COMPLEMENT
1. Contact person 2. Hold date
3. Submitter 4. Reference
の入力内容に置き換わります。
Biological feature が記載さ れたこの領域、つまり、各エ ントリーのアノテーションの みを upload してください
annotation file 例
エラーチェックに関する仕様
• annotation
、sequence
の書式チェックには が、CDS
の翻訳チェックにはがそれぞれ実行されます。
• CDS feature
が含まれない場合には、"Confirm"
クリックで書式チェック(Parser
チェック)
のみが行われます。• CDS
が存在する場合、Confirm
クリックでまず書式チェック(Parser
チェック)
が行われ、入力内容にエラーが ある場合は書式エラーが表示されます。書式に問題がなければ、その直後にアミノ酸配列への翻訳エ ラーチェックが実行されます。つまり、書式エラーが解消されるまでは、翻訳チェックが行われません。例えば、
/lat_lon
の書式に間違いがある場合はConfirm
クリック後/lat_lon
のエラーのみが表示されます。
/lat_lon
を修正後、再度Confirm
をクリックし、翻訳エラーがある 場合はその結果が表示されます。/lat_lon
修正、Confirm
をクリック翻訳エラーが表示される
Upload & Confirm クリック後の画面
Error が無い場合
アノテーションのチェックが行われた後、画面下にアノテー ションファイルが表示されます。
COMMON の領域は、 1.Contact person ～ 4.Reference ページ で入力した内容に置き換えられます。
エラーが無い場合は
"Next"
がクリック可 能になります。Warning
がある場合でも、"Next"
がクリッ ク可能になりますが、必要に応じて修正 を行ってください。Upload & Confirm クリック後の画面 Error/Warning が生じた場合
画面下部に
DDBJ
登録形式のannotation file
が表示されます。エラー対象はハイライトされます。
Error/Warning
内容が表示 されます。Line
番号のクリックで画面下のError
対象行にジャンプします。クリックすると
Error
の説 明ページが開きます。Error
がなくなると"Next"
がクリック可 能になります。Warning
が生じた場合でも入力内容に問題がなければ、
"Next"
をクリック してください。修正した
annotation file
を指定し、"Upload & Confirm"
を繰り返します。Error
がなくなるまで繰り返します。Confirm クリック後の画面
error 無しの場合
annotation
入力画面の下側にDDBJ
登録形式のアノテーションファイル が表示されます。
チェック後、次のステップに進め る場合は、
Next
がクリック可能に なります。"Confirm" クリック後の画面
error が生じる場合
エラーが生じる場合は、
Next
ボタ ンをクリックできません①エラー内容が表 示されます
②アイコンをク リックすると、エ ラーの説明ペー ジが開きます
(
そ れぞれ日本語と 英語ページ)
③エラーが生じている行番号をクリッ クすると、画面下部に表示される
DDBJ
アノテーションファイル形式の該当行 にジャンプします。④エラー対象行がハイライト表示されま す。どの
entry
のどのfeature
、qualifier
がエラーになっているかを確認します。⑤ エラー箇所の修正を行う場合 は画面をスクロールアップし、エ ラーが生じたエントリーの "Edit" ア イコンをクリックするなどの編集操 作により、修正を行ってください。
エラー修正後、再度 "Confirm" をク
リックしてください。
Confirm クリック後の画面
warning が生じる場合
Warning
は、Error
と断定ができないが、注意を促すための警告としての意味で表示されます
Warning
の場合にはNext
がクリック可能になりますが、入力内容に問題がないかどうかを確認してください
この例では、 submitter の名前の書式に関する warning が 出ていますが、 submitter 名に間違いがないならば
warning を無視してかまいません。
Submitter または Reference 内に error がある場合
①プログレスバーの
"3. Submitter"
または"4.Reference"
をクリックすると各入力ペー ジにジャンプします②修正後、必ず
"Next"
ボタンをクリックし ますSubmitter 、 Reference に関する error や warning に対して修正を行う場合に はプログレスバーから "3.Submitter" 、 "4.Reference" 画面に戻って修正を行 うことになります。
① 画面上部のプログレスバーにある "3.Submitter" または "4.Reference" を クリックする
② "3.Submitter" もしくは "4.Refernece" 入力画面上で修正し、必ず "Next" を クリックする (Next をクリックしないと修正した内容が反映されません )
③ 画面上部のプログレスバーから、 "7.Annotation" をクリックすると
annotation 入力画面に戻ることができる
③修正後、
"7.Annotation"
をク リックするとアノテーション画面に 戻りますError/Warning 説明ページへのリンク
Error/Warning の説明は以下の URL でご覧いただけます。
CDS のアミノ酸翻訳に関するエラー説明は以下の URL からご覧ください。
transChecker エラーメッセージ
( 次ページ参照 )
以下のリンクもご参照くださ
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CDS フィーチャーにおける翻訳エラーと説明ページへのリンク
Message Link
[WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
[WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
[WARNING] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [Met].
[WARNING] [#Value] codons are not translatable.
[ERROR] Untranslatable codon [#Codon] is found in the sequence range.
[ERROR] First codon [#Codon] is not a start codon.
[ERROR] Final codon [#Codon] is not a stop codon.
[ERROR] Stop codon '*' is found in the range.
[ERROR] Description of Location [#location of CDS feature] is illegal.
[ERROR] 'codon_start' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
[ERROR] 'codon_start' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] 'transl_table' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1.
[ERROR] 'transl_table' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] Amino acid abbreviation [#abbreviation] in 'transl_except' qualifier is illegal.
[ERROR] 'transl_except' qualifier has invalid value [#Value].
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is overlapped.
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is invalid.
[ERROR] Base range of 'transl_except' qualifier [#Value] is mismatched in reading frame.
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not changed from conceptual translation.
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [TERM].
[ERROR] Stop codon is specified by 'transl_except' qualifier [#Value] in mid of CDS location.
[ERROR] Entry [#Entry name] is NOT found in sequence entries.
[FATAL] Proper 'Codon Table' is not found in 'src' folder.
[FATAL] Proper 'Amino Table' is not found in 'src' folder.
[FATAL] Unable to execute Translation.