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in silico biology

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IMC の起動

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デスクトップアイコンクリックにより

IMC を起動する

もっとも一般的なIMC 起動方法です。

IMC 起動方法

1. 浮動ライセンス＝ドングル版を使用している場合は、ドングル :Sentinel Key を USB スロットに差し込んでおきます。（固定ライセンスの場合は不要です）

2. デスクトップ上の IMC のアイコンをダブルクリックして、_{IMC を起動します。}

• 初期画面が表示されます。

• 初期画面に表示されている情報は、IMC のエディション名、バージョン名、ライセンス ID、ドングル ID（ドングル版の場合のみ）、登録日付、最新版へのアップデート期限。 • 初期画面が表示されない場合は、以下のようなケースが考えらます。 • 原因：IMC のインストールがうまくいっていません。 • 対処　インシリコバイオロジー社にメール等で対処方法を聞きます。 • 対処　Windows の場合は、コマンドプロンプトから IMC を起動してみます。 • 対処　Mac の場合は、ターミナルから IMC を起動してみます。

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• 原因：浮動ライセンス（ドングル版）の場合にドングル（Sentinel Key）が USB スロットに差し込まれていません。 • 対処　ドングルを USB スロット（USB ハブ経由でも可能）に差し込みます。

• 原因：ドングル（Sentinel Key）のドライバーがインストールされていません。

• 対処　ドングルのドライバーをインストールします。ドングル・ドライバーのインストール方法「インストールガイド」を参照ください。。

• 原因：設定ファイル（option.dat や layout.dat など）が壊れています。

• 対処　ユーザ領域の imc_xx/data に格納されている option.dat や layout.dat を別名に変更してから起動します。（ここでimc_xx の xx は se, ge, ae の 3 種類があり、それぞれスタンダード版、ゲノミクス版、アレイ版を示し

ます）。 • 対処　コマンドプロンプト（Windows）やターミナル（Mac）からの起動方法で IMC を起動してみます。 3. 初期画面をクリックします。 • IMC のメインウィンドウが表示されます。 •

固定ライセンスの場合

• 固定ライセンスの場合で、ライセンスファイル（license.properties）が正しい場所に保存されていない場合には、以下のメッセージが表示されます。 1. Ref ボタンをクリックしてファイル選択ダイアログを表示し、ライセンスの保存してある場所を指定します。

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2. OK ボタンをクリックしてファイルを指定し、Set ボタンをクリックします。

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Start メニューから IMC を起動する（Windows ）

操作方法

1. Start ボタンをクリックし、「すべてのプログラム」⇒「in silico biology, inc.」⇒「IMC」⇒「in silico Molecular Cloning XXXXX Edition」をクリックします。

• 初期画面が表示されます。

• インストールされているエディションによって、xxxxxx には Standard, Genomics, Array のいずれかが表示されます。

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コマンドプロンプトからの

IMC 起動方法 (Windows）

デスクトップの_{IMC アイコンをダブルクリックする方法では IMC を起動できない場合は、コマンドプロンプトを} 使用して_{IMC を起動します。}

コマンドプロンプトからの

IMC 起動方法

Windows の場合

1. コマンドプロンプトを起動します。 2. コマンドプロンプトのコマンドラインからコマンドを入力して操作します。 3. IMC がインストールされているディレクトリに移動します。 • >cd c:\Program fi les\isb\imc\bin 4. IMC を起動するためのコマンドを入力します。

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in silico biology 19 IMC_31.ja 2012/07/23 13:19 1. 左上隅のコマンドプロンプトアイコンをクリックします。 • するとメニューが表示されます。 2. 「編集」　→　「すべてを選択」をクリックします。 • メッセージ全体が反転表示されます。 3. 同様にメニューの「編集」→「コピー」を選択します。 • メッセージがクリップボードにコピーされます。 4. NotePad などのエディターを起動します。 5. エディターにペーストします。

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IMC のターミナルからの起動方法

トラブルなどで_{IMC が起動しない場合などに、原因を調査する目的で起動します。}

Mac OS X の場合（トラブルの場合などに使用）

6. ターミナルを起動します。 7. ターミナルのコマンドラインから操作します。 8. IMC がインストールされているディレクトリに移動します。 • >cd Applications/imc/bin 9. IMC を起動するためのコマンドを入力します。 • >java -Xmx1000m -jar ImcLauncher.jar

• -Xmx1000m の数字部分は、実装されているメモリーサイズを超えないようにしてください。また、32bit の MacOS X 場合は、2000 以下の数値にしてください。

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in silico biology 21 IMC_31.ja 2012/07/23 13:19

浮動ライセンスにおける

IMC 起動方法

浮動ライセンスにおいては、IMC を起動するには、それ以前にドングルという装置を USB ソケットに差し込み、そのLED が点灯しているのを確認する必要があります。

浮動ライセンスにおける

IMC の起動

1. ドングルを USB ソケットに差し込みます。 • ドングルの LED が点灯することを確認します。 • LED が点灯しない場合は、ドングルのドライバーがインストールされていないか、あるいはその Version が古い可能性があります。最新のドングルドライバー（Sentinel Hardware Key ドライバー）をインシリコバイオロジー社のダウンロードサイトからダウンロードし、インストールしてください。

• USB HUB 経由でのドングル使用はなるべく避けてください。一部のメーカーの USB HUB 経由でドングルが破壊されてしまう問題が発生しています。

2. IMC のデスクトップアイコンをダブルクリックします。

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IMC 最初の起動時に自動設定されるフォルダー・ファイル

IMC はマルチユーザ対応

IMC をそのユーザ名で最初に起動するときには、ユーザ専用に２つの領域が確保されます。IMC がインストールされている1 台のコンピュータ（Windows あるいは Mac）に登録された複数のユーザがそれぞれ独立した下記の領域を使用するため、この領域範囲で_{IMC を使用している限りにおいて、お互いの操作は相互干渉しません。} • ユーザ専用書類（ドキュメント）保存領域 • ユーザ専用オプション設定・作業領域 • ユーザ専用書類（ドキュメント）領域の構成

Windows の場合は My Documents の下に imc_xx というディレクトリが生成され、Mac の場合は、ユーザの書類フォルダーの下に_{imc_xx というフォルダーが生成されます。}

このディレクトリの下に、IMC 操作学習用サンプルファイルが生成されます。サンプル内容は、随時更新されます。 IMC 操作中にユーザが出力するファイルはこの領域以下に保存することを推奨します。他の領域に保存することも可能です。

ユーザ専用オプション設定・作業領域

• Windows の場合は、Documents and Settings ディレクトリの下に imc_xx というディレクトリが生成され、 Mac の場合は、ユーザフォルダーの下に、imc_xx というフォルダーが生成されます。

• （ここで imc_xx の xx は se, ge, ae の 3 種類があり、それぞれスタンダード版、ゲノミクス版、アレイ版を示します）。 • この領域の内容を編集したり、削除すると操作結果のリンクが切れたりする場合があります。 • このディレクトリ・フォルダーの下に、data および work の２つのディレクトリ・フォルダーが生成されます。 • data フォルダーの下に、IMC のオプション設定ファイルなどが生成されます。以降は、ユーザが変更内容はこの領域にある設定ファイルに保存されます。また、data フォルダーの下にさらに、db というフォルダーが生成され、ユーザが独自のデータベースを登録した場合には、ここに保存されます。 • work フォルダーの下には、相同性検索結果などが保存されます。