研究用 UNIX システムの利用について

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研究用 UNIX システムの利用について

長崎大学総合情報処理センター山口正道

E ‑ m a i l : [email protected]‑u.ac.jp

1 研究用 UNIX システムの構成 1 1 2

1 . 1 機器構成. • . . . . . . • • • . . . . • . • . • • . . • • • • . • . • . . • • . . .. 1 1 2

1 . 2 端末及び周辺機器の配置. • • . • . . . • • • . . • • . . • • • . • . . . • • • .• 1 1 2

1 . 3 ソフトウェア ... 1 1 3

2 UNIX システムへのログイン 1 1 4

2 . 1 中継用コンピュータ経由でのログイン . • • • . . • . . • • • . . • . . . . • •. 1 1 4 2 . 2 ソフトウエアの選択 . • • • • • . . . • . . . • . . . • . • . . . . • . . . . . .. 1 1 4 2 . 3 センター設置の端末からのログイン. • • • • • . . . • • . . . . . • • . • • • .. 1 1 5

3 ネットワークプリンタへの印刷について 1 1 5

4 パッチ処理について 1 1 6

4 . 1 キュー種別 . • . . . . . . . • . . . • . • • . • . • • • • . . . . . . • . . . • .. 1 1 6 4 . 2 実行プログラムの作成. . . . . . . . • . • • . . . • . . . • . • • . • • • • . •• 1 1 6 4 . 3 実行用のシェルスクリプトの作成. . • . . . • . • . . . • • . . . • • . • . . .. 1 1 6 4 .4実行プログラムの起動. • . . • . . • . • . • • . . . . . • • . . . • . . . . . .. 1 1 6 4 . 5 パッチジョプの依頼 • • • • • • . . • • • . . • . • . • . . . . . . . . • • • . .. 1 1 6 4 . 6 処理結果の出力.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . • . . . . • . . . . . .、. • • • • • • • • •• 1 1 7

5 アプリケーションとツール 1 1 7

5 . 1 SAS の実行例 . . • . . . . . • . . . • • • • • • . • • . . • • . . . . . • . . . .. 1 1 7 5 . 2 AVS による図形表示例. • . . . . • • • • • • • . . . • . • . • . . • • . • . . .. 1 1 8 5 . 3 GRAPHMAN による図形表示例. • • • • . . . . • • . • • . • . . . . . • • . •. 1 1 8 5 . 4 BMDP の実行例. . . . . . • . . . . • • • • • • • . • • • . . . . . • • • . . . .. 1 1 9 5 . 5 プログラム言語用ビジュアルアナライザ. . . • • . . • . . . . . . . . • • . .. 1 2 0

唱E ム

唱EA 句E4

(2)

1 研究用 UNIX システムの構成

今回の機種更新では、富士通の AP3000 とよばれる研究教育用 UNIX システムと、画像処理サーバ、入出力サーバ、それに X 端末が研究用として導入された。以下に研究用 UNIX システムの機器構成を示す。

1 .1 機器構成

研究用、教育用サーバ富士通: AP‑3000 シスァム

‑主記憶容量 llGByte

‑磁気ディスク容量 130GByte

‑周辺機器カルコンプ社レーザプロッタ等画像処理サーバ富士通: 8 ‑ 7 / 3 0 0 U 170E

‑主記憶容量 192MByte

‑磁気ディスク容量 4.2GByte 入出力サーバ富士通 :8

・

4/20H 日O

‑主記憶容量 96MByte

‑磁気ディスク容量 2.1GByte

‑入出力装置 CD

・

ROM: X6151A ( 4 倍速) カートリッジ磁気テープ: X6101A 8mm テープ: X6202AF ‑ 1 (容量 14GB) DAT : X6254A (容量 5GB)

3.5'MO: FMPD

^岬

2 2 2(128MB/230MB) オープン MT: ピクター: G8‑7000 X 端末高岳製作所: X‑Mint C8U

1 . 2 端末及び周辺機器の配置

研究用 UNIX システムの端末及び周辺機器の設置場所は以下のとおりである。教育用と併用の機器は表から除外している。

設置場所 X 端末ネットワーク. 高速レーザ

プリンタプリンタプロッタ

センター第一研究端末室 2 1 1 l

センター第一研究端末室 1 1

教育学部 3F 電算室 1

経済学部東南アジア研究所 1

医学部基礎棟。情報処理室 1

歯学部附属病院歯学部 1

歯学部第一基礎研究棟 3F311 号第一研究室 1

薬学部 4F 電子計算機室 1

工学部 1 号館 2F 演習室 1

工学部 2 号館 4F 通信情報研究室 1

水産学部 3F 実験室 1

教養部 1F 印刷室 1

熱帯医学研究所 3F 電子計算機室 1

L 医宥短期大学部情報処理室 l

‑112

一

(3)

1 . 3 ソフトウェア機 OS

ムk

1 f t :

ウインドウシステムエディタ

漢字入力シェル

オンラインマニュアル和英/英和辞書

タイピング練習メール

電子ニュースチャット

W W W ブラウザ文書処理

簡易言語

ソフトウェア名日本語 S o l a r i s 2 . 5 X‑Window v i ， mule ， t i n y

e g g ， k i n p u t 2 ; Wnn6 ， Canna s h ， c s h ， t c s h

man

ネットワークこととい t r r ， x t y p o

m a i l x ， RMAIL ， mh‑e ， MH ， mew gn ， g n u s

i r c h a t

N e t s p a c e ， l y n x ， w3

ASCII 日本語1EX/凹包 X ，日本語 g r o f f s e d ， gawk ， p e r l

スプレッドシート I o l e o

プログラミング I F o r t r a n 9 0 ， g c c ， libg++ ， gdb ， p 2 c ， f ' 2 c 図形処理，画像処理 I g h o s t s c r i p t ， g n u p l o t ， t g i f ， x p a i n t ， xv 汎用数値解析/データ解析 I BMDP ， GNU c a l c

プログラミング I K ‑ P r o l o g ， L u c i d Common LISP

プロッタサブルーチン I HCBS/FORTRAN カルコンプサブルーチン 2 次元グラフイックライブラリ I NOVA*GKS

3 次元グラフイックライブラリ会話型図形処理システム数式処理システム開発支援ツール可視化システム構造解析システム流体解析システム数理計画システム表計算システム

Sun P h i g s GRAPHMAN Mathematica Workbench AVS+ アニメータ MARC

α ‑ f l o w LINGO A p p l i x w a r e

‑113‑

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2 UNIX システムへのログイン 2 . 1 中継用コンビュータ経由でのログイン

( 1 ) telnet gatekeeper.cc.nagasaki‑u.ac.jp login:center . . . . . . center と入力する Password: . ...パスワードの入力は不要 ( 2 ) 研究用 UNIX システムの選択

中継用コンピュータにログインできるとシステムの選択メニューが表示されるので、 4 を入力する。

l唱in:c旬.Ier

Last 1曙in:n... Jo1曲z713::D・47fr<温叩副皿D4

ffi Rel田..4.1.3‑，且.E¥.1.3問時)12: lbI J，胡2210:22:22.r苛19'為 Wel回世toNa且嘩itmiv.白 ̲ C e nlerf，咽相同庇削 i l g_:_N_i_i_r祉団s..a;)ー.)抗

i

^{岨・附 → 刷}^I^X50^偽1町la1r8凶2 [(TT叫...tatii開"，)

i

1 :

_:抽.lC同坤腫ati咽 1use (

l=r

exx凶 ^j^x^x^x^x) 6: Sh血由国 (s四四世田X.恒則

。

⁽^q⁾^:^E^xⁱ^t^/ⁱⁱ^叫

Select 1.2... or 0 =ョ

図 1 ソフトウエアの選択メニュー (3) ログイン名とパスワードの入力

研究用 U N I X システムから下記画面が表示されるので、自分のログイン名 (課題番号)とパスワードを入力する。

l o g i n : Password:

2 . 2 ソフトウエアの選択

apmenu と入力すると次のソフト選択メニューが表示される。利用したいソフトにより数字を入力する。

口¥e悩lB(虻眠訪1&四国別

怯 I~ 旬地血且ki liI iv. 位~Cðtt.erÞwIi曲.ti on 恥削 1: pr唱m

・

ⁱ^{唱 (}^K^{骨叫唱 .}^l^u^cⁱ^d^eo.四L1^SP)

2:蜘licati曲{剛'AoGKS. sun l'hi8S. a N ' I 酬，腕 } ( II1U岨，ti曲 .01陶‑f1倒.L1剛，削:C) {泊S)

3: G問内i国缶rver(刷0lIl.幽SPHYC.Bior唱曲町~-却) 4: In凹tIAItput Peri同国erals缶rver(~町四仁川.T)

t

加{師YlEh^岨

1

5: General ‑Re畑町~.出(Fo此間前 .SSI2. C. C++ ) {蜘rICIlenC~.僻Ii腕開) O(q)・Exit/EI吋

5elect 1.2...町 0=>

図 2 ソフトウエアの選択メニュー

1 1 4

(5)

2 . 3

センター設置の端末からのログイン

下記はパソコン端末 FMV のログイン画面である。下記画面よりログイン名(課題番号)とパスワードを入力する。なおログイン函面に N a g a s a k iU n i v . Computer C e n t e r ( E d u c a t i o n ) と表示されている端末が多数設置されている。これは教育用サーパに接続していることを表している。 E d u c a t i o n と表示されている場合は l o g i n : のところに r e m o t e k e n と入力する。これによって研究用のサーパに接続することができる。

図 3

パソコン端末

FMV

のログイン薗面

3 ネットワークプリンタへの印刷について

設置場所

￨プリンタ名￨

設置場所 k e n l ‑ d p センター第一研究端末室 p l o t センター第一研究端末室

e d 教育学部 3F 電算室 e c o 経済学部東南アジア研究所 me 医学部基礎棟。情報処理室 dh 歯学部附属病院歯学部

d e 歯学部第一基礎研究棟 3 F 3 1 1 号第一研究室 ph 薬学部 4F 電子計算機室

e n a 工学部 1 号館 2F 演習室

enb 工学部 2 号館 4F 通信情報研究室

自

水産学部 3F 実験室

l a 教養部 lF 印刷室

tm 熱帯医学研究所 3F 電子計算機室 am 医療短期大学部情報処理室

機種

高速プリンタ

カルコンプ社レーザプロッタネット.ワークプリンタネットワークプリンタネ

γ

トワークプリンタネットワークプリンタ

ネットワークプリンタ

ネットワークプリンタネットワークプリンタネットワークプリンタ

ネットワークプリンタネットワークプリンタネットワークプリンタカルコンプ社レーザプロッタ以外はポストスクリプト形式のデータが出力できる。

印刷: l p ‑ d

プリンタ名ファイル名

印刷状態の確認: l p s t a t

印刷のキャンセル c a n c e l プリンタ名ージョブ名

‑115‑

(6)

4 バッチ処理について

UNIX システムではネットワークパッチシステム NQS(NetworkQueuing S y s t e m ) でパッチ処理をおこなう。

4 . 1 キュー種別

NQS キュー名は MSP のジョブクラスに相当するもので、実行するプログラムの特徴や用途によりキューを選択して実行する。

NQS キュー名 cpu 時間の制限値実行メモリ制限値多重度優先度用途 A 1 時間 128MB 1 0 6 0 ^{特急ジョプ} B 1 2 時間 128MB 3 5 0 急行ジョプ C 7 2 時間 512MB 3 4 0 大規模ジョプ D 7 2 時間 1GB 1 3 0 ^{大規模ジョプ} E 1 2 時間 128GB 2 2 0 ^{アプリケーション用} F 7 2 時間 1GB 1 1 0 アプリケーション用

L

4 . 2 実行プログラムの作成

F o r t r a n 原始プログラム等をコンパイルし、実行プログラムを作成しておく。

f r t test01.f

‑0

test01.out 4 . 3 実行用のシェルスクリプトの作成

NQS にジョブを依頼するためのシェルスクリプトを次のように記述する。必要であれば、

s e

旬

nv コマンドで使用するデータファイル等の割当を記述する。

4 . 4 実行プログラムの起動

シェルスクリプト ex 姐 . p le.csh の作成例

# ! / h i n / c s h

s e t e n v f u 1 0 t e s t d a t a ←実行時のデータファイル等の割当 t e s t O l . o u t ←実行プログラムを起動する。

fu10 装置参照番号の 1 0 番に割り当てる時(必要であれば指定する) testdata 割り当てるデータファイル名時

4 . 5 パッチジョブの依頼

qsub コマンドにて NQS にパッチジョブの実行を依頼する。

qsub [‑q N Q S キュー名] シェルスクリプトファイル名

※使用例

qsub ‑q A e x s

^祖

ple.csh NQS キュー名 * 1 シェルスクリプト名

NQS キュー名 MSP のジョブクラスに相当するもので NQS の設定時に任意につけられた名前

‑116‑

(7)

4 . 6 処理結果の出力

NQS へ依頼したジョプが終了すると、 qsub コマンド実行時のカレントディレクトリに次のファイルが作成される。

シェルスクリプト名.

e##

→エラーメーッセージが格納されたファイルシェルスクリプト名.

0##

→処理結果が格納されたファイル

※"##"は qsub コマンド投入時に表示されるリクエスト番号です。

lp マンド等にて、処理結果、又はエラーの内容をプリンタに出力する。

5 アプリケーションとツール

研究用 UNIX システムでは相当数のアプリケーションやツールが使えるが、すべてを紹介できない。ここではその中の一部を紹介する。

5 . 1 SAS の実行例

対話型ラインモードによる実行

%s

^{錨・}

nodms 1 ? d a t a o r a n g e s ;

2 ? i n p u t v a r i e t y $ f l a v o r t e x t u r e l o o k s ; 3 ? t o t a l = f l a v o r + t e x t u r e + l o o k s ; 4 ? c a r d s ;

5> navel9 8 6 6> t e m p l e 777 7> v a l e n c i a 8 9 9 8> mandarin 578 9> ;

1 O ? p r o c s o r t d a t a = o r a n g e s ; 1 1 ? by d e s c e n d i n g t o t a l ; 1 2 ? r u n ;

1 3 ? p r o c p r i n t d a t a = o r a n g e s ;

1 4 ? t i t l e ' T a s t e T e s t R e s u l t s f o r O r a n g e s ' ; 1 5 ? r u n ;

T

田

t e T e s t R e s u l t s f o r Oranges OBS VARIETY FLAVOR TEXTURE

1 v a l e n c i a 8 9

2

n a v e l 9 8

3 t e m p l e 7 7

4 mandarin 5 7

1 6 ? e n d s 儲;

LOOKS 9 6 7 8

比

6 3 1 3 U

凡

2 2 2 2

0 T

ヴt

唱EA 噌'A

(8)

5 . 2 AVS による図形表示例

5 . 3 GRAPHMAN による図形表示例

‑1 1 8 一

(9)

BMDPの実行例

v a r i a b l e s = 3 . f o r n

此

i sf r

^{田 .}

1 /

v a r i a b l e n a

臨

a r ep r o f ， t i m e ， s c o r e . 1

/ i n p u t 5 . 4

レ g r o u pv a r i a b l e i s p r o f .

c o d

田

( p r o f )= 1 ， 2 ， 3 .

n a

^臨

( p r o f )= ω i l l i a m s

，

c h a n g

，

n e l s o n . c

吋田

( t i m e ) = 1 . 2 .

n a

臨

( t i 配) = a m ， p m .

命令と入力データ

b

叩

細

咽佃

町山

M

e a

J﹄肌胤切

m u

⁝叫

昨白出川

一一 ‑ m

Lu mC LH Au

‑‑

‑

は m 印刷耐・戎

鵬

w h

伽・

M

卿時

l f p p p n m f

一削減 ⁝ 開

ぽ臨

繊同

図 4

図 5 実行

‑119

(10)

一 ∞ ∞ ∞

∞ ∞ ∞ ∞

∞ ∞

3

陀一一切羽布団的切布的明市布朗加間一

2

配一

U

一拍問組問胡問調問調問調問胡

一雌拙一主

l J 一 u

u u h

昭昭昭昭

m m m m m

︒ 一

1 1 l H M M M M I d

‑ ‑

‑

一 ω ω

制刷 C C C C

問

n

閏間前

細胞一

1 2 3 4 5 6 7 8 9 m u ロ日

α l E F F V A R I A I 5 T . E

眼

OF

庖馴

5 T

州

D A R D D

町

I A T I O N M E

州

R A N G E V A R I A B L E G R

凹円

N G T

町札

.(F

5MALLE5T LARGE5T I N O . N

雌

V A R I

脱

EL E V E L F R E O U E N C Y r r I

捌

V

札阻

Z ‑ 5

四

E V

札田

z

ー細胞

園

実行結果 5.5 プログラム言語用ビジュアルアナライザ

ピジ、ユアルアナライ‑If Workbench では F o r t r a n または C 言語で記述されたソースプログラムを入力とし、プログラムの内部構造やデータの使用状況を視覚的に表示、印刷するツールである。下記を利用する場合は workbench と入力すれば利用できる。

‑120‑

図 6

(11)

図 7 プログラムのフローチャート

121‑

(12)

∞ 羽 ⁷

∞ 3

叩

∞ 3 9 9 0 0 4 0 0

∞ 4 0 1

帥

4 0 2 0 0 4 0 3

∞ 4 0 4

∞ 4 0 5 0 0 4

侃

0 0 4 0 7

~=dfloat(i~-1>/20.0dO

刷

= 0 . ω o

b a =

1 0 . 5 d O

車

( d e

1<i)事

d e x p

図 8 プログラムのロジックフロー

ヮ ηL

噌EE&

(13)

叫ヰ

ーー

G

rna~n ^川r^日^{a同刷}

… ^ω

1

^f

^川^泊

^h ^。

^α^r

…

ⁿ

00374 ww:O.OdO

00375 00376 00377 00378 00379 00380 00381 00382 00383 311 00384 00385 312 00386 00387 313 00388 00389 00390 310 00391 00392 1004 00393 00394 00395 1003 00396 1002 00391 00398 00399 00400 00401 00402 00403 00404 00405 00406 00401 00408 00409 00410 411 00411 00412 412 00413 00

・

¹⁴ ⁴¹³

00415 00416 00

・

¹⁷ ⁴¹⁰

00418 00419 1105 00420 1104

b

・

²

10.5dO

・

(de1(i) dexp(bel(i) .xx) +0'41 (1)

・

dexp(‑be1(i) .xx))

cb=l

cb=

10.5dO

・

^(de2^(j)*dexp (be2 (j )*yy) +ga2 (j)

・

^dexp(‑be2^(j)

・

^yy))

Zφdcos(b

・

²^(j)^.yy) ‑a12^(j)*dsin (be2 (j) *yy) continue

ww=ww+p (j + (1‑1)

・

n，ip(ii)) *ba合cb

xx=dfloat (ix・1)120. OdO do 1103 iy=1.21

yy=dfloat (iy・1)/20.OdO ww=O.OdO

ba=

10.5dO*(de1(i)

・

dexp(be1 (i) .xx) +ga1 (i) *dexp (‑be1 (i)

・

xx】1

cb=d.qrt ( 3 . OdO)

・ ( 1 .

OdO‑2. OdO

・

yy)

ch=

10. 5dO. (de2 (j)

・

^dexp(be2⁽^j

・ )

^yy)+ga2^(j).dexp (‑be2 (j)

・

^yy))

2+dcos (be2 (j)

・

yy)‑al2 (j)

・

a.in(be2(j)

・

yy) continue

ww=ww+p (j + (1‑1)

・

n.ip(ii))

・

ba*cb continue

Fortran 90lC vi.ual 泊施lyzer Wed Feb 26 20:58:32 1997

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︒

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研究用 UNIX システムの利用について