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introduction Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会 Fukushima JSBi2012R

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Academic year: 2018

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(1)

~ 次世代 情報

統合解析~

独 理 学研究所植物科学研究セン

研究推進部門 情報 ニ

福島 敦史

24 2 22( 水 ) 13:00-13:10

理研横浜 交流棟

https://sites.google.com/site/r2012jsbi/

(2)

mRNA

A X

1

X

2

Xn 1

1 1

1 2222 3333

Section 1

(3)

開催趣旨 開催趣旨 開催趣旨

開催趣旨

情報 ン プ 、プ

、 い 解析

使うこ 一 解

使うこ 一 解

使うこ 一 解

使うこ 一 解

ン う使わ

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知 た人 教え ち え

知 知 た人 た人 教え 教え ち ち え え

知 た人 教え ち え

https://sites.google.com/site/r2012jsbi/

(4)

何 ?

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. . 統計計算 統計計算 統計計算 統計計算 画 画 画 画 た た た た 計算環境 計算環境 計算環境 計算環境 プ プ プ プ

ンソ

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. . 最新 最新 最新 最新 統計解析手法 統計解析手法 統計解析手法 統計解析手法 使用可能 使用可能 使用可能 使用可能

io io

io io プ プ プ プ 解析 解析 解析 解析 供 供 供 供

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. 学習 学習 学習 学習 た た た た キ キ キ キ 豊富 豊富 豊富 豊富

(5)

研究会参加者

研究会参加者

研究会参加者

研究会参加者

ン 情報

ン ン 情報 情報

ン 情報

https://sites.google.com/site/r2012jsbi/

(6)

集計 視覚 ン ン

集計 集計 視覚 視覚 ン ン ン ン

集計 視覚 ン ン

## test1.R

## afukushima @ psc.riken.jp

## (JSBi R workshop2012)

## read CSV file

data <- read.csv("Registration.csv")

## dimension of data matrix dim(data)

## plot piechart (R's experience 2) pie(table(data$R.Exp2))

## plot piechart (party)

round(prop.table(table(data$Party))*100)

(7)

発現 発現 発現

発現 or 蓄積相対値 蓄積相対値 蓄積相対値 蓄積相対値 行列 行列 行列 行列 phenodata

+

PCA Data quality check limma & Volcano plot

https://sites.google.com/site/r2012jsbi/

(8)

ププ ププ

時間 演題名 敬称略

~受付開 始

~~

~ 次世代次世代次世代次世代 情報統合解析~情報統合解析~情報統合解析~情報統合解析~ 福島 敦史 理研

初心者 た 解析こ

初心者初心者 たた 解析こ解析こ

初心者 た 解析こ 大林 武 東 大

ン プ 解析~ ン プ 解析~ ン プ 解析~

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自在 解析 ~ 自在 解析 ~

自在 解析 ~ 門 幸 東大

休憩 休憩 休憩

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使 た 使 た 使 た

使 た 解析解析解析解析 基礎基礎

基礎基礎 階堂 愛 理研

用いた量的形質 ワ ソ ン解析 用いた量的形質 ワ ソ ン解析 用いた量的形質 ワ ソ ン解析

用いた量的形質 ワ ソ ン解析 岩 洋佳 東大 休憩

休憩 休憩

休憩 分分分分

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鈴木 了太

株式会社!" #$ %!

R 次世代 情報統

合解析研究会

共催: 日本 ン 学会 (JSBi)

(9)

ン :自身 へ 応用

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い 自身 読 書 学ぶ

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半 後 自分 他人

解析 た

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他人 参考 始

門 さ 例 プ 大変

参考

https://sites.google.com/site/r2012jsbi/ 5

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※ CMB 解析や PMF 解析で分類されなかった濃度はその他とした。 CMB