用する定率法第 20 条の 3 及び令第 37 条において 準用する定率法施行令第 61 条の 2 の規定の適用については、定率法基本通達 20 の 3―1、20 の 3―2

ASTM E2500-07 ISPE は、2005 年初頭、FDA から奨励され、設備や施設が意図された使用に適しているこ

同研究グループは以前に、電位依存性カリウムチャネル Kv4.2 をコードする KCND2 遺伝子の 分断変異 10) を、側頭葉てんかんの患者から同定し報告しています

電子式の検知機を用い て、配管等から漏れるフ ロンを検知する方法。検 知機の精度によるが、他