遺伝子発現の転写後調節の新規解析ツール
研究用試薬https://ruo.mbl.co.jp/
TM
免疫沈降、抽出RiboCluster
AAAAA AAAAA AGO RISC 60S RBP-X RBP-Y RBP-Z elFs RIP-Certified Antibody A遺伝子mRNA B遺伝子mRNA miRNA 40SRiboCluster とは、ある特定の疾患や機能に関連した mRNA や miRNA などの RNA と RNA 結合タンパク質（RBP）が集合体（クラスター） を形成していると考える概念です。RBP は、クラスターを介して RNA のスプライシング、核外輸送、細胞質内局在、安定性及び翻訳効 率の調節などの転写後の遺伝子発現を制御しています。 RiboCluster ProfilerTM は、特定の疾患や生物学的に関連した遺伝子群を網羅的
に解析するために最適化されたユニークなツールです。 RIP-Chip技術はRibonomics, Inc. の特許技術 (USP# 6,635,422、USP# 7,504,210 ) です。 MBLはRibonomics, Inc.からワールドワイドな通常実施権を得てキットを開発しています。 免疫沈降、抽出
DNA AAAA AAAA PolⅡ pre-mRNA 転写 プロセシング ・5’-キャッピング ・スプライシング ・3’-ポリA付加 Cap
EJC (Exon Junction Complex)
AAAA AAAA AAAA AGO RISC Trans-acting element elFs AAAA 終止コドン mRNAの輸送 Nuclear export receptor NMD 細胞質でのmRNA分解/品質管理
(NMD/NSD経路) small ncRNAによるmRNA分解/抑制機構(RNAi経路)
PABP mRNAの安定性/局在制御 細胞質でのmRNA分解制御 (P-body) リボソーム 細胞質でのmRNA翻訳制御 P-body
mRNA 品質管理機構
non-coding RNA カテゴリー 長さ（nt） 分布 既知機能 リボソーム RNA (rRNA) 120 〜 4700 全生物種 翻訳 トランスファー RNA (tRNA) 70 〜 100 全生物種 翻訳核内低分子 RNA (snRNA) 70 〜 350 真核生物 スプライシング、mRNA プロセシング
核小体低分子 RNA (snoRNA) 70 〜 300 真核生物、古細菌 RNA 修飾、rRNA プロセシング
miRNA 21 〜 25 真核生物 翻訳制御、mRNA 安定性制御 siRNA 21 〜 25 真核生物 感染防御、mRNA 安定性制御 piRNA 24 〜 30 真核生物 ゲノム安定性制御 mRNA 型 ncRNA 数百〜数十万 真核生物 転写制御、スプライシング制御、輸送制御 small RNA mRNA が核内で DNA から転写されリボソームで翻訳されるまでの間には、様々な品質管理・制御機構が介在しています。これらのプ ロセスにおいて中心的な役割を担っているのが RBP であり、機能的に関連性のある mRNA 群の細胞内挙動をクラスター形成を介して 制御していると考えられています。
広がる RNA 世界
タンパク質に翻訳される mRNA に対し、タンパク質をコードしない RNA を総称して non-coding RNA (ncRNA) と呼びます。従来か ら知られているリボソーム RNA（rRNA）やトランスファー RNA（tRNA）も ncRNA に分類されます。RNA interference (RNAi) 経路 において機能的に重要な役割を担っている small ncRNA (miRNA、siRNA、piRNA) や、核内機能ドメイン構築への関与が多数報告さ れている長鎖の mRNA 型 ncRNA などが注目を集めています。
3 AAAAAA Dicer Target mRNA Deadenylation リボソーム Guide鎖 AGO AAAAAA Drosha DGCR8 TRBP Dicer dsRNA AAAAAA AGO AAAAAA Target mRNA Guide鎖 Sense transposon transcript PIWI and/or AUB
Antisense piRNA クロマチン領域 核小体 Nuclear speckle 核内で10∼30の斑点状構造として観察され、 転写やスプライシング、輸送に関与する多数 の因子の局在が認められる。 Cajal body 核小体と密接な関係があり、 snRNPの生合成の場として機能する。 PML body 核内で10∼20個の斑点状構造 として観察され、Sp100や転写 因子などが局在する。 細胞の癌化にも関係する。 Paraspeckle 核内で10∼20個の斑点状構造 として観察され、mRNAのスプ ライシングや核内係留、転写制 御に関与する。 非クロマチン領域 microRNA (miRNA) は、 核 内 で stem-loop 構 造 を 保 っ た ま ま
Drosha などによって切り出され、precursor miRNA (pre-miRNA) として細胞質へと輸送されます。pre-miRNA は、RNase III 活性 を有する Dicer により 21-25 nt の 2 本鎖 RNA へと変換された後、 Argonaute タンパク質（AGO）に取り込まれます。2 本鎖 RNA のうち、passenger 鎖が除去 / 分解されることで guide 鎖が標的 mRNA の 3' 非翻訳領域（3'-UTR）に結合できるようになり、翻 訳抑制機構が働くと考えられています。
short interfering RNA (siRNA) は、ウイルス感染などの様々な 要因で生じる長い 2 本鎖 RNA (dsRNA) が由来とされています。 Dicer により、長い dsRNA が 21-25 nt の 2 本鎖 RNA (siRNA duplex) へと変換されます。siRNA duplex のうち、guide 鎖が RISC (RNA-induced silencing complex) 中 の AGO に 取 り 込 まれ、silencer として機能します。RISC に取り込まれなかった passenger 鎖は分解されます。
PIWI-interacting RNA (piRNA) は、トランスポゾンの転写産物の 1 本鎖 RNA が由来とされ、Dicer などの RNase III 活性を持つタ ンパク質によるプロセシングを必要としない primary processing pathway を介して生合成されます。生殖細胞特異的な発現が認 められている PIWI タンパク質にローディングされることにより、 トランスポゾンの silencing に寄与していると考えられています。 近年のトランスクリプトーム解析の発展により、ヒトにおいて は、全ゲノム領域の 9 割以上が転写されているとの知見が得ら れています。また、ヒトの場合、RNA に転写されるゲノム情報 の 95% 以上が ncRNA であると見積もられています。つまり、 転写されて生じる RNA の大部分は ncRNA であるということに なりますが、これらの ncRNA の大半がアノテーションをつけら れておらず、どのような機能を有しているのか理解されていない のが現状です。これらの中には、タンパク質はコードしないが転 写後のプロセシングを受ける mRNA 型 ncRNA の存在も確認さ れています。
RNA 研究が盛んになるにつれて、mRNA 型 ncRNA の大半は核 内に留まり、様々な機能ドメイン構築に関与しているという事が 次第に明らかとなってきました。ncRNA や RBP などで構成され る核内機能ドメインにおいては、機能単位ごとに ncRNA や RBP が時空間的に制御・配列されてクラスター（集合体）を形成して おり、MBL の提唱している RiboCluster という概念を裏付ける ものとして注目されています。
miRNA 経路
siRNA 経路
piRNA 経路
mRNA 型 ncRNA と核内機能ドメイン
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN045P anti-SLBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN019P anti-HNRNPK Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN014P anti-TIA1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN015P anti-YBX1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN011P anti-PTBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN021P anti-KHDRBS1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN041P anti-KHDRBS2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（HBP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HNRPK） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（hnRNPⅠ） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（p62, SAM68） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（SLM1） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
Histone pre-mRNA の 3' 末端の stem-loop 構造に結合し、プロセ シングや、輸送、翻訳、分解に関与する。細胞周期の制御にも関与 する。
RIP-Certified Antibody
スプライシング
ゲノムから転写された precursor mRNA (pre-mRNA) は、スプ ライシングにより intron 配列が除去され、exon 部分が連結した mRNA へと変換されます。様々な RBP が関わる事によりオルタナ ティブスプライシングが誘発され、タンパク質のバリエーションが 維持されています。
RIP-Certified Antibody
有糸分裂の際にリン酸化され、SH2、3 ドメインをもつタンパク質 に結合する。スプライスサイトの選択や exon inclusion を制御する ことにより、オルタナティブスプライシングに寄与する。 DNA/RNA 結合タンパク質。CD44 の exon v5 の inclusion に関与 することでスプライシングを制御する。HIV RNA の export にも関 与する。mRNA の安定化や翻訳制御への関与も推測されている。 オルタナティブスプライシングに関与する。pre-mRNA の intronic cluster に結合することで、スプライスサイトをネガティブに制御す る (exon skipping)。 コールドショックタンパク質ファミリーに属する。細胞質 mRNP particle の主要な構成因子で、細胞死や腫瘍抑制因子関連の mRNA を標的とする。スプライシングへの関与の報告がある。 核と細胞質の間をシャトルし、Fas や FGFR2 のオルタナティブス プライシングに関与する。 hnRNP 複合体の構成因子の一つで、核と細胞質をシャトルする。 mRNA のスプライシングや輸送、翻訳制御に関与する。リン酸化に よる細胞質への集積が細胞の移動度や転移能に大きく寄与する。 コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量RN047PW anti-PTBP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN002MW anti-CUGBP1 3B1 mo IgG1 κ 100 μL
RN034PW anti-CUGBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN035PW anti-CUGBP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN042PW anti-MBNL1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN043PW anti-NOVA1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN044PW anti-NOVA2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN046PW anti-SYNCRIP Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
WB,IPP Hu ¥48,000
（CELF1） WB,IPP Hu,Mo,Rat ¥48,000
（CELF1） WB Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
（CELF2） WB Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
WB Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
WB Hu ¥48,000
（ANOVA） WB,IPP Hu,Rat ¥48,000
(NSAP1, HNRPQ) WB,IPP Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
pre-mRNA の intronic cluster に結合することでオルタナティブス プライシングに関与する。脳特異的な発現が認められている。pre-mRNA に結合し、スプライスサイトをネガティブに制御する。
RBP Antibody
pre-mRNA の YCAY cluster に結合することで ニューロン特異的オ ルタナティブスプライシングファクターとして機能する。 ニューロン特異的スプライシングファクター。自己免疫疾患である POMA 患者血清から発見された。
DMPK mRNA の 3'-UTR の CUG リピートの伸張と MBNL1 の結合 状態の変化が DM1 の発症につながると考えられている。 筋組織だけではなく、ユビキタスに高発現している。がん細胞にお いては Mcl-1 mRNA の 3'-UTR に結合してアポトーシスを誘導す ることが報告されている。 オルタナティブスプライシングおよび mRNA 分解制御に関与する。 DM1 では発現量や細胞内分布異常により様々な遺伝子のスプライ シング異常が生じる。 オルタナティブスプライシングおよび mRNA 分解制御に関与する。 DM1（I 型筋強直性ジストロフィー）の発症への関与も報告されて いる。 スプライソソームの構成因子で pre-mRNA の効率的なスプライシン グに関与する。 機能・局在など 機能・局在など pre-mRNA RBP RBP 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 4
5
輸送
核内で転写され、一連のプロセシング （5'- キャッピング、スプライシング、
3'- ポリアデニレーション）を受けた mRNA は、TAP や RanGTP、及び様々 な RBP を介して細胞質へと輸送されま す。RNA の核から細胞質への輸送は厳 密に制御されており、RBP はこの品質 管理機構においても重要な役割を担っ ています。 コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN001P anti-EIF4E Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN004P anti-ELAVL1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN001M anti-IGF2BP1 6H6 mo IgG2a κ 200 μL
RN007P anti-IGF2BP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN008P anti-IGF2BP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN009P anti-IGF2BP3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN045P anti-SLBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN019P anti-HNRNPK Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN021P anti-KHDRBS1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN016P anti-FMR1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN017P anti-FXR1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN018P anti-FXR2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN012P anti-STAU1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN013P anti-STAU2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN020P anti-ILF3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HuR） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（IMP2） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（IMP3） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（HBP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HNRPK） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（p62, SAM68） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（FMRP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu ¥60,000 WB,IPP,RIP Hu ¥60,000 （NF90） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000 翻訳開始因子の一つで、mRNA の m7G キャップ構造に結合する。 抑制性タンパク質 4E-BP との結合により eIF4G1 との結合が阻害 される。mRNA の核から細胞質への輸送にも関与する。
RIP-Certified Antibody
Histone pre-mRNA の 3' 末端の stem-loop 構造に結合し、プロセ シングや、輸送、翻訳、分解に関与する。細胞周期の制御にも関与 する。
発生や増殖に関連する IGF2 leader 3 mRNA の 5'-UTR に結合し、 翻訳を制御する。
発生や増殖に関連する IGF2 leader 3 mRNA の UTR に結合し、翻 訳を制御する。
FMRP とともにβ - アクチンの mRNA に結合して、核から細胞質 への輸送を行う。
FMRP とともにβ - アクチンの mRNA に結合して、核から細胞質 への輸送を行う。
幅広い組織に存在し、poly(A) と AU-rich element（ARE: mRNA の不安定化配列）の両方に結合する。核と細胞質の間をシャトルし、 mRNA の輸送に関与すると考えられている。
dsRNA に 結 合 す る。IL-2 mRNA の 3'-UTR の AU-rich element (ARE) に結合し mRNA を安定化する。mRNA の核から細胞質への 輸送にも関与する。
STAU1 と高い相同性を示す。神経細胞において、STAU1 と共局在 しないことから、異なる RNA granule の構成に関与すると考えら れている。核と細胞質の間をシャトルするが、詳細な機能は不明。 神経細胞において RNA granule を構成する。dsRNA 及び微小管 に結合し、mRNA の輸送や局在化に関与する。NMD への関与や、 40S 及び 60S ribosomal subunit との結合が報告されている。 FMR1、FXR1 と機能的に類似したファミリータンパク質であり、 FXR1 と高い相同性を示す。RNA 結合能やポリソーム結合能、核 -細胞質間のシャトルなど、ファミリー間で同様の機能を示す。 FMR1 のパラログとして知られている。核と細胞質の間をシャトル し、ポリソームの 60S サブユニットと結合することが報告されて いる。AGO タンパク質との関連報告もある。 神 経 の 形 態 形 成 に 必 須 で あ り、poly(G) 配 列 に 強 く 結 合 す る。 Fragile X 症候群（精神発達障害）の患者には、FMR 遺伝子の中に CGG リピートの伸張が認められている。
DNA/RNA 結合タンパク質であり、HIV RNA の export に関与する。 mRNA の安定化や翻訳制御への関与も推測されている。
hnRNP 複合体の構成因子の一つで、核と細胞質をシャトルする。 mRNA のスプライシングや輸送、翻訳制御に関与する。リン酸化に よる細胞質への集積が細胞の移動度や転移能に大きく寄与する。
交差反応種 : Hu: Human, Mo: Mouse, Rat: Rat, Hm: Hamster 使用法 : WB: Western blotting, IPP: Immunoprecipitation, RIP: RIP-assay
機能・局在など AAAA AAAA AAAA AAAA HuR Ran GTP TRN2 ARE 領域
EJC (Exon Junction Complex) p15/NXT
TAP [ARE (AU-rich element) を持つ mRNA]
核内
安定化・分解制御
AU-rich element (ARE) は、 お も に mRNA の 3'-UTR に 存 在 す る ア デ ニ ン（A） と ウ ラ シ ル（U） に 富 ん だ 領 域 で す。 endonuclease 活性を有する RBP がこの領域に結合することで mRNA の分解が開始されます。癌遺伝子やサイトカインなど、外 部刺激に対する応答因子、いわゆる early response gene の mRNA の半減期が短いのは、これらの mRNA に ARE が多く存在し ていることに起因します。HuR など、ある種の RBP は ARE に結合し、endonuclease のアクセスを阻害することで標的 mRNA の安定性を制御しています。この他にも、mRNA の安定化・分解にかかわる cis-element は複数知られており、様々な機能をもつ RBP がこれらの領域に結合することで、mRNA の品質管理が行われています。
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN033P anti-TNRC6A Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN001P anti-EIF4E Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN004P anti-ELAVL1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN005P anti-ELAVL2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN006P anti-ELAVL3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN045P anti-SLBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN011P anti-PTBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN021P anti-KHDRBS1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN022P anti-PABPC4 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN024P anti-PCBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN025P anti-PCBP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
(GW182, GW1) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HuR） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HuB） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（HuC） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（HBP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（hnRNPⅠ） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（p62, SAM68） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（PABP4, iPABP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（HNRPE1） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（HNRPE2) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
RISC 構成因子に結合し翻訳抑制に関与する。P-body/GW-body の 構成要素とも報告されている。RNA recognition motif (RRM) 及び 複数の AGO binding domain を有し、gene silencing に寄与する。
RIP-Certified Antibody
CD40LG などの mRNA の安定化に関与する。最近の知見では、 他のスプライシングリプレッサーと競合することにより exon inclusion に関与することも報告されている。
Histone pre-mRNA の 3' 末端の stem-loop 構造に結合し、プロセ シングや、輸送、翻訳、分解に関与する。細胞周期の制御にも関与 する。
Hu ファミリータンパク質（HuR, HuB, HuC, HuD）の一員で、神 経特異的な発現が報告されている。核と細胞質の間をシャトルし、 ARE への結合を介して mRNA を安定化させ、翻訳効率を制御する。 Hu ファミリータンパク質（HuR, HuB, HuC, HuD）の一員で、神 経特異的な発現が報告されている。核と細胞質の間をシャトルし、 ARE への結合を介して mRNA を安定化させ、翻訳効率を制御する。 幅広い組織に存在し、poly(A) と AU-rich element (ARE: mRNA の 不安定化配列 ) の両方に結合する。核と細胞質の間をシャトルし、 mRNA の輸送に関与すると考えられている。 翻訳開始因子の一つで、mRNA の m7G キャップ構造に結合する。 抑制性タンパク質 4E-BP との結合により eIF4G1 との結合が阻害 される。mRNA の核から細胞質への輸送にも関与する。 PCBP1 および hnRPK と同様に poly(rC) に結合する。Poly(rU) へ の結合も報告されている。Stress granule や P-body への局在も認 められている。
Poly(rC) および poly ピリミジンに結合し、種々の mRNA を安定化 させる（α - グロビン、I 型コラーゲン mRNA など）。核と細胞質の 間をシャトルする主要な PCBP アイソフォームの一つである。 PABPC1 と 79% の 相 同 性 を 示 し、mRNA の 安 定 化、 翻 訳 制 御 に関与する。T cell の活性化によって mRNA 量が約 5 倍になる。 Poly(A) への結合を介して mRNA の安定化に関与する。
DNA/RNA 結合タンパク質。CD44 の exon v5 の inclusion に関与 することでスプライシングを制御する。HIV RNA の export にも関 与する。mRNA の安定化や翻訳制御への関与も推測されている。 機能・局在など AAAAAAAPABP TTP TIA1 HuR PTBP1 CDS ARE elFs Decay Suppression Stabilization 3’-UTR 5’-UTR
7
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN026P anti-PUM1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN027P anti-PUM2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN037P anti-AUH Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN020P anti-ILF3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN032P anti-CIRBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN003M anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 200 μL
RN028P anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（NF90） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（CIRP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（AGO2） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
(AGO1) WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
発生を制御する PUF ファミリーに属し、RNA binding domain と して Pumilio homology domain を有する。ターゲット mRNA の 3'-UTR へ結合し、翻訳抑制や分解促進に関与する。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
Cold stress 誘導性の細胞増殖抑制に関与する。マイルドな cold stress 条件下においては翻訳を促進し、translational activator とし て機能する。
dsRNA に 結 合 す る。IL-2 mRNA の 3'-UTR の ARE に 結 合 し、 mRNA を 安 定 化 す る。GBA（acid beta-glucosidase）mRNA の coding sequence（CDS）に結合し、ポリソームの働きを阻害する。 Early response gene (IL-3、GM-CSF、c-fos、c-myc な ど ) の mRNA の AU-rich element (ARE) に結合し、安定性を制御する。 発 生 を 制 御 す る PUF フ ァ ミ リ ー に 属 し、 様 々 な 組 織 に お い て PUM1 との共局在が認められ、重複した機能を有すると考えられる。 生殖細胞分化への関与が報告されている。
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN028PW anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN003MW anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 100 μL
RN029PW anti-EIF2C2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN030PW anti-DICER1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN002MW anti-CUGBP1 3B1 mo IgG1 κ 100 μL
RN034PW anti-CUGBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN035PW anti-CUGBP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN023PW anti-PABPN1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN031PW anti-ZFP36 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN036PW anti-ACO1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（AGO1） WB,IPP Hu,Mo ¥48,000
（AGO2） WB,IPP Hu ¥48,000
（AGO2） WB Hu,Mo,Rat ¥48,000
（DCR1） WB,IPP Hu ¥48,000
（CELF1） WB,IPP Hu,Mo,Rat ¥48,000
（CELF1） WB Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
（CELF2） WB Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
(PABP2) WB,IPP Hu,Mo ¥48,000
（TTP） WB Hu ¥48,000
(IRP1, IREB1) WB,IPP Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。
RBP Antibody
筋組織だけではなく、ユビキタスに高発現している。COX2 mRNA の 3'-UTR への結合を介した安定化に寄与する。癌細胞においては Mcl-1 ｍ RNA の 3'-UTR に結合してアポトーシスを誘導する。 DM1 の発症への関与が報告されている。c-jun、TNFRSF1B など の GU-rich element を持つ遺伝子に結合して mRNA の分解に関与 する。DM1 の発症への関与が報告されている。c-jun、TNFRSF1B など の GU-rich element を持つ遺伝子に結合して mRNA の分解に関与 する。
dsRNA や pre-miRNA を切断し、siRNA duplex 及び miRNA duplex へと変換する RNase の一種。切断により生じた 2 本鎖 small RNA を RISC へ loading する役割も果たしている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC の主要構 成因子。RNA 分解の場である P-body への局在が認められている。 RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC の主要構 成因子。RNA 分解の場である P-body への局在が認められている。
核に局在する PABP であり、転写後の初期 mRNA の poly(A) に強 く結合する。Poly(A) tail の polyadenylation に必須で、poly(A) の 長さの制御を介して mRNA の成熟に関与する。
鉄イオン濃度が低い場合、フェリチン mRNA の 5'-UTR へ結合し、 翻訳を阻害する。また、トランスフェリンレセプター mRNA の 3'-UTR に結合し、mRNA を安定化することも報告されている。 Zinc finger 構造を有し、mRNA の ARE に結合する。ARE への結 合を介して deadenylase complex をリクルートし、poly(A) tail の deadenylation を誘導する。
交差反応種 : Hu: Human, Mo: Mouse, Rat: Rat, Hm: Hamster 使用法 : WB: Western blotting, IPP: Immunoprecipitation, RIP: RIP-assay
機能・局在など
機能・局在など
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。
翻訳制御
mRNA は、 よ り 効 率 的 か つ 安 定 的 な 翻 訳 を 行 う た め に closed-loop 構造を形成します。基本的には、キャップ結合 タンパク質 eIF4E 及び poly(A) binding protein (PABP) が scaffold protein である eIF4G を介してループを形成し、そ の安定化に Hu タンパク質などが関連しているといわれてい ます。
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN033P anti-TNRC6A Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN001P anti-EIF4E Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN002P anti-EIF4G1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN003P anti-EIF4G2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN038P anti-CPEB1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN004P anti-ELAVL1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN005P anti-ELAVL2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN006P anti-ELAVL3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN010P anti-MSI1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN001M anti-IGF2BP1 6H6 mo IgG2a κ 200 μL
RN007P anti-IGF2BP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN008P anti-IGF2BP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN009P anti-IGF2BP3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN045P anti-SLBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN019P anti-HNRNPK Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN014P anti-TIA1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN015P anti-YBX1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
(GW182, GW1) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（HuR） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HuB） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（HuC） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（Musashi1） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
(IMP2) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
(IMP3) WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
(HBP) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
（HNRPK） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat,Hm ¥60,000
RISC 構成因子に結合し翻訳抑制に関与する。P-body/GW-body の 構成要素との報告もある。RNA recognition motif （RRM）及び複 数の AGO binding domain を有し、gene silencing に寄与する。
RIP-Certified Antibody
Hu ファミリータンパク質（HuR, HuB, HuC, HuD）の一員で、神 経特異的な発現の報告がある。核と細胞質の間をシャトルし、ARE への結合を介して mRNA を安定化させ、翻訳効率を制御している。 幅広い組織に存在し、poly(A) と AU-rich element (ARE: mRNA の 不安定化配列 ) の両方に結合する。ARE に結合することで mRNA を安定化する。
CPE への結合後、Maskin 様タンパク質を介して mRNA の翻訳を抑 制する。Aurora キナーゼなどによってリン酸化されると、poly(A) の伸張に関連する CPSF と相互作用し、mRNA の翻訳が促進される。 eIF4G1 の C 末 端 に 相 同 性 を 示 し、eIF4A 及 び eIF3 と inactive complex を形成することにより翻訳抑制因子として機能する。 Cap-dependent な翻訳開始に必要とされる様々な因子をつなぎと め、initiation complex の足場を形成する（scaffold protein)。 翻訳開始因子の一つで、キャップ結合タンパク質。抑制性タンパク 質 4E-BP との結合により eIF4G1 との結合が阻害される。Ser209 のリン酸化により、5'-cap への親和性が高まるという報告もある。
hnRNP 複合体の構成因子の一つで、核と細胞質の間をシャトルする。 mRNA のスプライシングや輸送、翻訳制御に関与する。リン酸化に よる細胞質への集積が細胞の移動度や転移能に大きく寄与する。 Histone pre-mRNA の 3' 末端の stem-loop 構造に結合し、プロセ シングや、輸送、翻訳、分解に関与する。細胞周期の制御にも関与 する。
発生や増殖に関与する因子である IGF2 leader 3 mRNA の 5'-UTR に結合し、翻訳を制御する。
発生や増殖に関与する因子である IGF2 leader 3 mRNA の UTR に 結合し、翻訳を制御する。
β - アクチンの mRNA に結合し、翻訳を制御する。発生や増殖に関 与する因子である IGF2 の mRNA の UTR に結合し、翻訳を阻害する。 Large RNP granule への局在も報告されている。
核内でβ - アクチンの mRNA に結合し、その翻訳開始を阻害するが、 細胞質の目的地にてリン酸化されると mRNA から遊離し、β - アク チン mRNA の翻訳が開始される。
Numb mRNA の 3'-UTR への結合による翻訳抑制を介して、神経幹 細胞の分化を制御している。 Hu ファミリータンパク質の一員で、神経発生への関与が示唆さ れている。核と細胞質の間をシャトルし、ARE への結合を介して mRNA を安定化させ、翻訳効率を制御している。 機能・局在など 核と細胞質の間をシャトルする。免疫系の細胞におけるアポトーシ ス誘導や、TNF-αや COX-2 mRNA の翻訳制御などに関与する。 mRNA の closed-loop 構造
AAAAAA
P-body PABP eIF4E eIF4G1 40S 60S eIF4A eIF3 コールドショックタンパク質ファミリーに属する。細胞死や腫瘍抑 制因子関連の mRNA をターゲットとする。DNA/RNA 双方に結合し、 転写 / 翻訳レベルでの遺伝子発現制御に関与する。9 交差反応種 : Hu: Human, Mo: Mouse, Rat: Rat, Hm: Hamster 使用法 : WB: Western blotting, IPP: Immunoprecipitation, RIP: RIP-assay
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN021P anti-KHDRBS1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN016P anti-FMR1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN017P anti-FXR1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN018P anti-FXR2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN024P anti-PCBP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN025P anti-PCBP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN026P anti-PUM1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN027P anti-PUM2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN020P anti-ILF3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN032P anti-CIRBP Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN003M anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 200 μL
RN028P anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（p62, SAM68） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（FMRP） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（HNRPE1） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（HNRPE2） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（NF90） WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
(CIRP) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
(AGO2) WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
(AGO1) WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
PCBP1 および hnRPK と同様に poly(rC) に結合する。Poly(rU) へ の結合も報告されている。ポリオウイルスの IRES の stem-loop 構 造に結合し、translational activator として機能する。 核と細胞質の間をシャトルする主要な PCBP アイソフォームの一 つである。ポリオウイルスの IRES の stem-loop 構造に結合し、 translational coactivator として機能する。 FMR1、FXR1 と機能的に類似したファミリータンパク質であり、 FXR1 と高い相同性を示す。RNA 結合能やポリソーム結合能、核 -細胞質間のシャトルなど、ファミリー間で同様の機能を示す。 FMR1 のパラログとして知られている。核と細胞質の間をシャトル し、ポリソームの 60S サブユニットと結合することが報告されて いる。AGO タンパク質との関連報告もある。 ポリソームに結合する mRNP の構成因子であり、翻訳の際にネガ ティブレギュレーターとして機能する。miRNA 経路への関与も報告 されている。Poly(G) 配列に強く結合する。
DNA/RNA 結合タンパク質であり、HIV RNA の export に関与する。 mRNA の安定化や翻訳制御への関与も推測されている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
高塩濃度条件下においても poly(U) 配列に強く結合する。Cold stress 誘導性の細胞増殖抑制に関与する。マイルドな cold stress 条件下においては翻訳を促進し、翻訳活性化因子として機能する。 dsRNA に 結 合 す る。IL-2 mRNA の 3'-UTR の ARE に 結 合 し、 mRNA を 安 定 化 す る。GBA（acid beta-glucosidase）mRNA の coding sequence（CDS）に結合し、ポリソームの働きを阻害する。 発生を制御する PUF ファミリーに属する。様々な組織において PUM1 との共局在が認められ、重複した機能を有すると考えられる。 生殖細胞分化への関与が報告されている。
発生を制御する PUF ファミリーに属し、RNA binding domain と して Pumilio homology domain を有する。ターゲット mRNA の 3'-UTR へ結合し、翻訳抑制や分解促進に関与する。
機能・局在など
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN028PW anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN003MW anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 100 μL
RN029PW anti-EIF2C2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN030PW anti-DICER1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN039PW anti-CPEB2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN040PW anti-CPEB4 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN036PW anti-ACO1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（AGO1） WB,IPP Hu,Mo ¥48,000
（AGO2） WB,IPP Hu ¥48,000
（AGO2） WB Hu,Mo,Rat ¥48,000
（DCR1） WB,IPP Hu ¥48,000
WB,IPP Hu,Rat ¥48,000
WB,IPP Hu ¥48,000
（IRP1, IREB1） WB,IPP Hu,Mo,Rat,Hm ¥48,000
RBP Antibody
鉄イオン濃度が低い場合、フェリチン mRNA の 5'-UTR へ結合し、 翻訳を阻害する。また、トランスフェリンレセプター mRNA の 3'-UTR に結合し、mRNA を安定化することも報告されている。 CPEB1 と共に細胞周期の進行や mRNA の polyadenylation、翻訳 制御を行うことが報告されている。
CPE に結合して mRNA の polyadenylation や翻訳を制御する。低 酸素刺激にて誘導される HIF-1α mRNA に結合する。
dsRNA や pre-miRNA を切断し、siRNA duplex 及び miRNA duplex へと変換する RNase の一種。切断により生じた 2 本鎖 small RNA を RISC へ loading する役割も果たしている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。 機能・局在など RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。 RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。
局在化
核から細胞質へと輸送された RNA は、局在化を司る RBP や細胞骨格に結合するモータータンパク質およびアダプタータンパク質 を介して末梢へと運ばれ、翻訳されます。また、RBP による結合は、RNA が必要とされる場所に局在化されるまでの間、分解因 子の攻撃から RNA を保護する役割も担っています。RBP は、“必要な時”に“必要な場所”で RNA が効率よく翻訳されるように 時空間的な制御を行うことが明らかとなっています。 コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量 RN001M anti-IGF2BP1 6H6 mo IgG2a κ 200 μLRN007P anti-IGF2BP1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN008P anti-IGF2BP2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN009P anti-IGF2BP3 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN012P anti-STAU1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN013P anti-STAU2 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（IMP1, ZBP1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
（IMP2) WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（IMP3) WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
WB,IPP,RIP Hu ¥60,000 WB,IPP,RIP Hu ¥60,000 核内でβ - アクチンの mRNA に結合し、その翻訳開始を阻害するが、 細胞質の目的地にてリン酸化されると mRNA から遊離し、β - アク チン mRNA の翻訳が開始される。
RIP-Certified Antibody
STAU1 と高い相同性を示す。神経細胞において、STAU1 と共局在 しないことから、異なる RNA granule の構成に関与すると考えら れている。核と細胞質の間をシャトルするが、詳細な機能は不明。 神経細胞において RNA granule を構成する。dsRNA 及び微小管 に結合し、mRNA の輸送や局在化に関与する。NMD への関与や、 40S 及び 60S ribosomal subunit との結合が報告されている。 発生や増殖に関与する因子である IGF2 leader 3 mRNA の 5'-UTR に結合し、翻訳を制御する。発生や増殖に関与する因子である IGF2 leader 3 mRNA の UTR に 結合し、翻訳を制御する。
β - アクチンの mRNA に結合し、翻訳を制御する。発生や増殖に関 与する因子である IGF2 の mRNA の UTR に結合し、翻訳を阻害する。 Large RNP granule への局在も報告されている。 機能・局在など DNA mRNA 細胞骨格 MP RBP MP 40S 60S AAAAA AAAAA AAAAA AAAAA RBP AAAAA RBP
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RNAi pathway (miRNA/siRNA/piRNA)
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN003M anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 200 μL
RN033P anti-TNRC6A Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
RN028P anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 200 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
(AGO2) WB,IPP,RIP Hu ¥60,000
（GW182, GW1） WB,IPP,RIP Hu,Mo,Rat ¥60,000
（AGO1） WB,IPP,RIP Hu,Mo ¥60,000
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
RISC 構成因子に結合し翻訳抑制に関与する。P-body/GW-body の 構成要素との報告もある。RNA recognition motif （RRM）及び複 数の AGO binding domain を有し、gene silencing に寄与する。
機能・局在など
コード No. 製品名 クローン アイソタイプ 容量
RN028PW anti-EIF2C1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN003MW anti-EIF2C2 1B1-E2H5 mo IgG2a λ 100 μL
RN029PW anti-EIF2C2 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
RN030PW anti-DICER1 Polyclonal rab Ig (aff.) 100 μL
（別名） 使用法 交差反応種 希望納入価格
（AGO1） WB,IPP Hu,Mo ¥48,000
（AGO2） WB,IPP Hu ¥48,000 （AGO2） WB Hu,Mo,Rat ¥48,000 （DCR1） WB,IPP Hu ¥48,000 RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。
RBP Antibody
dsRNA や pre-miRNA を切断し、siRNA duplex 及び miRNA duplex へと変換する RNase の一種。切断により生じた 2 本鎖 small RNA を RISC へ loading する役割も果たしている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質であり、RISC (RNA-induced silencing complex) の主要構成因子。RNA 分解の場であ る P-body への局在が認められている。
機能・局在など
RIP-Certified Antibody
真核生物において、RNAi（RNA interference）は配列特異的な遺伝子サイレンシング機構として重要な役割を担っています。RNAi や 関連する遺伝子サイレンシング経路においては、RISC（RNA-induced silencing complex）に取り込まれてガイド分子として機能す る small ncRNA の存在が重要であり、microRNA（miRNA)、short interfering RNA（siRNA）、PIWI-interacting RNA（piRNA）の 3 種類に大別されます。これらの small ncRNA は、自分自身の塩基配列と対合できる標的配列をもつ様々な遺伝子の翻訳を抑制する働 きがあり、生物の発生のタイミングや形態形成、細胞増殖や癌化など、非常に重要な生物学的機能を緻密に制御していることが知られ ています。
small ncRNA はそれ単独で働くわけではなく、RISC の中心的タンパク質である Argonaute ファミリータンパク質（AGO）に取り込 まれて初めて機能を発揮します。RISC 中の small ncRNA が標的 mRNA を認識するガイドとして機能し、AGO や GW182 からなる RISC 構成因子が作用することにより、標的 mRNA の翻訳抑制や分解などが生じます。近年では、このような small ncRNA を介した 転写後遺伝子発現制御に対する関心が非常に高まっています。
交差反応種 : Hu: Human, Mo: Mouse, Rat: Rat, Hm: Hamster 使用法 : WB: Western blotting, IPP: Immunoprecipitation, RIP: RIP-assay AAAAAAAA Target mRNA Deadenylation AGO GW182 AGO-RISC Slicer activity Suppression eIF4E eIF4G1 RNAi 経路で中心的な役割を担うタンパク質。miRNA/siRNA と結合 し、mRNA の翻訳を抑制する RISC を構成する。
RiboCluster ProfilerTMの製品群は、どの分野で研究している方でもスムーズに RNA 研究分野に入っていただけるように設計されてい
ます。特定の疾患や組織に興味がある場合、まずRiboChip によって疾患・組織特異的 RBP を見つけます。次に、標的 RBP に対する 抗体で RBP と RNA の複合体 (RNP) を免疫沈降 (RIP) し、結合していた RNA を抽出します。MBL では、RBP に結合している RNA を網羅的に解析するキット：RIP-Assay Kit (RN1001)、RIP-Assay Kit for microRNA (RN1005)と、RIP-Assay に使えることが 実証された RBP に対する抗体：RIP-Certified Antibodyを各種取り揃えております。RIP-Assay で回収した RNA をマイクロアレイ (RIP-Chip) や高速シーケンサー (RIP-Seq) などの解析に供することで、従来の遺伝子発現解析では困難であったターゲットの絞込み が可能になります。
また、ある特定の遺伝子に興味があり、その RNA の制御機構に関連するタンパク質を同定したい場合、RiboTrap によってその RNA に結合する RBP を同定することが可能で、MBL のRiboTrap Kit (RN1011/RN1012)をご利用いただけます。RiboTrap により特定 の RNA の制御に関わる RBP を同定した後で、その分子に対する抗体を用いて RIP-Chip や RIP-Seq を行うことにより、機能的に関 連性のある RNP 複合体 (RiboCluster) の全貌を知ることが可能となります。
上記以外にも他の RIP-Certified Antibody や RIP 関連製品を順次開発・発売しています。最新の RIP 関連製品リストを Web ページ
（https://ruo.mbl.co.jp/je/rip-assay/）に公開していますので、ご利用ください。
RiboCluster Profiler
TM Brain Heart Lung Liver Muscle Colon Bone Breast Testicular and Ovarian Adipose Microarray RT-PCR SequencingRibonomic
Discovery Cycle
RIP-Assay Kit
RIP-Assay Kit for microRNA
RIP-Certified Antibody
X
mRNA/miRNA の同定 興味ある RNA SDS-PAGE 質量分析等による タンパク質同定RiboChip
X Z RNA 結合タンパク質 X RNA 結合タンパク質（RBP-X）に対す る抗体を用いて、結合している特定の RNA サブセット（mRNA/miRNA）を免 疫沈降します。 特 定 の RBP（RBP-X）に 結 合 し て い る RNA サブセットを免疫沈降物から単離し、 マイクロアレイや RT-PCR、またはシー クエンシングなどの方法で同定します。 RNA と結合しているタンパク質 を電気泳動して分離し、質量分 析によって同定します。 RiboChip を使って興味ある 組織、細胞や疾患で発現して いる RBP を調べ、組織、細 胞 あ る い は 疾 患 特 異 的 な RBP を 見 つ け た 後、Cycle に入ります。 3 ４ 1 2 in vitro transcription に よ り、興味ある RNA を BrU で標識します。その RNA に結合する RNP 複合体を 抗 BrdU 抗体結合ビーズ を使って精製します。 5 興味ある疾患や組織に 特異的な RBP を見つけたい場合 RNA 結合タンパク質 (RBP-X) に 対する特異的抗体を選択します。 X 興味がある遺伝子があり、その RNA の機能制御に関連するタンパク質性 因子を同定したい場合 興味ある RBP があり、その RBP によって 時空間的な制御を受けている RNA サブセッ ト (mRNA/miRNA) を同定したい場合RIP-Chip
RiboTrap
RiboTrap Kit
X Z BrU 標識 RNA X Z ReferenceDale L. Beach and Jack D. Keene, Methods Mol. Biol., 419: 69-91 (2008)
13
RIP-Chip 解析例
RIP-Chip 解析は、細胞内の mRNA 量を測定する従来の発現解析手法とは大きく異なり、特定の機能を有する RBP と RNA の結合状態 を比較解析する手法です。例えば、RIP-Chip 解析に使用する RBP を mRNA の 5'-cap 結合タンパク質である eIF4E とした場合、薬 剤処理により eIF4E との結合状態が変化する mRNA ポピュレーションを検出することが可能となります。eIF4E は、mRNA の 5'-cap からの翻訳工程においてリボソームなどの翻訳装置を呼び込む重要な役割を担っているため、eIF4E と mRNA の 5'-5'-cap の結合状 態の変化は mRNA の翻訳効率に反映されます。この eIF4E と mRNA の 5'-cap の結合状態を変化させる薬剤として知られているのが Rapamycin ( 一般名：Sirolimus) であり、免疫抑制剤 / 抗癌剤として臨床の場で使用されています。
緑の点で示した遺伝子群は、Rapamycin 処理により mRNA の発現量自体に変化は生じませんが、elF4E と mRNA の 5'-cap 結合効率 が低下しています。すなわち、薬剤処理によりこれらの mRNA の翻訳効率が低下していることを意味し、転写レベルではなく翻訳制 御レベルでタンパク質の発現量が調節されている可能性を示唆しています。 また、RBP は機能的に関連性のある遺伝子群を cluster を介して制御していると考えられていますが、その考えを裏付けるように一連 のファミリー遺伝子が同様の発現プロファイルを示しました。 AAAAAA PABP eIF4E eIF4G1 40S eIF4A eIF3 P 4E-BP P P P P AAAAAAPABP eIF4E eIF4G1 40S eIF4A eIF3 4E-BP Rapamycin 添加 Mock 翻訳 翻訳
Rapamycin 処理による eIF4E と mRNA の結合状態変化の解析
解析結果
Gene 12I Gene 4 Gene 5 Gene 4 Gene 12G Gene 5 Gene 12I Gene 12G Gene 4 Gene 4 Gene 5 Gene 5mRNA発現量 (Mock, Log2)
mRNA発現量 (Rapamycin添加, Log
2
)
EIF4E RIP-Chip解析 Total RNA (従来法)
mRNA発現量 (Mock, Log2)
mRNA発現量 (Rapamycin添加, Log
2 )
Family Genes
mRNAの発現量に変化なし 転写レベルでは、Rapamycin添加の影響は見られない Rapamycin添加によって翻訳が抑制され、 タンパク質発現レベルに変化があると考えられる。従来の手法では見出せなかった事象を網羅的に解析する事が可能！
mRNAの発現量に変化あり (cap結合状態に変化)RIP-Assay Kit
◎ RIP-Assay 用に最適化されたバッファーセットです。 ◎ フェノールを使わない、独自の高収率な RNA 抽出試薬を採用しておりますので、廃棄物に困りません。 ◎ RIP-Assay 後の各種アプリケーションに適した、高収率・高品質の RNA 回収が可能です。 MBL では RBP に対する抗体で RBP と mRNA の複 合体 (mRNP) を免疫沈降（RIP）し、RBP に結合す る mRNA を網羅的に解析するキット：RIP-Assay Kit と、RIP-Assay で使えることが実証された、様々な RBP に対する抗体：RIP-Certified Antibody の開発・ 販売を行っております。 RIP-Assay Kit で分離され た mRNA を、マイクロアレイ（RIP-Chip）や高速 シーケンサー（RIP-Seq）などの解析に供することで、 従来の遺伝子発現解析では困難であったターゲット の絞込みが可能になります。 RIP-Chip 法 は、 こ れ ま で に 広 く 使 わ れ て い る ChIP-Chip 法と似た原理で、RBP に特異的な抗体 によって細胞抽出物からリボヌクレオタンパク質 (Ribonucleoprotein;RNP) を免疫沈降します。続い て RNP から精製した mRNA をマイクロアレイで発 現解析します。マイクロアレイは既知のシークエン ス由来のプローブと mRNA サンプルをハイブリダ イズさせることによって mRNA のシークエンスを 同定しますが、直接シークエンスすることによって も (RIP-Seq 法 )、RBP のターゲットとなっている mRNA を同定することができます。 RIP-Chip 法および RIP-Seq 法は、治療医薬のター ゲットになり得るような新しい分子を見つけ出した り、医薬品が細胞に与える影響を調べるために使わ れています。RIP-Assay 原理
プロテイン A/G アガロースビーズ 沈降分画 細胞中 mRNA と RBP RBP に対する抗体 RIP-Certified Antibody 免疫沈降 mRNA の分離 mRNA の抽出 に結合する Cell Lysis マイクロアレイ RT-PCR シークエンシング 解析 2. 分離された RNA 量を確認しました (NanoDrop)。 0 Isolated RNA(ng)Normal Rabbit IgG Anti-PTBP1 pAb 900 800 700 600 500 400 300 200 100 Antibody RNA (ng) Normal Rabbit IgG
Anti-PTBP1 pAb Total RNA
51 678 84570 Average quantity of isolated RNA (n=2)
1. 免疫沈降後のビーズに RNP が結合していることを WB で確認しました。
Lane 1: Input sample (Precleared cell lysate) Lane 2: post-IP beads of Normal Rabbit IgG Lane 3: post-IP beads of Anti-PTBP1 pAb 250 150 75 50 37 25 100 PTBP1 (kDa)
IB: Anti-PTBP1 polyclonal antibody (Code No. RN011P)
データ解析例
細胞： Jurkat
細胞数： 6 × 106 cells/sample
抗体： Normal Rabbit IgG
Anti-PTBP1 pAb (Code No. RN011P) 抗体使用量： 15 μg
15
試薬 容量
Lysis Buffer 26 mL
Wash Buffer 35 mL × 2 bottles
Normal Rabbit IgG 200 μL High-Salt Solution 6 mL RNA 抽出試薬 Solution I 260 μL RNA 抽出試薬 Solution II 10 mL RNA 抽出試薬 Solution III 7 mL RNA 抽出試薬 Solution IV 55 μL
コード No. 製品名 包装 希望購入価格
RN1001 RIP-Assay Kit 10 assays ¥40,000
Protease inhibitor RNase inhibitor
Protein A or Protein G Agarose beads DTT
キット構成品
キットに含まれない必要試薬 Jurkat 細 胞 内 で PTBP1 に 結 合 し て い る RNA を RIP-Assay Kit で分離した後、遺伝子特異的プラ イマーを使って RT-PCR で同定しました。コント ロールの Normal Rabbit IgG では検出されなかっ たのに対し、anti-PTBP1 pAb で免疫沈降したサ ンプルでは、CD40LG が有意に検出されました。 CD40LG は、 文 献 で す で に PTBP1 の タ ー ゲ ッ ト RNA であることが知られています。このことか ら、RIP-Assay Kit は RNP 複合体中のターゲット mRNA のプロファイリングに有用であることが示 されました。 RNA intensity 1 2 3 4 3. 分離された RNA を解析しました (Bioanalyzer)。 4000 [nt] 2000 1000 500 25 200 Nucleotide length Lane 1: LadderLane 2: Normal Rabbit IgG Lane 3: Anti-PTBP1 pAb Lane 4: Total RNA
28S 18S
4. 分離された RNA を RT-PCR により同定しました。
Material source: RIP sample QC sample (Input)
CD40LG (CD154)
Normal Rabbit IgG Anti-PTBP1 Total RNA
1 2 3 Lane 1: Normal Rabbit IgG Lane 2: Anti-PTBP1 pAb Lane 3: Total RNA
RIP-Assay Kit for microRNA
◎ RIP サンプルから、miRNA/mRNA を同時に回収可能です。また、別々に分離回収する事もできます。 ◎ RISC コンポーネントの抗体や、それ以外の RBP 抗体でも miRNA/mRNA の回収を行う事ができます。 ◎ 独自の高収率な RNA 抽出試薬を採用しており、miRNA/mRNA を要する各種アプリケーションに最適です。
RIP-Assay Kit for microRNA は、RIP-Assay により機能的
に関連する mRNA 及び miRNA を回収するために最適化され たキットです。
本キットでは、実験デザインに合わせて RNA 抽出方法を選 択可能です。
・ small RNA を迅速に回収（1-step method)
・ small RNA、large RNA を同時に回収（2-step method) ・ small RNA、large RNA を分離回収（Separation method)
どの抽出方法でも、フェノールを用いる従来法よりも高効率 に miRNA を回収することができます。本キットは、特定の 疾患や機能に関連する miRNA の同定や、miRNA とターゲッ ト mRNA のマッチング解析に有用です。
RISC の中心的役割を担う AGO2 に対する抗体を使って RIP-Assay を行いました。 RISC 構成因子での RIP
データ解析例 1
特定のクラスターに分類される mRNA、miRNA 群を特異的に回収 マイクロアレイ RT-PCR シークエンシング 同定 RISC 構成因子以外での RIP RiboCluster RISC RISC RISC 構成因子での RIP OR mRNA-miRNA のマッチング 細胞： Jurkat 細胞数： 1 × 107 cells/sample抗体： Mouse IgG2a λ (Code No. M076-3) Anti-AGO2 mAb (Code No. RN003M) 抗体使用量： 15 μg
RNA 抽出法： Separation method RNA 抽出ステップ
small RNAと
large RNAを 同時回収
Separation method 1-step method＊ 2-step method
主にsmall RNAを 迅速に回収 ＊他 2 法に比較すると large RNA の回収率は低いですが、 少ないステップでアッセイが完了します。 S S L S L small RNAと large RNAを 分離回収
17 RNA intensity 2. 分離された large RNA 画分をバイオアナライザーで解析しました。 Nucleotide length 1. 免疫沈降後のビーズに AGO2 が結合していることを WB で確認しました。
Lane 1: Input sample (Jurkat cell lysate) Lane 2: post-IP beads of Mouse IgG2a Lane 3: post-IP beads of Anti-ElF2C2/AGO2 mAb 75 50 37 100 EIF2C2/AGO2 (kDa) 1 2 3 Light chain Heavy chain
Mouse IgG2a EIF2C2/AGO2 Total RNA
18S rRNA 28S rRNA IB: Anti-ElF2C2/AGO2 monoclonal antibody (Code No. RN003M)
3. 分離された large RNA 画分を RT-PCR で解析しました。 4. 分離された small RNA 画分を銀染色で確認しました。
Anti-AGO2
Mouse IgG2a Total RNA RIP sample IRF2BP2 EIF5 c-Myc 40 30 20 50 2 1
Lane 1: Mouse IgG2a
Lane 2: Anti-ElF2C2/AGO2 mAb
small RNA画分
5. 精製した small RNA をシークエンス解析しました。
miRNA: coverage>90%, identity>90% Similar to miRNA: coverage>80%, identity>80%
Artificial error: PCR等のクローニング過程に起因すると考えられるエラー Sequencing error: シークエンスが起因と考えられるエラー (nt) Similar to miRNA Artificial error Sequencing error miRNA (70.8%)
RIP-Assay Kit for microRNA を用いて分離した large RNA 画分には c-Myc、
EIF5、IRF2BP2 などの mRNA が濃縮されていることを確認しました。また、 small RNA 画分のシークエンス解析を行い、多くが miRNA である事を確認 しました。（解析：96 クローン）
試薬 容量 免疫沈降試薬
mi-Lysis Buffer 26 mL × 1 bottle mi-Wash Buffer 35 mL × 2 bottles Normal Rabbit IgG 0.33 mL × 1 vial High-Salt Solution 6 mL × 1 vial RNA 抽出試薬
mi-Solution I 0.26 mL × 1 vial mi-Solution II 6 mL × 1 vial mi-Solution III 4 mL × 1 vial mi-Solution IV 0.2 mL × 1 vial small RNA 画分調製試薬
Gel Extraction Buffer 25 mL × 1 vial
3 M NaOAc 1 mL × 1 vial
miSPIKETM 100 pmoles × 1 vial
コード No. 製品名 包装 希望購入価格
RN1005 RIP-Assay Kit 10 assays ¥60,000
キット構成品
1. 分離された large RNA 画分をバイオアナライザーにて解析しました。 2. 分離された small RNA 画分を銀染色で確認しました。 RNA intensity Nucleotide length IGF2BP1/IMP1Normal Rabbit IgG TNRC6A/GW182 Total RNA
40 30 20 50 (nt) 2 1 3 small RNA画分 3. 精製した small RNA をシークエンス解析しました。
miRNA: (coverage>90%, identity>90%)
Non-Identification: 同定できなかった配列 (新規miRNAの可能性を含む) Artificial error: PCR等のクローニング過程に起因すると考えられるエラー Sequencing error: シークエンスが起因と考えられるエラー TNRC6A/GW182 IGF2BP1/IMP1 18S rRNA 28S rRNA Non-Identification
Artificial error Sequencing error
Non-Identification
Artificial error Sequencing error
miRNA
(60.4%) (85.4%)miRNA
Lane 1: Mouse IgG2a
Lane 2: Anti-EIF2C2/AGO2 mAb Lane 3: Normal Rabbit IgG Lane 4: Anti-IGF2BP1/IMP1 pAb Lane 5: Anti-TNRC6A/GW182 pAb
5 4
RISC 構成因子ではない IGF2BP1/IMP1 と RISC 構成因子である TNRC6A/GW182 に対する抗体を使用して RIP-Assay を行いました。
RISC 構成因子での RIP RISC 構成因子以外での RIP
データ解析例 2
細胞： K562
細胞数： 1 × 107 cells/sample
抗体： Mouse IgG2a λ (Code No. M076-3)、 Anti-AGO2 mAb (Code No. RN003M)、
Normal Rabbit IgG、 Anti-IGF2BP1/IMP1 pAb (Code No. RN007P)、 Anti-TNRC6A/GW182 pAb (Code No. RN033P) 抗体使用量： Mouse IgG2a λと Anti-AGO2 は 15 μg、その他 25 μg
RNA 抽出法： Separation method
RISC 構成因子ではない IGF2BP1/IMP1 の RIP サンプルからも多く の miRNA が同定されました。( 解析：各 48 クローン )
19 RiboTrap は、ある特定の遺伝子に興味がある場合、そ の RNA の転写後制御に関連するタンパク質を同定す る技術です。 T7 プロモーターを付加した cDNA をテンプレートと し て、5-Bromo-UTP (BrUTP) が ラ ン ダ ム に 取 り 込 まれるようにin vitro transcription 反応を行うことで、 BrU 標識 RNA を合成します。 BrU-RNA に抗 BrdU 抗体結合ビーズを反応させた後 に、細胞抽出液を加えて BrU-RNA-RBP 複合体を形 成させ BrdU による競合溶出により回収します。この RNP 複合体を SDS-PAGE で分離・展開後、LC-MS/ MS による分析を行うことにより、BrU 標識 RNA に 特異的に結合する RBP を同定します。 本キットでは、RNP 複合体の精製過程に最適化された 洗浄バッファーを 3 種類準備しております。
・Wash Buffer I : mild な洗浄（基本組成） ・Wash Buffer II : stringent な洗浄 ・Wash Buffer III : stringent な洗浄
実験デザインにあわせて洗浄条件を選択することがで きます。本キットは、RNA のスプランシング、核外輸 送、細胞質内局在、安定性及び翻訳といった転写後の 遺伝子発現や small RNA の生合成、non-coding RNA 研究など、様々な研究にお使いただけます。
RiboTrap Kit
◎ RNA を bait にして目的の RNA に特異的な RiboCluster を回収するキットです。
◎ RNA の標識に BrUTP を採用し、抗 BrdU 抗体の BrU/BrdU 交差反応性を利用して RNA に結合する RNP を 回収します。 ◎ 酸などの変性剤を使用しない溶出法で RNP を回収するため、様々な実験に応用可能です。 ◎ 核画分と細胞質画分を分けて調製するため、両画分の RNP 構成因子を解析可能です。
洗浄 Buffer 比較
BrU 標識 mRNA 洗浄 / 溶出 BrU-RNA-RBP 複合体の形成 BrU-RNA-RBP 複合体の回収in vitro transcription Cell Lysate
SDS-PAGE
Probability Based Mowse Score RBP-X Number of Hits LC-MS/MS による分析 核画分 or 細胞質画分
RiboTrap Kit 原理
抗 BrdU 抗体 イオン強度 強い結合のタンパク質の溶出Wash BufferⅠ Wash BufferⅡ Wash BufferⅢ
バックグランド 洗浄条件 界面活性剤 弱い結合のタンパク質の溶出 弱い ⃝ 弱い 低い 中程度 弱い 弱い 弱い ⃝ ⃝ ⃝ × × 強い 強い 低い （Basic buffer） 強い 強い （イオン強度を改変） （強力な界面活性剤を使用）
販売元 ◎営業推進部 基礎試薬グループ 〒460-0008 名古屋市中区栄4丁目5番3号 KDX名古屋栄ビル10階 TEL :（052）238-1904 FAX :（052）238-1441 E-mail : [email protected] https://ruo.mbl.co.jp/ Copyright © 2011 Medical & Biological Laboratories, All Rights Reserved.
試薬 容量
[RN1012]
細胞溶解試薬 （保存温度 2-8℃）
CE Buffer 15 mL × 1 bottle
CE Wash Buffer 13 mL × 3 bottles
NE Buffer 6 mL × 1 bottle
Dilution Buffer 9 mL × 1 bottle Detergent Solution 0.75 mL × 1 vial High-Salt Solution 0.45 mL × 1 vial 洗浄試薬 （保存温度 2-8℃）
Wash Buffer I 48 mL × 1 bottle Wash Buffer II 48 mL × 1 bottle Wash Buffer III 48 mL × 1 bottle Beads Wash Buffer 38 mL × 1 bottle
コード No. 製品名 包装 希望購入価格
RiboTrap Kit 10 assays ¥78,000 HEK293T 細胞の細胞質画分と BrU 標識した p21 mRNA の 3'-UTR を用いて得られた① - ③ の バンド を LC-MS/MS にて解析した結果、IGF2BP1/IMP1、 PCBP2、HuR が同定されました。 またこれらのタンパク質は WB でも確認されました。 さらに ① - ③ 以外のいくつかのバンドも同様に解析 したところ、 p21 mRNA の 3'-UTR に結合する可能 性のある RBP が複数確認されました。 RN1011 RN1012＊ ＊ RN1011 と RN1012 はセット販売となっております。 また RN1011 と RN1012 は保存温度が異なりますのでご注意ください。 RN1011： -20℃ RN1012： 2-8℃
データ解析例
細胞： HEK293T 細胞数： 8 × 107 cells Cell lysate: 細胞質画分Bait RNA： p21 coding sequence (0.5 kb)、 p21 3'-UTR (1.5 kb) Wash 条件： Wash Buffer Ⅰ
Lane 1: Input (Cytoplasmic extract) Lane 2: Beads alone
Lane 3: p21 coding sequence Lane 4: p21 3’- UTR kDa 250 150 100 75 50 37 25 20 1 2 3 4 ① IGF2BP1/IMP1 ② PCBP2 ③ ELAVL1/HuR 1. 競合溶出により回収した RNP 複合体を SDS-PAGE と CBB 染色にて確認しました。 2. LC-MS/MS により同定した RBP の発現を Western Blot で確認しました。 IGF2BP1/IMP1 (Code No. RN007P) PCBP2 (Code No. RN025P) ELAVL1/HuR (Code No. RN004P) 1 2 3 4 RiboTrap 試薬 容量 [RN1011] RiboTrap 試薬 （保存温度 -20℃）
Anti-BrdU mAb 0.5 mL × 1 vial
BrdU/DMSO 0.05 mL × 1 vial
5-Bromo-UTP (50 mM) 0.018 mL × 1 vial Column (For Elution) ‡ 10 columns
キット構成品
143034-11051010E 2011.05 ‡ Column の保存温度はどの温度帯でも構いません。
