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Bait Group の作成

すべての Bait Group のデザインの完了

• ライブラリの作成に入る前に、ひとつのライブラリに入れる予定のすべての Bait Group のデザインを完了させます。

• 複数の Bait Group をひとつのライブラリに入れるケースとしては :

– 異なるターゲット領域に対して、異なるデザイン条件を設定した場合

– 自分がすでにデザインしていたBait Groupを、新規のBait Groupに加えたい場合

– ターゲット領域のタイプの違いに合わせて、それぞれ独立した Bait Group を作成したい場

合。 例えば、 ChrX の exon 領域とキナーゼに関与する領域 など。

Library の作成

Library に入れる Bait Group の選択

1. Bait Groups のページをクリック, Browse BaitGroupかSearchをクリッ

クして目的のBaitGroupを表示

2. ひとつのライブラリの中に入れるBait Groupにチェックマークを 入れて選択、ベイトの合計数が57680を超えると、ライブラリ数が

増えて、価格も変わります。

3. Create Libraryをクリック

Library の作成

Species の選択

1. 生物種(species)を 選択

2. Next をクリック

現時点では生物種の選択による違いは

ありません。

すべてアジレント社内部

QC

用のコントロール が追加されます。

将来の

Upgrade

に向けた設定です。

Library の作成

ベイトの数が 1ELID 分を超過した場合

上記のメッセージが画面に現れます。

このメッセージが出ると、ベイト数に応じた 2~5 までの ELID 数の製品に 変わります。価格も変わりますので、ご注意ください。 1ELID 製品を デザインしたい場合は、ターゲットサイズ、ベイトのTiling Frequency、

Replicate 数を見直して、ベイトの数を 57,680 以下に減らすようにして

ください。

Library の作成 Library の定義付け

1. ライブラリの名前 を設定

2. Baitの長さを選択

(現在は120bpのみ)

3. 必要に応じて Description, Keywords,

とCommentsを入力

4. Library のStatisticsを確認 ここではあといくつのBaitを ライブラリに入れることが

できるかがわかります。

利用可能なうち 何%を 使用しているか

わかります。

※後述

5.ベイトが57,680を 超えた場合、ライブラ リ数がここに表示され

ます。

6. ベイトのBoostingを 選択(次ページ参照)

Agilent Recommended Boosting

• Maximize performance – キャプチャ効率が最大になるように

eArrayが相対的なベイト濃度を自動的に調製します。ベイト濃度が自動 的に調製されるため、複数のベイトグル―プを使ってLibraryを作製する ときに、ベイトグループごとに Replicate Number を入力することがで きません。通常は、この機能を使用することを推奨しています。

• Maximize capacity - 複数のベイトグループを使って Library を作製す

るときに、入力した Replicate Number に基づいて、利用できる最大数

までベイト数を増やす機能です。

Library の作成

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