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(1)

1

ン miRNA

100ng Total RNA

網羅的miRNA 現 ^ン

p.2 ン miRNA ^製品紹

p.19 ^ン RNA ^{抽出品質確認}

p.29 ^分解 ^進 RNA miRNA ^現 ^{ンへ}

影響 FFPE ン ^含

p.44 mRNA miRNA ^統合解析

(2)

miRNA ^現

定義: 内在的 ^現 22塩基前後 non-coding RNA

• 相補的配列 ッ mRNA 転写後遺伝子

現調節抑制的制御

約30 ^遺伝子 miRNA ^調節 ^{けい}

予想

miRBase Release 16 September 2010)

総 録数前駆体 15,172, Human mature miRNA 1,223

ワンン成果新規

miRNA ^同定 ^{続いい}

Cancer Genomics: Small RNAs with big impacts from Nature 435: 745-746 (9 June 2005)

(3)

miRNA ^{ン手法} ^比較

Page 3

既知 _miRNA 網羅的検出し迅速現差

解析行いい

→ ^最適！

nature methods | VOL.7 NO.9 | SEPTEMBER 2010 | 687-692

(4)

ン miRNA ^特長

 ^ン ^化

１日半 miRNA ^得

 100ng total RNA ^化

small RNA ^{濃縮精製} ^要

 miRBase ^録さい mature miRNA 選択的検出

高い配列選択性選択性

 ^ッ ^実現 8 ^ッ ^ッ

 ^高感度：検出感度 0.1 _αmol

 ^幅広い ^ッ ^ン ^： ^桁

 実験信頼性向

繰返し

(5)

Page 5

ン化

手間少いけくい得こ！！

Point1 :

Total RNA ^化

→small RNA精製濃縮要

Point2 :

逆転写増幅無し

→内在性 miRNA 末端

蛍光色素結合さけ

(6)

化必要試薬ッ

Complete Labeling Reagent and Hyb kit

totalRNA中 miRNA ^化 ^ョン

必要試薬 Complete Kit し提供

１ッ：24 ^分

(7)

Page 7

RNA 抽出

Complete Labeling Reagent and Hyb kit miRNA Spike-in kit

ン簡単

高感度ン化

totalRNA 必要量 100 ng

化ョン ^洗浄

ン数値化解析

約 4 時間 20 時間 10 分_{+ α} _{8 分/}

全自動化

ンッ

totalRNA中 ^ン化さ miRNA 全量

ョンへ

調整済

高品質洗浄ッ

￥

ン

全自動数値化 Spike-in ッ使 QC

自動作成

GeneSpring 統合解析 定量PCR Mx

ョン Absolutely

RNA,miRNA 抽出ッ

mRNA miRNA 両方含

高純度Total RNA 精製

RNA抽出 ^解析 ^ュ ^{ョン提供}

(8)

http://www.mirbase.org/

miRBase ^{録基い} ^設計

miRBase ^{更新伴} ^時 ^ッ

(9)

Page 9

独自ン選択性

前駆体区し Mature miRNA ^{選択的検出}

独自足付ン付

ン _mature

miRNA 選択的検出

(10)

miRNA Sequence #NT hsa-let-7a ugagguaguagguuguauaguu 22 hsa-let-7b ugagguaguagguugugugguu 22 hsa-let-7c ugagguaguagguuguaugguu 22 hsa-let-7d agagguaguagguugcauagu 21 hsa-let-7e ugagguaggagguuguauagu 21 hsa-let-7f ugagguaguagauuguauaguu 22 hsa-let-7g ugagguaguaguuuguacagu 21 hsa-let-7i ugagguaguaguuugugcugu 21

独自ン配列選択性

相同性 _{高いmiRNA同士} く区し検出

各miRNA ^ッ ^し ^他 miRNA ^ョン ^程度

(11)

実験信頼性向

ン miRNA 用 Spike-in ッ

• 化用 Spike-in Mix

化＋実験手くい評価

• 用 Spike-in Mix

実験手くい評価

Total RNA

Labeling Spike-In

Mix ^搭載済

化産物 Hyb Spike-In Mix

化

MicroRNA

Spike-In

ッ

P/N 5190-1934

Page 11

version2.2 1.7

(12)

QC Report

miRNA Spike-in ^測定結果 ^確認

Feature Extraction v10.7 ^ッ

3 Levels of Metrics

(13)

Page 13

ン miRNA ^特徴

Testes/Thymus Brain/Breast

Placenta/SkM Heart/Liver

y=-0.175-0.822x, R=-0.968

y=-0.276-0.972x, R=-0.951 y=-0.038-0.982x, R=-0.984

y=-0.073-0.962x, R=-0.972 qPCR CtA-CtB

Arrayslog2A-log2B

種類組織い ₆₀ _miRNA

現比定量PCR ^ン ^比較

定量PCR ^高い相関

Breast-normal Breast-normal

乳腺正常組織 miRNA ^現 Self vs. self plot

高い再現性広いッン

(14)

BioTechniques 48:219-222 (March 2010) doi 10.2144/000113367

DigitalGeneExpression RT-PCR ^相

関高いン

DGE RT-PCR ^相関

各社 _RT-

PCR/DGE ^相関

他社１

Agilent

他社2

qPCR log ratio DGE log ratio

ン miRNA ^特徴

(15)

miRNA 現在製品ンッ

ッ

^15K

Page 15 Page 15

miRBase 録あッ以外 _{生物 eArray} 作成可能！

miRBase

ョン ^16.0 ^15.0 ^14.0 ^12.0 ^10.1 ^9.1

miRBase mature

miRNA数 ¹²²³ ¹¹⁰⁰ ⁹⁰⁴ ⁸⁶⁶ ⁷³³ ⁴⁷⁰

Coming Soon 8×60K予定

8×15K Rel.14.0 (029297)

8×15K Rel.12.0 (021827)

8×15K Rel.10.1 (019118)

8×15K Rel.9.1 (016436) miRBase mature

miRNA数 ¹⁰⁵⁵ ⁷¹⁷ ⁷¹⁰ ⁶²⁷ ⁵⁷⁹

Coming Soon

8×15K Rel.15.0 (029152)

8×15K Rel.14.0 (029298)

8×15K Rel.12.0

(21828)

8×15K Rel.10.1 (019119) miRBase mature

miRNA数 ⁶⁸⁰ ³⁸⁷ ³⁸⁸ ³⁵⁰ ³⁵¹

Coming Soon

8×15K Rel.15.0 (029200)

8×15K Rel.10.1 (019159)

Human

Mouse

Rat

(16)

miRBase ^録 ^あ ^{ッ以外} ^生物

eArray ^作成可能

こ

現在いこ

miRBase16.0以前 ^録さい mature miRNA 対し

ンン済選択し搭載

● ● miRBase16.0以前 ^録さ ^{い全} ^生物 miRNA 対

応一混在さ

■ miRNA ^用 ^新規 ^ン

■ 8x15K以外 ^ッ ^選択

注意

全生物対しンこ出来

弊社提供化 _{3’端 OH基持} _{いmiRNA 植物}

化こ出来

(17)

ン miRNA ^用 ^ン

調製法び品質確認い

Page 17

(18)

推奨 total RNA 抽出法

2010年12 ^現在け推奨RNA抽出法

－Agilent Absolutely RNA miRNA Kit (400814)

－Invitrogen TRIZOL Reagent (15596-026)

－Qiagen miRNeasy Mini kit (217004)

－Applied Biosystem mirVana miRNA Isolation kit (AM1560)

※必 small RNA 含 ^{う抽出法} ^用し ^さい

※Total RNA 抽出 ^使用し

small RNA ^{濃縮精製} ^{行わい} ^さい

※抽出方法変わ影響え

１同一抽出方法使用しさい

(19)

Page 19

+遺伝子 ^現

+miRNA

ンし

PCR ^ン ^し

+遺伝子 ^現

+miRNA ^現

共通しン使用可能

抽出さ _高純度RNA

+ mRNA, miRNA

含高純度Total RNA 精

製可能ッ

+ 組織細胞出 ^材料

使簡単迅速

Absolutely RNA® miRNA Kit 400814 50 preps

Absolutely RNA miRNA Kit

(20)

Month ##, 200X

Quantitation of 5 miRNAs in human fetal liver total RNA purified using our Absolutely miRNA isolation kit

0.00E+00 1.00E+07 2.00E+07 3.00E+07 4.00E+07 5.00E+07 6.00E+07 7.00E+07

let-7a let-7b let-7c let-7d let-7i

copy no.

GAPDH and Lamin C quantitaion in human fetal liver RNA

0 1 2 3 4 5 6 7

GAPDH Lamin C

ng

5種類 miRNA

定量

ＰＣＲ測定

2種類 mRNA

定量

ＰＣＲ測定

Absolutely RNA miRNA Kit

抽出さ Total RNA 様々現量 miRNA 含

(21)

Page 21 Page 21

Total RNA Quality Check

UV-Vis ^純度確認

•測定波長: 230nm, 260nm, 280nm

A

²⁶⁰

total RNA concentration

1 = 40 ng/ul (RNA)

•Criteria: A ²⁶⁰ ^/A ²⁸⁰ = 1.8 ~ 2.0 _λMax

260nm _あ

ン

安定し

置あ

230nm

谷あ

(22)

RIN = RNA Integrity Number

Total RNA Quality Check ^電気泳動

Bio Analyzer RNA6000 Nano kit

miRNA ンあ RNA6000 Nano Kit

使 Total RNA 分解具合こ推奨

(23)

Page 23 Page 23

Degradation

Intact

RIN: 1 RIN: 2 RIN: 3 RIN: 4 RIN: 5

RIN: 6 RIN: 7 RIN: 8 RIN: 9 RIN: 10

Total RNA Quality Check

Total RNA 分解 RIN

(24)

Direct miRNA extraction (HEK 293 Cells)

using Ambion “mirVana“ Kit and RNA 6000nano

Small RNA 濃縮し ^ン

RNA 6000 nano

kit ^泳動

(no Lower Marker used)

RNA 6000nano kit small RNA fraction ^分析 ^{可能あ} ^分離能

十分い

Small RNA kit ^{Total RNA} ^しく purified sample中

200nt以領域 Characterization 開さし

(25)

Page 25 Page 25

RNA6000nano ッ Small RNA ッ ^比較

Small RNA RegionmiRNA Region

Lower Marker

Small RNA Region

tRNA 18s 28s

RIN:

Lower Marker 8.1

RNA 6000Nano kit

Small RNA Kit

RNA 6000Nano

Size range: 25-6000nt

Results: Integrity, Total RNA amount, gDNA contamination

NEW!Small RNA Size range: 6-150nt

Results: miRNA amount, Ratio and amount of other Small RNA

5s 5.8s

(26)

Total RNA ^分解具合 ^影響

電気泳動 _{small RNA} 分解物定こい

RNA QC し Total RNA ^分解具合 ^ッ ^必要 ^あ

Total RNA 熱 ^段 ^{的分解し} RNA 6000kit 使 Integrity (RIN) 測

定後 Small RNA kit ^{分析行} RIN6以 ^ン ^ン ^昇し

miRNA/small RNA量 ^{過剰見積} ^危険 ^あ

RNA6000kit

RIN値

Small RNA kit

Electropherogram

(27)

分解進 _{Total RNA}

miRNA ^現 ^ン

熱分解 mRNA miRNAへ ^影響

RNase ^分解 mRNA miRNAへ ^影響

ン _FFPE ン分析

Page 27

(28)

60℃ ^{熱一定時間} ^{けこ} 人為的 RNA 分解

Sample : STRATAGENE MVP Total RNA

Human MDA-MB-453 Cells, Catalog Number : 540093

Heat Treatment: 60 °C , X hr

RNA concentration: 250ng/uL

Volume : 9uL

heating time

(hour)

RNA Integrity Number

(RIN)

0 9.7

3 7.6

4 6.7

6 4.1

12 2.2

(29)

Page 29

RNA分解 ^指標

RNA Integrity Number (RIN)

RNA6000 Chip

Agilent 2100 Bioanalyzer

0 5 10 15 20 25 30 35 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 [s]

0 10 20 30 40 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65[s]

0 10 20 30 40 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65[s]

0 5 10 15 20 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65[s]

0 2 4 6 8 10 12 14 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 [s]

0 2 4 6 8 10 12 14 [FU]

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 [s]

RNA Ladder RIN = 9.7

RIN = 7.6 RIN = 6.7

RIN = 4.1 RIN = 2.3

わ _1ul 量

RNA分解度 ^定

感度 50-200 pg/uL

(30)

Technical replicates ^再現性 ^良好

Gene Expression

n = 41,000

miRNA Expression

n = 470

RIN 9.7 RIN 9.7

RIN 4.1 RIN 4.1

RIN 2.3 RIN 2.3

RIN 9.7

RIN 4.1 RIN 4.1

RIN 2.3 RIN 2.3

(31)

RNA熱分解 ^遺伝子 ^現 ^{え影響}

n = 41,000

RIN 9.7

RIN 7.6

RIN 9.7

RIN 6.7

RIN 9.7

RIN 4.1

RIN 9.7

RIN 2.3

Page 31

(32)

RNA熱分解 miRNA ^現 ^{え影響}

n = 470

RIN 9.7

RIN 7.6

RIN 9.7

RIN 6.7

RIN 9.7

RIN 4.1

RIN 9.7

RIN 2.3

(33)

Page 33

RNA degradation by heating

the number of genes which signal intensity

changed by degradation

% of all human genes (n = 41,000)

the number of miRNAs which signal intensity

changed by degradation

% of all human miRNAs (n = 470)

RIN 9.7 vs. RIN 7.6 290 0.7 0 0.0

RIN 9.7 vs. RIN 6.7 2,175 5.3 0 0.0

RIN 9.7 vs. RIN 4.1 9,400 22.9 0 0.0

RIN 9.7 vs. RIN 2.1 23,384 57.0 2 0.4

Welch T-test, p-value < 0.05, FDR Fold Change above 2

miRNA ^現 RNA 熱分解対し比較的安定

miRNA ^現 RNase ^{分解対し} ^{比較的安定}

(34)

同一臨床検体凍結処理 Fresh Frozen ^ン

固定ン包埋 FFPE 処理比較

実験

ン

標準

(35)

ン固定ン包埋 FFPE 処理 RNA

分解度測定

同一臨床検体 Fresh Frozen FFPE ^比較

Page 35

FFPE ^ン Total RNA ^分解さ ^い

(36)

同一ン凍結処理 Fresh Frozen ^ン

固定ン包埋 FFPE 処理 miRNA

ン比較

Fresh Frozen normal colon Fresh Frozen tumor colon

FFPEnormal colon FFPEtumor colon

分解進 _FFPE ン凍結ン同等得

(37)

大腸 _{け miRNA} 現

Fresh Frozen FFPE ^ン ^比較

Fresh Frozen FFPE

Page 37

FFPE ^ン ^{癌統計的} ^意差 ^現変動 miRNA

検出可能あ

corrected p-value 0.05, at least 2 fold change

(38)

miRNA mRNA ^{統合解析例}

(39)

Gene Expression + miRNA 分 ^こ

• 仮説：着目しい遺伝子 ^現亢進 (Up-regulation) や抑

制 (Down-regulation) 主 ^原因 short non-coding

RNA (i.e. miRNA) ^{制御あ}

 標的 mRNA 3’-UTR へ結合

 ^状 miRNA (e.g., miR-17-92)

 多数 vs. 特異的 miRNA (e.g., miR-122)

 ^対立 ^概念

 miRNA Decoy (e.g., miR-328)

 Decoy for miRNAs (e.g., PTENP1)

Page 39

ッ miRNA

機能調節 Agilent miRNA ^評価

Nucleic Acids Res. 2009 Apr;37(5):1672-81.

Functional links between clustered microRNAs: suppression of cell- cycle inhibitors by microRNA

clusters in gastric cancer. Kim YK et al. ^引用

Cell. 2010 Mar 5;140(5):612-4. Nature 2010 June

(40)

miRNA ^解析

変動 _miRNA ン

 実験：比較条件設定成熟 miRNA ^現量変化 ^得

 解析：網羅的 miRNA ^現

→ ^ン → 現差 miRNA 抽出

→ ^状 ^(or 配列一致) miRNA ^う ^確認

→ 標的 ^ッ ^遺伝子群 ^予測

→ ^{ッ遺伝子群} ^現 ^確認

→ ンッさ ^{遺伝子ッ} ^ン ^や

同定

 特異的制御行い _miRNA 絞込

miRNA + Gene Expression 組 ^合わ ^解析

(41)

miRNA + mRNA 統合解析例

統合解析例：ュ数十検体

• GSE 16444 (Agilent Human miRNA Array Ver.2)

• GSE 16237 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array)

Page 41

Agilent GeneSpring GX11 (GX11)

GX11： ^現解析

ン搭載

 GX ^{活用し統合解析}

miRNA ^{ッ遺伝子予測}

 GX 組込 TargetScan機能 ^活用

GX11

copy # track expression entity

(42)

miRNA 解析- GSE16444

• ：Agilent miRNA microarray ver.2

• Short survival < 36 month (N=17)

• Long survival > 36 month (N=14)

GEO(Gene Expression Omnibus) 得

(43)

Long survivor 高現 miRNA

Long survivor

Short surv iv or

10miRNA

Page 43

Long survivor

Short surv iv or

全miRNA ^ッ Long survivor ^現

miRNA ^ッ

(44)

GX 確認：miRNA-cluster01

EML1遺伝子

• EML1 ^流

miRNA ^{集中しい}

(45)

GX 確認：miRNA-cluster02

EVL遺伝子

• EVL ^ン ^ン中

miRNA ^{集中しい}

miRNA EVL遺伝子が同じプロモーター

転写制御さい可能性を示唆

Page 45

(46)

miRNA ^{ッ予測}

• miRNA ^ッしい mRNA 予測し関連しい

mRNA ^{機能情報等検索}

• GeneSpringGX MIT 開し TargetScan

利用し _RNA ッ予測

(47)

GX11 Target Scan ^{ッ遺伝子} ^予測

• ^10miRNAs ^1035Genes ^予測さ

タッ候補遺伝子

抽出、Entity List作成

 複数 miRNA タッ候補遺伝子を一括検索

 多く Gene 予測さ ^{場合、スア値} ^高いタ

ッ候補遺伝子を抽出すこも可能

Page 47

(48)

補足 Web TargetScan 利用 ^場合

http://www.targetscan.or

g/

1. miRNA-mRNA 結合領域 ^{既知モルにあ} ^ま 8mer 7mer-m8 7mer-1A

2. miRNA-mRNA結合領域外 配列相補性

3. miRNA-mRNA予測結合領域 30塩基 流 流 A U 有無

4. miRNA-mRNA予測結合領域 UTR末端 ^距離

Targt 予測

PicTar, TargetBoost, MiRanda, miRBase, etc.

(49)

ッ遺伝子内訳

• System Development以 ^GO ^解析

miRNA ^現制御 ^{遺伝子予測}

Page 49

(50)

mRNA 解析- GSE16237

• ：Affymetrix HGU-133 Plus2

• Short survival < 36month (N=6)

• Long survival > 36month(N=6)

GEO(Gene Expression Omnibus) 得

(51)

Long Survivor 現 mRNA 抽出

• Filter on Expression level > 20%ile 1out of 20

• Fold change >< 2fold

• Unpaired t-test FDR < 0.05

• Long survivor<2fold

• ^{842 probes}

Long survivor

Short surv iv or

Page 51

(52)

miRNA解析結果 mRNA解析結果 ^比較

Long survivor高

現miRNA

ッ遺伝子

Long

survivor

現mRNA

Long survivor 現しい miRNA

抑制さ予測さ _{33 probes}

異ッ

GX11 ^{簡単一緒解析可能}

(53)

GO ACCESSION GO Term p-value corrected p- value

Count in Selection

GO:0005622 intracellular 0.00359 0.473832 11

GO:0044424 intracellular part 0.001902 0.473832 11 GO:0043227 membrane-bounded organelle 0.002255 0.473832 8 GO:0003676 nucleic acid binding 1.01E-04 0.311792 8 GO:0043231 intracellular membrane-bounded

organelle ^0.002251 ^0.473832 ⁸

GO:0003723 RNA binding 0.003695 0.473832 5

GO:0006807 nitrogen compound metabolic process 0.005944 0.482217 2 GO:0006139 nucleobase, nucleoside, nucleotide and

nucleic acid metabolic process ^0.002495 ^0.473832 ²

GO:0048770 pigment granule 0.006687 0.482217 2

GO:0042470 melanosome 0.006687 0.482217 2

GO:0032301 MutSalpha complex 0.00265 0.473832 1

GO:0032300 mismatch repair complex 0.006613 0.482217 1 GO:0032143 single thymine insertion binding 0.00265 0.473832 1 GO:0032142 single guanine insertion binding 0.003973 0.473832 1 GO:0032139 dinucleotide insertion or deletion binding 0.005294 0.482217 1

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ン miRNA

100ng Total RNA

網羅的miRNA 現 ン

p.2 ン miRNA 製品紹

p.19 ン RNA 抽出 品質確認

p.29 分解 進 RNA miRNA 現 ン へ

影響 FFPE ン 含

p.44 mRNA miRNA 統合解析

miRNA 現

miRNA ン 手法 比較

既知 miRNA 網羅的 検出し 迅速 現差

解析 行い い

→ 最適！

ン miRNA 特長

 ン 化

１日半 miRNA 得

 100ng total RNA 化

small RNA 濃縮 精製 要

 miRBase 録さ い mature miRNA 選択的検出

高い配列選択性 選択性

 ッ 実現 8 ッ ッ

 高感度： 検出感度 0.1 αmol

 幅広い ッ ン ： 桁

 実験 信頼性向

繰 返し

ン 化

手間 少 い け く い 得 こ ！！

Point1 :

Total RNA 化

→small RNA精製 濃縮 要

Point2 :

逆転写 増幅無し

→内在性 miRNA 末端

蛍光色素 結合さ け

化 必要 試薬 ッ

Complete Labeling Reagent and Hyb kit

totalRNA中 miRNA 化 ョン

必要 試薬 Complete Kit し 提供

１ ッ ：24 分

RNA抽出 解析 ュ ョン 提供

miRBase 録 基 い 設計

miRBase 更新 伴 時 ッ

独自 ン 選択性

前駆体 区 し Mature miRNA 選択的検出

独自 ン 配列選択性

相同性 高いmiRNA同士 く区 し 検出

実験 信頼性向

ン miRNA 用 Spike-in ッ

• 化用 Spike-in Mix

化＋ 実験 手くい 評価

• 用 Spike-in Mix

実験 手くい 評価

化

MicroRNA

Spike-In

ッ

P/N 5190-1934

QC Report

miRNA Spike-in 測定結果 確認

3 Levels of Metrics

ン miRNA 特徴

種類 組織 い 60 miRNA

現比 定量PCR ン 比較

定量PCR 高い相関

高い再現性 広い ッ ン

DigitalGeneExpression RT-PCR 相

関 高い ン

DGE RT-PCR 相関

各社 RT-

PCR/DGE 相関

他社１

Agilent

他社2

ン miRNA 特徴

miRNA 現在 製品 ン ッ

ッ

miRBase 録 あ ッ 以外 生物

eArray 作成可能

こ

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網羅的miRNA 現 ^ン

p.2 ン miRNA ^製品紹

p.19 ^ン RNA ^{抽出品質確認}

p.29 ^分解 ^進 RNA miRNA ^現 ^{ンへ}

影響 FFPE ン ^含

p.44 mRNA miRNA ^統合解析

miRNA ^現

miRNA ^{ン手法} ^比較

既知 _miRNA 網羅的検出し迅速現差

解析行いい

→ ^最適！

ン miRNA ^特長

 ^ン ^化

１日半 miRNA ^得

 100ng total RNA ^化

small RNA ^{濃縮精製} ^要

 miRBase ^録さい mature miRNA 選択的検出

高い配列選択性選択性

 ^ッ ^実現 8 ^ッ ^ッ

 ^高感度：検出感度 0.1 _αmol

 ^幅広い ^ッ ^ン ^： ^桁

 実験信頼性向

繰返し

ン化

手間少いけくい得こ！！

Total RNA ^化

→small RNA精製濃縮要

逆転写増幅無し

蛍光色素結合さけ

化必要試薬ッ

totalRNA中 miRNA ^化 ^ョン

必要試薬 Complete Kit し提供

１ッ：24 ^分

RNA抽出 ^解析 ^ュ ^{ョン提供}

miRBase ^{録基い} ^設計

miRBase ^{更新伴} ^時 ^ッ

独自ン選択性

前駆体区し Mature miRNA ^{選択的検出}

独自ン配列選択性

相同性 _{高いmiRNA同士} く区し検出

実験信頼性向

化＋実験手くい評価

実験手くい評価

miRNA Spike-in ^測定結果 ^確認

ン miRNA ^特徴

種類組織い ₆₀ _miRNA

現比定量PCR ^ン ^比較

定量PCR ^高い相関

高い再現性広いッン

DigitalGeneExpression RT-PCR ^相

関高いン

DGE RT-PCR ^相関

各社 _RT-

PCR/DGE ^相関

ン miRNA ^特徴

miRNA 現在製品ンッ

miRBase ^録 ^あ ^{ッ以外} ^生物

eArray ^作成可能

現在いこ

miRBase16.0以前 ^録さい mature miRNA 対し

ンン済選択し搭載

● miRBase16.0以前 ^録さ ^{い全} ^生物 miRNA 対

応一混在さ

■ miRNA ^用 ^新規 ^ン

■ 8x15K以外 ^ッ ^選択

全生物対しンこ出来

弊社提供化 _{3’端 OH基持} _{いmiRNA 植物}

化こ出来

ン miRNA ^用 ^ン

調製法び品質確認い

2010年12 ^現在け推奨RNA抽出法

※必 small RNA 含 ^{う抽出法} ^用し ^さい

※Total RNA 抽出 ^使用し

small RNA ^{濃縮精製} ^{行わい} ^さい

※抽出方法変わ影響え

１同一抽出方法使用しさい

+遺伝子 ^現

ンし

PCR ^ン ^し