DNAdata unyou 最近の更新履歴 DDBJ 2009年事業報告 DNAdata unyou

添付資料５

DDBJ運用システムの動向

＜データサービスシステムチーム＞

１．登録システムSAKURA(DDBJ DNA Data Submission System)の改善 ・ 各種入力インタフェースの更新や改良

 db_xref にJGIDBを追加、countryにNorth Seaを追加  Genetic Code Indexの修正

 生物情報画面のhostとlab_hostの説明文を追加

 CDS とその他 feature の各入力画面から db_xref の項目自体を削除  生物情報ページにおけるデータベース選択肢を大幅削除

 REFERENCE画面のJOURNALの年数を1900-2100に変更  生物情報ページのcollection_dateの仕様変更

２．データベースシステムの機能拡張と修正

　　１）レビューシステムTSUNAMIの機能拡張と修正

・ 2009年国際実務者会議決定事項への対応（Feature/Qualifierの仕様変更等） 　　２）Structured Comment登録への対応

・ GenBankで先行運用されていた新しい登録形式であるStructured Commentに 対応した

　　３）genbank common nameの表示に対応

・ フ ラ ッ ト フ ァ イ ル の SOURCE行 で 表 示 す る 生 物 種 名 にgenbank common nameを追加した

　　４）DDBJリリースデータをDB格納データから再作成

・ DDBJリリース80において、全公開データをDB格納データから再作成し、リフ レッシュした

　　５）作業中フラグの導入

・ データベースに格納されているデータに作業中フラグを導入し、アノテータの公 開忘れによってフラットファイルの不整合が発生することを防止

３．DDBJ/EMBL/Genbank協調対応 1） DBLINK行対応

PROJECT行からDBLINK行への変更により、他極からの取込処理の変更、DDBJ 定期リリース(リリース79)のレトロフィット対応を実施

2） GenBankからTPA:reassembly WGS project

3） 曖昧塩基/アミノ酸の基準変更

GenbankおよびEMBLの曖昧塩基/アミノ酸の定義がDDBJと異なっていた為、 他極と定義を統一

４．データ公開

１）DDBJリリースの作成と公開 以下のリリースを作成公開した。 Rel.77 2009/03

Rel.78 2009/06 Rel.79 2009/09 Rel.80 2009/12

２）DADリリースの作成と公開 以下のリリースを作成公開した。 Rel.47 2009/04

Rel.48 2009/07 Rel.49 2009/10 ３）PRFリリースの公開

以下のリリースを公開した。 Rel.126 2009/04

Rel.127 2009/06 Rel.128 2009/08 ４）UniProtリリースの公開

以下のリリースを作成公開した。 Rel.14.7-14.9 2009/01-2009/03 Rel.15.0-15.11 2009/04-2009/12

５．利用システム

１）各サービスデザインの統一

・ デザイン統一共通化コンポーネントについての仕様検討 2） getentry関連

・ 各種データ／プログラムの是正・品質向上 ３）DDBJ定期リリース

・ リリース80にて、DDBJ由来のデータをTSUNAMIからデータ抽出し、公開 ・ SOURCE行を、organelle genus species (Genbank common name)の

記載に統一 ４）H-InvDB関連

・ KIPOフラットファイルフォーマットについて、明確に規定されていなかった 為、

規定する為の調整をJPOと実施 ・ 生物情報の表記改善

６）DDBJ HP

・ デイリーデータのRSS配信を開始(2009/9/15～) ７）その他データ公開

・ DDBJ由来のアノテーションContigデータの公開 ・ Genbankリプレースリスト導入の検討

８）サービスの評価と廃止

WEBアクセスログ等の各種ログについて集計作業を実施した。集計結果を評価 した結果、以下のサービスについてサービスを終了した。

・ H-InvDBミラーサーバ(2009/12/31)

・ H-InvDB フラットファイルサーバ(2009/12/31)

 ※BIRC 版 フ ラ ッ ト フ ァ イ ル は DDBJ Anonymous-FTP に て 公 開 (2010/1/4～)

また、以下のサービスについてサービスの終了を予定している。 ・ 相同性検索サービスの各サービスの廃止(2010年3月末)

 fasta, ssearch, psi-blast, hmmpfamのサービス廃止 ・ DDBJ-XMLの廃止

 廃止対象となるサービスはgetentry, DDBJ定期リリース  廃止時期は、サービスの影響を見て、すみやかに廃止

＜システム管理チーム＞　

1. タスク

DDBJスーパーコンピュータシステムの管理、及び遺伝研ネットワークシステムの管理 ２．業務内容

 定常業務

 各種申請に対する作業

 稼動状況の監視

DDBJスーパーコンピュータシステムの稼動状況の監視、及び遺伝研ネットワー クシステムの通信状態の監視

 ユーザー支援

メーリングリストの新規作成、所内ユーザーからの技術的な質問に対する受付/回

答、等  情報局支援

情報局と連携し、新たに所内へ来られた方のlab用メールサーバへのアカウント 登録、及びall-nigメーリングリストへの登録、メール利用登録

 セキュリティ管理

セキュリティに関する情報の定期的な入手、必要に応じた問題への対処  定期保守

PRIMEPOWER2500サ ー バ 、 大容 量バ ッ ク ア ッ プ装置 、IPCOM2400装置 、

PRIMERGYサーバの定期的な保守、システムバックアップ、自家用電気工作物の

定期点検に伴う所内停電への対応(11月頃)

 講習会開催

所内ネットワーク利用講習会(毎年4月～6月頃)  IPアドレス棚卸

所内へ割り振っているIPアドレスの棚卸を実施(5月末頃)

 所外公開サービス申請棚卸

所外公開サービスを行っているサーバ申請の棚卸を実施(3月末頃)

 スパムメール対応

スパムメール統計情報作成、傾向分析、対策の検討  障害対応

 DDBJスーパーコンピュータシステム障害対応 　ハード障害、システム障害への迅速な対処

 遺伝研ネットワークシステム障害対応

　ハード障害、通信障害への迅速な対処  新規要望への対応

 新規サービス構築

　新規サービスの導入提案/導入テスト/構築、新規タスクの導入提案、他部門からの 要望への対応等

 ネットワーク環境構築

　新規ネットワーク環境の構築提案、構築  システム改善

DDBJスーパーコンピュータシステム及び遺伝研ネットワークシステムの稼動状 況監視強化のためのツール開発及び改善

 その他

 統計情報作成

DDBJスーパーコンピュータシステムの統計情報作成 ３．主な作業実績（2009/1～2009/12）

 トラブル対応

ハードウェア障害、システム及びネットワーク障害等の対処  インシデント対応件数：325件

(CPU、メモリ、ディスク等のインフラ関連障害、OS、各種サービス(メール、

NIS/DNS、ウィルス感染、ウェブメール等)のトラブル等 )  Q/A対応

所内ユーザーからの技術的な質問に対する受付/回答、等  インシデント対応件数：26件

 Request対応

所内ユーザーからの要望受付/回答、対処等  インシデント対応件数：100件

 定常業務

定常業務に関する作業

（特別申請、監視ツールメンテナンス、業務効率化、新規ツール作成、ホームページ 更新作業、新サービス公開作業、等）

 インシデント件数：47件  各種申請件数：1023件

 講習会開催

所内ネットワーク利用講習会(2009年5月実施)

４．その他

 オープンシステムプロジェクトについて

次世代シーケンサの出現に伴う計算機需要の急激な高まりに対応するため、DDBJ で所有する解析サーバを所内外の研究者に利用いただくプロジェクトとして、オープ ンシステムプロジェクトを実施した。

 概要

オープンシステムプロジェクトでは、研究者自身にDDBJで保有する大規模計

算機環境を提供し、様々なデータ解析、シミュレーションや、バイオ関連のプロ グラム開発、高速化に関する研究を実施いただく。

申請内容をDDBJで審査し、ふさわしい案件を採択後、申請者に利用可否の連絡 を行う。

採択された研究については、DDBJより申請者に対して利用期間等の情報を提

示後、利用いただく。  実施スケジュール

申請期間 2009年9月24日～2009年10月16日 審査期間 2009年10月19日～2009年10月23日 利用期間 2009年11月5日～2010年3月31日  対象研究および対象申込者について

オープンシステムプロジェクトの対象研究は「最大32ノード(256コア)」を

使用する大規模計算を大量に行う研究とした。

申込者は「国内の大学に所属する研究者，公共機関に所属する研究者」とした。

研究グループのメンバーは、DDBJ塩基配列データベース等利用規約に順ずる

有資格者，すなわち：

・ 国内の大学に所属する学生・研究者 ・ 公共機関に所属する研究者

・ 企業に所属する研究者，技術者 とした。

 利用可能な計算機について

以下のスペックの計算機を最大32ノードを利用できるように環境を構築した。 CPU Xeon(4Core) 3.16GHz × 2

メモリ 16Gbyte ネットワーク 1000Base-T

内蔵ディスク 147Gbyte

OS RedHat Enterprise Linux 4.6 ES (EM64T)

HPC開発/実行環境 富士通Parallelnavi

 採択された研究について

申請は全部で7件あったが、審査の結果7件全てを採択した。

ただし、そのうち1件については、他の研究のスケジュールの都合上、申請い ただいた利用期間を変更いただいた。

採択された研究一覧を以下に示す。

　　　　表 オープンシステムプロジェクトで採択された研究(順番は申込順)

(*1)

1 立命館大学

河合様

タンパク質の折り畳み過程進化 の解析

①8日間　　／　32 ノード

2 国立遺伝学研究

所 小原様

次世代型シーケンサを用いたゲ ノム多型解析

①16日間　／　12 ノード

②33日間　／　 8 ノード

3 大阪大学

安永様

次世代シーケンサーを用いた感 染症診断システムの開発

①6 日 間 ／ 　32 ノード

4 長浜バイオ大学

阿部様

一括学習型自己組織化マップ法 を用いた環境由来DNA配列を 対象とした環境生物群集構造の 解明

①15 日 間 ／ 　16 ノード

②15 日 間 ／ 　16 ノード

③15 日 間 ／ 　16 ノード

5 国立遺伝学研究

所 藤山様

次世代シークエンサーを用いた ゲノム解析

①33 日 間 ／ 　 8 ノード

6 前橋工科大学

坂田様

高速並列化計算によるゲノムワ イドなヒト転写制御ネットワー ク推定

①15 日 間 ／ 　32 ノード

7 明治大学

坂田様

環境やゲノムによって異なる発 現パターンを示す遺伝子群の探 索とそれら遺伝子群の機能解析

①12 日 間 ／ 　32 ノード

② 8 日 間　 ／ 32 ノード

③ 5 日 間　 ／ 32 ノード

(*1) 複数期間の利用がある申請については、利用日数を複数記載している。

 今後について

次年度以降も同様にオープンシステムプロジェクトを継続予定である。

 ネットワークシステム増強について

 概要

今年度、遺伝研の基幹ネットワーク機器のうち、特に老朽化している以下の ネットワーク機器の更新を行い、安定稼動を確保する。

・インターネットルータ(レイヤ3スイッチ) 1式 ・建物スイッチ(レイヤ3スイッチ) 2式 ・ファイアウォール 1式

 スケジュール

入札説明会 2009年10月21日 書類提出締切 2009年12月5日 開札 2009年12月25日 納入日 2010年3月31日

 スパムメール対策について

遺伝研メールシステムのスパムメール対策として、スパムメールの検出率を向上さ せるために、外部データベースによるスパムメールチェックを取り入れた。

 概要

遺伝研メールシステムのスパムメール対策として、利用者に送信されるスパム メールをさらに軽減するため、外部データベースを用いたスパムメール対策を 2009年8月4日より実施した。

 状況

2009年1月～7月のスパムメール検出率(受信したメールのうち、スパムとし て検出したメールの割合)は、約30～40%であったが、スパムメール対策に外部 データベースを採用した2009年8月以降は約60%となっており、効果を得られ たため継続して実施する。

 セキュリティ監査について

インターネットを利用するシステムに関して、外部からの不正侵入やWebページ の改ざん等のセキュリティインシデントを防止するために、一部のサーバについてセ キュリティ監査を実施した。

 概要

スパコン機器において、新規にインターネットに接続する計算機をシステム管 理チームで構築する際に、利用される方に引き渡す前にセキュリティのチェック を実施した。

・ポートのオープンチェック。

・Webアプリケーションのセキュリティチェック。(クロスサイトスクリプ ティング等)

 状況

2009年10月より、現時点で合計5台のLinuxサーバのセキュリティ監査を 実施した。