Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法による メタロ-β-ラクタマーゼ遺伝子の迅速・簡易検出の検討
1)栄研化学株式会社生物化学研究所,2)国立感染症研究所細菌第二部
小島 禎
1)柴田 尚宏
2)池戸 正成
1)荒川 宜親
2)(平成 17 年 12 月 27 日受付)
(平成 18 年 3 月 24 日受理)
Key words : Loop-mediated isothermal amplification (LAMP), metallo-β-lactamase, rapid diagnosis
要 旨
Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)法は,特定の遺伝子を簡易・迅速に検出する新しい方 法として注目されている.今回,IMP-1 型及び VIM-2 型メタロ-β-ラクタマーゼ(MBL)遺伝子保有株を対 象に,各々の MBL 型特異的プライマーを作成し LAMP 法にて,遺伝子型別を行い,同時に特異性,感度 に関する検討を行った.さらに蛍光目視検出に関する検討も行った.LAMP 法は,63℃ 恒温下で 1 時間以 内に遺伝子増幅が確認できた.特異性試験のために,MBL 産生株を LAMP 法及び PCR 法で測定したとこ ろ,全例で遺伝子型が一致した.LAMP 法の最小検出感度は,リアルタイム濁度測定装置を用いた場合,IMP- 1型 MBL 産生株で 30cfu! test,VIM-2 型 MBL 産生株で 3cfu! testであった.さらに,蛍光目視検出でも陰 性検体を明瞭に区別でき,同一の検出感度を示した.これらの成績から,LAMP 法を用いることにより MBL 産生菌の遺伝子型の判定が特別な装置を用いず迅速・簡易に行える事が確認された.
〔感染症誌 80:405〜412,2006〕
序 文
近年,日本国内でのカルバペネムなどの広域 β ラ クタム剤を分解する IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ 産生性のグラム陰性菌間で高い分離頻度であるが,イ タリア,フランス,韓国などで報告の多い VIM-2 型 メタロ- β -ラクタマーゼ産生菌も我が国で検出の報告 がなされている
1)2).メタロ-β-ラクタマーゼは,活性 中心に亜鉛を持ち,この亜鉛原子に結合した活性状態 の水分子が β-ラクタム環を加水分解する
3)ことによっ て,ESBLs や AmpC 型セファロスポリナーゼには安 定なセファマイシンやカルバペネムなども分解・不活 化できる
4).また,メタロ-β-ラクタマーゼは,染色体 性の L1,GOB-1,IND-1 型メタロ-β-ラクタマーゼな どとプラスミド性の IMP-型や VIM-型が知られてい
る
5)〜7).なかでも医療施設では,種間を越えて伝達す
る恐れがあるプラスミド媒介性メタロ-β-ラクタマー ゼを監視する必要がある
8).メタロ-β-ラクタマーゼ産
生菌を検出する方法として,メタロ- β -ラクタマーゼ 活性を抑制する試薬を利用したディスク拡散法
9)〜11)が あるが,β-ラクタマーゼ活性を測定するので,メタロ- β-ラクタマーゼが染色体性か,あるいは,IMP-型なの か VIM-型なのかなどを鑑別できない.プラスミド性 メタロ- β -ラクタマーゼを鑑別するためにメタロ- β -ラ クタマーゼを対象とした PCR 法
12)が用いられている が,PCR 装置と電気泳動装置が必要であり,また,
その操作法にある程度熟練を要し,さらに検査コスト などの理由で,未だ医療現場へ普及するにいたってい ない.
Notomi et al. は,迅速かつ特異性が高く,特殊な装 置が不要で,簡便,迅速に遺伝子の増幅と検出を可能 とする LAMP 法を確立した
13)が,その特徴は,標的 遺伝子の 6 つの領域に対して 4 種類のプライマーを設 定し,サンプルとなる遺伝子,鎖置換型 DNA 合成酵 素,基質等を混合し,一定温度(65℃ 付近)で保温 することによって反応が進み,検出までの工程を 1 ス テップで行うことである
14).さらに,遺伝子増幅過程 でピロリン酸マグネシウムが析出するまで生成される
原 著別刷請求先:(〒329―0114)栃木県下都賀郡野木町大字野木 143
栄研化学(株)生物化学研究所 小島 禎
Fig. 1 Primer sequences for LAMP ofblaIMP-1
ので,その濁りを目視で判定が可能である
15).現在,
LAMP 法は,このような特徴があることから,畜産
16), 漁業
17),環境
18),臨床
19)20)など多分野で応用されている.
そこで,今回我々は,LAMP 法によりメタロ-β-ラ クタマーゼ遺伝子を検出する方法を確立し,その感 度・特異性に関し検討を行ったので報告する.
材料と方法
1.試験菌株
1)特異性試験
試験菌株は,sodium mercaptoacetate(SMA)法
21)でメタロ-β-ラクタマーゼ産生を疑われたカルバペネ ム耐性グラム陰性桿菌を対象とした.菌種としては,
Pseudomonas aeruginosa ,Pseudomonas putida ,Acine- tobacter baumannii , Alcaligenes xylosoxidans , Enterobac- ter cloacae , Proteus mirabilis の 6 菌種 71 株を用いた.
遺伝子増幅試験に際しては,プラスミドの脱落を防ぐ ために,菌接種した平板培地に CAZ(ceftazidime)
ディスクを置き,その周辺に発育したコロニーを精製 水に McFarland No.1(約 2.4×10
8cfu! mL)となるよ うに懸濁した.さらに,TE 緩衝液(10mM Tris-HCl,
1 mM EDTA,pH8.0)で希釈し,100℃10 分間熱処 理し,急冷後,13,000rpm 5 分間遠心し,その上清を サンプルとした.
2)感度試験
IMP-1 型 検 出 用 LAMP 及 び VIM-2 型 検 出 用 LAMP については,それぞれ国立感染症研究所保存 株 Klebsiella pneumoniae MKD115,P. aeruginosa NCB 326 を対象として,感度試験を行った.特異性試験と 同様に培養し,McFarland No.1 となるように懸濁し た.この菌懸濁液を TE 緩衝液で 10 倍段階希釈し,
その各段階の希釈液を 100℃10 分間熱処理し,急冷 後,13,000rpm 5 分間遠心し,その上清をサンプルと した.
2.プライマー設計
Table 1 Components ofreaction mixture for LAMP 2X Reaction Mix
mM 40 Tris-HCL(pH8.8)
mM 20 KCl
mM 16 MgSO4
mM 20
(NH4)2SO4
% 0.2 Tween 20
M 1.6 Betain
mM each 2.8 dNTPs
μL 12.5 2X Reaction Mix
2.0 μL pmol
40 Forward inner primer
pmol 40 Backward inner primer
pmol 5 Forward outer primer
pmol 5 Backward outer primer
pmol 20 Loop primer-F
pmol 20 Loop primer-B
μL 7.5 Distilled Water
μL 1.0 BstDNA Polymerase
μL 2.0 Sample
μL 25.0 Total
券献 献犬 献献 鹸
Fig. 2 Primer sequences for LAMP ofblaVIM-2
対象とした遺伝子型は,過去に我々が報告した調査 結果
2)から,国内において分離頻度の高い IMP-1 型及 び VIM-2 型とし,それぞれの遺伝子配列については,
bla
IMP-1は GenBank accession No. S71932, bla
VIM-2は GenBank accession No.AY204637 を使用した.
LAMP プライマーは,bla
IMP-1は下流領域,bla
VIM-2は
上流領域の 250bp 前後の長さで,基本プライマーで あるインナープライマー及びアウタープライマー,並 びに増幅を速める効果のあるループプライマーを設計 した(Fig. 1,2).
3.LAMP 測定
LAMP 反応は,反応基質の dNTPs と硫酸マグネシ ウム及び pH 緩衝剤を処方した Reaction Mix に各 LAMP プ ラ イ マ ー と 鎖 置 換 型 の Bst DNA Polym- erase を 含 む 反 応 溶 液 に サ ン プ ル を 添 加 し(Ta- ble 1),生成したピロリン酸マグネシウムの白濁を 650 nm 発光ダイオード光源の透過光をフォトダイオード によって検出するリアルタイム濁度測定装置 LA-200
(テラメックス社)を用いて 63℃ で 60 分間行った.
4.PCR 測定
Shibata らの PCR 法
2)に従って,操作した.bla
IMP-1プライマーは,F1(5ʼ-ACC GCA GCA GAG TCT TTG CC-3ʼ)及び R1(5ʼ-ACA ACC AGT TTT GCC TTA CC-3ʼ)を用いて,587bp の増幅産物を確認した.さ らに,bla
VIM-2プライマーは,F4(5ʼ-ATG TTC AAA CTT TTG AGT AAG-3ʼ)及び R4(5ʼ-CTA CTC AAC GAC TGA GCG-3ʼ)を用いて,801bp の増幅産物を確 認した.PCR は,TaKaRa Taq polymerase を用いて,
サーマルサイクル条件(1)denature 94℃2 分間,(2)
Fig. 3 Detection sensitivity ofLAMP for metallo-β-lactamase genes Table 2 LAMP and PCR typing ofgenomic determinants for metallo-β-lactamase
LAMP SMA PCR
Bacterialstrains
VIM-2 IMP-1
VIM-2 IMP-1
18 20
18 20
38 Pseudomonas aeruginosa
5 7
5 7
12 Pseudomonas putida
0 13
0 13
13 Acinetobacter baumannii
0 3
0 3
3 Alcaligenes xylosoxidans
0 4
0 4
4 Enterobacter cloacae
0 1
0 1
1 Proteus mirabilis
23 48
23 48
71
denature 94℃1 分間,annealing 55℃1 分間,extension 72℃1 分 30 秒(30 サイクル),(3)extension 72℃5 分間,(4)4℃ で反応させた.PCR 反応後,0.5% ア ガロースにて,電気泳動を行い,PCR 産物の有無と サイズを確認した.
5.蛍光目視検出法の検討
Loopamp 蛍光・目視検出試薬(栄研化学)の主成 分であるカルセインは,マンガンイオンと結合し消光
しているが,LAMP 増幅時に生成されたピロリン酸 イオンにマンガンイオンを奪われると蛍光を発す る
22).この蛍光目視検出試薬を LAMP 反応用の試薬 に 1.0µL を追加し,目視判定用の反応試薬とした.材 料と方法 3.LAMP 測定と同一操作を行った後に,
チューブに紫外線ランプ(365nm)を照射して,蛍光
発光の有無を観察した.
Fig. 4 Detection sensitivity ofLAMP for metallo-β-lactamase genes
成 績
1.特異性試験
ディスク拡散法でメタロ-β-ラクタマーゼ産生が確 認された 71 菌株を用いて LAMP 法及び PCR 法の判 定を比較したところ,LAMP 法及び PCR 法ともに,
IMP-1 型 48 株,VIM-2 型 23 株 で あ り,そ の 成 績 は 完全に一致した(Table 2).さらに,ディスク拡散法 でメタロ-β-ラクタマーゼ非産生株と判定した 23 株を LAMP 法及び PCR 法に供試したところ,いずれも陰 性であった.
2.感度試験
IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ産生株 K. pneumo- niae MKD115 を IMP-1 型 検 出 用 LAMP で 測 定 し た ところ.30cfu! testまで LAMP 増幅が認められた.
同 様 に,VIM-2 型 メ タ ロ- β -ラ ク タ マ ー ゼ 産 生 株 P.
aeruginosa NCB326 を VIM-2 型検出用 LAMP で測定 したところ,3cfu! testまで LAMP 増幅が認められた
(Fig. 3).
3.蛍光目視検出法の検討
感度試験と同一サンプルを蛍光目視検出法での判定 を行ったところ,IMP-1 型保有株で 30cfu! test,VIM- 2 型保有株で 3cfu! testまでのメタロ-β-ラクタマーゼ において明瞭な蛍光が認められ,0 cfu! test と明確に 区別することができ,濁度測定法と同一の成績を示し た(Fig. 4).
考 察
カルバペネム系抗菌薬に耐性を示すメタロ- β -ラク タマーゼ産生菌は,院内感染の対策する上で監視する 必要がある.1994 年に Osano ら
6)は,IMP-1 型メタロ- β-ラクタマーゼを産生する IPM 耐性 S. marcescens の 臨床分離株をはじめて報告した.日本国内では,IMP- 1 型メタロ-β-ラクタマーゼの bla
IMP-1遺伝子を持つ臨床 分離株がほとんどである
1).さらに,1999 年に Lauretti ら
7)が,VIM-1 型メタロ-β-ラクタマーゼを産生するカ ルバペネム耐性 P. aeruginosa の臨床分離株を報告し た. bla
VIM遺伝子は,当初ヨーロッパでの報告が多かっ たが,日本でも bla
VIM-2遺伝子を持つ P. aeruginosa 臨床 分離株を Arakawa ら
23)が報告した.また,Shibataら
2)の 2001 年から 2002 年において,国立感染症研究所に 提出されたメタロ- β -ラクタマーゼ産生菌の中で bla
IMP-1遺伝子は 83%,bla
VIM-2遺伝子は 15% であり,圧倒的
に bla
IMP-1遺伝子の検出頻度が高い.bla
VIM-2遺伝子は国
内での報告がある
24)〜26)が,両遺伝子のアミノ酸相同性 は 31% である
7)ため,両者は別グループとして監視が 必要と考えられる.
メタロ-β-ラクタマーゼ産生菌の検出は,メタロ-β-
ラクタマーゼを阻害するメルカプト酢酸や EDTA を
含有したディスクと CAZ ディスクを組み合わせた
ディスク拡散法,抗菌薬とメルカプト酢酸を組み合わ
せた microdilution 法やメタロ-β-ラクタマーゼに反応
する発色基質とキレート剤を組み合わせたテストスト リップ法がある.特異性に優れ,簡易なメルカプト酢 酸と CAZ を組み合わせたディスク拡散法は国内の臨 床現場で広く利用されている.これらの方法は,bla 遺伝子の phenotype を確認できるが,遺伝子型を識 別するには,PCR による遺伝子増幅法が用いられて いる.しかし,PCR は,高価なサーマルサイクラー を必要とし,さらに数時間の増幅サイクルの終了後 に,電気泳動を行う必要がある.新たな遺伝子増幅技 術の一つである isothermal and chimeric primer- initiated amplification of nucleic acids(ICAN)法を 応用した IMP-1 型メタロ-β-ラクタマーゼ検出法が報 告されている
27).この方法は DNA と RNA のキメラ プライマーを用いて,等温で遺伝子増幅が可能である が,特異遺伝子検出がテストストリップによる 2 ス テップのハイブリダイゼーションであり,PCR より 簡便ではあるものの,かなり手間を要するのも事実で ある.
一方,LAMP 法は,6 領域のプライマーを設定し,
迅速且つ特異性が高い方法であり,さらに,遺伝子増 幅効率が高いために生成副産物であるピロリン酸塩 が,液中のマグネシウムイオンを結合,析出し,遺伝 子増幅を肉眼で鑑別することを 1 ステップで行うこと ができた.
今回,我々は bla
IMP-1及び bla
VIM-2遺伝子に特異的な LAMP プライマーを設計する上で,両遺伝子はホモ ロジーが低いことから,両遺伝子を個別に検出するこ とが可能と判断した.また,メタロ-β-ラクタマーゼ 産生株の出現を早期に発見し,さらにそれらによる院 内感染発生時の疫学調査及びその後の経緯の監視のた めに大きく貢献するものと考え,研究を実施した.
今回,特異性試験において,対照としたディスク拡 散法および PCR の成績が一致し,CAZ やカルバペネ ム系抗菌薬に耐性を示した菌株の発育コロニーから LAMP 法により bla
IMP-1及び bla
VIM-2遺伝子を検出・識 別するが十分可能で実用的であることが確認された.
さらに,蛍光目視検出試薬の添加によって,63℃ を 維持できる加熱装置だけで検出が可能であることも確 認されたことから,サーマルサイクラーなどの特殊な 装置が設置されていない一般の検査室でも,メタロ-β- ラクタマーゼの遺伝子の検出と識別を簡便に実施する ことが可能となった.高度医療が進みつつある現在,
LAMP 法によりメタロ- β -ラクタマーゼ産生菌の検出 と識別が簡便に実施可能となったことにより,本試験 法は,今後,実効ある院内感染対策の推進や適正な抗 菌薬の選択において重要な情報を提供する,非常に有 用な試験法の 1 つとして普及するであろうことが期待 される.
検出感度試験成績をみると IMP-1 型産生菌株30cfu!
test,VIM-2 型産生菌株 3cfu ! testであった.この成績 から,検体(2µL)中に 1.5×10
3cfu! mLから 1.5×10
4cfu
! mLの産生菌株が存在すれば bla 遺伝子を検出するこ とが可能であると考えられた.メタロ-β-ラクタマー ゼ産生菌が分離される検体は,尿検体や痰検体であ り,多くがカテーテルを施行している.カテーテル装 着の場合,その接合部に菌が clonization を起こした 場合,その菌数は多く,さらに,細菌尿は 10
4cfu! mL 以上の濃度と考えられるので,LAMP によって直接 検体から bla 遺伝子を検出することが可能と考えられ る.したがって,次のステップとして,臨床検体から 直接的にメタロ-β-ラクタマーゼの遺伝子を検出・識 別可能な試験・検査法の条件等を検討する予定である.
文 献
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