オミックス情報からの低コスト・迅速・ハイスループットな遺伝子探索法の開発 研究シーズ | 明治大学

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問合せ先●

明治大学 研究推進部 生田研究知財事務室

TEL: 044-934-7639 E-mail: [email protected]

ミッ

情報

低

トヷ迅速ヷ

ハ

ルヸプット

遺伝子探索法

開発

矢野

健太郎

農学部 生命科学科 バ

ンフ

マテ

研究室

Kentaro Yano

研究目的

近年， ノム配列や網羅的 遺伝子ヷ化合物 発現情報 集積 著しい 。こ

ミッ 情報を活用す こ っ ，新規遺伝子 探索 加速化す こ 明 あ

。し し，従来 バ ンフ マテ 手法 ，大規模解析 ヸバヸを用い ，

非現実的 計算時間を要す こ ， た，メモリ不足 っ 計算 途中停止す こ

多いこ ，大規模 ミッ 情報を簡便 取 扱うこ い。そこ ，本研

究 ，汎用的 計算機環境 い ，大規模 ミッ 情報を迅速 処理し得 ，遺

伝子探索手法 開発を行う。 た，WindowsやMacintosh， Linux 汎用的 ペ レヸデ ン ヷ テム 実行 GUI解析ソフト を開発す 。

研究内容

発現パタヸン 類似す 遺伝子群を効率的 探索す た ， ル リ ムや解析ソ

フト を開発し い 。現バヸ ョン ソフト ，た え ， ル

作成した行列デヸタ 遺伝子発現情報 をソフト 取 込 ，解析を実

施す こ っ ，類似 発現様式を示す遺伝子を簡便 分類 。 た，既知遺

伝 子 発 現パ タ ヸン 類 似 す 遺伝 子 群 ， あ 実 験条 件 生 育条 件， 生 育 テヸ

い 特 異的 発 現 を示 す遺 伝 子群 を 迅速 探 索 。 さ ，ソ フト

上 ，遺伝子 生物学的機能 ノテヸ ョン情報を ンポヸトす こ っ

，発現様式情報 機能情報 両面 遺伝子を効率的 探索 。

用 途 医薬農工業 用 新規遺伝子ヷ酵素 探索等

関係論文

Manickavelu, A. et al. (2012) DNA Res.,(in press). Hamada, K. et al. (2011) Plant Cell Physiol., 52: 220-229. Yano K. et al. (2006) Nucleic Acids Res., 34:1532-1539.

The Tomato Genome Consortium (2012) The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution, Nature 485, 635-641.